首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    Python中Json文件的读入和写入以及simplejson

    在python中使用Json Import json .json文件的读入 with open(filePath,'r')as f: data = json.load(f) data是字典类型...可以通过for k,v in data.items()来遍历字典 .json文件的写入 首先存放为.json类型的文件一般是k-v类型的,一般是先打包成字典写入 jsFile = json.dumps...函数1dumps(dict):将python字典json化,接收参数为字典类型 函数2sort_keys:设置是否排序字典 函数3dump():对文件对象的处理 函数4 loads(str)解析json...的字符串 函数5 load() from StringIO import StringIO io = StringIO() #创建文件流对象 json.dump(['cynthia istesting...'], io) #把 json编码数据导向到此文件对象 io.getvalue() #取得文件流对象的内容 from StringIO import StringIO io = StringIO(

    2.6K40

    把bam文件读入R,并且转为grange对象

    假如你的Windows电脑有个bam文件,不想传输到linux服务器去使用samtools等命令行工具来探索它,就可以使用R语言!...有成熟的R包可以把bam文件读入R,比如Rsamtools,很简单的代码: library(Rsamtools) bamFile="alignResults.BAM" quickBamFlagSummary...genbioconductor/html/Rsamtools.html bam <- scanBam(bamFile) bam 值得注意的是,这里我虽然不再演示了,但是作为初学者的你,应该是知道 但是把读入的数据变成...grange对象就需要一点点技巧,下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧, 那么这个R包就可以多复杂,如果你学习足够努力,那就发一个你比较Rsamtools和samtools...关于 grange对象 三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了,在R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的,有点类似于各式各样的生物信息学文件格式,是一个标准。

    2.6K20

    甲基化芯片数据下载如何读入到R里面

    需要区别的是甲基化芯片样本的idat原始文件,以及甲基化信号值矩阵。前面我们介绍了如何在GEO里面下载甲基化数据,拿到的数据文件必须要导入到R里面才能分析,现在我们就讲一下不同数据如何导入R里面。...其实就是使用了这个数据集存放在GEO里面的 _series_matrix.txt.gz 文件而已,这个文件直接读入到R即可,没什么好说的了。...(必须注意的的是, 下面代码里面GSE68777/idat文件夹里面有idat文件哦!!!)...总之,你需要耗费至少半个小时去理解如何制作自己的csv文件,以及理解你想要挖掘的数据,然后才有可能使用champ读取那些idat挖掘咯。...大家可能更关心的是这个甲基化信号矩阵如何被minfi或者champ读取成为对象。

    2.3K10

    R语言︱文件读入、读出一些方法罗列(批量xlsx文件、数据库、文本txt、文件夹)

    其中非结构化数据,在读入的时候会出现很多分隔符的问题, 可以见博客:【R】数据导入读取read.table函数详解,如何读取不规则的数据(fill=T) ————————————————————————...为什么lsit.files不能直接把完整数据读入文件?...——需要read.xlsx这一步骤 ##批量读入文件夹中的xlsx文件 #如何批量读取一个文件夹中的各种txt文件 micepath <- "C:/Users/long/Desktop" micefiles...+信息,full.names=F代表读入文件名字。...于是在找各种办法解决如何生成一整个TXT文件。于是就有以下比较简单的办法,可以直接实现。

    5.8K31

    Halcon学习(二) Halcon基本操作:批量读入本地文件夹内的图片

    批量读取: 在利用Halcon做图像处理时,批量读入图片是个很方便常用的功能,Halcon对其做了很好的支持。...第三个参数为路径的输出,我们可以在变量窗口中看到: 下面我们说下第二个参数种不同的选项如何控制遍历内容: files为选择路径下的文件 directories为选择路径下的文件夹 所以如果我们向规则中同时写了...files与directories,那么程序会将路径下的所有文件和文件夹都获取到。...可以获取路径下文件夹内的内容,而文件夹下的文件夹内的内容就获取不到了。...因为最大深度为2,自一层就是路径,第二层就是路径下的文件夹,而路径下文件夹的文件夹是第三次。 max_files 用于控制获取的文件的个数,如果不添加该规则就是获取全部。

