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常用分子生物学实验技术–整理「建议收藏」

,通过对杂交信号的检测分析,获得待测核酸的各种序列及表达信息。   ...反应体系:模板DNA、耐热DNA聚合酶、两种引物、四种dNTP、含有Mg2+的缓冲液。   2. 反应过程:一般由25~35轮循环构成,每轮循环包括三个反应步骤。     (1)变性。...将反应体系加热到94~95摄氏度,持续30秒左右,使待扩增DNA完全解链成双链,作为聚合反应的模板。若DNA片段长或GC含量高,需设置更长时间及更高的温度,以保证模板完全解链。     (2)退火。...,RNA-CRS),与目标mRNA一起进行扩增,就能对目的基因的表达水平做出半定量或定量分析,这就是RT-PCR。     ...(3)实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,FQ-PCR):在PCR反应体系中加入荧光标记分子,利用荧光信号的累积实时监测整个PCR过程,最后通过标准曲线对原始模板进行定量的方法

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JMC | 人工智能在药物合成中的当前和未来作用(1)

逆向合成计划软件的两大类是使用专家编码的规则或启发式方法生成推荐的软件,以及学习(或推断)如何生成推荐的软件。许多逆合成方法依赖于反应模板的使用-反应规则可以以SMARTS或SMIRKS格式存储。...从反应数据集中通过算法提取模板的一般步骤是:1)识别反应中心或变化的原子,2)识别与反应中心相邻的原子,以及3)添加反应中涉及的通用官能团。...用于提取反应模板的自动化管道允许对适当的数据集进行轻松的(重新)训练,但也与专家方法不一致。...除用于CASP外,还有其他用于反应预测的应用程序。根据专家定义的反应模板列举了许多按需制造的虚拟库,这些模板专注于旨在确保其功能强大的有限化学组合。...使用启发式提取的模板或不使用模板的方法,可以将新的反应空间(例如,新出版物中描述的新颖的合成方法)实时地包含在自动化管道中。如果确定了目标并制定了逆合成计划,则可以搜索可用替代原料的所有组合。

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    .NET 基金会项目介绍-.NET Core

    .NET Core .NET Core 拥有着卓越的性能表现、模块化的设计和支持多版本共存,因而其能够在不影响其他应用程序的前提下,方便地采用新版本。...ASP.NET Core 是拥有着卓越的性能表现、模块化的设计和支持多版本共存,因而其能够在不影响其他应用程序的前提下,方便地采用新版本。....NET Core 有两个主要的组件构成: 它包含有一个采用与 .NET Framework CLR 相同源码基础的小规模的运行时。...和 .NET Framework CLR 一样,.NET Core 运行时包含有 GC 和 JIT (RyuJIT),但不包含其他的一些特性,例如:应用程序域和代码访问安全性。....不论结局会是如何,这种历史性的时刻,总是让人感觉现在的生态真的是越来越好了。落后封闭就会挨打,开放共赢才是王道。 .Net Core 的到来,意味的不仅仅只是跨平台这么一个小小的特性要求。

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    CRISPR相关公司的股价大跌背后的故事

    目前最大的几家基因编辑公司的创始人包括对CRISPR发展做出巨大贡献的Jennifer Doudna和Emmanuelle Charpentier以及张锋和George Church这几位大神人物。...其他相关基因编辑公司参考:贾晓峰老师的2017年度的国际基因编辑科技发展报告 几位大佬间的利益纠葛故事可以参考:医药魔方Jerry的文章:未来即现在:CRISPR技术如何改变世界 CRISPR的安全性问题...此文一出,基因编辑公司股价应声大跌 2018年6月11日——CRISPR激活p53调节的DNA损伤反应 对CRISPR相关公司股价的另一重大打击是在2018年6月11日,Nature Medicine...细胞体内的修复机制包括易引入插入和缺失(indel)的异源末端连接NHEJ,以及在同源模板存在时激活的精准的同源末端重组(HDR)修复。...而且我还特意去下载了作者公布的原始数据,也公布过我的处理流程:小鼠全基因组数据分析 ,可惜服务器不给力,直到现在,数据仍然是在处理ing

