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「R」ggplot2数据可视化

分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。...binwidth 直方图的宽度 notch 表示方块图是否应为缺口（TRUE/FALSE) sides 地毯图的安置（"b"=底部， "l"=左部，"t"=顶部，"r"=右部，"bl"=左下部，等等）...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...Number by Rank3.png 值得注意的是，第三个图形中y轴的标签是错误的，它应该是比例而不是数量。我们可以通过添加y="proportion"参数到labs()函数来解决。...不过指导它们的存在是有用的。 修改ggplot2图形的外观 R的基础绘图中,使用par()函数或特定的画图函数的图形参数来自定义基本函数。

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    R语言从入门到精通：Day17 (ggplot2绘图)

    分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)（主要涉及函数facet_grid()）。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...在R中，组通常用分类变量的水平(因子)来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如形状、颜色、填充、尺寸和线类型的视觉特征的分组变量来完成的。...我们在前面已经见过了函数geom_smooth()的例子，该函数中的参数含义依次为：method代表要使用的平滑函数，如lm、glm等；参数formula代表在函数中使用的公式，和回归分析中的参数formula...ggplot2中改变图案中特定元素的方法很多，其中，函数theme()能帮助我们调整字体、背景或者颜色等，我们可以将自己定义好的theme保存起来，这样可以使我们的图有鲜明的个人风格（如图15，代码已提供

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    三种可视化方法，手把手教你用R绘制地图网络图！

    大数据文摘出品 编译：睡不着的iris、陈同学、YYY 不知道如何在地图上可视化网络图？下面这篇博客将使用R中的igraph、ggplot2或ggraph包来介绍三种在地图上可视化网络图的方法。...nodes$weight = degree(g) 现在我们定义一个通用的ggplot2 的主题（在ggplot中设置及美化图形的一个工具）来展示地图 （无坐标轴和网格线）： maptheme 定义图形属性映射（aesthetic mappings，也称为美学映射，用以“描述数据中的变量如何映射到视觉属性”）。...据我所知在ggplot2中控制线宽只能通过“size“来实现。 使用ggplot2，我们只需决定要调整哪一个几何对象的大小。...这可能不是图形对象标注功能本来的目的，但总之，当你真的需要克服上面图1中所描述的ggplot2图形属性限制时，它随时可以派上用场。

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    【实战教学】学姐手把手教你用ChatGPT完美复现CNS图表！

    /articles/s41586-024-07630-7 设定角色 首先，我们给GPT定义一个角色，“R语言数据可视化专家”，使得GPT聚焦特定技能：这种指定强调了R语言和数据可视化这两个领域的专业技能...，帮助GPT专注于相关的技术和工具，如ggplot2、plotly、lattice等R包。...视觉元素：包括颜色使用、图例说明、标签和标题等，这些都是复现图表时需要准确掌握的细节。 附加特征：比如图中是否有错误条、数据聚合形式（平均数、中位数等）、使用的比例尺或转换（如对数尺度）等。...明确图表的类型（如条形图、散点图、折线图等），识别图表中的数据类型和各个数据点的关系。 3.选择合适的绘图方法：询问在R语言中有哪些方法可以绘制该类型的图表。...了解不同的R语言包（如ggplot2、lattice、plotly等）及其适用场景和优缺点，选择最适合当前需求的方法。 4.生成和使用测试数据：生成与原图表数据相似的测试数据，并用选定的方法绘制图表。

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    R语言统计与绘图：给组合图形添加ABCD小标签

    前面我们学习了ggplot2中组合图形的绘制，在科研论文中，组合图形每张子图通常需要加上ABCD等标签，如下图所示。 ? 这种ABCD标签既可以在PS或者AI中添加，也可以在R中直接添加。...今天我们来学习组合图形中怎么添加ABCD标签。 组合图形的标签添加可以使用ggpubr包的ggarrange()函数或annotate_figure()函数。 1....对象列表 plotlist # 要显示的绘图列表 ncol、nrow # 图形组合的列数和行数 labels # 要添加到图形中的标签列表，可以设置lable="AUTO"或"auto"自动生成大写标签或小写标签...font.label # 自定义标签的参数列表，允许值为size、face、color和family....widths # 相对列宽度的数值向量；如widths = c(2, 1)表示第1列宽度是第2列宽度的两倍 heights # 同上 legend # 指定图例位置的字符；允许值为"top", "bottom

    7.7K20

    跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2画流程图

    Figure2B，论文里没有提供这个图的代码，可以尝试用ggplot2模仿一下 image.png 当然这个图用ppt很容易实现。...用ggplot2来做会稍微繁琐一点，但是后续多图组合会方便很多 流程图就是文本和箭头的组合，可以借助geom_text()函数和geom_segment()函数来做 首先是文本标签 library(ggplot2...fill="#547e34", size=5, label.size = 0) image.png 这里有个问题是背景颜色条和文本的宽度是一致的...，如何单独调整背景的颜色条的宽度暂时想不到办法了，我的办法是给文本前后加空格 https://stackoverflow.com/questions/48195587/how-to-set-a-standard-label-size-in-ggplots-geom-label...这个链接里重新自己定义了一个函数，关于自己写ggplot2的绘图函数我还看不明白 添加箭头 ggplot()+ geom_label(aes(x=0,y=0),label=" VE ",

