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使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤

Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤,其去除adapter的功能只是针对illumina的序列,从reads的3’端识别adapter序列并去除,相比cutadapt,少了几分灵活性...但是在过滤低质量序列时,采用了滑动窗口的算法,给定窗口长度和步长,如果该窗口内所有碱基的平均质量值低于阈值,则将该窗口及其以后的碱基全部去除。...序列,在查找时,首先执行一个seed match, 就是只在序列中查找adapter的前几个碱基,如果前几个碱基都找不到,就没必要在查找后面的碱基了,通过seed match可以加快运行速度,2表示在进行...seed match时,允许的最大错配数;当满足了seed match后,trimmomatic会将adapter 序列的全长与输入序列进行比对,从而识别adapter序列。

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    使用fastp对NGS数据进行质量过滤

    根据序列长度进行过滤 默认情况下,该软件会根据长度对序列进行过滤,--length_required指定最小长度,小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度,大于该长度的...去除低质量的碱基 fastp支持类似trimmomatic滑动窗口的方式,对序列中的低质量碱基进行过滤,但是它的算法运行速度更快。...过滤掉低复杂度的序列 fastp支持根据复杂度对序列进行过滤,序列复杂度定义如下 seq = 'AAAATTTTTTTTGGGCCC' complexity = 3/(18-1) = 17.65% 依次比较前后相连的两个碱基...根据index 对序列进行过滤 fastp支持根据index对序列进行过滤, --filter_by_index1参数指定一个index文件,该文件中每行是一个index,如果序列的index在该文件中...对双端数据进行校正 通常情况下,reads的3’端质量较差,双端测序的数据,可以根据overlap部分的序列,对低质量的测序结果进行校正。

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    如何使用EvtMute对Windows事件日志进行筛选过滤

    写在前面的话 在这篇文章中,我们将告诉大家如何使用EvtMute来对Windows事件日志进行筛选过滤。...EvtMute这款工具允许我们使用YARA来进行攻击性操作,并对已经报告给Windows事件日志的事件进行过滤和筛选。...工具使用 EvtMuteHook.dll中包含的是该工具的核心功能,成功注入之后,它将会应用一个临时过滤器,允许报告所有事件,这个过滤器可以动态更新,而不必重新注入。...复杂型过滤器 EvtMute的过滤器是可以动态变更的,而且无需重新注入钩子,这样可以方便广大研究人员随时轻松更新原有的过滤器以及过滤规则。...: 操作安全注意事项 注入钩子时,SharpEvtMute.exe将会调用CreateRemoteThread,而且这个调用是在钩子设置之前进行的,因此它会被Sysmon捕捉并报告,这是因为SharpEvtMute.exe

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    ASP.NET Core 使用UrlFirewall对请求进行过滤

    前言 UrlFirewall 是一个开源、轻便的对http请求进行过滤的中间件,可使用在webapi或者网关(比如Ocelot),由我本人编写,并且开源在github:https://github.com...二.UrlFirewall 介绍 UrlFirewall 是一款http请求过滤中间件,可以和网关(Ocelot)搭配,实现屏蔽外网访问内部接口,只让内部接口之间相互通讯,而不暴露到外部。...具有良好的扩展性,可自己实现验证逻辑,从数据库或者Redis缓存等介质实现对规则的检索。...四.扩展 如果你想要实现自己的验证逻辑,或者从数据库、Redis缓存等介质查询、获取数据来进行验证;你可以实现IUrlFirewallValidator接口,然后调用AddUrlFirewallValidator

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    使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤

    cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。...官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1....trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ? 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。 2....AGATCGGAAGAGC Small RNA: TGGAATTCTCGG Nextera: CTGTCTCTTATA 默认读取前一百万条序列,通过这一百万条序列判断adapter属于上述三种的哪一种,然后进行去除...其它过滤 对于所有的输入序列,以上3个步骤是肯定会执行的。除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。

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    GreenPlum和openGauss进行简单聚合时对扫描列的区别

    GreenPlum在PG优化器下针对列存表执行单列聚集时(无过滤条件),不管聚集中包含多少列,都需要将所有列扫描上来。比如select avg(id1) from t1。...columScanInfo信息有投影列数和投影列数组,由此决定需要读取哪些列值: 2、接着就需要了解columScanInfo信息来自哪里 aoco_beginscan_extractcolumn函数对列进行提取...如果select id1 from t1,无聚合,那么入口的flag标签是CP_EXACT_TLIST,进入create_scan_plan后,use_physical_tlist函数依据该标签立即返回...5、openGauss的聚合下列扫描仅扫描1列,它是如何做到的?...通过create_cstorescan_plan构建targetlist,可以看到它将传进来的tlist释放掉了,通过函数build_relation_tlist重新构建,此函数构建时,仅将聚合列构建进去

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    Python对商品属性进行二次分类并输出多层嵌套字典

    但是这个表有个缺陷,就是0值太多,而且没有排序,看起来很乱,所以我们用python中的字典进行排序。 废话不多说,上代码: ? ?...这个的难点在于python的多层嵌套字典的输出和删除python字典中的值,譬如在这里就是删除字典中value = 0的值,我最开始的时候是把value值提取出来放到一个列表里去删除,但是删除之后至少还会保留一个...0值,后来想到可以把字典的key和value反转,用dict.pop删除key = 0的键值对就可以了。...第二个难点就是多层嵌套字典的排序。我们知道字典是无序的,所以只能把字典按照value排序,然后把排序后的结果存到一个list里,在和原来对应的key值列表组合成字典,这样就方便多了。

