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. | DestVI:识别空间转录组数据中细胞类型的连续性

DestVI将一对数据集作为输入:来自同一组织的查询ST数据和参考scRNA-seq数据,并用细胞类型标签进行注释。输出包括每个位点的CTP和每个位点中每个细胞类型的细胞状态的连续估计(图1)。...然而,为了全面评估DestVI的性能,以推断除CTP之外连续的细胞状态,作者构建了一个更细致的模拟框架,该框架还考虑了细胞类型的变异性(图4)。...图4 半模拟框架图 为了评估每个模拟点推断的CTP和细胞类型特异性基因表达的准确性,作者用几种方法对DestVI进行了基准测试,如离散反卷积方法和将ST数据与scRNA-seq数据嵌入的方法。...总之,DestVI能够在CTP的离散水平和细胞类型特异性基因表达的连续水平上提供更准确的估计。...DestVI概括了最初Seq-Scope研究的主要发现,与最初使用的单细胞管道相比,它在整个组织中提供了更多可聚集的细胞类型比例。在模拟实验中,DestVI 在更稀疏的数据集上仍然具有竞争力。

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60种常用可视化图表的使用场景——(上)

适合用来快速检视数据集中不同类别的分布和比例,并与其他数据集的分布和比例进行比较,让人更容易找出当中模式。...9、密度图 密度图 (Density Plot) 又称为「密度曲线图」,用于显示数据在连续时间段内的分布状况。...11、条形图 条形图 (Bar Chart) 也称为「棒形图」或「柱形图」,采用水平或垂直条形(柱形图)来比较不同类别的离散数值。 图表其中一条轴代表要比较的具体类别,另一条则用作离散数值的标尺。...条形图的离散数据是分类数据,针对的是单一类别中的数量多少,而不会显示数值在某时间段内的持续发展。...推荐的制作工具有:D3、D3 Zoomable、RAWGraphs。 25、饼图 饼形图 (Pie Chart) 把一个圆圈划分成不同比例的分段,以展示各个类别之间的比例。

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    通用卷积神经网络CCNN

    此外,许多数据本质上是连续的,在不同的分辨率下具有相同的语义,例如图像可以在任意分辨率下捕获,并具有相同的语义内容,音频可以在 16kHz 或 44.1kHz 采样,但人耳听起来仍然是相同的。...标准 CNN 需要特定于任务的架构,因为其卷积核的离散性将内核绑定到特定的数据分辨率,并且由于构建大型离散卷积核所需的大量参数,它们不适合对全局上下文进行建模。...主要改进包括核生成器网络的初始化、卷积层修改以及 CNN 的整体结构。 连续核卷积 连续核卷积将小型神经网络 作为核生成器网络,同时将卷积核参数化为连续函数。...该网络将坐标 映射到该位置的卷积核值: (图 1a)。通过将 K 个坐标 的向量通过 G_Kernel,可以构造一个大小相等的卷积核 K,即 。...对于以分辨率 r (1) 和 r (2) 采样的信号 x 和连续卷积核 K,两种分辨率下的卷积大约等于与分辨率变化成比例的因子: CCNN:在 ND 中建模远程依赖关系 ---- 具有连续核卷积的残差块改进

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    ICML 2024 | MolCRAFT:连续参数空间中基于结构的药物设计

    作者对在SBDD中应用自回归方法和扩散方法时出现的不良构象问题的关键因素进行了深入研究,包括模式崩溃和混合连续离散空间。...因此,这些分子在后续的对接软件调整中需要进行大量的修改和重构。 SBDD中生成模型面临的挑战 生成分子的失效模式 图 1 如图1所示,作者将SBDD中生成的不良分子分为三类: (a) 几何形状扭曲。...一个关键见解是,混合连续-离散空间对准确捕捉分子的复杂数据流形构成挑战,其中扩散模型中的样本空间暴露于高方差,中间的噪声潜变量很可能超出流形。...图 3 为了进一步说明连续-离散扩散和完全连续的MolCRAFT之间的差异,作者对每个100个测试蛋白质分别采样10个分子,并绘制不同时间步长期间有效、完整分子的比例曲线。...如图3所示,连续-离散扩散在后期步骤中严重依赖,通过在噪声级别较低时通过一定的有效性和完整性阈值,而MolCRAFT在前20%-40%的步骤中接近目标分布,从而具有更大的能力逐步细化和调整生成的可行结构

