有点类似于肿瘤外显子的数据分析流程:
As additional controls, each of the variants was compared with the FVB/NJ genome in...,说明作者此次测序数据质量还不错!...小鼠WGS数据分析准备工作
一般来说,可以选择最新版小鼠参考基因组(mm10)了,如果你实在有其它需求,也可以自行选择其它版本。...dbsnp $snp \
-O ${sample}_raw.vcf \
1>${sample}_log.HC
done
其实这样的shell脚本是很烂的, 因为这个小鼠全基因组数据太大...13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, MT, X, Y]
也就是说我们给的vcf文件里面的染色体是没有chr这个前缀,可是我们给的参考基因组里面却有这个前缀