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重复的DNA序列

将DNA序列看作是只包含['A', 'C', 'G', 'T']4个字符的字符串,给一个DNA字符串 ,找到所有长度为10的且出现超过1次的子串。...序列进行整数编码: [‘A’, ‘C’, ‘G’, ‘T’]4个字符分别用[0, 1, 2, 3](二进制形式(00, 01, 10, 11)所表示,故长度 为10的DNA序列可以用20个比特位的整数所表示...1.设置全局整数哈希int g_hash_map[1048576]; 1048576 = 2^20,表示所有的长度为10的 DNA序列。...2.将DNA字符串的前10个字符使用左移位运算转换为整数key,g_hash_map[key]++。...3.从DNA的第11个字符开始,按顺序遍历各个字符,遇到1个字符即将key右移2位 (去掉最低位),并且将新的DNA字符s[i]转换为整数后,或运算最高位(第19 、20位),g_hash_map[key

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NGS测序中PCR重复序列的判定方法

在NGS的数据分析中,去除PCR重复序列是一个常见的分析步骤,无论是WES/WGS的snp calling,还是chip_seq, ATAC_seq,都需要对原始的bam文件进行过滤,去除其中的PCR重复序列...在samtools中也提供了去除PCR重复的命令markdup, 该命令对输入的bam文件有以下两点要求 必须是经过samtools fixmate命令处理之后的文件 必须是按照比对上染色体坐标位置排序之后的文件...另外,由于fixmate命令要求输入的bam文件为按照read name,即序列名称排序之后的文件,所以在使用markdup命令时,需要以下4步转换过程 # 第一步,按照read name排序bam文件...2. picard MarkDuplicates picard的MarkDuplicates命令称得上是使用的最广泛的去除PCR重复的工具了,要求输入的bam文件为按照比对位置排序之后的文件,用法如下...input.bam # 第二步,运行markdup命令 sambamba markdup positionsort.bam markdup.bam 除了这三种方法之外,还有很多的工具可以去除PCR重复序列

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    如何检查macOS中硬盘的状态

    无论我们的Mac使用的是 SSD固态硬盘或HDD机械硬盘,都必须保持硬盘读写健康程度。毕竟,数据的丢失对于来我们来说是一个重大的损失,毕竟有些数据不是花钱就能买到的。...如果你也非常关注你的Mac硬盘健康情况的话,这篇文章应该可以帮助你! 今天我将告诉大家如何检查macOS中硬盘的状态。通过这种方式,你可以轻松找出硬盘的健康状态以及是否需要更换新的硬盘。...Mac 系统在操作系统中安装了一个非常出色的诊断工具,该工具称为“磁盘工具”。您在启动硬盘“应用程序文件夹”内的“工具文件夹”中,可以找到“磁盘工具”。...在其他程序文件夹中打开磁盘工具 ; 从左侧列表中选择一个硬盘; 按"急救"按钮; 点击"运行"同意以下所有条件,然后开始检查硬盘的过程; 完成后,将显示结果,并在检查磁盘窗口中查看详细报告。...如果你的硬盘未在"磁盘工具"中显示,则它将无法正常运行或定期停止工作,并且很快就会停止工作。磁盘也可能没有稳定的数据连接,如果过一段时间电脑损坏了,这极有可能是当初检测出来的问题。

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    华为oj之提取不重复的整数

    题目: 提取不重复的整数 热度指数:4740 时间限制:1秒 空间限制:32768K 本题知识点: 数组 题目描述 输入一个int型整数,按照从右向左的阅读顺序,返回一个不含重复数字的新的整数...输入描述: 输入一个int型整数 输出描述: 按照从右向左的阅读顺序,返回一个不含重复数字的新的整数 输入例子: 9876673 输出例子: 37689 在线提交网址: http://www.nowcoder.com...tpId=37&tqId=21232&rp=&ru=/ta/huawei&qru=/ta/huawei/question-ranking 分析: 先将该输入的字符串进行逆序, 使用一个vector存储每一个字符..., 存入要求是当vector中没有该字符(使用算算法库中的find()函数)....for(auto it: vect) cout<<it; cout的地方覆盖之前的

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    如何在 Linux 中检查打开的端口?