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    基础知识 | R语言绘图基础之柱形图

    R语言绘图基础之简单柱形图 在视觉性吸引方面,人类绝对是动物界的另类。当一张一张数据分析的统计表摆在眼前时，人们并不能快速的洞察其中的关系。...一般来说，X轴的数据可以分为数值型、序列型和类别型，图1的X轴很明显属于类别型，根据城市类别进行分类的。Y轴变量通常都是数值型的。如X轴的数据类型属于类别型，一般需要对数据进行降序处理，再展示图表。...如果仅仅通过一条语句是无法到达效果的： mydata1<-dplyr::arrange(mydata1,desc(TRUE)） #必须进行如下操作才能实现： order<-sort(mydata1...小结 geom_bar()：ggplot2中绘制柱形图的函数 identity：表position不做位置调整。...position=position_dodge()：柱形并排展示 width：表示柱形的宽度，范围是(0,1) alpha：表示透明度。

    1.9K30

    R-sysfonts+showtext包 -告别windows字体添加的烦恼

    作图的时候常出现一个问题，我把windows系统字体Times New Roman指定为图形里的字体，虽然在RStudio图形窗口会显示指定字体，但是在保存为PDF时出现问题，出现字体类别错误，指定字体无法显示...但是在输出图形时出现错误： ? 显示字体类别错误 ? 那么这个问题怎么解决这个问题了？ 需要用到sysfonts和showtext两个包。...，如果字体在系统的标准位置（如Windows的C:\Windows\Fonts）或当前工作目录，则可以直接输入文件名。...showtext包 在R中使用基本字体以外的字体并不是一件简单的事情，特别是PDF图形设备中，而showtext包就可以使我们更轻松的使用其他字体。...注意：showtext包目前并不适用于RStudio的内置图形设备。建议在原始R控制台中运行代码。 如果想在RStudio中运行代码则手动打开图形设备，如x11()和windows()。

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    用R来拼图和排版，告别AI和PS(二)：调节宽度和高度

    前面我们简单给大家介绍了如何使用R包patchwork来拼图和排版，今天我们接着来探讨，如何在拼图和排版的时候调节图片的宽度和高度，使最后的图片层次鲜明，重点突出。...我们还是使用上次的数据来举例，如果对patchwork这个包还不了解的同学，请回看上期内容用R来拼图和排版，告别AI和PS(一)。...#加载ggplot2和patchwork library(ggplot2) library(patchwork) #图A 散点图 p1 <- ggplot(mtcars) + geom_point...R来拼图和排版，告别AI和PS(一)讲空白占位图的时候画过，只不过上次画的时候没有调节宽度，图A跟图C的宽度是一样的。...今天的分享就先到这里，后面会给大家介绍更复杂的排版方式，敬请期待！ 参考资料： 用R来拼图和排版，告别AI和PS(一)

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    手把手教你画漂亮的和弦图（上）

    在circlize中，很容易以一种直接的或高度定制的方式绘制弦图。弦图从4个层次显示了关系的信息。1. 链接直接显示对象之间的关系;2....链接的宽度与关系的强度成正比，这种关系比其他图形映射更具有说明性;3.颜色可以是链接的另一种图形映射关系;4. 扇区宽度表示连接到其他对象或连接到其他对象的对象的总强度。...当然是相应的R包了，比如我们常见的ggplot2，但今天我们绘制的circle图需要的不是ggplot2，我们给大家介绍一个包— circlize 包。下面我们直接进入正题。 1....我们便会看到所有的边的连接关系均是S和E之间相互联系，那是因为在我们的mat矩阵中，行和列便是形成连接关系的点，数值代表连接线的粗细。扇区的排序则是按照列名和行名的顺序进行排序的。 4.自定义排序。...就会生成如下的结果 ? 当关系的强度(如相关性)表示为连续值时，col也可以指定为自定义的颜色映射函数。chordDiagram()接受colorRamp2()生成的颜色映射 ?

    4.9K11

    三组(连续)桑基图绘制(含百分比)学习

    桑基图的优点直观展示复杂关系：通过宽度可变的流线，可以非常直观地展示不同部分之间的数量关系和流动情况。易于比较：各个流线的宽度能清晰地展示不同路径的相对大小，方便比较和分析。...制作桑基图的工具R语言：ggplot2、ggalluvial、ggsankey、networkD3等包都支持绘制桑基图。...在线工具：如Excel、Google Data Studio、Tableau等可视化工具也支持桑基图的制作。...所以笔者不认为一定要执着于R，这种图的绘制可以怎么快速怎么来~步骤流程1、导入数据rm(list = ls())library(ggplot2)library(tidyverse)load("....通过修改 hjust 可以控制标签和百分比的左右移动。注：若对内容有疑惑或者有发现明确错误的朋友，请联系后台(欢迎交流)。更多内容可关注公众号：生信方舟 - END -