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    解决CNN固有缺陷, CCNN凭借单一架构,实现多项SOTA

    此外,许多数据本质上是连续的,在不同的分辨率下具有相同的语义,例如图像可以在任意分辨率下捕获,并具有相同的语义内容,音频可以在 16kHz 或 44.1kHz 采样,但人耳听起来仍然是相同的。...标准 CNN 需要特定于任务的架构,因为其卷积核的离散性将内核绑定到特定的数据分辨率,并且由于构建大型离散卷积核所需的大量参数,它们不适合对全局上下文进行建模。...主要改进包括核生成器网络的初始化、卷积层修改以及 CNN 的整体结构。 连续核卷积 连续核卷积将小型神经网络 作为核生成器网络,同时将卷积核参数化为连续函数。...该网络将坐标 映射到该位置的卷积核值: (图 1a)。通过将 K 个坐标 的向量通过 G_Kernel,可以构造一个大小相等的卷积核 K,即 。...对于以分辨率 r (1) 和 r (2) 采样的信号 x 和连续卷积核 K,两种分辨率下的卷积大约等于与分辨率变化成比例的因子: CCNN:在 ND 中建模远程依赖关系 具有连续核卷积的残差块改进。

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    探索性数据分析,Seaborn必会的几种图

    本文从实际需求出发,重点放在数据中多个变量关联性的探索上,依据探索的数据类型为连续型或是离散型,将Seaborn常见的图进行简单分组,既方便记忆,又可以从多种图的比较中意识到何时何地该该使用何种图。...离散变量VS连续变量 boxplot 箱形图,用作显示一组数据的分散情况。...hue列需要是离散变量,含义是将x列(离散变量)的每个组别根据类别变量hue,再次进行分组,分组后用不同的颜色来表示。 palette:调色板名称,支持列表或字典,用于hue变量的不同级别的颜色。...参数说明: x,y 都需要是连续型变量。 hue,style和size最好是传入类别型变量,因为要根据这些分类字段对前面的每个组进行更细粒度的分组表示。...总结 本文将Seaborn中常见的函数分为3大类,前两类为低阶函数,根据输入变量类型分为“离散变量VS连续变量”和“连续变量VS连续变量”,最后一类为高阶绘图函数,它集成了前面两类中的低阶函数,通过kind

    3.4K31

    主动推理中序列动力学的生成模型(连续 离散)

    图4左侧显示的生成模型是在连续时间中制定的,使用某个系统的坐标的Taylor级数展开的系数表示轨迹(Friston等人,2010)。右侧的模型被制定为一系列具有离散时间步骤的转换。...鉴于此,我们可以简单地省略生成顺序动态所需的额外隐藏状态维度,改为在离散时间内工作,就像图4右侧一样。这样做,更容易裁定不同转移概率之间的选择,并生成更具目的性的行为。...这包括在连续生成模型中介导无胜者竞争的类似捕食者-被捕食者的动力学。然而,这还包括更明确的离散时间模型,用于解释规划和决策制定。 图8 主动聆听。...鉴于与形状相关的单词更可信的先验信念,这些神经元的激活与每个时刻的每个单词的后验概率成比例。请注意,推断的单词持续时间不同,但它们不重叠(即概率之和为1),表明成功地将连续序列离散化。...为此,我们提出了在运动控制和语言交流中利用这些顺序动力学的例子,并简要讨论了将连续时间序列划分为离散序列的挑战。

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    商业数据分析案例:客户流失分析之—探索性分析

    3、变量之间关系的探索性分析方法 1) 离散变量与离散变量 离散变量与离散变量之间的关系可以使用条形图进行查看,将其中一个变量在图形中 用不同的颜色显示来直观地观察出变量之间的关系,也可以使用网络图开显示...2) 离散变量与连续变量 对于离散变量和连续变量之间的关系,可以使用直方图进行查看,将其中的离散变量在图形中用不同的颜色显示来直观地观察变量之间的关系。...也可以使用箱线图来查看连续变量与离散变量之间的关系。在图形中,每个箱线图代表一个离散变量的取值。 例如,对于连续变量高峰时期通话时长与流失之间的关系,使用箱线图以体现两个变量之间的关系。 ?...因此,在本案中,我们使用如下的分析内容: ? 从上图可以看出,性别与流失的关系似乎不是很密切,男性和女性流失比例相差不大。 ?...至于流失与各连续变量关系更细致的分析,我们将通过后面的建模过程来完成。

