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J Mol Biol|在计算机上构建完整的细胞3D模型

构建整个细胞的结构模型一直是学术界面临的一个长期存在的跨学科挑战,因为这需要多种来源的生物数据之间前所未有的集成和增强的计算建模和可视化方法。...最近,科学家们展示了第一个用计算工具构建的完整的生殖支原体(MG)细胞的3D结构模型。...;(2)如何整合分散的海量数据。...对于任何生物体来说,具有基因组尺度覆盖的高质量的3D蛋白结构仍然是稀缺的。计算结构预测可以填补这一空白,而且在许多情况下,效果很好。...据我们所知,这是第一个完整的细胞在大分子细节的结构模型,这份研究目的是作为一个例子来展示如何利用目前的知识和当前的技术构建一个完整的细胞结构模型。

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分布式系统基础概念

这些服务围绕业务能力来构建,并通过完全自动化部署机制来独立部署。这些服务使用不同的编程语言书写,以及不同数据存储技术,并保持最低限度的集中式管理。...《分布式系统原理与范型》定义: 分布式系统是若干独立计算机的集合,这些计算机对于用户来说就像单个相关系统 分布式系统(distributed system)是建立在网络之上的软件系统。...分布式是指将不同的业务分布在不同的地方。 集群指的是将几台服务器集中在一起,实现同一业务。 例如:京东就是一个分布式系统,众多业务运行在不同的机器,所有业务构成一个大型的业务集群。...而集群并不一定就是分布式的。 远程调用 在分布式系统中,各个服务可能处于不同主机,但是服务之间不可避免的需要互相调用,我们称为远程调用。...为了使每一个服务器都不要太忙或者太闲,我们可以负载均衡的调用每一个服务器,提升网站的健壮性和稳定性。

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    谷粒商城:分布式基础概念(2)

    这些服务围绕业务能力来构建, 并通过完全自动化部署机制来独立部署。这些服务使用不同的编程语言书写,以及不同数据 存储技术,并保持最低限度的集中式管理。...只要是一堆机器,就可以叫集群,他们是不是一起协作着干活,这个谁也不知道; 《分布式系统原理与范型》定义: “分布式系统是若干独立计算机的集合,这些计算机对于用户来说就像单个相关系统” 分布式系统(distributed...分布式是指将不同的业务分布在不同的地方。 集群指的是将几台服务器集中在一起,实现同一业务。  例如:京东是一个分布式系统,众多业务运行在不同的机器,所有业务构成一个大型的业务集群。...而集群并不一定就是分布式的。 节点:集群中的一个服务器  远程调用 在分布式系统中,各个服务可能处于不同主机,但是服务之间不可避免的需要互相调用,我 们称为远程调用。...为了使每一个服务器都不要太忙或者太闲,我们可以负载均衡的调用每一个服务器,提 升网站的健壮性。

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    分布式基础概念总结

    这些服务围绕业务能力来构建, 并通过完全自动化部署机制来独立部署。这些服务使用不同的编程语言书写,以及不同数据 存储技术,并保持最低限度的集中式管理。   ...只要是一堆机器,就可以叫集群,他们是不是一起协作着干活,这个谁也不知道; 分布式系统是若干独立计算机的集合,这些计算机对于用户来说就像单个相关系统 分布式系统(distributed system)...是建立在网络之上的软件系统   分布式是指将不同的业务分布在不同的地方。   ...集群指的是将几台服务器集中在一起,实现同一业务。 例如:京东是一个分布式系统,众多业务运行在不同的机器,所有业务构成一个大型的业 务集群。...为了使每一个服务器都不要太忙或者太闲,我们可以负载均衡的调用每一个服务器,提 升网站的健壮性。

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    分布式系统学习资料汇总

    这种尺度的数据不是传统单机系统可以独立处理的,而只能借助于大规模的分布式系统,因而分布式系统渐渐的变成一门“显学”。而作为一个分布式系统初学者,面对网上未加归类、浩如烟海的学习资料,很容易两眼抓瞎。...Designing Data-Intensive Applications 《构建数据密集型应用》,https://dataintensive.net/buy.html,作者提供免费英文版下载,网上也可以搜到...Models and Query Languages) 数据存储和检索(Storage and Retrieval) 数据编码和演进(Encoding and Evolution) 分散数据部分讨论了构建分散在多机上的数据系统和一些原则和面临的问题...(Consistency and Consensus) 衍生数据部分其实是在探讨分散在多机上的系统的处理问题。...包括: 故障频发是分布式系统区别于其他系统的显著特点 构建健壮的分布式系统要远难于单机系统 分布式系统的开源协作不同于单机系统 多机协同很难 很慢这个事情在分布式系统中很难定位 寻找使服务部分可用的手段

