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ggplot绘制火山图

火山（Volcano Plot）图在一张图中显示了两个重要的指标（Fold change/pvalue），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。...检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验P值的负对数-log10（pvalue）为纵坐标，即可得火山图（Volcano Plot）。...> install.packages("ggplot2") > library(ggplot2) > R0_vs_R3_isoforms_fitter <- read_excel("~/Downloads.../R0-vs-R3.isoforms.fitter.xlsx") > data <- R0_vs_R3_isoforms_fitter > r03 ggplot(data,aes(log2FC,-1

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ggplot2绘制玫瑰图

1绘制 ggplot(mydata) + + geom_bar(aes(x=a, y=b),width = 1,stat="identity", + colour = "black...(size=0.25), + axis.text.x=element_text(size = 13,colour="black",angle = myAngle)) 4.png 2绘制不带空心的玫瑰图...ggplot(diamonds,aes(x=clarity,fill=color))+ + geom_bar(width=1.0,colour...size=0.25), + axis.text.x=element_text(size = 13,colour="black",angle = myAngle)) image.png 3绘制带空心的玫瑰图...> ggplot(diamonds,aes(x=clarity,fill=color))+ + geom_bar(width=1.0,colour="black",size=0.25)+ +

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如何在R中绘制树图(TreeMap)

树图(TreeMap) 通过矩形面积的大小，以及填充颜色的深浅，来显示节点的统计数据，通过嵌套层次来显示分组的层级的可视化图形。...那么如何绘制树图呢？...首先绘制树图需要的包： install.packages(“treemap”) 树图函数： treemap(x,index,vSize,vColor,palette,range,border.col...border.col='#63B8FF', palette=c("#FFFFFF00", "#1C86EE00"), range=c(minSales, maxSales) ) 一副完美的tree图就搞定啦

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ggplot2优雅绘制曼哈顿图

这是通过将0.05除以GWAS数据中的行数（即测试的总数）来实现的，用于调整多重比较的影响。...sig <- 0.05 / nrow(gwas) 数据可视化 ggplot(gwas, aes(x = bp_cum, y = -log10(p),color = as_factor(chr), size

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20220518_ggplot2绘制玫瑰图

20220518_ggplot2绘制玫瑰图 library(ggplot2) library(cowplot) library(ggsci...= c('ZT2','ZT6','ZT10','ZT14','ZT18','ZT22')) windowsFonts(myFont = windowsFont("楷体")) ## 绑定字体 ggplot...= A, fill = B)) + theme_bw() + geom_bar(stat = "identity", alpha = 0.7) + coord_polar() ggplot...identity", alpha = 0.8,fill = "#89CDBF") + coord_polar(theta = "x") 111.png 222.png 注意：玫瑰图与雷达图非常相似做好区别

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GGplot绘制个性化热图

本文内容: ggplot2绘制热图热图展示方格为方块热图分面、添加标记换行长字符配色热图展示为点图加载R包 pkgs = c('tidyverse', 'forcats', 'gtools'...scale_fill_simpsons() + theme(axis.text.x = element_text (angle = 45, vjust = 1, hjust=1)) 7、用点绘制热图...# 用点绘制热图，颜色为分类变量 data %>% gather(key, value, paste0('Dilution', 1:3)) %>% unite(condition, condition...scale_color_simpsons() + theme(axis.text.x = element_text (angle = 45, vjust = 1, hjust=1)) 8、用点绘制热图...绘制个性化热图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/442663764) [ggplot2合并共享坐标轴的图片](https://aosmith.rbind.io/2019/05

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ggplot2绘制嵌套圆图

❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制嵌套圆形图，图形绘制倒也简单主要是细节的调整结果仅供参考❞ 加载R包 library(tidyverse) 导入数据 bytes_total % mutate(x_label = c(0.45, 1.4, -0.57, -1.3)) 数据可视化 ggplot

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ggplot2| 绘制KEGG气泡图

对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。...一载入数据集和R包 library(ggplot2) pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE) head(pathway...二绘制KEGG气泡图 2.1初始化数据并绘制散点图 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) + geom_point() ?...可在以下几个方面进行优化： A：标题，横纵坐标轴； B：按照通路上基因的多少定义点的大小； C：根据P值定义点的颜色； 2.2 修改点的大小 #按照Gene个数定义点的大小 ggplot(pathway...四参考资料 ggplot2：数据分析与图形艺术好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。

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ggplot2进阶绘制蜂窝图

>% arrange(-age) %>% mutate(g_rank = row_number(), name = fct_reorder(name, age)) %>% ungroup() 绘制一个基础图...p ggplot(cent_bee) + geom_beeswarm(aes(age, "group"), groupOnX = FALSE) + theme_minimal() +...theme(plot.background = element_rect(fill = "grey99", color = NA)) # 构建ggplot图形，将结果存储在pp变量中 pp ggplot_build(p) # 从pp对象中提取数据，并创建一个新的数据框pp_df # 包含x, y坐标，半径r，以及cent_bee数据框中的其他相关列 pp_df % select(-x.x,-y.x,-x.y,-y.y) %>% select(x,y,color,color2,id,gender) 数据可视化 ggplot

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ggplot2优雅的绘制轨道图

❝本节来绘制一个简单的绘图案例；暂且称之为轨道图；下面小编就通过一个详细的案例介绍如何绘制此图；关于此图的实践应用以后在做介绍加载R包 library(tidyverse) library(systemfonts..., "Nob Hill", "San Francisco", "Inner Sunset", "Outer Sunset", "Inner Richmond") 数据可视化 ggplot

