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细胞图谱 | Nature | 空间定位的人类胸腺细胞图谱映射到连续的组织轴上

为了帮助数据整合,我们根据解剖学信息将CMA划分为不同的层次(包膜和皮下区域、皮质和髓质CMJ以及三个皮质和髓质层次),所有样本使用相同的CMA截止值(图3a,b和方法部分)。...罕见的ETP和DN(早期)阶段使用调整后的截止值绘制,以便于可视化。 f,从Visium数据中得出的CMA分箱中的趋化因子/细胞因子转录物的空间模式。根据胎儿胸腺中的空间模式对细胞因子进行聚类。...与由三个参考标志物(被膜、皮质、髓质)非线性锚定并描述相对定位的 CMA 不同,HC 距离线性依赖于单个标志物,因此最适合研究近端关联(图 5b)。...使用前向/侧向散射去除双联体和碎片,然后根据PI染色排除死细胞。 CD3−和CD3+细胞分别收集在冷却的IMDM + 50% FCS中(补充图19b)。...为了测量每个细胞簇在整个 CMA 中的位置,我们选择了具有最高簇标签丰度(高于第 95 个百分位)的 Visium 点,并计算了这些点的加权平均 CMA 值。

13010

NATURE|人类突变特征

,为建立突变特征库并确定其在不同类型癌症中的活动提供了一个显著的机会。...评估突变特征与年龄相关性 在评估年龄和突变特征之间的联系之前,将年龄和突变数量归因于癌症类型的特征的所有离群值从数据中移除。离群值定义为离均值三个标准差以外的任何值。...这两种缺失模式可能是DNA双链断裂修复的特征,这种修复是基于非同源重组的末端连接机制,如果是这样,这表明至少有两种不同的形式在人类癌症中起作用。...SBS1和SBS5突变的数量与年龄有关,并且在不同类型的组织中表现出不同的比率,这证实了之前的报告。SBS40在多种癌症中也与年龄有关,不过,鉴于它与SBS5的相似性,不能排除错误归因。...ID8主要由≥5 bp缺失组成,其边界处没有或有1 bp的微同源性,可能是由于由非同源端连接机制修复的DNA双链断裂。结果表明,多个突变过程在正常细胞中运行。

2.3K20
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    eLIFE:脑电结合眼动研究:自闭症儿童社交脑网络的早期改变

    在日常生活中注意这些社交线索有助于婴幼儿学习如何与他人互动。在这段发展过程中,大脑不同部位之间形成了可帮助儿童理解他人社交行为的大脑连接网络。...使用非参数统计检验对不同组参与者的总输出进行统计比较(Mann-Whitney-Wilcoxon,双尾p 中每个ROI的总输出结果与ADOS-CSS评分、PEP-3中的发育评分、VABS-II中的适应性评分和眼跟踪数据的PI值进行了相关分析(Spearman-rho,双尾p在alpha频段,与TD组相比,ASD组在以下三个ROI上具有不同激活:额中回右眶部和左楔骨具有较高的激活,而右侧STG具有较弱的激活(图2a)。...与theta频段中发现类似的结果,ASD儿童alpha频段的它三个重要ROI的网络连接模式都与TD同伴不同(图4)。 ?

    1.3K20

    HTML 笔记

    例: 或者 标签属性: 标签属性书写在开始标签中,使用空格与标签名隔开,用于设置当前标签的显示内容或者修饰显示效果。由属性名和属性值组成,属性值使用双引号表示。...然后按 tab 键补全页面基本结构 (不同的开发工具补全的基本结构有细微的差别,可以忽略)。...标签嵌套 在双标签中书写其他标签,称为标签嵌套 嵌套结构中,外层元素称为父元素,内层元素称为子元素; 多层嵌套结构中,所有外层元素统称为祖先元素,内层元素统称为后代元素 平级结构互为兄弟元素 常用标签介绍...想要实现页面中的换行,需要借助于换行标签。 字符实体: 某些情况下,浏览器会将一些特殊字符按照 HTML 的方式解析,影响显示结果。...此时需要将这类字符转换为其他的形式书写 例: 使用 < 在页面中呈现 "<" 使用 > 在页面中呈现 ">" 使用   在页面中呈现一个空格 使用 © 在页面中呈现版权符号

    2.1K20

    Cerebral Cortex:自闭症谱系障碍中局部连通性及其发展轨迹的变化:身为女性是否重要?