    1.5K20

    解决CNN固有缺陷, CCNN凭借单一架构,实现多项SOTA

    此外,许多数据本质上是连续的,在不同的分辨率下具有相同的语义,例如图像可以在任意分辨率下捕获,并具有相同的语义内容,音频可以在 16kHz 或 44.1kHz 采样,但人耳听起来仍然是相同的。...标准 CNN 需要特定于任务的架构,因为其卷积核的离散性将内核绑定到特定的数据分辨率,并且由于构建大型离散卷积核所需的大量参数,它们不适合对全局上下文进行建模。...主要改进包括核生成器网络的初始化、卷积层修改以及 CNN 的整体结构。 连续核卷积 连续核卷积将小型神经网络 作为核生成器网络,同时将卷积核参数化为连续函数。...该网络将坐标 映射到该位置的卷积核值: (图 1a)。通过将 K 个坐标 的向量通过 G_Kernel,可以构造一个大小相等的卷积核 K,即 。...对于以分辨率 r (1) 和 r (2) 采样的信号 x 和连续卷积核 K,两种分辨率下的卷积大约等于与分辨率变化成比例的因子: CCNN:在 ND 中建模远程依赖关系 具有连续核卷积的残差块改进。

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    数据分析中10种常见的可视化图例

    如果将图像使用自然语言进行表达看作一种数据降维的方式, 那这种降维能力可能是需要训练的。不同的人面对同一幅图可能有不同的表达,对于数据产品而言, 有没有数据与图像之间的内在关系模式呢?...不论是产品经理、设计师还是工程师,理解怎样的数据通过怎样的图像表达比较合适都是有意义的。 数据类型是老生常谈,从数据维度来看,有单变量和多变量,从变量自身来看,有离散和连续的区别。...对于更一般的情况,多个变量的数据可以划分成离散型和连续型两种。 三....局限:每个类别内的元素不能太多,一般不大于6。 5 多纳图 实际上,饼图是更为常见的,英文为Sector Graph,又名Pie Graph。饼图显示一个数据系列 中各项的大小与各项总和的比例。...表达形态:每个递减的梯形代表一个类别的阶段,每个梯形的比例宽度代表了该类别的值。

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    学界 | 优于VAE,为万能近似器高斯混合模型加入Wasserstein距离

    对此已经有多种解决办法(例如,直接降低高方差离散样本 [7,18],将连续分布参数化为离散分布 [13,21,28]、利用共轭的模型设计 [14] 等)。...奇数行是原始数据,偶数行则是相应的重建图。(b)是每个离散隐变量 k 的数字样本 x〜p_G(x | z)p_C(z | k),(c)展示了更接近于先验模式的样本。...由于离散先验 p_D(k)是均匀的,(b)中的样本是先前研究的生成图的代表,只有以离散的隐藏值排序的列。...论文地址:https://arxiv.org/pdf/1806.04465.pdf 摘要:具有离散和连续隐变量的生成模型受许多现实数据集的极大推动。...我们发现,我们的离散隐变量在训练时被模型充分利用,而不需要对目标函数进行修改或大幅微调。我们的模型在使用相对简单的神经网络时可以生成与其他方法相媲美的结果,因为离散的隐变量具有很多描述性语义。

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    腾讯数据科学家手把手教你做用户行为分析(案例:出行选择)

    ▲图1-2 旅行出行方式打分表 在选择的过程中,如果某个因素发生变化,就有可能对选择结果产生影响。例如:其他因素保持不变,由于航空公司促销,机票价格比火车票还便宜,你的选择是不是会从火车改为飞机呢?...▲图1-3 离散选择模型的元素及结构 回到旅行出行方式选择的案例中,我们对例子中的元素进行映射。 决策者:一次选择行为的主体(决策者属性包括家庭收入、出行人数、天气)。...OBS_ID:离散,选择行为ID HINC:连续,家庭收入 PSIZE:连续 or 离散,出行人数 TTME_AIR:连续,站点等待时间(飞机) TTME_TRAIN:连续,站点等待时间(火车) TTME_BUS...这里结合LR及后续将介绍的MNL、NL模型的特点着重讲3个数据预处理的要点:①不要存在缺失值;②每一列均为为数值型;③多枚举值离散变量入模前要进行哑变量处理,如代码清单1-4所示。...对于离散变量,我们使用k-1自由度的卡方检验,其中k为离散变量的值个数;对于连续变量,比较简单的分析方法是直接对单变量进行逻辑回归,查看回归系数的显著性,根据AUC分析自变量对y的解释能力。