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13.ggplot2绘制风险因素图

predicted_risk) %>% mutate(pred_risk_med = median(predicted_risk_value)) %>% ungroup() 数据可视化 ggplot

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NC图表绘制-ggplot2绘制多组填充热图

_1.5.1 dplyr_1.1.4 purrr_1.0.2 readr_2.1.5 tidyr_1.3.1 [11] tibble_3.2.1 ggplot2...rev()) df1 % filter(name=="WES RNA-seq") %>% dplyr::rename("WES RNA-seq"="value") df %>% ggplot

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ggplot2绘制美美的面积图

❝本节来介绍如何对常见的柱状图稍加改造绘制成一张美观的面积图，下面通过一个小例子来进行展示；加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <-...mean_probability * -1) drought_df % filter(str_starts(code, 'D')) 数据可视化 drought_df %>% ggplot...year, y = mean_probability, fill = legend_text)) + geom_area(alpha = 0.95)+ # 也可使用 geom_col()来绘制条形图

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ggplot2优雅绘制多组旭日图

欢迎关注R语言数据分析指南案例图仿图绘图思路 ❝此图用R绘制难点有两处 (1)在于绘制连接处并进行渐变色填充 (2)绘制独立的甜甜圈图进行拼图目前ggplot2 3.5已经能指定为图形进行渐变色填充...markdown注释文档+文档清单」 library(tidyverse) library(geomtextpath) library(ggnewscale) load("da.Rdata") # 加载数据绘制旭日图...p1 ggplot()+ geom_rect(data=data.frame(xmin=0, xmax=1, ymin=0, ymax=.75), mapping=...element_blank(), panel.background =element_blank(), plot.background=element_blank()) 绘制甜甜圈图...%>% arrange(desc(pct_hl)) colors <- c("#3B9AB2","#7294D4","#C6CDF7","#E6A0C4","#A2A475") p2 ggplot

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ggplot2绘制CNS级热图

❝本节来介绍如何使用分面来绘制热图并填充特殊字符，下面通过一个小例子来进行展示；加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) library(ggforce) 数据清洗...case_when( PR_evolution > 0 ~ "↑", PR_evolution < 0 ~ "↓", TRUE ~ "=")) 数据可视化 df %>% ggplot

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ggplot2绘制突变全景图

这篇是生信技能树的一个学徒作业：小队列的肿瘤外显子临床预后意义主要学习的图是这几个：突变全景图 fig2a fig2c 读取数据附件下载地址：https://ehoonline.biomedcentral.com...Function" "Transcript" "ExIn_ID" "Cosmic ID" "Vary Type" ## [11] "caseAF" Fig2a Fig2a其实就是突变全景图的右边条形图部分...只要计算某个基因在多少个样本中突变了，再除以53即可得到纵坐标mutation percentage！...： p1 ggplot(aa, aes(factor(PatientID),fct_rev(gene_symbol)))+ geom_tile(aes(fill=Function))+ labs...画条形图部分： up.df count(PatientID,Function) p2 ggplot(up.df, aes(factor(PatientID),n))+ geom_bar

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ggplot2优雅绘制金子塔图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制年龄分布金子塔图，下面小编就通过一个案例来进行展示数据为随意构建无实际意义仅作图形展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。..."60 - 64","65 - 69","70 - 74", "75 - 79", "80+")) %>% rowid_to_column() 数据可视化 ggplot

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ggplot2优雅的绘制森林图

❝本节来介绍如何使用ggplot2来绘制森林图，下面通过一个小例子来进行展示 ❞ 加载R包 library(tidyverse) 导入数据 unicox <- read_csv("AKT3_mRNA_OS_pancan_unicox.csv...") 绘制森林图 p1 ggplot(unicox,aes(HR_log, cancer, col=Type))+ geom_point(aes(size=-log10(p.value))...legend.background=element_blank(), # 设置背景为空 legend.box.background=element_rect(colour="black"), # 图例绘制边框...=c(1,0),legend.justification=c(1,0))+ scale_color_manual(values = c("gray", "steelblue", "red")) 绘制基因名称...p2 % select(cancer) %>% distinct() %>% mutate(group="A") %>% ggplot(aes(group,cancer)

1.4K2 0

ggplot2绘制多层分组热图

❝本节来复现nature cell biology上的一张热图，通过一系列数据清洗来介绍图形细节的调整，整个过程仅参考。希望对各位观众老爷能有所帮助。...", name) ~ "Bio rep 3", TRUE ~ "Other" )) 数据可视化 df %>% ggplot(....margin = margin(b=3)), plot.margin=unit(c(0.2,0.2,0.2,0.2),units=,"cm")) 复现图

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ggplot2绘制渐变布局云雨图

❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制渐变图形，下面小编使用palmerpenguins包内置的企鹅数据集来进行展示仅作图形展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。...library(gghalves) 数据清洗 plot_data % select(species, body_mass_g) %>% drop_na() 数据可视化 ggplot...= 'NA', slab_fill=NA, slab_colour='#3e2c12', slab_size=0.4) + # 添加箱型图，...设置宽度和异常值形状 geom_boxplot(width = .15,outlier.shape = NA,fill='#fafafa') + # 添加半点图，设置透明度和大小 geom_half_point

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