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    Go 数据结构和算法篇(十四):哈希表、哈希函数、哈希冲突和哈希算法

    这种情况在哈希函数设计不合理的情况下更糟。...,比如分表后插入数据如何处理(此时 p 表示拆分后数据表的数量),分布式 Redis 如何存放数据(此时 p 表示几台 Redis 服务器); 随机数法:即 f(key) = random(key),比如负载均衡的...再哈希函数法:发生哈希冲突后,换一个哈希函数计算哈希值 链地址法:发生哈希冲突后,将对应数据链接到该哈希值映射的上一个值之后,即将哈希值相同的元素放到相同槽位对应的链表中。...链地址法即使在哈希冲突很多的情况下,也可以保证将所有数据存储到哈希表中,但是也引入了遍历单链表带来性能损耗。 介绍完以上内容之后,想必你对如何打造工业级哈希表已经心中有数。...3、场景三:数据校验 比如我们从网上下载的很多文件(尤其是 P2P 站点资源),都会包含一个 MD5 值,用于校验下载数据的完整性,避免数据在中途被劫持篡改。

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    数据科学通识第九讲:大数据平台

    例如,由于超级计算机中配置的顶级处理器对应了较高要求的冷却系统,整体成本是非常高的。惠普在2013年开展了一项调查研究发现,在专用计算机上租用处理器的每小时成本,大约是水平扩展系统的2~3倍。...这个项目于1999年5月开始启动,面向全球招募志愿者,将SETI@Home的程序运行在这些志愿者的计算机上。...这样网上的各种各样的计算资源、存储资源和输出设备,在统一的网格资源管理系统的管理下,就可以提供给位于多个地点的不同用户来分布式地共享和使用。 另一个分布式计算的类型是云计算。...它是用Java编写的开源的、可伸缩的、有着良好容错性的一个大数据处理框架,并且它可以部署在廉价的计算机集群中。也就是说,我们用几台普通的台式机就可以组成一个小型的Hadoop集群。...Apache Spark是由美国加州伯克利大学的AMP实验室开发的,是专为大规模数据处理而设计的快速通用的计算引擎。用户使用Spark,可以构建大型的、低延迟的数据分析应用程序。

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    分布式系统理论基础开篇:从放弃到入门

    毕业头两年负责维护运行在刀片机上的业务,在机房里拔插单板的日子是我逝去的青春。设备之间通过VCS组成冷备,但即使有双机软件保护,宕机、网络丢包等问题发生时业务仍会受影响。...接下来负责维护承载在分布式集群上的业务,相比前面的工作,这个阶段主要关注点不是单节点的异常,更多是系统整体的稳定和健壮。面对纷繁复杂的系统,刚开始的时候有这样的感觉: ?...庞大复杂的分布式系统前,应该从哪方面入手提升对其的认识和理解、提升专业性?网上可以找到很多分布式系统相关的论文和资料,但归纳起来要表达的主要意思是什么?...结合自己这几年的工作经验,总结分布式系统的核心就是解决一个问题:不同节点间如何达成共识。 看似简单的问题因网络丢包、节点宕机恢复等场景变得复杂,由此才衍生出很多概念、协议和理论。...为探究共识问题最大能解决的程度,于是有FLP、CAP边界理论;为在特定条件和范围内解决该问题,于是有一致性协议Paxos、Raft、Zab和Viewstamped Replication;为构建这些协议

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    分布式系统发展史

    分布式系统(确切地说应该是分布式计算机系统)从它诞生到现在已经过去了很长的时间。在很久以前,一台电脑一次只能完成一项特定的任务。如果我们需要同时完成多项任务,则需要多台计算机并行运行。...但是,并行运行并不足以构建真正的分布式系统,因为它需要一种机制来在不同计算机或者那些运行在计算机上的程序之间进行通信。...接着,我们进入了多任务操作系统和个人电脑的时代。利用 Windows、Unix、Linux 等操作系统,我们可以在同一台计算机上运行多个任务。...这使得分布式系统开发人员能够在一台或者几台通过消息传递连接的计算机内构建和运行整个分布式系统。...这催生了面向服务的架构(SOA),其中每个分布式系统可以通过一组集成在一台计算机或多台计算机上运行的服务来构建。