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    Science | 化学合成自动智能化--ChemPU中化学合成文献数据库的数字化和验证

    这些χDL词条不仅可以在其他自动合成平台上实现,而且可以根据需要生成材料,还可以收集统计数据,并在需要时提出新版本。...为了实现这一目标,研究人员表明该平台可以以动态的方式做出反应,对产品的检测做出反应,收集适当的馏分。 图1说明了从文献程序到研究人员的Chemify数据库中的验证条目的工作流程。...在对来自ChemPU执行χDL代码的目标化合物进行适当的分析[NMR、LC-MS或GS-MS后,对产品的质量和纯度做出评估。如有必要,对χDL进行改进,以提高产率和纯度,然后再次执行。...第一个具有挑战性的自动化操作是将样品加载到柱子上。基于实验室的化学家通常会在干式装载和液体注入样品之间做出选择。...正相色谱全自动化的第二个挑战是如何可靠地选择产品峰。通常情况下,化学家需要在色谱分离后通过薄层色谱、质谱或核磁共振分析各个馏分。对于ChemPU集成的模块,我们考虑了几个备选方案。

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    五大顶级学者的AlphaFold 2论道:破译结构、开源代码后的产研「大变局」

    过去,我们预测目标蛋白结构,首先就是在序列数据库里找这个蛋白的同源序列,建立多序列对比; 而AlphaFold2也是在实验结构数据库里,找目标蛋白的模板,最后把模板和多系列对比,输入到神经网络当中。...AlphaFold2的神经网络主要由两大模块组成: 第一个模块,处理同源序列信息,主要使用注意力机制对蛋白序列进行建模,从多系列对比和模板里,学习蛋白质残基之间的相互作用关系。...而总体上来看,其它预测模型有2/3达到低精度实验要求,对比较困难的蛋白质结构,也有1/3达到实验精度,这里的困难蛋白质主要是指,结构数据库(PDB)里没有同源模板的蛋白。...而AlphaFold2能够对困难蛋白高精度预测的原因在于,这些蛋白结构数据库虽然没有同源模板,但序列数据库却有很多同源序列,根据同源序列进化分析就可以得到结构信息。...许锦波:我再补充一下单结构域问题,目前所有解决方法都依赖于同源序列或同源模板、如果没有同源模板,或同源序列也非常少,模型最后的结果都不会很好。

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    机器识别太“像人”,错误也照“学”

    最后,研究者如何改善机器视觉识别做了深入讨论。...然而,准确率和反应时间与目标变换类型有重要关系,其中深度变换是最难的。这些发现并没有与3D目标表示理论保持一致,但却表明物体识别主要是依赖于2D模板匹配。...相似的情况出现在反应时间上,只发生其他3种变换的反应时间会少于发生深度旋转变换的情况。尽管,我们希望平面旋转变换比比例变换更加难,但结果恰恰相反。...结果表明,反应时间和准确率与这些特征关系非常小,这些特征对所有层次,变换类型和目标来说都是微不足道的。这表明,尽管不同类型的变换影响着对比度和亮度,但这些低层次的特征却对反应时间和准确率影响甚微。...我们也在三维度数据库上研究了超快速目标分类与自然背景的关系,考察我们的结果是否与展示的条件有关。此外,为了考察每个维度的重要性,我们进行了单维度试验,即只让目标发生一个维度上的变换。

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    演示视频|快速了解Zabbix 5.2 新特性和使用界面

    本演示视频是为了帮助大家更好地了解Zabbix监控解决方案,让你对Zabbix核心特性和功能有整体认识。我们将向您介绍Zabbix使用界面以及监控的基本概念。希望你会有所收获。...Zabbix可以对问题、新发现或host自动注册做出反应,还可以创建内部action,这样当监控项因某些原因停止运作时就会通知你。...例如,在问题出现30分钟或1小时后再做出反应,而不是立即做出反应,因为可能会有自动解决问题趋势。可以对每一个操作自定义消息,或者使用定义好的特定集成消息。...可以为其手动创建监控项,只需提供传感器名称即可;或者使用IPMI传感器的发现规则,让这个步骤实现自动化。这些在Zabbix里的开箱即用模板都能找到。...LLD自动发现 试想一下,当有多个类似host,它们使用相同的模板,但是每个host并不一定完全相同。比方说,这些server有不同的文件系统。我们该如何解决这种问题呢?

