1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...有，搭建R的私有源） 3.搭建R私有源 ---- 1.在Apache2的部署目录创建目录 [ec2-user@ip-172-31-22-86 html]$ sudo mkdir -p /var/www/...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如：设置R启动时加载的包、设置编辑器、制表符宽度等） 5.测试R私有源 ---- 1.进入R控制台，执行包安装命令 [ec2-user@ip-172-31-21-45 etc]$ R R version
Date : [[2022-07-09_Sat]] 微信公众号 : 北野茶缸子 Tags : #好物分享/效率工具/win 前言 在[[40-超级右键——你的mac右键]]，我们介绍了mac 中的超级右键...另外也可以自行添加如md 在内的文件： 不过需要注意的是，可能添加后会显示没有拓展名对应的打开方式。 比如我想添加md后缀文件，我实际是下载了typora 的。...添加Rproj格式 我通常的习惯是，R 文件所在的目录，都会有Rproj 文件，这样方便项目的管理。...如果需要使用Rstudio，打开Rproj，而默认下都是使用sublimetext 打开R 格式的。 ContextMenuManager 添加Rproj格式稍微有些麻烦。...但是打开后却发现报错了，显示我的Rproj 创建版本出错。 这里需要解决一下，因为它并不知道我们的Rproj 注册的版本信息，因此会发生一定的问题。
R语言相关课程安排1.R与Rstudio2.数据类型3.数据结构4.函数和R包5.文件读写6.绘图7.应用专题day1课程——R与Rstudio图片1.R和Rstudio的介绍-R语言：用函数处理数据；...；（2）控制台（代码运行和结果显示）；（3）environment（对象/变量列表）；（4）文件/图片/帮助/包的集成展示-命令提示符 ＞有命令提示符的时候才能“说话”，才能输入；2.创建 Rproject-R...project用于管理不同的项目，双击文件名.Rproj后可以打开Rstudio并自动将文件名.Rproj所在位置设置为工作目录。...3.新建脚本file - new file - R script-脚本的保存和关闭脚本的关闭点击脚本名旁边的小xx；默认关闭后保存到文件名.Rproj所在目录（工作目录）；图片4.与R的交互方式-（1）...通过控制台窗口交互可以直接在控制台键入简单命令，但session关闭的时候会全部清空-（2）在脚本编辑器中交互在脚本编辑器中编辑好之后，所有命令都会记录下来，可以逐行运行或者选中运行；加 # 号进行注释后
3.在“管理本地用户和组”中找到当前用户的用户名，就可以看到用户名是英文还是中文了下载R和Rstudiob站有教程，暂时不需要装R包什么是RR是一种编程语言，也可以统计计算、绘图，它汇集了很多函数RStudio...5.文件窗口（files）（右下窗口）展示了当前文件夹中的文件列表。6.绘图窗口（plots）（右下窗口）用来展示R代码生成的图形。...7.扩展包窗口（packages）（右下窗口）展示所有安装过的拓展包。...当有多个项目并行的话，全都在一个文件夹下，会显得比较乱，一般考虑并行多个项目，也就是多个工作目录。...操作流程如下（以自己的面板为例）project是绑定文件夹的，可以新建，也可以采用已有的可以从新建的文件夹中点击Rproject，进入该项目显示文件列表实操运行直接打命令不跟路径会显示默认路径，也就是工作目录
在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown中我们讲述了bookdown用于自动化文档生成。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。...本身是一个很简单的文件，里面的内容一般不需要修改，只是放置在每个项目目录下即可。 比如我们有个内容如下的ysx.Rproj文件，配置了一些参数，看单词都应该明白这些参数是什么含义。...在我们之前的易生信培训课程中，R代码都以Rmarkdown的形式呈现，因为它有一个便利的地方在于Rmd中运行的代码默认以Rmd所在目录为工作目录，这样就方便设置相对路径访问文件了。...Rstudio打开 (Open project)所有的路径都为Rproj所在目录了，具体看下方的动画展示。...另外如果我们自己开发R包，可以用如下的Rproj文件，配置信息稍微多了一些。