    ReHo先前已经在ASD患者身上进行了研究,结果显示它在大脑多个区域发生改变,主要是在右半球,其中一些研究还调查了ReHo和年龄之间的关系,显示了与年龄相关的局部连通性变化在ASD和典型个体之间是如何不同的...脑表面上的z分数分布(图2C)说明ASD组高ReHo在右侧初级运动皮层、左和右补充运动皮层、左侧额盖、小脑后部和双侧颞叶更显著。...图3A的组比较表示了男女ReHo差异。负向z分数比正向z分数显著体素更多。考虑到组比较,这说明平均来说女性组比男性组有更低的ReHo。女性组ReHo在双侧后顶叶、前岛叶、颞枕和上缘板减少(图2C)。...RSN水平,z分数小于-2.5的体素的最高百分比在躯体运动和默认网络(图2D)。女性组高ReHo的区域包括顶枕沟、双侧后颞叶小脑前部。正z分数显著体素最高的百分比在腹侧注意网络。...与TD相比,小脑、内侧枕叶ReHo与年龄相关性在女性ASD中更正,顶叶和中央则更负。结果说明研究发展路径对ASD性别特异性改变是一个敏感的生物标志。

    61510

    强大的Xpath:你不能不知道的爬虫数据解析库

    以后会专门写一篇关于Python正则的文章。 本文介绍的是如何快速入门另一种数据解析工具:Xpath。 Xpath介绍 XPath (XML Path)是一门在 XML 文档中查找信息的语言。...Xpath是一种查询语言 在XML(Extensible Markup Language)和HTML的树状结构中寻找节点 XPATH是一种根据‘地址’来‘寻找人’的语言 快速入门网站:https://www.w3schools.com...('//div[@class="name"]') # 定位class属性,值为name name 索引定位 Xpath中索引是从1开始,和python中的索引从0开始是不同的。...非直系:表示获取标签下面所有层级的文本内容 取属性内容 如果想获取属性的值,在最后的表达式中加上:@+属性名,即可取出相应属性的值 1、获取单个属性的值 2、获取属性的多个值 实战 利用Xpath...每个tr标签下面有3个td标签,代表3个小说,一个td包含地址和名称 当我们点击具体某个小说,比如“绝代双骄”就可以进去该小说的具体章节页面: 获取网页源码 发送网页请求获取到源码 import

    1.6K40

    再谈T细胞:起源、分化和分群

    根据功能不同,免疫器官分为中枢免疫器官和外周免疫器官。中枢免疫器官由骨髓和胸腺组成,外周免疫器官由脾脏、外周淋巴结、粘膜相关免疫组织和皮肤免疫系统组成。...记忆细胞识别相应蛋白抗原,快速分化为效应B细胞,产生具有强大杀伤力的IgG型抗体,从而防御病原体的感染。 T细胞发育 T细胞来源于骨髓中的淋巴样祖细胞,在胸腺中分化、发育、成熟。...在T细胞发育早期,敲除 Notch1基因后, 胸腺细胞呈现出B细胞谱系的表型,而Notch1基因存在时,胸腺细胞呈现为T细胞谱系的表型。上述研究说明,Notch信号通路是T细胞活下来的必要条件。...在胸腺细胞双阴性阶段(此时CD44lowCD25+),RAGs开始发挥作用,TCRβ基因开始进行V、D、J基因重排,β链、pTα蛋白相继表达,并组装成pTα:β二肽链(pre-TCR)表达在胸腺细胞表面...在胸腺皮质中,该类细胞与胸腺上皮细胞表达的抗原肽-MHC复合物以适当亲和力进行特异结合,则可继续分化为CD4+或CD8+单阳性(SP)细胞。

    6.8K31

    人-胸腺肿瘤组织细胞悬液制备流程

    分享是一种态度 注 | 以上操作指南中涉及的消化酶以及实验方法仅供参考,实际应用过程中请根据具体情况进行细节上的调整。 背景介绍 胸腺属于中枢淋巴器官,分左右两叶,表面有薄层结缔组织被膜。...胸腺组织示意图 实验仪器及耗材 实验步骤 准备肿瘤解离试剂盒的酶混合液,将100µL的H酶、500 µL的R酶和25 µL的A酶加入到4.4mL RPMI 1640培养基中。...运行gentle MACS解离器中的h_Tumor_01程序。 程序终止后,将C管从gentle MACS解离器上拆下。 使用MACS mix试管旋转器在37℃下连续旋转C管30 min。...将C管倒挂在gentle MACS 解离器的套管上,并运行gentle MACS解离器中的h_Tumor_02程序,随后将C管置于MACS mix试管旋转器上在37 ℃下连续旋转30 min。...制备结果 注意:尽量选取新鲜的肿瘤样品进行操作,肿瘤离体时间多长免疫细胞容易死亡。影响最终的实验效果。

    1.3K30

    Nature: 泛癌突变特征,错过了TCGA但别错过它!