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    意图、假设、行动、证据 Dynamic inference by model reduction

    从图 3 可以更好地理解方程 8 和 9 的含义,该图突出显示了离散和连续表示之间的三种不同类型的消息交换。...图 4 显示了可以执行所呈现任务的模型的图形表示。这是一项基本任务,不涉及高层规划,因此我们没有包含离散模型,并且我们考虑了隐藏原因的无信息先验。该代理由具有单一自由度 (DoF) 的手臂组成。...因此,我们定义了两个函数,将手臂的关节角度设置为等于推断的目标配置: 接下来,我们为每个意图定义一个简化的动态函数,充当与当前信念和期望信念之间的误差成比例的吸引力: 其中 λ 是吸引子增益。...请注意,在这个简单的实现中,隐藏的原因对应于离散的操作,因此为了简单起见,我们使用相同的符号。然而,由于它们是从离散状态生成的,因此它们通常对应于更抽象的连续轨迹。...在大约 t=400 时,物体离手足够近,导致离散状态和连续原因发生更陡峭的变化。最终,物体被正确地抓住。

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    你会用Python做数据预处理吗?

    填充替换缺失值--fillna 如果缺失值不可以占比很多,就不能能够轻易的删除缺失值,可以用上述的插值方法填充缺失值。 核心代码和结果图 ? ?...当不符合正态分布时可用箱型图分析处理,核心结果代码如下: ? ? 03、数据标准化处理 数据的标准化(normalization)是将数据按比例缩放,使之落入一个小的特定区间。...04、数据连续属性离散化 一些数据挖掘算法,特别是分类算法,要求数据是分类属性形式。常常需要将连续属性变换成分类属性,即连续属性离散化。...常用的离散化方法: 等宽法:将属性值域分成具有相同宽度的区间,区间的个数由数据本身的特点决定,或者由用户指定,类似于制作频率分布表。 等频法:将相同数量的记录放进每个区间。...基于聚类分析的方法。 通过分箱离散化、通过直方图分析离散化、通过聚类、决策树和相关分析离散化、标称数据的概念分层产生。

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    D3比例尺与坐标轴

    序列比例尺类似于连续比例尺,也是将连续的定义域domain映射到连续的值域range。...发散比例尺同样类似于序列比例尺和连续比例尺,也是将一个连续的定义域映射到连续的值域。...b.分段比例尺 分段比例尺类似于序数比例尺,区别在于分段比例尺的的定义域的值可以是连续的数值类型,而离散的值域则是将连续的定义域范围划分为均匀的分段。分段通常用于包含序数或类别维度的条形图。...最后对各比例尺做个总结: 连续比例尺(包括:线性比例尺、指数比例尺、对数比例尺、恒等比例尺、时间比例尺)、序列比例尺、发散比例尺都是将连续的定义域映射到连续的值域; 量化比例尺是将连续的定义域映射到离散的值域...; 分位数比例尺是将离散的定义域映射到离散的值域; 序数比例尺是将离散的定义域映射到离散的值域; 分段比例尺是将离散的定义域映射到离散的值域; 坐标轴 以下为含有坐标轴的柱状图代码示例: import

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    独家 | 手把手教数据可视化工具Tableau

    您可以将某些度量从连续更改为离散,但通常无法更改多维数据集数据源中字段的数据角色。 1....字段的背景颜色指明它是离散(蓝色)还是连续(绿色)。 将维度拖到“行”或“列”时,只需通过单击字段并选择“度量”便可将字段更改为度量。...当您将连续字段放在“颜色”上时,Tableau 将显示一个具有连续颜色范围的定量图例。 2.6 在离散和连续之间转换字段 您可以将度量从离散转换为连续,或从连续转换为离散。...并且,您可以将日期维度和其他数值维度转换为离散或连续。 转换度量 您可以将度量从离散转换为连续,或从连续转换为离散。...视图会更改为条形图。 标记(在本例中为条)是垂直的,因为轴是垂直的。每个标记的长度表示那一年的销售总额。您在此处看到的数字可能与实际数字不匹配 — 示例数据会随时发生变化。