因为我们可以为R 读取包的路径设置多个，接下来我还做了一些其他设定： 增加一个机械硬盘中的目录，专门给那些大的R 包准备，比如基因组数据等等； 增加一个固态下的目录，并同步到坚果云等同步盘中，文件名设置为操作系统...-R版本的格式，专门存放那些经常使用且内容并不太大的R 包，比如哈德雷老哥全家套等等。...那么该如何在特定情况下，将R 包安装到指定位置呢？...这里需要借助参数lib： install.packages(pacman, lib = "xxx") 这时候你就可以将路径指向其他目录了： 机械硬盘中的目录，专门给那些大的R 包准备 固态下的目录，并同步到坚果云等同步盘中...(qq.com) 这里再多一嘴destdir 参数，它表示下载的R 包压缩数据存放的位置，默认为NULL，表示将默认下载到R 启动所在的工作目录，比如你用的Rproj 则在Rproj 下。
存在以下问题： 略显鸡肋，既然是为了开启一个新的R，那何不直接重启R 呢； 对于脚本的开发者来说： 如果在脚本开发过程中加载了新的包，而没有将其写在library 中，其他使用者会报错； 如果在脚本开发过程中进行了其他配置...，如stringsAsFactors = FALSE，而未在脚本中声明，则其他使用者也会报错； 可能外部读取使用了相对路径，而在命令行中直接修改了路径setwd()，而此时又未在脚本中声明新的路径，导致重启...（这也是不建议使用setwd 的原因） 一些改善的策略： 用R studio 等可以通过project 为单位管理脚本的开发工具，可以很方便的每次在Rproj 文件所在的位置即设定为工作目录，而且可以非常方便的切换到其他的项目...； 避免在脚本中使用rm(list=ls())、setwd()，可以使用rs.restartR() 替代rm(list=ls())； 将重要的对象导出到output 文件夹内，保存为.Rdata，其他脚本中如果需要使用可以直接读取...project 为单位的项目控制软件。
knitr::include_graphics('figure/plot1.png') 接下来，介绍下如何在 Rstudio 界面内创建一个 Rprojet 项目和外部快速搭建的一个 Rprojet...然后点击创建一个 New Directory（如果你已经创建好文件夹， 可以选第二个选项） ? 之后，选择 New Project ? 注意：这里下面还有 R Package 和 Shiny 按钮。...最后填写文件名（建议英文）创建即可。 ? 这时，会跳转成下面的界面，你可以找到本地对应的文件夹，然后手动添加其他文件夹（figure等）。然后在这个基础下，尽情发挥的你的数据分析能力啦！ ?...外部快捷创建 Rprojet 项目 如果你是 Windows 用户，可以参考《生信技能树》写的：你还在复制粘贴一个Rproject文件吗 。...测试效果：随便找个文件夹（桌面也行），你可以得到一些界面 ? 小编有话说 “超级右键”可以直接在 App Store 中搜索得到。
R语言是一种非常适合数据分析的编程语言，其特点包括开源免费、数据分析、大量扩展包、图形界面和社区支持。...三、如何在RStudio中新建项目R project？...①、创建R project 步骤如下图所示： ②、创建R project成功： ③、工作目录下的文件夹出现相应的R project： 四、新建脚本 创建新脚本步骤如下图所示： 五、Rstudio介绍 大家看图片...通过交互式对话，用户可以直接与R互动，探索和分析数据，并创建和修改R代码和函数。交互式对话还可以在调试和测试代码时提供实时反馈和帮助。 ①、第一种方式; ②、第二种方法： 注意两种系统的快捷键不同！...大家现在知道按照步骤创建Rproj的重要性了吧? 八、R语言在跟你说啥？——R语言的常见情况 大家先看看图片，有个大概的了解，以后遇到了就知道是什么原因了，不慌不慌了?✌ 大家现在知道>的意思了吗？
但毕竟天下武功百般，有的时候你使用的工具，或者是你处理的对象使用其他编程语言处理的，你又该怎么办呢？ 学习python，你可能使用过编辑器如pycharm, vs code 等等。...如果你还没有创建conda 环境，可以参考下面的使用conda 条目。通过conda 分离不同python 或其他程序版本，可以防止因为软件或包版本不同造成的污染。 1....中使用conda 安装包了： conda_create("r-reticulate") conda_install("r-reticulate", "scipy") 当然我们也可以直接在所在的python...直接在R 中运行python 模块与函数 reticulate 包非常牛X 的一点是，它允许我们使用R 风格的代码来运行python。...创建python 脚本运行 类似在R 中，我们通过source 运行R 脚本。reticulate 包提供了source_python() 函数，可以让我们加载python 中的函数。
