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不同的工具包对Voxel-based morphometry (VBM)计算结果的影响

《本文同步发布于“脑之说”微信公众号,欢迎搜索关注~~》 前期大量的MRI研究已经表明,精神分裂患者很多脑区的局部灰质体积(regional grey matter volume)出现异常变化,但是这些研究的结果似乎并不一致...而这种结果的不一致性是否是由于采用不同的工具包进行分析而导致的呢?...近期,有研究者在《Brain Imaging and Behavior》杂志上发表研究论文,对精神分裂患者Voxel-based morphometry (VBM)结果的不一致性是否是由于所用工具包不同而导致的这个问题进行了研究...笔者在这里对这篇文章进行简单解读,希望大家对不同的工具包对VBM计算结果的影响有一定的认识。 数据分析方法 86名精神分裂患者和86名健康对照组进行MRI扫描,搜集T1影像。...对于两种工具包,采用默认的参数设置对T1影像进行处理。

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    按照A列进行分组并计算出B列每个分组的平均值,然后对B列内的每个元素减去分组平均值

    一、前言 前几天在Python星耀交流群有个叫【在下不才】的粉丝问了一个Pandas的问题,按照A列进行分组并计算出B列每个分组的平均值,然后对B列内的每个元素减去分组平均值,这里拿出来给大家分享下,一起学习...= pd.DataFrame({'lv': lv, 'num': num}) def demean(arr): return arr - arr.mean() # 按照"lv"列进行分组并计算出..."num"列每个分组的平均值,然后"num"列内的每个元素减去分组平均值 df["juncha"] = df.groupby("lv")["num"].transform(demean) print(df...df.groupby('lv')["num"].transform('mean') df["juncha"] = df["num"] - df["gp_mean"] print(df) # 直接输出结果...这篇文章主要分享了Pandas处理相关知识,基于粉丝提出的按照A列进行分组并计算出B列每个分组的平均值,然后对B列内的每个元素减去分组平均值的问题,给出了3个行之有效的方法,帮助粉丝顺利解决了问题。

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    QB期刊 | 深度学习在生物学中的应用1:对MinION测序结果中base calling的计算

    /40484,或直接在百度中搜索“Quantitative Biology”,进入期刊的网站首页),接下来的一段时间内小编将一一与大家分享。...该测序仪于2016年登上了国际太空站(ISS),完成了第一次太空测序,并证实了对Lambda phage的测序结果在ISS和地球上并无差别【4】。...此外,这两种算法所用到的机器学习中的模型建构(Model Architecture)更适用于短片段的计算。...通过该算法,文章作者对Lambdaphage的基因组用MinION进行了测序,结果得到了大约24,000个reads,电流信号平均为63,000bp。...同时,作者还将WaveNano与官方的Metrichor算法以及Albacore算法进行了结果比较(如Table1),结果表明WaveNano不仅能预测比较准确的DNA序列,同时该算法对indel的处理结果明显优于

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    Part4-2.对建筑年代的预测结果进行分析:绘制混淆矩阵、计算分类报告,绘制空间分布

    三、开始预测 3.1 对整个测试集进行预测 我们预测图像的最终目标是获取每个图像的预测标签,用来对比是否和真实标签相等,从而进行接下来的分析。...4.6 使用sklearn生成各种分类指标 分类报告(classification report)为我们提供了每个类别的主要分类指标的细分,这有助于我们理解模型在预测每个特定类别时的性能: # 借助混淆矩阵计算各种分类指标...我们可以参考上图进行制作,流程大概是:对所有的建筑进行预测——对真实年代和预测的年代的类别进行差值计算——将上一步的结果和建筑足迹的空间数据进行连接——提取出市中心的范围,设置符号系统然后出图。...为了证明空间相关性小,作者还计算了莫兰指数,城市郊区结果的 Moran's I 为 0.27。...两者都可以用于在特定的列上执行聚合操作。dissolve的主要特点是它可以执行空间聚合。这意味着具有相同属性的邻近几何图形可以被合并成一个几何图形。

