首先看一下NCBI中基因的信息如何命名，NCBI的Gene数据库记录了不同物种的基因信息，在Gene数据库中，给每一个基因提供了一个唯一的ID, 这个ID叫做Entrez ID，Entrez是NCBI的检索系统的名字...以TP53为例， 链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157 链接中的7157就是这个基因的Entrez ID。在该链接中，我们可以看到以下信息 ?...HGNC命名的基因收录在以下数据库中 http://www.genenames.org/ 除了symbol外，还提供了HGNC id, TP53基因对应的id为HGNC:11998。...Ensembl 数据库也收录了基因的信息，用Ensembl ID表示每个基因，以ENSG开头，上述例子中的TP53对应的Ensemb的ID为ENSG0000014150。...2. lncRNA lncRNA目前没有一个统一的命名，lncRNAdb, LNCipedia等数据库都有自己的ID。 其他类型的基因也会有自己的数据库，这里就不一一展开了。
sample_info 数据（Feature Metadata）：描述基因或探针的元数据（例如，基因的注释信息、探针的序列等），存储在featureData中。...这一步将表达矩阵中的探针 ID 替换为对应的基因符号，使得矩阵更加易读。提取差异基因diff_gene = deg$symbol[deg$change !...= "stable"]：从 deg 数据框中提取非稳定状态（即有差异表达）的基因符号。提取差异基因的表达数据n = exp[diff_gene,]：从表达矩阵 exp 中提取差异基因的表达数据。...ekk 中的基因ID转换为更容易理解的基因符号...ont = "ALL"：指定进行所有GO分类（生物过程BP、分子功能MF、细胞组分CC）的富集分析。readable = TRUE：将富集结果中的基因ID转换为基因符号。
从GEO上下载的表达谱的行名是probe_id探针名，但是不同的平台，探针名不同，我们也无法直观地知道某个样本在某个探针上的表达量是那个基因的表达量，于是就需要将探针名转换为大家公认的NCBI的entrez...于是，我们要根据不同的GPL找到该芯片平台有对应的bioconductor注释包来找到探针与基因的对应关系，再进行转换。...在Ｒ中如何进行注释，这里就不在多说，不知道如何运用R或者还没有试过在R中进行GO/KEGG注释的小伙伴们，可以到JM大神的b站观看视频。...STRING与R的background gene区别 而在Ｒ中，也同样可以对基因进行KEGG/GO注释。那到底哪个更方便，更可信呢。 ...在Ｒ中如何进行注释，这里就不在多说，不知道如何运用R或者还没有试过在R中进行GO/KEGG注释的小伙伴们，可以到JM大神的b站观看视频。
IDs 解释 来源 entrez ID 自于NCBI旗下的Entrez gene数据库所使用的编号 Entrez Gene数据库（NCBI中的Gene数据库） EnsembleID Ensembl数据库的...ID编号 Ensembl基因组数据库 Gene Symbol HUGO Gene Symbol(也叫做HGNC Symbol，即基因符号)是HGNC组织对基因进行命名描述的一个缩写标识符（如:TP53）...ID） RefSeq参考序列数据库 probeset ID 芯片数据中的探针ID PubmedID 相当于文献的身份证号 [Omim ID] OMIM中收集整理的表型（疾病）和基因均会有一个唯一的...gene ID基因别名(多个基因别名对应一个gene id) #split函数的功能是将向量x中的数据根据f进行分组 eg2alis_list = lapply(split(eg2alis, eg2alis...中的probe_id的列名与probe2gene中的一样 head(expr) expr_symbol id") #根据probe_id