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    Nat Rev Drug Discov|深度学习与QSAR的融合

    该文章介绍了人工智能如何赋能定量构效关系(QSAR)研究,并通过详细案例介绍了深度QSAR(deep QSAR)的应用场景,最后对deep QSAR技术的未来进行了展望。...,并广泛应用于化学和材料科学等领域的其他研究。...在逆向合成模型中,基于模板的策略(即反应转化规则),允许化学家提供模板或从反应数据库中自动提取模板,从而产生了LHASA、SYNTHIA、AiZynthFinder等逆合成分析软件。...在无模板的逆合成策略中,深度学习方法直接从反应物和产物的化学结构出发,推断它们之间的关系,以预测逆合成路线和反应产物。例如,Jin等人利用含有注意力机制的图卷积神经网络来预测反应中心。...然而,随之而来的挑战包括如何在每个迭代循环(设计、合成、测试和分析)中高效处理大量数据,并实现多目标优化。目前,已有研究致力于利用自动化平台探索新的有机化学反应和加速药物设计过程。

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    近一年web前端经典面试题整理

    目前Java语言在IT互联网行业的应用还是非常广泛的,由于大数据和云计算两大技术体系在构建技术生态的过程中基本上都大量采用了Java语言,所以2021年大数据和云计算在产业领域的人才需求潜力仍然是比较大的...5、localStorage的修改会触发其他文档的update事件。   6、cooie有secure属性要求HTTPS传输。  ...document.open, 浏览器会自动调用open。...结构层:html ;作用:由 HTML 或 XHTML之类的标记语言负责创建。标签,也就是那些出现在尖括号里的单词,对网页内容的语义含义做出了描述,但这些标签不包含任何关于如何显示有关内容的信息。...表示层:css ,作用:由 CSS 负责创建,CSS对“如何显示有关内容”的问题做出了回答。 行为层:js,作用:负责回答“内容应该如何对事件做出反应”这一问题。

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    超全 | PCR引物设计-免费软件合辑

    引物设计是PCR成功与否的关键因素之一。目前已经发表了上百种引物设计的软件,该如何选择这些PCR引物设计软件呢?...其经历过两次重大修订,结合其他生物信息学工具,Primer3可用于本文讨论的所有PCR应用。 Sanger sequencing PCR的一个应用是产生Sanger测序所需的大量DNA模板。...RASE定义了特定扩增剪接异构体的引物设计规则,并将其整合到RASE自动流程中;PRIMEGENS-V2还通过设计引物对提供帮助,这些引物对可以在存在同源和剪接变异的情况下,独特地放大单个目标基因。...目的是让用户只用几个PCR反应就能对选定的一组基因进行基因表达分析;(iv) 用于克隆基因以进行表达研究的引物;(v) 多重PCR引物;(vi) 用于定点突变的引物;(vii) MS-PCR和BS-PCR...导师再也不用担心我P不出条带了 特别说明 > 如下软件不在本文的总结范围中:商业公司提供的免费软件(如PrimerQuest);引物数据库汇编以前使用的引物;仅制备PCR模板或检查引物质量或特异性的软件

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    一文读懂KEGG数据库

    一个点同时表示一个基因,这个基因编码的酶或这个酶参加的反应 org编号:物种特异性通路,这里就是将K编号基因(直系同源基因,后面会介绍)换为每个物种中对应的基因 ko编号:KO通路中的点表示直系同源基因...这是原始版本的通路,也是后续几种通路图的"模板"。每个白框可以代表直系同源基因,酶,反应,也可以点击链接至KO,ENZYME和REACTION详细信息。...ENZYME条目 进入ENZYME 5 反应通路 (reaction) 蓝色框超链接到从原始版本中选择的反应条目, 点击后进入对应的反应信息界面,如下图 KEGG ORTHOLOGY(KO)数据库 KEGG...后来他们开发了 KEGG NETKERK,该数据库不仅涉及基因变异,而且包括病毒和其他因素的网络变异方面的疾病和药物知识。...KEGG的开发者根据不同生物之间基因和基因组的保守和变异,引入直系同源物(KO)的概念,使得KEGG通路图,BRITE层次结构和KEGG模块的参考数据集可以广泛应用于任何细胞生物。