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    ElasticSearch:实现高效数据搜索与分析的利器!项目中如何应用落地,让我带你实操指南。

    搜索时直接返回es搜索的结果,还是需要根据es的结果中的id,回mysql中重新查一遍?...如果不用回mysql中查,那么mysql还有什么用,直接存es中,查也使用es,mysql难道只是做备份的吗? 一般情况下,能直接通过 ES 返回搜索结果的,不会再去 MySQL 重新查一遍。...最最典型的是两个应用场景:全文检索 和 复杂查询 尤其是复杂查询,因为 MySQL 的底层是通过 B+ Tree 实现的索引,如果把每个搜索项都建上索引,会非常影响 MySQL 的写入操作的性能。...缺点:排名不准确(每个分片计算后的分值进行排序),同时各个 shard 返回的结果的数量之和可能是用户要求的 size 的 n 倍。...也就是在进行查询之前,先对所有分片发送请求,把所有分片中的词频率和文档频率等打分依据全部汇总到一块,再执行后面的操作。 优点:数据排名准确。

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    深入浅出查询优化器

    MySQL采用的是贪心算法加剪枝的方法确定连接顺序,即下一步的选择是基于前一步操作的局部最优值。下一步的选择是有控制地尽可能广泛地搜索,选择当前最优结果。...「第四部分 代价模型」 4.1 权重可调整 MySQL计算代价的总体思路是首先给每个算子赋予一个cost,然后给每部分计划都赋予一个cost,然后查找多个计划的cost最低的方案。...更进一步地,8.0版本对表达式也做了一定程度的优化,在经典的volcano模型中,每个算子实现open-next-close模型,next函数传递中间结果数据,但MySQL延后了表达式计算。...在每个"阻塞"(收集数据)的操作结束时,或者发送结果数据时才启动表达式计算。...比如一些非相关子查询,MySQL采用"持久化"的方式将子查询的结果缓存,避免每条外层记录都引发对子查询做重复计算。这种情况下,子查询的计算也会前移到优化器阶段。

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    MySQL查询优化器浅析

    一、查询处理概述在MySQL中,一个查询需要经过如下几个阶段才能最终被执行:客户端发送SQL语句到MySQL服务器查询解析器进行语法解析,检查查询的正确性优化器生成查询执行计划执行引擎根据计划执行查询返回结果给客户端其中...搜索法搜索法会先生成所有可能的执行计划,然后使用代价模型评估每个计划,选择最优解。...单位代价模型给每个查询操作定义一个默认的代价值,计算总代价时直接乘以操作次数后求和:总代价=Σ(单位代价*操作次数)例如,全表扫描的默认单位代价是10000,排序的默认单位代价是2。...统计信息模型利用表的统计信息,按行数计算每个操作的实际代价:总代价=Σ(表/索引行数*单位代价) 这需要收集各表的准确行数统计,但可以得出更接近实际的计划代价。3....MySQL8.0引入的成本模型就是这种组合计算方法。

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    一条慢sql引发的思考

    数据错误:由于笛卡尔积导致了结果集中包含了不正确的数据组合,可能会影响业务逻辑和数据准确性。例如,在进行统计或计算时,错误的数据组合会导致错误的计算结果。...已有基础:如果你的系统已经在 MySQL 上运行,并且对其进行了优化,继续使用单表查询可能更为顺畅。 较低学习成本:不需要引入新的技术或系统,减少了学习和迁移成本。...已有基础:如果你的系统已经建立在 MySQL 基础上,并且已经对其进行了优化和维护,那么继续使用 MySQL 可能更为顺畅。...EXPLAIN返回语句中使用的每个表的一行信息 SELECT。它按照 MySQL 在处理语句时读取表的顺序列出了输出中的表。...,显示查询中每个子查询的唯一标识符。

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    数据库索引,真的越建越好吗?