    .内外因素一直驱动着肿瘤基因组发生体细胞突变,在这一过程中形成了具有特征性的突变标签集。...图4.单个癌症样品突变谱的说明性例子 ? 图S1:SigProfiler和SignatureAnalyzer分析在2780个PCAWG样本中每个样本中归属签名数量的直方图 ?...SBSs显示出较大的负荷异质性(在不同癌症的类型和癌症不同样本中的突变数量存在显著差异)(图3)。...图S5:在SigProfiler分析的整套PCAWG和非PCAWG癌症样本中,每种癌症类型的每种突变特征的SBSs突变数 3.双碱基置换特征 不同癌症类型之间,以及相同肿瘤类型但不同样本之间的DBSs的数量也存在显著差异...在(≥5bp)的胸腺嘧啶单核苷酸重复序列中,indels签名1(ID1)主要由胸腺嘧啶的插入组成,而ID2的主要是胸腺嘧啶的缺失(图2)。

    90320

    TBS直接电刺激重塑人脑网络

    在此我们发现,在29个额叶和颞叶部位进行的直接电TBS的单个脉冲串在广泛的大脑皮层区域引发了强烈的神经反应。...综合所有参与者以及1毫安和2毫安的刺激反应来看,我们观察到TBS会根据刺激靶点的不同,在大脑的不同区域产生脉冲串结束后的反应(图6A)。...在这项研究中,我们测试了改变不同的刺激参数(例如电流幅度和刺激部位)如何影响爆发后即时响应以及爆发后响应的变化(短期可塑性)。...OFC 或岛叶在事后自动包裹分析中。...因此,分类的刺激部位的最终标签基于自动解剖包裹。在 CCEP 标测之后,我们进行了 TBS。我们根据先前的研究设计了 TBS 范式,以最大限度地提高神经变化。

    10010

    NatGenet | 细胞注释新工具,使用 popV 在单细胞数据中进行细胞类型标签的共识预测

    胸腺数据集总共包含 255,901 个细胞,28 种独特的细胞类型用作原始胸腺数据集中 31 种独特细胞类型的细胞本体。 该数据集中的所有细胞均根据细胞本体进行标记。...我们对此进行了胸腺案例研究以及从单细胞 RNA 到单核 RNA 标签转移的案例研究。 我们首先从 popV 算法中移除 OnClass。 移除后,简单多数投票和 popV 共识投票产生相同的结果。...在这些图的标题中,我们展示了原始 popV 算法中的值,而在每个结果热图的字段中,我们展示了完整 popV 算法与五个预测因子集合之间相应分数的差异。...在预测 Lung Cell Atlas 案例研究中每个细胞的标签后,我们在基础 SVM 预测之间进行多数投票,并将结果数据集子集化为所有查询细胞。...扩展数据图 4 中的所有其他指标在方法的其他部分中描述,并以类似方式应用于两种算法的结果。 为了减少结果图中的颜色数量,我们在扩展数据图 4e 中没有显示 OnClass 的结果。

    20810

    Nature: 泛癌突变特征,错过了TCGA但别错过它!

    .内外因素一直驱动着肿瘤基因组发生体细胞突变,在这一过程中形成了具有特征性的突变标签集。...图4.单个癌症样品突变谱的说明性例子 ? 图S1:SigProfiler和SignatureAnalyzer分析在2780个PCAWG样本中每个样本中归属签名数量的直方图 ?...SBSs显示出较大的负荷异质性(在不同癌症的类型和癌症不同样本中的突变数量存在显著差异)(图3)。...图S5:在SigProfiler分析的整套PCAWG和非PCAWG癌症样本中,每种癌症类型的每种突变特征的SBSs突变数 3.双碱基置换特征 不同癌症类型之间,以及相同肿瘤类型但不同样本之间的DBSs的数量也存在显著差异...在(≥5bp)的胸腺嘧啶单核苷酸重复序列中,indels签名1(ID1)主要由胸腺嘧啶的插入组成,而ID2的主要是胸腺嘧啶的缺失(图2)。