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    PCAWG01 | 人类癌症基因组中体细胞结构变异的模式

    在这里,作者使用ICGC和TCGA的全基因组全癌基因分析协会(PCAWG)的数据,开发了对体细胞结构变异进行分组,分类和描述的方法,处理来自38个肿瘤类型的2,658个癌症的基因组测序数据。...然后作者可以将每个观察到的结构变异簇的基因组构型与文库进行比较,以确定其可能如何产生。这种方法可以根据发生断裂的更广泛的基因组背景对断裂点进行分类。...启动这两个选项可以做出较好的程式码....一组结构变异具有2-7 bp的微同源性,可能是由微同源介导的末端连接产生的,而另一组结构变异具有10-30 bp的微同源性,可能是通过单链退火或其他形式的同源重组(包括微同源介导的断裂诱导的复制)。...队列中其他结构变异和拷贝数变化超过50倍的其他配置也包括在其他类别中,包括循环,模板插入的链和桥(也按大小划分),局部n跳跃和局部-远距离簇。

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    机器学习就是AI么?

    (make decisions based on reasoning and thought processes),并且在模糊和不精确的情况下做出本能的反应。...仅仅需要一定的时间通过一定的数据集进行训练,计算机就可以理解和分辨出,比如猫的不同照片的差异之处,以及与其他动物的不同之处,但这并不意味着计算系统理解所看之物,从自身经验中学习,并基于理解决策。...但是你所做的,是按照人类对图像的理解创立一个大的数据集(data set),然后就可以通过数学匹配(mathematically match)来判定。 那么机器学习与人工智能的关系到底如何呢?...所以,机器人总是会对相同的输入,做出相同的反应。 但是人类却完全不同,我们会试验不同的输出,我们会采用不同的方案。在压力下,我们会做出不同的反应。我们会设定优先级(we prioritize)。...一些机器学习其实更像是不能够对变化做出反应,不能持续进化的自动化和程序化应用,其他一些可以适应变化,随着时间形成经验,持续改进方式并达成目标的机器学习可能更接近人工智能。

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    MCE| 熬夜导致DNA损伤、致癌

    DNA 损伤如何诱发癌症? 无论是 DNA 碱基异常还是 DNA 单/双链断裂形式的 DNA 损伤,都可能产生能够在细胞中连续世代传递的突变,促进恶性增生,诱发癌症。...DNA 损伤修复与癌症相爱相杀 许多癌症中,DNA 损伤反应途径被破坏或发生失调,促使癌症的发生和发展。...例如“乳腺癌易感蛋白” BRCA2 参与同源重组修复,BRCA1/2 功能缺失的细胞无法进行同源重组修复,并表现出染色体高度不稳定,以及对能导致 DSB 的电离辐射和化学治疗剂的敏感性增加,癌症发生风险增加...Rucaparib 具有口服活性的、有效的 PARP 抑制剂,对 PARP1 的 Ki 值为 1.4 nM,对其他八种 PARP 结构域也有亲和性。...CP-466722 可逆的 ATM 抑制剂,IC50 值为 4.1 μM,对 PI3K,PIKKs 家族其他蛋白没有作用。

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    浅学前端:跨域问题

    同源检查是浏览器的行为,而且只针对fetch、XMLHttpRequest请求如果是其他客户端,例如golang net/http client、postman,他们是不做同源检查的。...CORS 背后的基本思想,就是使用自定义的 HTTP 头部让浏览器与服务器进行沟通,从而决定请求或响应是应该成功,还是应该失败。CORS 需要浏览器和服务器同时支持。...整个CORS通信过程,都是浏览器自动完成,不需要用户参与。对于开发者来说,CORS通信与同源的AJAX通信没有差别,代码完全一样。...浏览器一旦发现AJAX请求跨源,就会自动添加一些附加的头信息,有时还会多出一次附加的请求,但用户不会有感觉。...2.2 非简单请求 非简单请求是那种对服务器有特殊要求的请求,比如请求方法是 PUT 或 DELETE ,或者 Content-Type 字段的类型是 application/json。

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    看完这篇文章,就不用操心跨域问题啦,答案都在这里!