    比如要搜索主键(PK)=15的记录: 先二分计算得槽中间位(0+6)/2=3,指向记录12<15,所以从槽3后继续搜索 再二分:(3+6)/2=4.5取整4,槽4对应记录16>15,所以记录在槽3 再从槽...MySQL如何确定走哪个方案? MySQL在查询数据之前,会先对可能的方案做执行计划,然后依据成本决定走哪个执行计划。 包括IO成本和CPU成本: I/O成本 从磁盘把数据加载到内存的成本。...所以要计算全表扫描的代价需要两个信息: 聚簇索引占用的页面数,用来计算读取数据的IO成本 表中的记录数,用来计算搜索的CPU成本 MySQL是实时统计的这些信息吗?...对于InnoDB,这就是聚簇索引占用空间,等于聚簇索引的页面数量 * 每个页面的大小。InnoDB每个页16K,大概计算出页面数量是353,所以I/O成本是353。...对EXPLAIN结果困惑的,还可以利用optimizer_trace查看详细的执行计划,各个索引的成本是多少,看看到底怎么挑选出来的最终方案。

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    数据库索引,真的越建越好吗?

    比如要搜索主键(PK)=15的记录: 先二分计算得槽中间位(0+6)/2=3,指向记录12<15,所以从槽3后继续搜索 再二分:(3+6)/2=4.5取整4,槽4对应记录16>15,所以记录在槽3 再从槽...MySQL如何确定走哪个方案? MySQL在查询数据之前,会先对可能的方案做执行计划,然后依据成本决定走哪个执行计划。 包括IO成本和CPU成本: I/O成本 从磁盘把数据加载到内存的成本。...所以要计算全表扫描的代价需要两个信息: 聚簇索引占用的页面数,用来计算读取数据的IO成本 表中的记录数,用来计算搜索的CPU成本 MySQL是实时统计的这些信息吗?...对于InnoDB,这就是聚簇索引占用空间,等于聚簇索引的页面数量 * 每个页面的大小。InnoDB每个页16K,大概计算出页面数量是353,所以I/O成本是353。...对EXPLAIN结果困惑的,还可以利用optimizer_trace查看详细的执行计划,各个索引的成本是多少,看看到底怎么挑选出来的最终方案。

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    MySQL(十)操纵表及全文本搜索

    ,MySQL自动对该列增量,给该列赋予下一个可用的值; 每个表只允许一个auto_increment列,而且它必须被索引(比如,通过使它成为主键) last_insert_id:此函数指示MySQL返回最后一个...,mysql不需要分别查看每个行,不需要分析和处理每个词,只需索引被搜索的列(需要随着数据的改变不断重新索引) 一般在创建表时启用全文本搜索(必须索引被搜索的列),create table语句接受fulltext...2、执行索引 启用索引后,使用match()和against()执行全文本搜索;其中match()指定被搜索的列,against()指定要使用的搜索表达式。...like子句具有和全文本搜索相同的功能,但区别在于:全文本搜索的特点是对结果进行排序,具有较高等级的行先返回(如果排序多个搜索项,则包含多数匹配词的行将具有更高的优先级)。...3、查询扩展 作用:用来设法放宽所返回的全文本搜索结果的范围(MySQL对数据和索引进行两遍扫描来完成搜索)。

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    Mysql中explain用法和结果字段的含义介绍

    显示为NULL key_len 表示索引中使用的字节数,可通过该列计算查询中使用的索引的长度(key_len显示的值为索引字段的最大可能长度,并非实际使用长度,即key_len是根据表定义计算而得,不是通过表内检索出的...) ref 表示上述表的连接匹配条件,即哪些列或常量被用于查找索引列上的值 rows 显示MySQL认为它执行查询时必须检查的行数。...Extra 该列包含MySQL解决查询的详细信息 Distinct:MySQL发现第1个匹配行后,停止为当前的行组合搜索更多的行。...Not exists:MySQL能够对查询进行LEFT JOIN优化,发现1个匹配LEFT JOIN标准的行后,不再为前面的的行组合在该表内检查更多的行。...EXPLAIN不考虑各种Cache EXPLAIN不能显示MySQL在执行查询时所作的优化工作 部分统计信息是估算的,并非精确值 EXPALIN只能解释SELECT操作,其他操作要重写为SELECT后查看执行计划