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    用gnomDB数据库对个人vcf变异文件进行过滤

    首先,来一个最简单的,过滤掉人群突变位点,做这个分析是基于一个显而易见的假设,如果人群中有不少人都是在某个位点跟参考基因组不一样,那么这个位点,至少不是致命的,一般来说也不会是有害的。...根据人群频率来进行过滤 /public/biosoft/ANNOVAR/annovar/convert2annovar.pl -format vcf4old snp.vcf >snp_input/public...-out indel_filter indel_input \/public/biosoft/ANNOVAR/annovar/humandb/ -score_threshold 0.05 这种需要进行格式转换的软件我其实不太喜欢用...heterozygotes, 312226 are homozygotesNOTICE: Among 0 SNPs, 0 are transitions, 0 are transversions (ratio=NA) 对3784343...个的SNP位点来说,3353921个因为人群频率大于了0.05会被过滤掉,还剩下430304值得我好好研究一下。

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    VUE2.0 学习(九)前段进行 列表过滤进行模糊查询,对查询出来的数据进行升序降序

    目录 使用场景 使用watch进行监听的具体代码 使用计算属性进行模糊查询 升序降序 使用场景 列表展示的数据比较多,我们想要进行模糊搜索,在这么多的数据里面找到我们需要的。...也就是后端一下子把所有的数据都返回,我们前端进行模糊搜索的时候,不会调用后端的接口,直接进行模糊搜索,如何实现 使用watch进行监听的具体代码 页面遍历过滤后的list数据 使用watch进行监听...}) } } } 使用计算属性进行模糊查询...升序降序 对查询出来的数据进行升序降序,之前我们已经实现了模糊查询,现在就是要对查询出来的数据进行升序降序 直接用计算属性 <!

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    High cardinality下对持续写入的Elasticsearch索引进行聚合查询的性能优化

    High cardinality下对持续写入的Elasticsearch索引进行聚合查询的性能优化 背景 最近使用腾讯云Elasticsearch Service的用户提出,对线上的ES集群进行查询,响应越来越慢...所以趁机找了些资料了解了下聚合查询的实现,最终了解到: 聚合查询会对要进行聚合的字段构建Global Cardinals, 字段的唯一值越多(high cardinality),构建Global Cardinals...但是实际上还是创建了,后续版本已经修复了这个问题, 参考https://github.com/elastic/elasticsearch/issues/37705 优化方案 经过最终讨论,决定从业务角度对查询性能进行优化...创建完成后,需要在"函数配置"TAB页对函数的网络进行配置,选择和Elasticsearch集群同vpc下的网络: [769d8382a70af6d6b476e90bf7bb21ee.png] 接下来,...Elasticsearch索引进行聚合查询的时延,在利用缓存的情况下,聚合查询响应在ms级 相比按天建索引,采用按小时建索引的优化方案,增加了部分冗余的数据,分片的数量也有增加;因为每小时的数据量相比每天要小的多

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    如何对第三方相同请求进行筛选过滤

    请求,这两个请求几乎是并发进来的,实际上应该是先发起的delete 再 insert, 实际情况可能和网络延迟也有关系,此时在我们系统中就无法保证这两个请求的顺序执行,即先 delete 处理完之后 再进行...对应的接口肯定也都是同一个,即相同的添加接口会在一瞬间被调用两次,删除即使执行两次的话也没什么问题,问题是添加 即使在添加前判断了用户账号是否存在 并发过来的情况下还是避免不了一些脏数据的产生,加锁的话对整体影响又特别大...采取的是根据最近一个的userId请求的时间 等待1500ms,即相同的userId的请求进来后 在当前时间再重新计算等待1500ms,时间到了之后没有发现新的用户行为即算是一个批次结束ps:可以创建一个单独的服务来负责对请求进行合理的处理分发...unboltRoom(String userId, String operation, JSONObject jsonObject) { //加锁处理,由于真正的执行是在子线程中 所以加锁对整体性能影响也不是很大...如果涉及到批量导入,同时有大量用户同步数据过来,就需要在测试环境进行反复测试 看是否会丢数据(因为每个用户都是一个独立的子线程),对线程的数量进行优化。

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    LULU:对OTU进行过滤的算法,得到更准确的群落多样性

    LULU通过序列相似性(sequence similarity)和共发生模式(co-occurrence patterns)对OTU进行判断。...这个列表包含三列,第一列是需要进行比较的OTU,第二列是与之比较的OTU,第三列为相似性阈值。 3. LULU进行筛选。...对每个OTU依次进行检验,最后将所有的子代OTU与对应的父代OTU合并。 几个可以调整的参数: OTU之间相似度的最小阈值:默认84%。低于阈值会被认为是错误的OTU。...与LULU相比,dbout3使用未聚类的数据,使用另一种序列相似性矩阵(Levenshtein edit distance)进行序列比对。...此外,将LULU与移除singletons的效果进行了比较。移除singletons增加了0.03的OTU与真实物种数相关性,而LULU增加了0.27。 LULU与dbout3进行了比较。

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