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    R for data science （第一章） ②

    facet_wrap（）的第一个参数应该是一个公式，你用〜后跟一个变量名创建（这里“formula”是R中数据结构的名称，而不是“equation”的同义词）。...这里，4代表四轮驱动，f代表前轮驱动，r代表后轮驱动。 如果这听起来很奇怪，我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。 请注意，此图包含同一图表中的两个geom！...我们将很快学会如何在同一个地块中放置多个geoms。ggplot2提供超过30个geoms，扩展包提供更多（请参阅https://www.ggplot2-exts.org）。...许多geom，如geom_smooth（），使用单个几何对象来显示多行数据。对于这些geoms，您可以将组审美设置为分类变量以绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量的每个唯一值绘制一个单独的对象。...实际上，每当您将美学映射到离散变量时，ggplot2都会自动将这些geoms的数据分组（如线型示例中所示）。依靠这个特征很方便，因为群体aesthetic本身并没有增加传说或区别特征与geoms。

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    （数据科学学习手札55）利用ggthemr来美化ggplot2图像

    一、简介 　　R中的ggplot2是一个非常强大灵活的数据可视化包，熟悉其绘图规则后便可以自由地生成各种可视化图像，但其默认的色彩和样式在很多时候难免有些过于朴素，本文将要介绍的ggthemr包专门针对原生...二、基础内容 2.1 安装 　　不同于常规的R包，ggthemr并没有在CRAN上发布，因此我们需要使用devtools中的install_github()直接从github上安装它，参照github...不过不用担心，按照上述的错误提示，我们打开对应目录，找到了对应的压缩包： ?...，用于定义图层元素的配色方案（要注意图像中需要用到的色彩数量要小于等于swatch的向量长度，否则会报错） gradient：一个长度为2的向量，lower位置和upper位置用于控制梯度色彩的上下限...line_weight：设置坐标轴和网格线的宽度，默认0.5 set_theme：逻辑型变量，控制是否启动palette传入的主题，默认为TRUE 3.3 微调图像对比度 　　ggthemr中十分贴心地提供了调节图像对比度的函数

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    R数据可视化之ggplot2 (一)

    学完R语言的基本操作后,我们还可以继续学习R的几大著名而且使用强大的包,今天讲其中的一个,就是ggplot2,至于这个包的评价和地位,我就不多说了,感兴趣可以百度,它绝对是数据可视化的利器,好了,我们先来开始简单介绍一下这个包...2,选择要画图形的类型3,添加一些图形,4,丰富一下图形的信息.ggplot2根据这个步骤,把每一步当做一个图层,每一个图层我们都可以设定一些参数....在画基本图形之前,我先说一下qplot这个函数,这个函数是ggplot2包里面的一个函数,简单作图,他的用法可以看做是基本绘图与ggplot绘图的一个过渡....首先需要加载ggplot2包 library(ggplot2) library(gcookbook) #主要用于获取数据集,若你用自己的数据集便可以不加载 1.画点线图....hist(mtcars$mpg, breaks=10) #修改组数 qplot: qplot(mpg, data=mtcars, binwidth=4) #绘制直方图,其中binwidth用于修改竖块的宽度

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    R可视化：不一样的ggplot2箱线图

    在ggplot2 中，可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点，这些点可以代表分组中特定指标的出现率。...网格状箱线图patternplot 是一个 R 包，它提供了创建网格状箱线图的功能，这种图表通常用于展示多个组别或条件下的数据分布。...legend.pixel: 图例中图案的像素大小。legend.w: 图例的宽度。legend.label: 图例的标签，用于说明不同图案代表的组别或条件。...R包library(tidyverse)library(ggplot2)​rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)导入数据data("iris")​head...stat_boxplot(geom = "errorbar", width = 0.15)：添加一个箱线图的统计变换，这里使用 errorbar 几何对象，宽度设置为 0.15，这可能是用来表示箱线图的中位数线或四分位数范围的误差条

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    Alluvial plot 冲积图绘制

    这种图表特别适用于展示数据中的分类如何从一个组别流向另一个组别，例如在分析不同子类型样本中的细胞如何在不同聚类中分布，或者在不同数据集中的细胞如何在不同聚类中分布的情况。...Alluvial plot 通过水平或垂直的流带（ribbons）来表示数据流，这些流带的宽度可以表示数据量或者数据的比例。在R语言中，可以通过ggalluvial包来创建这种图表。...今天在工作中需要绘制这么一张冲积图：将表格形式改成冲积图形式，即菌-代谢产物-基因的联系，其中这张表格展示了不同的肠道菌群（乳杆菌属、埃希氏菌属、梭菌属等）及其相关菌种，并列出了与这些菌群相关的基因或代谢标志物...如：乳杆菌属 (Lactobacillus)：菌种列出了三个乳杆菌属的菌种：Lactobacillus ruminisLactobacillus plantarumLactobacillus paracasei...相关基因或代谢物a,b,c,d,e代码rm(list=ls())library(ggplot2)#install.packages("ggalluvial")library(ggalluvial)library

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