    它是由浏览器的同源策略造成的,是浏览器对JavaScript的实施的安全限制。...由此可见浏览器的同源策略存在是十分有必要的。 我顺便在给大家介绍下如何区分是否是同源,所谓的同源是指,域名,协议,端口均为相同。接下来举几个示例,方便大家进行理解: ?...3、我们后台接口最终要返回非类似这样的数据内容: ? 你会发现,数据能够正常返回,你也许会问为什么这样可以,不违背同源原则吗?...整个CORS通信过程,都是浏览器自动完成,不需要用户参与。对于开发者来说,CORS通信与同源的AJAX通信没有差别,代码完全一样。...JSONP 的优势在于支持老式浏览器,以及可以向不支持 CORS 的网站请求数据。 5、接下来给后端开发人员分享下如何配置跨域请求 5.1、 PHP 简单示例 ?

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    从零开始学PCR技术(四):常见问题

    PCR 反应可能存在问题,比如无扩增条带、有扩增条带但是假阳性、出现非特异性条带或者条带出现拖尾现象,这是因为 PCR 反应存在多个关键环节:1、模板核酸的制备;2、引物的质量与特异性;3、酶的质量;4...4.Mg2+浓度 Mg2+离子浓度对 PCR 扩增效率影响很大,浓度过高可降低 PCR 扩增的特异性,浓度过低则影响 PCR 扩增产量甚至使 PCR 扩增失败而不出扩增条带。...5.反应程序 模板变性不彻底。如变性温度低,变性时间短,极有可能出现假阴性; 退火温度不合适。...对于那些不了解引物和目的模板同源性程度的方法更为有用,如 AFLP、DNA 指纹等。...或者点击“在看”让更多朋友看到,点击“阅读原文”可以在知乎专栏上给我留言

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    json & jsonp

    谈到Json和jsonp就不可避免要提到跨域这个话题了,以前对跨域的理解都是比较模糊的,还以为域名不同就是跨域了,那太狭隘了。非同源请求,均为跨域。 不过为什么会出现跨域?...* 等等,上面咋又来了个同源策略,本是同根生,相煎何太急啊。 大家互相开开心心的走亲访友多好。哼,谁知道你是我亲戚还是坏人,万一你来我家是想偷小鱼干的呢?还开开心心,本喵不得哭死啊。...同源策略 (Same-Origin Policy) 最早由 Netscape 公司提出, 所谓同源就是要求, 域名, 协议, 端口相同. 非同源的脚本不能访问或者操作其他域的页面对象(如DOM等)....callback参数给服务端,然后服务端返回数据时会将这个callback参数作为函数名来包裹住json数据,这样客户端就可以随意定制函数来自动处理返回数据。...但是如何让miaomiao知道它调用的dog函数叫什么呢?毕竟附近的dog太多了。

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    小鼠同种异体胰岛移植和同源胰岛移植的单细胞景观

    同源胰岛移植中T细胞的募集和激活 Fig2.单细胞数据揭示了T细胞的分子细节和亚簇 图2的单细胞数据揭示了T细胞的分子细节和亚簇,T细胞可以被定义的有5簇,分别是:T1.高增殖潜能T细胞;T2.CD8...Fig5.巨噬细胞在胰岛移植物中的定位(免疫荧光) 综上所述,炎症巨噬细胞和DC在胰岛同种异体移植物中富集。不同来源胰岛移植物的异质性分析揭示了髓系对异种刺激的不同反应。 4....E.通路分析发现细胞粘附和免疫应答在功能上与Mes-C2、Mes-C3、Mes-C7和Mes-C8相关。F....也将公共数据库中的健康胰腺组织单细胞数据与移植物进行对比分析。应用免疫荧光染色进一步说明相较于同种异体移植物,同源移植物中的CD4+/CD8+ T细胞数量更多。...但本文只分析了移植后7天的情况,移植后期可能更好地反映移植排斥反应中发生的免疫反应。仅分析胰岛移植物细胞,缺乏对循环细胞的分析。

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