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任意基因在泛癌中的表达量展示

有了泛癌的数据之后就可以进行各种分析了,当然这些都是在R语言的基础上进行的。如果你不会R语言,也可以通过各种各样的网页工具实现。 我们今天就简单展示下任意基因在泛癌图谱中的表达量情况。...详情请见:TCGA、GTEx的泛癌数据也是1行代码整理 GTEx GTEx的展示比较简单,最常见的就是某个基因在所有组织中的表达量情况。...gene <- "CXCL1" plot_df % select(sample_id,project,all_of(gene)) %>% # 这个分组你可以任意指定...用的最多的肯定还是任意基因在不同组别中的表达: gene <- "CXCL1" plot_df % select(1:4,all_of(gene...比如你可以通过ssGSEA对泛癌进行免疫浸润分析,这样每个样本都可以有一个得分,这样你就可以展示某个细胞在不同组别中的得分情况。

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    如何在MQ中实现支持任意延迟的消息?

    上图是CMQ中对MQ功能的对比,其中标明腾讯的CMQ支持延迟消息,但是没有具体写明支持到什么精度,支持任意时间还是特定的Level。 ?...总结 开源版本中,只有RocketMQ支持延迟消息,且只支持18个特定级别的延迟 付费版本中,阿里云和腾讯云上的MQ产品都支持精度为秒级别的延迟消息 (真是有钱能使鬼推磨啊,有钱就能发任意延迟的消息了,...开源版本没有支持任意延迟的消息,我想可能有以下几个原因: 任意延迟的消息的需求不强烈 可能是一个比较有技术含量的点,不愿意开源 需求不强 对支持任意延迟的需求确实不强,因为: 延迟并不是MQ场景的核心功能...TimeWheel TimeWheel的大致原理如下: ? 箭头按照一定方向固定频率移动(如手表指针),每一次跳动称为一个tick。ticksPerWheel表示一个定时轮上的tick数。...如每次tick为1秒,ticksPerWheel为60,那么这就和现实中的秒针走动完全一致。 TimeWheel应用到延迟消息中 无论定时消息还是延迟消息,最终都是投递后延迟一段时间对用户可见。

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    如何在virtualenv环境中安装指定的python版本

    如果不指定python版本,则默认使用环境变量中的python版本 可使用-p PYTHON_EXE选项在创建虚拟环境的时候指定Python版 1 #创建python2.7虚拟环境 2 virtualenv...文件夹中 virtualenv为应用提供了隔离的Python运行环境,解决了不同应用间多版本的冲突问题。...) venv是指定的虚拟环境的文件夹,可以自己指定,指定后自动创建 现在, flasky 文件夹中就有了一个名为 venv 的子文件夹,它保存一个全新的虚拟环境,其 中有一个私有的 Python 解释器...可以通过下面的命令激活这个虚拟环境: $ source venv/bin/activate 如果使用微软 Windows 系统,激活命令是: $ venv\Scripts\activate 当虚拟环境中的工作完成后...未经允许不得转载:肥猫博客 » 如何在virtualenv环境中安装指定的python版本

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    如何在git中删除指定的文件和目录

    部分场景中,我们会希望删除远程仓库(比如GitHub)的目录或文件。...具体操作 拉取远程的Repo到本地(如果已经在本地,可以略过) $ git clone xxxxxx 在本地仓库删除文件 $ git rm 我的文件 在本地仓库删除文件夹 $ git rm -r...我的文件夹/ 此处-r表示递归所有子目录,如果你要删除的,是空的文件夹,此处可以不用带上-r。...提交代码 $ git commit -m"我的修改" 推送到远程仓库(比如GitHub) $ git push origin xxxxxx 补充: git rm 查看git rm的说明文档: $ git...-n, --dry-run 演习 -q, --quiet 不列出删除的文件 --cached 只从索引区删除 -f, --force 忽略文件更新状态检查 -r 允许递归删除 --ignore-unmatch

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    如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源

    1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后,我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的,在离线环境下如何安装R的包,能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意,PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息,且每个包只有一个版本。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容: [root@ip-172-31...(如:设置R启动时加载的包、设置编辑器、制表符宽度等) 5.测试R私有源 ---- 1.进入R控制台,执行包安装命令 [ec2-user@ip-172-31-21-45 etc]$ R R version

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    如何在Bash中遍历由变量定义的数字范围

    问: 当范围由变量给出时,如何在Bash中遍历这一范围内的数字?...我知道我可以这样做(在 Bash 文档中称为“序列表达式”): for i in {1..5}; do echo $i; done 它会输出: 1 2 3 4 5 然而,我该如何用变量替换范围的任意一个端点呢...$END}; do echo $i; done 这会输出: {1..5} 答: 提问者代码不起作用的原因是花括号扩展在任何其他扩展之前执行,且其他扩展中具有特殊含义的任何字符都会在结果中保留下来。...换句话说,花括号扩展只是简单地基于文本的替换,它不会根据周围的语法环境或者花括号内部的文本进行复杂的分析或解析。这种方式确保了扩展的过程快速且不依赖于特定的语境。...如何将一个大的文本文件拆分为行数相等的小文件 在bash中:-(冒号破折号)的用法 在Bash中如何从字符串中删除固定的前缀/后缀