) #toTable这个函数：通过看hgu133plus2.db这个包的说明书知道提取probe_id（探针名）和symbol（基因名）的对应关系的表达矩阵的函数为toTable head(ids) #...芯片与GPL570相同，我怀疑是R包hgu133plus2.db的问题，所以使用jimmy老师的 AnnoProbe rm(list = ls()) ## 魔幻操作，一键清空~ options(stringsAsFactors...所以这句话我的理解有问题？还是下载的文件有问题？ 接着尝试下了下图mapping文件，拼老命也得干掉这个疑问！ 下载读取后发现两列探针名： 为什么这样的探针也是可以匹配呢？...写在后面 当学生投稿这个给我的时候，我都乐坏了，其实如果稍微背景知识多一点，敏锐一点，就能看出来，它这个平台的探针ID是假的，这个探针ID其实就是entrez ID，几乎就等价于基因名字啦！...提问的时候稍微写清楚一点，比如 在利用hgu133plus2.db进行探针名转换为基因名时出现问题： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
任何一个编程语言， 要想足够好用，都必须要有完善的代码调试机制，毕竟谁写代码还不碰到几个bug呢。 比如R语言编程，简单的R代码调试，其实靠head，str，help函数即可。...比如，群里有人问它的表达矩阵里面的探针ID，跟他准备好的探针ID与基因对应表格， 无法匹配，自己在Excel手动搜索，明明是每一个 探针都存在于准备好的探针ID与基因对应表格里面。 ?...探针ID与基因对应表格 我让他把两个数据保存为rdata给我，我写代码检查了一下： rm(list = ls()) load('input.Rdata') head(ids) exprSet[1:...不过，也有高级调试工具debugging tools，比如一些R中的调试函数 traceback 函数 debug 函数 browser 函数 trace 函数 recover 函数 另外，很多开发者在编写其...R包的函数里面，也会加入3种用户交互信息： message：由message()函数产生 warning：由warning()函数产生 error：由stop()函数产生
现有的基因芯片种类很多，但重要而且常用的芯片并不多，一般分析芯片数据都需要把探针的 ID 切换成基因的 ID。...其中前两种方法都比较麻烦，所以接下来要讲的是： 如何用 R 的 bioconductor 包来批量得到芯片探针与 gene 的对应关系。...3、下载完了所有的包， 就可以进行批量导出芯片探针与 gene 的对应关系。 二、 实操 1、 通过 GEO 数据库下载探针矩。...6、过滤表达矩阵中基因 id 没有在包中的数据，并将探针 id 改一下顺序，使其与表达矩阵的顺序一致。...7、 根据包中的探针 id 和基因名的对应关系，将表达矩阵中的 id 转换成基因名，并保存修改文件。
一、数据下载1.加载我们将要使用的R包library(GEOquery)2.先去网页确定是否是表达芯片数据，不是的话不能用本流程。...', getGPL = F)#getGEO有从GEO中下载数据到工作目录下，并将数据读取到R中。...="";table(k1)#去掉表格中的有空格的那一行，说明该探针没有对应的基因 k2 = !...用标准差大的基因进行画图，聚类和分组的差别可能会大一些，但若选择表达差异大的基因，聚类和分组会更一致。...load(file = 'step2output.Rdata')# 表达矩阵行名替换exp = exp[dat$probe_id,]rownames(exp) = dat$symbol#把探针的id换成基因的名字
探针的表达量对应基因的表达量代码和图片来自生信技能树 拿到的exp：行名：探针ID，转化为gene symbol 列名;样本编号 需要转化为分组信息 富集分析指定数据：ENTREZID1...count：差异基因中属于这条通路的有多少个，即把geneID里的基因个数 GeneRatio：差异基因中有多少个属于该通路 / 差异基因中有多少个被数据库收录（一个通路有很多基因，不可能所有的基因都被数据库收录...我们只是是借用数据库来评估富集） BgRatio：该通路共有多少个基因 / 数据库中所有通路共有多少个基因 富集分析的意义：衡量每个通路里的基因在差异基因里是否足够多（衡量每条通路中的差异基因？）...取过log的数据中纵坐标的值在0-20之间#处理异常表达矩阵#第一个办法：删掉异常样本#第二个办法：exp = limma::normalizeBetweenArrays(exp)整理好数据exp（一行一个基因探针名...，一列一个样本） 和 pd（临床信息，主要是获取分组）02 分组与探针注释（对应代码2）整理好数据，即获取探针名的注释，并将exp的行名替换成基因名。