    您还可以检查是否有用于入侵检测的开放端口。 在 Linux 中有多种检查端口的方法,我将在这个快速提示中分享我最喜欢的两种方法。...方法一:使用 lsof 命令查看当前登录的 Linux 系统中打开的端口 如果您直接或通过 SSH 登录到系统,则可以使用 lsof 命令检查其端口。...为您正在检查端口的 Linux 系统的 IP 地址。...结论 在这两种方法中,我更喜欢 lsof 命令,它比 nc 命令更快。但是,您需要登录系统并拥有 sudo 访问权限。换句话说,如果您正在管理系统,则 lsof 是更合适的选择。...nc 命令具有无需登录即可扫描端口的灵活性。 这两个命令都可用于根据您所处的场景检查 Linux 中的开放端口。

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    4️⃣ 核酸序列特征分析(8):重复序列的查找

    基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释 结构注释的核心是基因识别,为了提高基因识别效率需要首先寻找并标记去除 重复的和低复杂性的序列。 什么是重复序列?...重复序列(repetitive sequence)是在基因组中不同位置出现的相同或对称性序列片段,一般不编码多肽。组织形式有两种:串联重复序列和分散重复序列。...分类 大致分三类: 低度重复序列 中度重复序列 高度重复序列 特点 GC含量低,AT含量高,3'和5'端有直接重复序列存在,有利形成环形结构。...常用数据库 GIRI的RepBase:常用的真核生物DNA重复序列数据库 RepeatMasker:常用的重复序列分析工具 ALU数据库:人和灵长类Alu重复片段 LINE-1数据库...: STR数据库:短的串联重复序列数据库,不再提供服务 ---- 1 RepeatMasker工具 这个工具有webserver版本和命令行版本 Using and Understanding

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    内存受限下找出亿级整数集合中的不重复元素

    本文将以在内存不足的情况下,找出亿级规模整数集合中的不重复元素为例,探讨一种基于Bloom Filter的数据结构的解决方案。问题分析假设有一个包含2.5亿个整数的集合,需要找出其中不重复的整数。...具体地,思路是:初始化一个225MB大小的Bloom Filter分批读取整数数据,每次处理1万个对每批数据,将元素存入Bloom Filter再次遍历数据,检查每个元素是否在Bloom Filter中命中未命中的元素即为不重复元素代码实现...); // 持久化到磁盘} } reader.close(); reader = new BufferedReader(new FileReader(inputPath)); // 再次遍历,检查哪些元素未命中...二次遍历时只检查元素是否在Bloom Filter中,而不需要加载集合本身。总结对于内存无法容纳的超大数据集,使用Bloom Filter可以实现高效地去重和查询。...内存受限情况下处理大数据问题,需要深入理解数据结构与算法的特性,权衡时间空间效率的平衡,设计出针对特定问题的优化方案。本文给出了一种基于Bloom Filter解决大整数去重问题的设计思路。

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    程序中的整数

    1. 2的补码 在计算机中,整数是用2的补码表示的,其定义如下(非官方定义,自己总结的): 最高位(首位)是符号位,为0代表正数,为1代表负数 对于非负整数(大于等于0的整数),其补码等于原码(也就是说...根据前面介绍的转换规则,转为十进制后为-1234。 二、整数在程序中的表示 本章以下面的代码为例,看看整数在汇编代码和运行期的形态。...整数在内存中的表示 通过gdb可以看到变量signed_int和unsigned_int在内存中的信息如下所示: ?...整数比较大小 下面的代码,大家都知道为啥输出结果不一样,因为右边的int被提升为unsigned int,-12345被解析成了4294954951,所以大于1。 但类型转换是如何做到的呢?...除了编译器没人关心数据类型(解释型语言除外),它根据不同的类型使用不同的指令。 四、参考资料 如何实现减法 arm指令集简介 arm状态寄存器 arm中的比较指令cmp arm中的跳转指令

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    提取不重复的整数

    提取不重复的整数 2. 描述 题目描述 输入一个int型整数,按照从右向左的阅读顺序,返回一个不含重复数字的新的整数。...输入描述: 输入一个int型整数 输出描述: 按照从右向左的阅读顺序,返回一个不含重复数字的新的整数 示例1 输入 9876673 输出 37689 3....实现方法 3.1 方法 1 3.1.1 思路 将数字转换为字符串; 然后初始化一个列表,从右向左遍历字符串,然后将 list 中不存在的元素加入,存在的元素则跳过; 将列表转换为字符串; 将字符串转换为整形并最终返回...提取不重复的整数 */ public class Main { public static void main(String[] args) { Scanner input...,按照从右向左的阅读顺序,返回一个不含重复数字的新的整数。

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    Python中如何获取列表中重复元素的索引?