创建一个 R 包开发的 Project 运行： usethis::create_package("~/Desktop/ncov") 即可在 ~/Desktop/ncov 位置创建一个 R 包的项目了，...查看创建的项目文件夹 我们可以从桌面上找到这个文件夹： ?...这个目录的结构是这样的： $ tree . ├── DESCRIPTION ├── NAMESPACE ├── R └── ncov.Rproj 接下来的操作中我们只需要关注这两个文件（夹）：DESCRIPTION...还是先创建一个包文档： usethis::use_package_doc() 使用下面的语句在 R 文件夹里面创建并打开 Hello.R 文件： usethis::edit_file("R/Hello.R...编写 ncov 包的 DESCRIPTION 文件 使用下面的命令把该包依赖的 R 包写入 DESCRIPTION 文件中的 Imports 字段下： for(pkg in c("jsonlite",
bookdown bookdown是著名R包作者谢益辉开发的，支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档，然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。...成书 如何使用bookdown 1、安装R和Rstudio 2、安装bookdown包 install.packages("bookdown") 3、克隆demo到本地，解压后用Rstudio打开.Rproj...文件 https://github.com/yihui/bookdown-chinese 4、打开工程中章节对应的.Rmd文件进行编辑 5、编辑完成的章节在Rstudio面板Build--Build Book...编译成书 6、编译完成之后会自动生成一个_book文件夹，里面包含了静态html文件 github.io github提供了一个功能叫github.io，用官网的一句话来形容 Websites for...1.首先我们需要拥有一个 GitHub 账号； 2.登录我们的GitHub账号进入主页； 3.选择创建项目； 4.创建一个仓库，仓库名必须以 username.github.io 命名； 5.Clone
最开始是想将各个类分门别类地存放在不同的包中，所以想在项目源码包中新建几个不同功能的包eg：utils、model、receiver等，最后的结果应该是下图左边这样的： 很明显建立项目后的架构是上图右边这样的...时是分层的，是按name中的“.”来进行分层，通过上面的右图可以看出，我们最初的包是com.mukekeweather.app，然后就有了这样的树状文件架构，在src文件夹下有com文件夹，然后在com...文件夹中又新建mukekeweather文件夹，然后在其下才新建app文件夹。...所以，我们预想中的文件夹的架构应该是上图最右边的那样的。。。 ...ok，方法就这样了，其实理解了java中新建包时name中的写法与包在文件中的实际组织架构之间的关系就很容易了，我们按照刚刚的方法继续将其他几个包补上就达到了我们预想的效果了，就是下面左侧的这张图了，其相应的文件组织架构就是右侧这样了的
R语言的集成开发环境；图形界面；开源免费 ##### > 是R语言的命令提示符 2、新建项目（R project） File-New project—New Directory-- New project...##(不要有特殊字符，不要有汉语，不要有空格等) 然后右下角有一个learnR.Rproj 右上角的位置就会换成自己命名的文件夹learnR。...在自己设置的工作路径内会自动生成一个learnR的文件夹，里面有learnR.Rproj，下次可以直接双击打开。 图片 R project的作用 存放这个项目的相关脚本和其他文件，便于查找。...，可以重命名+选择路径，默认路径是当前的project文件，保存的脚本是.R结尾的文件） 图片 1....(右下角)文件/图片/帮助/包 4、字号设置 图片 5、与R"交互" 图片 图片 脚本的运行方式：1.逐行运行，2.选中运行 快捷键：windows：ctrl+enter mac：command
1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面）依然mac版，适配的非常不错，没有任何的不适配。...2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面四个象限分别代表：编辑器对象/变量+历史命令脚本运行与结果显示文件/图片/包3.学会外观设置和基本操作从最简单的函数开始plot(rnorm...……但是还是搜了一圈才搞清楚它的意思：boxplot即箱线图，iris是机器学习中很经典的数据集，sepal.length花萼长度，species是分类结果，col=c（）即颜色，最终得到一个经典的箱线图...：基本操作：管理工作目录如果同时要处理几个项目，推荐先建立一个新文件夹，如若下次想打开此项目，先进此文件夹，点击相应的文件.rproj文件，防止出错。...显示文件列表dir()list.files()和linux中的ls一个意思。加减乘除常规+-*/。