在分析表达谱芯片的时候，我们经常会遇到多个探针对应同一个基因的情况。...一般遇到这种情况，最常见的两种处理方法是 1）取平均 2）取表达值高的那个探针 那么今天我们就用R来实现这两种处理方式。至于，如何将探针转换成相应的基因名字，相对来说还是比较容易的。...一般的芯片数据都会有一个相应的注释文件，从中可以找到探针对应的基因名字。对于一些Agilent的商用芯片和一些比较特殊的芯片平台，可能找不到探针的注释文件。...前面我们也简单介绍过 ☞探针注释文件中没有基因名字怎么办？ ☞探针注释文件中没有基因名字怎么办？（二） 首先我们先来随便造一个基因名有重复的表达谱数据。...例如同一个基因出现了三次，那么会有三行数据。如果使用aggregate+max，对于每一个样本，他会从三个值中挑选最大的那个值最为这个样本的表达值，这样做是不科学的。
「other」 「列表中包含的其他矩阵，维度同R和G一致」 「genes」 「包含探针信息的数据框，每个荧光点必须要对应一行，可以有任意列」 「targets」 「含有RNA样本信息的数据框，行对应芯片数量...以ApoAI数据的STF为例，图片出自limmauserguide： 在本例中，列ID和列Name在genelist中，并包含要「匹配的模式」。星号是通配符，可以表示任何内容。...列会作为MAplot的图例，GeneName列与RG$genes中为symbol的列同名，内容为要检索匹配到的名称（可以想象成str_detect函数的检索），然后color列就是MAplot中点的颜色了...基因表达测量的报告展示了每个探针和基因的相对丰度，也就是说，与从未吸烟的人的正常活检相比，研究样本中红色和绿色强度(Cy5/Cy3)之间的比率。 ❞ 因为双通道芯片的实验设计都挺复杂的。...为否，即取出不重复的项，去除重复的gene ，保留每个基因最大表达量结果 dat1=dat1[ids$ID,] #新的ids取探针id这一列，将dat按照取出的这一列中的每一行组成一个新的dat rownames
，即可以得到基因与基因类型的对应关系 awk '{if(!...R中进行后续处理，因为这篇文章只研究lncRNA，所以要去除编码蛋白的基因ID { gene2type = read.table( 'gencode.v25lift37.annotation.gtf.gene2type...= 'gset.Rdata' ) 第四步 数据集筛选 对样本进行不同分组，以及探针的选取对之后的差异分析结果都会有影响。...函数下载数据时，直接下载了平台，GPL就是注释矩阵的平台数据 ## 也就是探针和基因的对应关系 colnames( GPL ) view( GPL ) ## GPL的“ID”列是探针，‘Gene Symbol...tail( sort( table( ID2gene[ , 2 ] ) ), n = 12L ) ## 相同基因的表达数据取最大值，五万多个探针，这一步相对会运行较长时间 { MAX = by(
由于测序数据是探针数据，并且数量也不是太多，考虑使用python的正则进行序列匹配，实际结果看其比对效率还是挺低的。...每两行是一个探针信息，第一行是以">"开头的探针名称，第二行是具体序列。探针的两行信息以"|分隔合并为一个字符串。为了提高正则匹配的效率，将所有的模板探针序列以逗号分隔并成一个字符串。...使用n来控制提取序列，遇到@开头的行，则将n标记为1，下一次循环时则提取整行数据，将其置于预先定义的列表中。...format(fastq_file)) 正则进行序列比对 使用正则进行序列匹配，如果匹配，则返回探针序号，如果没有匹配，则返回字符串“None”。...共有86完条read，比对共运行接近8min，效率比较低，使用常规字符串操作进行序列匹配还是只适用于数据量比较少的情况。
这是因为，我们在使用GEO2R进行分析的时候，其实是分两部分的 基于原始数据ID的差异表达分析。 分析完之后吧ID号和注释文件进行匹配。如果有基因名那就匹配上了。如果没有那就显示其他的芯片。...如果没有，还确实想要分析这个数据的话，可以试着基于序列来进行blast。寻找相对应序列在blast之后对应的基因是什么。这样也是一种自己注释基因的方式。...这个时候还是建议离线的blast工具好一些 如果连基因序列或者每一个探针对应的基因位置信息都没有的话。。。。那还是放弃吧。换别的吧。。。...是不是自己本身的实验分组就有问题？ GEO2R是基于芯片的矩阵数据来进行分析的，就是下图的这个数据。这个数据也是作者自己上传的，那作者上传的时候有可能就会过滤掉一些数据了。比如说有差异的那些结果。...1 甲基化芯片能不能用GEO2R分析 有时候我们在进行甲基化相关数据检索的时候，发现在甲基化数据下面也是有GEO2R的分析选项的。 ?