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    MySQL查询执行的基础——查询优化处理

    可以通过查询当前会话的“Last_query_cost”的值来的值MySQL计算的当前查询的成本。 这个结果表示MySQL的优化器认为大概需要做1040个数据页的随机查找才能够完成上面的查询。...MySQL对查询的静态优化只需要做一次,但是对查询的动态优化则在每次执行时都需要重新评估。有时候甚至在查询的执行过程中也会重新优化。...当前MySQL关联执行的策略如下:MySQL对任何关联都执行嵌套循环关联操作,即MySQL现在一个表中循环取出单条数据,然后再嵌套循环到下一个表中寻找匹配的行,依次下去,直到找到所有表中匹配的行为止。...排序优化 无论如何排序都是一个成本很高的操作,所以从性能上看,应该尽可能避免排序或者尽可能避免对大量数据进行排序。 当不能使用索引生成排序结果的时候,MySQL需要自己进行排序。...如果内存不够排序,那么MySQL会将数据分块,对每个独立的块使用“快速排序”进行排序,将各个块的排序结果存放在磁盘上然后将各个排好序的快进行合并,最终返回排序结果。

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    数据库相关知识总结

    GROUP BY子句指示MySQL分组数据,然后对每个组而不是整个结果集进行聚集,GROUP BY子句必须出现在WHERE子句之后,ORDER BY子句之前 使用HAVING过滤分组 select...note_text 全文本搜索的一个重要部分就是对结果排序,具有较高等级的行先返回。...MySQL支持IN(传递给存储过程)、OUT(从存储过程传出,如这里所用)和INOUT(对存储过程传入和传出)类型的参数并通过指定INTO关键字来将处理结果保存在对应的变量中 为调用上述存储过程,使用下面方法...这个触发器还指定FOR EACH ROW,因此代码对每个插入行执行。在这个例子中,文本Product added将对每个插入的行显示一次。...注:MYSQL5以后,不允许触发器返回任何结果,因此使用into @变量名,将结果赋值到变量中,用select调用即可 触发器按每个表每个事件每次地定义,每个表每个事件每次只允许一个触发器。

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    Milvus 查询任务调度原理

    对于一个 Table 的数据,我们会在插入时按照大小进行分割,得到多个数据块。在进行向量搜索的时候,我们会在每一个数据块中进行目标向量的搜索,最后把每个数据块中获得的结果归并到一起得到最终结果。...所以一次向量搜索的计算过程由 N 次独立的向量搜索( N 为数据块个数)和 N-1 次结果归并组成。...负责执行已加载任务的搜索。...某个 Resource 上单个 SearchTask 的预计消耗时间等于这个 Resource 上每个 SearchTask 的平均执行时间。...数据加载与计算重叠 缓存并不能满足我们所以对于搜索性能的追求,内存不够大、数据规模大等因素都可能导致数据需要重新加载。我们需要尽可能减少加载数据时间对搜索性能的影响。

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    MySQL查询为什么选择使用这个索引?——基于MySQL 8.0.22索引成本计算

    这个从磁盘到内存的加载过程损耗的时间称为I/O成本。 CPU成本   读取以及检测记录是否满足对应的搜索条件、对结果集进行排序等这些操作损耗的时间称之为CPU成本。   ...2.计算全表扫描的代价   对于InnoDB存储引擎来说,全表扫描的意思就是把聚集索引中的记录都依次与给定的搜索条件进行比较,把符合搜索条件的记录加入到结果集中。...(1) 使用uk_key2执行查询的成本分析 uk_key2对应的搜索条件是:key2 > 10 AND key2 的范围区间就是:(10, 1000),使用uk_key2执行查询的步骤如下...如果使用的是索引执行的单表扫描,那么计算驱动表扇出的时候需要猜测除了满足形成索引扫描区间的搜索条件外,还满足其他搜索条件的记录有多少条。...只要在where子句的搜索条件中指定被驱动表的列不为NULL,最后的结果集就和内连接结果集一样。

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