，要从R-01 里面的 Rproj 文件双击打开。...【R报错/R包安装】这个test load不出来 你的工作目录不对，要从文件夹里的Rproj，双击一下，打开RStudio。...】我用小洁老师的pipeline中的代码下载GSE141907，运行到02_group_ids.R步骤后报错 由于物种是Mus musculus，于是物种的参照包用EnsDb.Mmusculus.v79...【环境配置】请问这个R4 环境的创建是先 deactivate rna环境后再创建一个吗？ 是的。 【环境配置】请问我把这个包下载后上传到服务器了，下面的安装命令是否正确？ 命令可能没错。...右上角empty，文件太大没有放进文件夹，叫你自己下载。 【R实战】这一类的XM NM XR开头的转录本，名称怎么转换呢？
有时候我们非常需要快速的创建R proj 文件。 毕竟使用项目文件的方式管理我们的脚本，使用相对路径也会方便一些。...一个比较麻烦的方法就是，打开R studio 找到创建新project，再选中我们需要创建项目的路径。 下面，我会介绍几种方法。...复制--永远滴神 直接在桌面或者方便的位置，放一个空的R proj，需要它的时候，直接复制即可。 这个方法的好处就是，无论是什么操作系统，都可以通吃。...这里我仅仅介绍其新建Rproj 的功能： 配置起来也非常简单，直接在主界面中增加模版即可： 关于这款软件的详细用法，你可以点击阅读全文。...目前我只是用来增加一个新建菜单的选项，增加Rproj： 但是打开后却发现报错了，显示我的Rproj 创建版本出错。
）R语言的library,右键，属性，安全，编辑，选中完全控制，R.exe(bin文件夹)，和rstudio.exe也要改一下.认识R和Rstudio引用自微信公众号生信星球R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境...Rstudio,打开长这样引用自微信公众号生信星球图片作图学习plot是R中的基本画图工具，直接plot(x)，x为一个数据集，就能画出图。...plot ()函数是R中基本的画x-y两个变量的函数，其用法如下为：plot (x, y,...)runif（）R语言生成均匀分布随机数的函数是runif（） 句法是：runif (n,min=0,max...设置字体大小引用自微信公众号生信星球图片R语言基本操作用Rproject管理工作目录所谓工作目录就是默认的读取和储存位置，也就是说，R语言只能和一个文件夹进行互动，这个文件夹非常重要，做不好就会导致你的脚本...创建参考 https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA最后可以用getwd()查看一下，就会发现你的工作目录就是Rproject所在的目录啦> dir
跟着运来兄搭建自己的生物信息小书房。趁年轻，读几本硬书，到老了慢慢反刍。 R语言是主要在学术界用的编程语言，写作是其内涵之义，于是有了 RMarkdown。...每一个喜欢R语言不巧又同时喜欢写作的人，遇到这两个包都会有抑制不住的好奇心。余，概莫能外。...] "G:/Desktop/Desktop/RStudio/Rmarkdown/Rmarkdown/.Rproj.user/shared/notebooks/A33EE802-R_in_action/1...[40] "G:/Desktop/Desktop/RStudio/Rmarkdown/Rmarkdown/tex" 在R的项目里面就可以看到...也就是在写作的过程中，就可以随时了解书籍的版式是不是自己喜欢的。
[3] "/usr/share/R/library" 因此为以后考虑, 将 /usr/lib64/R/library 下的个人R包放到了私人目录....效果展示图片过程包库权限设置将 /usr/lib64/R/library 下的个人R包放到了私人目录./usr/lib64/R/library 设置权限为755, 禁止普通用户写入....fidone进入一个新账户的rstudio-servers:图片依次选择上传项目文件....图片将自动进行解压, 进入解压文件夹点击Rproj文件.图片使用 .libPaths(c(.libPaths(), "/home/Rlib/x86_64-redhat-linux-gnu-library.../4.1")) 指定项目使用包库.
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