    一、前言 昨天分享了一个文章,Python中如何获取列表中重复元素的索引?,后来【瑜亮老师】看到文章之后,又提供了一个健壮性更强的代码出来,这里拿出来给大家分享下,一起学习交流。...= 1] 这个方法确实很不错的,比文中的那个方法要全面很多,文中的那个解法,只是针对问题,给了一个可行的方案,确实换个场景的话,健壮性确实没有那么好。 二、总结 大家好,我是皮皮。...这篇文章主要分享了Python中如何获取列表中重复元素的索引的问题,文中针对该问题给出了具体的解析和代码演示,帮助粉丝顺利解决了问题。...最后感谢粉丝【KKXL的螳螂】提问,感谢【瑜亮老师】给出的具体解析和代码演示。

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    2023-05-01:给你一个整数 n , 请你在无限的整数序列 中找出并返回

    2023-05-01:给你一个整数 n ,请你在无限的整数序列 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, ...中找出并返回第 n 位上的数字。...输入:n = 11输出:0解释:第 11 位数字在序列 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, ... 里是 0 ,它是 10 的一部分。...2.实现函数 findNthDigit,其输入为整数 n,表示要查找的数字在整数序列中的位置。根据 under 数组,找到包含第 n 个数字的区间长度 len,并返回调用子函数 number 的结果。...如果 offset 等于 0,则说明已经到达最低位,直接返回路径经过的值中的第 nth 个数字;否则,计算出当前节点 cur 取值(这可能需要根据 offset 来进行特殊处理),根据 all 和 offset...4.在 main 函数中,定义一个整数变量 n 表示要查找的数字在整数序列中的位置,调用 findNthDigit 函数查找第 n 个数字,并输出结果。

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    如何优化Golang中重复的错误处理

    Golang 错误处理最让人头疼的问题就是代码里充斥着「if err != nil」,它们破坏了代码的可读性,本文收集了几个例子,让大家明白如何优化此类问题。...实际上真正的源头是它们的参数 io.Writer,因为直接调用 io.Writer 的 Writer 方法的话,方法签名中有返回值 error,所以每一步 fmt.Fprint 和 io.Copy 操作都不得不进行重复的错误处理...error,但是我们单独保存了一份 error,并且在方法内部判断一旦有问题就立刻返回,有了这些准备工作,新版的 WriteResponse 不再有重复的错误判断,只需要在最后检查一下 error 即可...类似的做法在 Golang 标准库中屡见不鲜,让我们继续看看 Eliminate error handling by eliminating errors 中提到的一个关于 bufio.Reader 和...通过对以上几个例子的分析,我们可以得出优化重复错误处理的大概套路:通过创建新的类型来封装原本干脏活累活的旧类型,同时在新类型中封装 error,新旧类型的方法签名可以保持兼容,也可以不兼容,这个不是关键的

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    oracle中如何删除重复数据

    我们可能会出现这种情况,某个表原来设计不周全,导致表里面的数据数据重复,那么,如何对重复的数据进行删除呢?        ...重复的数据可能有这样两种情况,第一种时表中只有某些字段一样,第二种是两行记录完全一样。 一、对于部分字段重复数据的删除         先来谈谈如何查询重复的数据吧。        ...你叫我们执行这种语句,那不是把所有重复的全都删除吗?而我们想保留重复数据中最新的一条记录啊!大家不要急,下面我就讲一下如何进行这种操作。       ...在oracle中,有个隐藏了自动rowid,里面给每条记录一个唯一的rowid,我们如果想保留最新的一条记录, 我们就可以利用这个字段,保留重复数据中rowid最大的一条记录就可以了。       ...,可以考虑建立临时表,讲需要判断重复的字段、rowid插入临时表中,然后删除的时候在进行比较。

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    如何高效检查JavaScript对象中的键是否存在

    在日常开发中,作为一个JavaScript开发者,我们经常需要检查对象中某个键是否存在。这看似简单,但其实有多种方法可供选择,每种方法都有其独特之处。...本文将介绍几种检查JavaScript对象键的方法,并比较它们的性能。...==) 可读性不如其他方法 容易拼写错误'undefined' 使用in操作符 in操作符允许我们检查键是否存在于对象中: if ('name' in user) { console.log(user.name...); } 这种方法只会返回对象自身拥有的键,而不会检查继承的属性: 只检查自身键,不包括继承的 方法名清晰,容易理解 缺点是hasOwnProperty需要方法调用,在性能关键的代码中可能会有影响。...理解这些不同方法的细微差别是检查JavaScript键的关键。根据具体需求选择合适的工具,除非性能至关重要,否则应优先考虑可读性。

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