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    R语言调整随机对照试验中的基线协变量

    参与者被随机分配到两个(有时更多)的群体这一事实确保了,至少在期望中,两个治疗组在测量的,重要的是可能影响结果的未测量因素方面是平衡的。...即使在各组之间的某些基线变量出现不平衡的情况下也是如此。这是因为偏差被定义为估计量(由我们的统计程序给出,如线性回归)是否在重复样本中具有等于目标参数的期望。...有时估计值会高于真实值,有时低于真实值,但只要平均值等于目标值,我们就会说估算值是无偏见的。 协变量调整 现在让我们考虑调整一个或多个基线协变量,在我们的分析中随机化时。...这通常通过拟合结果的回归模型来完成,随机组和基线变量作为协变量。 我们可以使用R来说明这一点。我们将模拟n = 50个受试者的小型研究的数据,随机化50%治疗= 0和50%治疗= 1。...该回归模型假设Y的平均值线性地取决于X,并且该关系的斜率在两组中是相同的。无法保证这些假设在任何特定研究中都能成立。因此,如果这些假设不成立,我们可能会担心使用协变量调整分析。

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    【Groovy】Groovy 动态语言特性 ( Groovy 中的变量自动类型推断以及动态调用 | Java 中必须为变量指定其类型 )

    文章目录 前言 一、Groovy 动态语言 二、Groovy 中的变量自动类型推断及动态调用 三、Java 中必须为变量指定其类型 前言 Groovy 是动态语言 , Java 是静态语言 ; 一、Groovy...动态语言 ---- Groovy 语言是动态语言 , 其类型是在运行时进行确定的 , 如使用 def name 声明一个变量 , 声明时不指定变量类型 ; 在运行时为其赋值一个 String 类型变量或常量..., name = "Tom" 则该声明的变量 , 在运行时会被自动推断为 String 类型变量 ; Groovy 的 变量 , 方法 , 函数实参 的类型 , 都是在运行时推断与检查的 ; 二、Groovy...中的变量自动类型推断及动态调用 ---- 在 Groovy 中 , 如果声明 class Groovy { static void main(String[] args) {...var1 = $getCallSiteArray(); Object name = "Tom"; var1[0].call(name, "T"); } 三、Java 中必须为变量指定其类型

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    如何在 JS 中判断数组是否包含指定的元素(多种方法)

    简介 数组是我们编程中经常使用的的数据结构之一。在处理数组时,我们经常需要在数组中查找特定的值,JavaScript 包含一些内置方法来检查数组是否有特定的值或对象。...Arrya.indexOf() 方法 在需要查找的元素的确切位置的情况下,可以使用indexOf(elem)方法,该方法在指定的数组中查找elem并返回其第一次出现的索引,如果数组不包含elem则返回-...("F") // -1 在第一个实例中,元素出现,并返回其位置,在第二个实例中,返回值表示元素不存在。...some()方法接受一个参数,接受一个回调函数,对数组中的每个值执行一次,直到找到一个满足回调函数设置的条件的元素,并返回true。...总结 在本文中,我们介绍了在JavaScript中检查数组是否包含指定值的几种方法。 我们已经介绍了include()函数,它会在值存在时返回一个布尔值。

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    R语言在RCT中调整基线时对错误指定的稳健性

    p=6400 众所周知,调整一个或多个基线协变量可以增加随机对照试验中的统计功效。...调整分析未被更广泛使用的一个原因可能是因为研究人员可能担心如果基线协变量的影响在结果的回归模型中没有正确建模,结果可能会有偏差。 建立 我们假设我们有关于受试者的双臂试验的数据。...对于第i个主题,我们记录基线协变量和结果。我们让表示受试者是否被随机分配到新治疗组或标准治疗组的二元指标。在一些情况下,基线协变量可以是在随访时测量的相同变量(例如血压)的测量值。...错误指定的可靠性 我们现在提出这样一个问题:普通最小二乘估计是否是无偏的,即使假设的线性回归模型未必正确指定?答案是肯定的 。...但是,如果我们能够正确指定基线协变量的影响,我们也会看到更大的效率增益。

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    awk中的变量(r4笔记第93天)

    我们就按部就班,循序渐进,先来说说awk中的变量。 关于awk中的变量,有内置变量和自定义变量。 内置变量如果细分,有数据字段和数据行变量,数据变量,可能看概念不好理解。我们一个一个说明。...数据字段和数据行变量主要有 FIELDWIDTHS 会根据字段的长度来划分,比如20150401.223300 如果我们指定FIELDWIDTHS为3 5 3 4 则输出为201 50401 .22...ORS 这个是输出数据行的分隔符,使用的场景较为特殊,通过例子来说明。 我们指定一个文件 a.lst,还是举个pm2.5的例子。...内建变量比如: ARGC 代表当前命令行的参数个数 ARGV 包含命令行参数的数组 ENVIRON 代表当前shell环境变量和值组成的关联数组 NF 代表数据文件中的字段总数 NR 是已处理的输入数据行数目...在脚本中给变量赋值,在命令行上给变量赋值 脚本中给变量赋值,比如我们指定一个变量test,然后初始化两次,变量值都会动态变化 ?