    1.7K20

    10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析

    我在单细胞天地教程:表达矩阵逆转为10X的标准输出3个文件,详细介绍过 10X文件的3个标准文件: 比如SRR7722939数据集里面,文件barcodes.tsv 和 genes.tsv,就是表达矩阵的行名和列名...每个10X样本都是走流程拿到10x单细胞转录组数据的3个文件的表达矩阵,比如数据集 GSE128033 和 GSE135893,你去GEO就可以看到并且下载下面的文件: 2.2M Mar 8 2019...,而且在同一个文件夹下面,每一个样本都是3个文件,每一个样本都是同样的代码处理。...,比如:../10x-results/WT/ ,保证文件夹下面有3个文件。...每个样本读入R后都有一个seurat对象,就需要合并,那个我以前也在单细胞天地讲解过: 我的课题只有一个10x样本肿么办?

    2.5K51

    末行模式中的基本操作 保存文件及退出vi编辑器 功能 命令 保存文件 :w :w rootnewfile 退出vi :q :q! 保存文件退出vi :wq 打开新文件或读入其他文件内容 命令

    保存文件退出vi :wq 打开新文件或读入其他文件内容 命令 功能 :e ~/install.log 打开新的文件进行编辑 :r /etc/filesystems 在当前文件中读入其他文件内容 shell...如何锁定、解锁用户帐号? 在添加用户帐号时,如何设置其失效时间? 如何设置一个组的多个用户成员?...保存文件退出vi :wq 打开新文件或读入其他文件内容 命令 功能 :e ~/install.log 打开新的文件进行编辑 :r /etc/filesystems 在当前文件中读入其他文件内容 文件内容替换...保存文件退出vi :wq 打开新文件或读入其他文件内容 命令 功能 :e ~/install.log 打开新的文件进行编辑 :r /etc/filesystems 在当前文件中读入其他文件内容 文件内容替换...保存文件退出vi :wq 打开新文件或读入其他文件内容 命令 功能 :e ~/install.log 打开新的文件进行编辑 :r /etc/filesystems 在当前文件中读入其他文件内容 文件内容替换

    1.3K40

    HDFS如何读取文件以及写入文件

    HDFS的文件读取原理,主要包括以下几个步骤: 首先调用FileSystem对象的open方法,其实获取的是一个DistributedFileSystem的实例。...HDFS的文件写入原理,主要包括以下几个步骤: 客户端通过调用 DistributedFileSystem 的create方法,创建一个新的文件。...DistributedFileSystem 通过 RPC(远程过程调用)调用 NameNode,去创建一个没有blocks关联的新文件。...创建前,NameNode 会做各种校验,比如文件是否存在,客户端有无权限去创建等。如果校验通过,NameNode 就会记录下新文件,否则就会抛出IO异常。...DataStreamer 把剩余的包都刷到 pipeline 里,然后等待 ack 信息,收到最后一个 ack 后,通知 DataNode 把文件标示为已完成。

    1.9K30

    如何打开 plist 文件

    plist 文件是一种用于存储应用程序配置信息的文件格式,其中包含应用程序的各种设置和数据。在过去,plist 文件通常是以.plist 格式存储的。...如果您需要将.plist 文件打开,可以使用在线工具或命令行工具。本文将为您介绍如何使用在线工具打开.plist 文件。 ​ Plist通常用于储存用户设置,也用来储存捆绑的信息。...安卓手机无法打开.plist文件进行编辑,想要打开.plist文件进行编辑时,需要在PC端进行操作; 打开准备好的【PlistEditor】安装文件; 依次完成安装后打开【plistEditorPro】...需要注意的是,appuploader 工具并不会自动备份原文件,因此在上传文件前一定要记得备份文件。...此外,appuploader 工具只能上传 plist 文件,不能上传其他类型的文件,如 json、xml 等。工具地址:http://www.appuploader.net/,

    2.7K40
    领券