---- scran包cyclone函数是利用‘marker基因对’表达来对细胞所在周期阶段进行预测的方法Scialdone (2015) “maker基因对”由作者根据训练集细胞（已注释了cell...cycle）的基因表达特征产生，我们可以直接使用。...ensemble格式，如果Seurat对象中表达数据提供的是其它类型的基因ID，通常就是SYMBOL或者Ensemble，如果是Seurat对象中表达数据的基因名称是SYMBOL，那么我们需要转化一下ID...各种基因ID转换参考文章：生信中各种ID转换。下面是对小鼠的基因对进行转换。...，换一下数据库就行了。
2.4 分析思路2.5 表达矩阵探针id要找到对应的基因sample样本编号GSM要获取分组信息group2.6 富集分析2.6.1 什么是基因的Entrezid？.../条形图Y叔Clusterprofiler 默认使用p.adjust可以按照CC、MF、BP对图片进行分面也可以上、下调基因分开富集，合并画图3 代码分析流程3.1 安装需要的R包options("repos...3)让exp列名与pd的行名顺序完全一致 临床信息中的分组信息与表达矩对应p = identical(rownames(pd),colnames(exp));pif(!...，做差异分析时作为对照组3.3.2 探针注释的获取3.3.2.1 探针注释的定义及来源探针注释：探针与基因的对应关系 不是所有的GPL都能找到注释！...探针与基因symbol的对应关系） 获得idsgeoChina：下载GSE数据annoGene：给基因提供注释library(AnnoProbe)?
根据这些主成分对样本进行聚类，代表样本的点在坐标轴上的距离越远，说明样本差异越大。 在生物分析中，多指标指的是多个基因，综合指标并没有明确意义。...基因表达芯片的原理 探针的表达量来代表基因的表达量。 探针是与基因互补杂交的序列。现在的核苷酸探针有25、60甚至更长。...不同文章可以分析同一组数据，但方法不一样 表达矩阵 一行是一个探针id，一列是一个样本编号（GSM） 探针id最后转换成基因名称 样本编号要归结到分组信息 富集分析 输入数据是差异基因的entrezid...id（id可以用symbol基因名来表示，也可以用entrezid（富集分析指定用）来表示） KEGG数据库 把基因及表达信息作为一个整体的网络。...GO数据库 细胞组分 分子功能 生物过程 R包上进行基因差异及富集分析的包：cluster profile 富集分析结果 第一列是通路，gene id是在该通路上的基因id，count 代表在该通路上基因的数目
#ID与探针矩阵数目2902观测一致,验证内容是否一致 table(ID$ID%in%probeM$ID_REF) #2902TRUE，说明一一对应 #获取cicRNA表达矩阵 cicrcM 数据，那circRNA的处理与分析流程应该与基因表达谱芯片测序完全一样，区别只不过是一个通过注释平台转换为基因名，一个转换为circRNA名。...我们从该小伙伴提供的结果中随机挑选出那个除上下调有差异，变化倍数几乎完全一样的基因ASCRP000979，通过查看其原始表达量与我们差异分析的脚本进行明确。...Step1:下载原始数据 首先，先下载探针表达矩阵与探针注释平台信息，从GEO搜索要下载的芯片数据集GSE78092 下载探针表达矩阵与注释平台信息（注意组别信息是：83-85为癌症组，86-88为正常组...） 将表达矩阵与注释平台信息去除不必要的抬头与结尾，分别复制到其新的txt文件中，然后放置在R的工作路径之下。
此时如果贸然下结论为中性粒细胞其实不利于后期的分析。 ? celaref R包通过与已知细胞类型的参考数据集的相似度进行比较。...比较查询数据和参考数据 得到每个查询细胞簇的Up基因列表 — 在该簇中具有显著更高表达的基因。在每个参考细胞簇的基因排名中查找这些基因，比较并绘制相似性。...输出结果 通常，查询数据中的每个细胞簇都针对参考数据（X轴）中的所有内容绘制。刻度线表示up基因，并且中位基因（middle generank）显示为粗条。...从haemosphere网站能得到标准化的数据 — 但仍需要匹配ID。 该数据来自Illumina HumanWG-6 v2 Expression BeadChips，并在探针水平上给出表达。...需要将这些探针转换为gene symbol以匹配PBMC数据。
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