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    R语言随机森林模型中具有相关特征的变量重要性

    p=13546 ---- 变量重要性图是查看模型中哪些变量有趣的好工具。由于我们通常在随机森林中使用它,因此它看起来非常适合非常大的数据集。...大型数据集的问题在于许多特征是“相关的”,在这种情况下,很难比较可变重要性图的值的解释。...红线是的变量重要性函数,    蓝线是的变量重要性函数   。例如,具有两个高度相关变量的重要性函数为 看起来  比其他两个  要  重要得多,但事实并非如此。...我想我发现图形混乱,因为我可能会想到的  重要性 的    恒定。考虑到其他变量的存在,我们已经掌握了每个变量的重要性。...实际上,我想到的是当我们考虑逐步过程时以及从集合中删除每个变量时得到的结果, apply(IMP,1,mean)} 在这里,如果我们使用与以前相同的代码, 我们得到以下图 plot(C,VI[2,],type

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    R语言随机森林模型中具有相关特征的变量重要性

    p=13546 ---- 变量重要性图是查看模型中哪些变量有趣的好工具。由于我们通常在随机森林中使用它,因此它看起来非常适合非常大的数据集。...大型数据集的问题在于许多特征是“相关的”,在这种情况下,很难比较可变重要性图的值的解释。 为了获得更可靠的结果,我生成了100个大小为1,000的数据集。...顶部的紫色线是的可变重要性值 ,该值相当稳定(作为一阶近似值,几乎恒定)。红线是的变量重要性函数, 蓝线是的变量重要性函数 。例如,具有两个高度相关变量的重要性函数为 ?...实际上,我想到的是当我们考虑逐步过程时以及从集合中删除每个变量时得到的结果, apply(IMP,1,mean)} 在这里,如果我们使用与以前相同的代码, 我们得到以下图 plot(C,VI[2,]...然而,当我们拥有很多相关特征时,讨论特征的重要性并不是那么直观。

    1.9K20

    C++11模板:如何判断类中是否有指定名称的成员变量?

    https://blog.csdn.net/10km/article/details/51113805 如何判断类中有指定的成员函数,网上可以找到不少的文章,比如下面这两篇就写得很详细了...成员变量有可能是数组,也可能是其他的类。...看了上面关于判断成员函数的文章,理解其原理后,判断是否成员变量,也是差不多的道理,实现起来非常简单: /* 模板函数,检查T是否有名为's'的成员 * value 为bool型检查结果 * type...std::is_void::value}; }; 上面这个模板是用来检查类中是否有名为s的成员, 以opencl中的cl_int2向量类型举例,下面是cl_int2的定义: /* ---...但是对于数组类型的变量,上面的写法,在gcc下编译能通过,但运行结果错误。 大概gcc认为返回的值不能是int[2]这样的数组,只能是指针。

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    关于plsql中的绑定变量(r3笔记第73天)

    在看关于shared pool的文档时,必定会提到绑定变量,也能够通过几个简单的例子对绑定变量带来影响有深刻的认识,但是在工作中,可能有时候我们就忘了绑定变量的影响了,其实有时候一个很小的变动就会导致性能几十几百倍的提升...然后我们使用如下的pl/sql来尝试从表t中取出数据然后重新插入t中。...生成的sql_id只有一个。至于parse_calls是66,我们可以断定表t中应该有66*2=132条数据。因为pl.sql是基于66条数据的基础上做了一次insert....SQL> select count(*)from t; COUNT(*) ---------- 132 然后我们来看看使用execute immediate来拼接sql语句的时候,绑定变量的情况...Elapsed: 00:00:00.09 我们来查看一下sql语句的执行情况。特别注意的是sql_text中的insert是小写。而上面的例子里面insert是大写。 这条语句进行了大量的硬解析。

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    如何在Kerberos环境的CDH集群外跨OS版本中在指定目录配置HDFS的Gateway节点

    集群外配置非Kerberos环境的Gateway节点》和《如何在CDH集群外配置Kerberos环境的Gateway节点》,本文档在这两篇文档本篇文章基础介绍如何在Kerberos环境的CDH集群外跨OS...版本中在指定目录配置HDFS的Gateway节点。...5.登录集群任意节点,将集群的Java目录拷贝至(vm1.macro.com和rhel66001.localdomain)节点的指定的目录下(/usr/java/jvm/),两个Gateway节点操作一致...6.登录CDH集群的任意节点,将/opt/cloudera/parcels目录压缩并拷贝至(vm1.macro.com和rhel66001.localdomain)节点的指定目录,两个Gateway节点操作一致...5 问题描述与解决 1.core-site.xml 文件找不到的异常 ? 该问题是由于在CDH中hadoop的客户端配置默认是在/etc/hadoop目录下,确认软链无误,并且配置正确 ?

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