    2.7K30

    【HTML】HTML 表格 ① ( 表格标签 | 行标签 | 单元格标签 | table 表格属性 | border 属性 | align 属性 | width 属性 | height 属性 )

    表格标签组成 ( 表格标签 | 行标签 | 单元格标签 ) ---- HTML 表格 由 3 种标签 组成 : 表格 涉及 的标签都是 双标签 ; 表格标签 : 表格最 外围的标签 , 用于包裹整个表格...: 表格中一个单元格中的内容 , 只包含一个单元格的文本 ; td>单元格文本内容td> 代码示例 : 中单个单元格内容 --> td>姓名td> td>年龄td> td>Tomtd> td>18td>...; align 属性 : 可设置 left , center , right 等属性值 ; 用于设置 整体表格 在 网页中的 水平对齐方式 ; 设置 left , 表格在网页左侧 ; 设置 center...-- 表格中单个单元格内容 --> td>姓名td> td>年龄td> td>Tomtd> td>18td>

    3.9K10

    【HTML】HTML 表格总结 ★★★ ( 表格标签 | 行标签 | 单元格标签 | 表格标签属性 | 表头单元格标签 | 表格标题标签 | 合并单元格 )

    ( 表格标签 | 行标签 | 单元格标签 ) ---- HTML 表格 由 3 种标签 组成 : 表格 涉及 的标签都是 双标签 ; 表格标签 : 表格最 外围的标签 , 用于包裹整个表格 ; 其中...-- 表格中单个单元格内容 --> td>姓名td> td>年龄td> td>Tomtd> td>18td>...; align 属性 : 可设置 left , center , right 等属性值 ; 用于设置 整体表格 在 网页中的 水平对齐方式 ; 设置 left , 表格在网页左侧 ; 设置 center...---- 表头单元格 可以在表格中 用作第一排 作为表格 的 表头 使用 , 表头单元格 中的 文本设置 可以与 普通单元格 中的文本设置 不同 ; 表头单元格 中的 文本 会 居中 , 并且 加粗...四、表格标题标签 ---- 在 表格标签 中 , 可以使用 表格标题标签 为表格添加一个标题 ; 被添加的 表格标题 会 显示在表格上方 , 并且 居中显示 ; 表格标题标签用法

    3.1K10

    【Web世界探险家】HTML5 探索与实践

    所谓的标签就是放在“” 符号中表示某个功能的编码命令,也称为 HTML 标记或者 HTML 元素。 1.2.1 标签的分类 根据标签的特点,可以分为两大类:双标签和单标签。...简单来说就是指标签的含义,即这个标签是用来干什么的 根据标签的语义,在合适的地方给一个最为合理的标签,就可以放页面结构更清晰。...在 HTML 标签中, 标签用于定义段落,它可以将整个网页分为若干的段落。 特点: 文本在一个段落中会根据浏览器的窗口的大小自动换行 段落与段落之间包有空隙 在 HTML 中, 标签用于定义 HTML 页面中的图像。...列表最大的特点就是整齐、整洁、有序,它作为布局会更加自由和方便。 根据使用情景不同,列表可以分为三大类:无序列表、有序列表和自定义列表。

    9410

    儿童期到成年早期灰质发育的年龄效应及性别差异

    体素信号丢失会导致难以对不同位置的指标强度进行比较,混淆年龄相关效应。可以通过与单个体素平滑类似的插值处理解决该问题。...CT指标结果中呈现性别主效应的脑区范围较小,但超过半数的颞叶和顶叶分割脑区中,均表现出CT指标的性别主效应。年龄-性别交互效应仅出现于GMD指标结果当中。...为进一步探讨年龄变化如何调节性别效应,作者针对每个MNI标签区域内各指标拟合值的男女平均差,在8~23岁之间的变化情况进行了分析(图4)。...与之相对,平均GMV在所有脑叶和皮质下脑区均呈下降趋势,但在MNI标签区域内,也有一些亚区的体积呈现上升趋势,该现象在额叶和颞叶皮层区域更为频繁出现。...因此,今后的神经影像学研究在解读结果发现时,需要充分考虑年龄因素,而不能一概而论。最后,未来研究工作还需进一步探讨,如何将不同结构测量指标精确有效地应用于认知和疾病研究领域。