    18.9K71

    图像处理基础知识--建议掌握

    图像 1、模拟图像 模拟图像,又称连续图像,是指在二维坐标系中连续变化的图像,即图像的像点是无限稠密的,同时具有灰度值(即图像从暗到亮的变化值)。...它的数据信息包括一个数据矩阵和一个双精度色图矩阵,它的数据矩阵中的值直接指定该点的颜色为色图矩阵中的某一种,色图矩阵中,每一行表示一种颜色,每行有三个数据,分别表示该种颜色中红、绿、蓝的比例情况,所有元素值都在...图像数学模型 1、两种基本的图像数学模型 连续模型 一般的图像都是能量的连续分布,我们前面所说的胶卷成像。 离散模型 把数字图像看成离散采样点的集合,每个点具有其各自的属性。...(1)采样 采样是将空间上连续的图像变换成离散的点,采样频率越高,还原的图像越真实。 采样把一幅连续图像在空间上分割成 M×N 个网格,每个网格用一亮度值来表示。一个网格称为一个像素。...此数字矩阵M×N就作为计算机处理的对象了。灰度级一般为0-255(8bit量化)。下图表示的是如何将连续的转化为离散的情况。

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    R语言非线性回归和广义线性模型:泊松、伽马、逻辑回归、Beta回归分析机动车事故、小鼠感染、蛤蜊数据、补剂钠摄入数据|数据分享

    部分原因是这里的响应变量在残差中不是正态分布的,而是泊松分布,因为它是计数数据。 泊松回归 具有泊松误差的广义线性模型通常具有对数链接,尽管也可以具有恒等链接。...忽略异常值测试,因为在更详细的观察中我们发现没有异常值。 我们还可以查看预测与量化残差图。...离散参数是1/形状。 但是,为了更容易理解,伽马的方差随均值的平方成比例地扩展。离散参数越大,方差扩展得越快。 最后,我们可以使用纳吉尔克计的伪R2来计算R2。...geom_col(position = position_dodge()) 我们也可以将x轴的范围调整为0到1,来表示比例。 或者,考虑相同的概率,但是不同次数的硬币投掷。...confint(adjust = "none") 如果我们有一个连续的协变量,我们可以获得拟合值和误差,并将它们放入模型中。

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    作为一种连续现象的EEG微状态

    综上所述,我们的发现表明,脑电微状态被认为在空间和时间上是连续的更好,而不是神经集群的离散激活。 1.背景 基于脑电地形图具有准稳定模式的发现,研究人员描述这些稳定的地形图为脑电微状态。...根据每个时间点具有最大绝对值相关性的微状态模板,将GFP峰值标记为微状态之一。我们将最强相关性模板称为该时间点的“父”微状态。最后,为相邻时间点分配与最近GFP峰值的微状态相对应的父微状态。...此外,如果微状态是离散的,那么时间序列轨迹应该在它被标记为某微状态的持续时间内保持在靠近父微状态的位置,然后突然跳跃到另一个微状态向量;相反,如果EEG在微状态空间中是连续的,那么轨迹将平滑地流经整个空间...在离散的模拟情况下,我们发现余弦分数的窄分布更接近于0(图5E1);而在连续模拟的情况下,我们发现一个更接近1的窄分布(图5E2)。这似乎表明了时间上的连续激活而不是离散激活。...4.讨论 4.1 脑电微状态的动态性和复杂性 我们试图通过测试微状态分析背后的两个关键假设来提供对动态性的新见解。我们发现微状态上比先前假设的在时间更连续,在空间上更不离散。

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    西电 & 上交大提出 S2Mamba, 超越传统 Transformer, 提升高光谱图像分类准确性 !

    此外,其他工作[48]将RNN与Transformer结合,协同提取连续的光谱特征和空间上下文特征,显著提升了分类性能。...在状态空间模型(SSMs)中,系统的连续演化通过一组常微分方程(ODEs)进行计算,这些方程将输入信号映射到潜在空间并解码为输出序列。...为了便于将连续状态空间模型与离散序列集成,Mamba [20] 采用零阶保持技术将常微分方程离散化如下: 其中 和 分别通过离散化步长 表示参数 和 的离散形式。...相比之下,作者的 SMamba 通过更高效的基本结构和精心设计,取得了在 OA、AA 和 方面的优越结果(例如,将 OA 从 81.76% 提高到 97.92%)。此外,图3展示了预测图的示例。...然后,通过结合双向光谱扫描机制,作者将性能提升到三个数据集上的96.72%、97.17%和92.74% OA。这表明 BSS 通过扫描连续的光谱带可以提供更具辨别性的线索。

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