    1.6K30

    PNAS:与语言相关的脑网络中特定频率的有向连接

    这些结果表明在语言处理过程中,有节律的定向交互的功能相关性取决于由不同频率段支持的脑区间相互作用的方向。这种功能相关性可扩展到其他认知领域,即反映一种与任务相关的脑网络中的信息动态流向的通用机制。...将要阅读的句子和单词序列(共240个单词,每个单词序列9-15个单词)依次呈现在被试前的反投影屏幕上。 MEG数据采集频率为1200 Hz。在整个测量过程中,头动信息使用软件监视。...结果 使用 MEG 记录被试阅读句子时的脑磁信号。在一组预定义的脑区(包含156个皮层区域)中重建皮层活动。...图2 NMF计算出的网络成分,图中显示了频率,脑区,定向的交互。 (A)脑区节点的定位展示在膨胀后的皮层上,有颜色编码(左图)和标签(右图)。Circular图用的是布鲁德曼标签。...Fig.4B是早期(单词在序列前段出现)、晚期(单词在序列后段出现)单词间的比较结果。结果显示,在句子中,早期有更强的节律性相互作用。从颞叶到额叶、颞叶中区到颞极的连接是双侧的。

    1.4K10

    fNIRS在发育科学中的应用

    时域(TD)设备发射皮秒量级的短光脉冲,使用信号穿过神经组织时的形状变化来衡量血流动力学反应。 TD和FD的成本更高,技术更复杂,因此在婴儿实验很少使用。...最常见的数据分析方法: (1)将各通道获得的响应分实验条件与0值比较,确定显著激活通道,(2)比较不同条件下单通道的响应值。如果评估大量通道要进行校正。...在一些情况下未发现右脑优势,例如7到8个月大的婴儿在看到母亲面孔时双侧颞叶激活(仍对陌生面孔表现右颞叶激活)。...在适应范式中,刺激连续呈现,当足够数量的trial引起神经适应后,再呈现偏离感兴趣维度的刺激(如呈现大量不同女性面孔后呈现男性面孔)。如果测试刺激与适应刺激不同,则应观察到血液动力学反应上升。...研究有两个发现: (1)两组(相同、新音位)在习惯、测试期间都发现双侧颞叶激活,尽管少数通道在后期trial中才激活;(2)所有婴儿在最初几个习惯性试验激活双侧额顶,但在测试试验中,只有新音位的婴儿发现有激活

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    「学习笔记」HTML基础

    编写的网页文件,更容易被屏幕阅读器识别 设备兼容性:不同的样式表可以让网页在不同的设备上呈现不同的样式 搜索引擎:语义化的HTML能更容易被搜索引擎解析,提升排名 ---- 二、HTML初识 HTML初识...td 用于定义表格中的单元格,必须嵌套在标签中。 字母 td 指表格数据(table data),即数据单元格的内容,现在我们明白,表格最合适的地方就是用来存储数据的。...「1. input 控件」 值" value="你好"> input 输入的意思 标签为单标签 type属性设置不同的属性值用来指定不同的控件类型 除了type...页面中的表单很多,name主要作用就是用于区别不同的表单。 name属性后面的值,是我们自己定义的。...如何绑定元素呢 第一种用法就是用label标签直接包含input表单, 适合单个表单选择 第二种用法 for 属性规定 label 与哪个表单元素绑定(通过id)。

    3.7K20

    人类胸腺发育的细胞图谱揭示了T细胞组库的形成

    与小鼠数据相比,作者发现人体中这类非经典胸腺 T 细胞有着不同的基因表达谱。最后,作者发现人 VDJ 在重排和多轮选择下呈现出强烈偏倚,包括 CD8+ T 细胞中的 TCRα V-J 偏倚等。...(linear regression)辅助的 BBKNN 方法去除物种特异性变异,保留生物学信息的结构 主要结果 人类生命过程中胸腺内的细胞组成 质控后保留了 255,901 个单细胞,包含了从胎儿期、...在 β-selection 后,某些 TRBV 基因被丢弃或富集,提示在不同 Vβ 基因对 MHC 肽刺激的反应能力具有种系编码的差异 TCRα 基因座中,发育时间和 V - J 配对之间有清晰的相关性...总结 本文构建了人类经典和非经典 T 细胞的分化轨迹以及 TCR 组库信息,发现了 TCR 组库在成熟 T 细胞中的偏倚,可能提示了人体如何应对不同的抗原挑战。...本文对胸腺微环境的分析揭示了构成胸腺的复杂细胞类型,以及基质细胞和固有免疫细胞如何相互作用以支持 T 细胞分化。

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