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    data_structure_and_algorithm -- 哈希算法(下)

    每个机器会分别计算关键词出现的次数,最后合并起来就是最终的结果。 实际上,这里的处理过程也是 MapReduce 的基本设计思想。 2. 如何快速判断图片是否在图库中? 如何快速判断图片是否在图库中?...当时我介绍了一种方法,即给每个图片取唯一标识(或者信息摘要),然后构建散列表。 假设现在我们的图库中有 1 亿张图片,很显然,在单台机器上构建散列表是行不通的。...当我们要判断一个图片是否在图库中的时候,我们通过同样的哈希算法,计算这个图片的唯一标识,然后与机器个数 n 求余取模。假设得到的值是 k,那就去编号 k 的机器构建的散列表中查找。...所以,如果要对 1 亿张图片构建索引,需要大约十几台机器。在工程中,这种估算还是很重要的,能让我们事先对需要投入的资源、资金有个大概的了解,能更好地评估解决方案的可行性。...今天我讲了三种哈希算法在分布式系统中的应用,它们分别是:负载均衡、数据分片、分布式存储。 在负载均衡应用中,利用哈希算法替代映射表,可以实现一个会话粘滞的负载均衡策略。

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    一起来看看分布式系统的发展史

    分布式系统(确切地说应该是分布式计算机系统)从它诞生到现在已经过去了很长的时间。在很久以前,一台电脑一次只能完成一项特定的任务。如果我们需要同时完成多项任务,则需要多台计算机并行运行。...但是,并行运行并不足以构建真正的分布式系统,因为它需要一种机制来在不同计算机或者那些运行在计算机上的程序之间进行通信。...接着,我们进入了多任务操作系统和个人电脑的时代。利用 Windows、Unix、Linux 等操作系统,我们可以在同一台计算机上运行多个任务。...这使得分布式系统开发人员能够在一台或者几台通过消息传递连接的计算机内构建和运行整个分布式系统。...这催生了面向服务的架构(SOA),其中每个分布式系统可以通过一组集成在一台计算机或多台计算机上运行的服务来构建。

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    分布式系统发展史

    分布式系统(确切地说应该是分布式计算机系统)从它诞生到现在已经过去了很长的时间。在很久以前,一台电脑一次只能完成一项特定的任务。如果我们需要同时完成多项任务,则需要多台计算机并行运行。...但是,并行运行并不足以构建真正的分布式系统,因为它需要一种机制来在不同计算机或者那些运行在计算机上的程序之间进行通信。...请点击此处输入图片描述 接着,我们进入了多任务操作系统和个人电脑的时代。利用 Windows、Unix、Linux 等操作系统,我们可以在同一台计算机上运行多个任务。...这使得分布式系统开发人员能够在一台或者几台通过消息传递连接的计算机内构建和运行整个分布式系统。...这催生了面向服务的架构(SOA),其中每个分布式系统可以通过一组集成在一台计算机或多台计算机上运行的服务来构建。

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    Redis入门简介

    和Memcached(高性能的分布式内存对象缓存系统,用于动态web应用以减轻数据库负载),它支持存储的value类型相对更多,包括String(字符串),list(链表),set(集合)和zset(有序集合...二、其他数据存储 1、Voldemort数据库,是非关系数据库中的一类键值存储系统,它有一个经典three-operation键值接口,但在大型分布式集群架构上进行复杂的后端处理。...4、Cassandra是一套开源分布式key-value存储系统。 三、为什么选择Key-Value存储 1....大规模的互联网应用,每时每刻有大量的数据吞吐量,在同一时间,会并发的有成千上万的连接对数据库进行操作。在这种请款下,单台服务器或几台服务器远远不能满足数据处理的需求。 2....云存储,云存储就是构建一个大型的存储平台给别人用,这也就意味着在这上面运行的应用其实是不可控的。比如某个客户的应用随着用户的增长而不断增长。 �

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    分布式和微服务有什么区别

    这些服务围绕业务能力构建并且可通过全自动部署机制独立部署。这些服务共用一个最小型的集中式的管理,服务可用不同的语言开发,使用不同的数据存储技术。...分散治理/去中心化治理 分散数据管理/去中心化数据管理 基础设施自动化 容错性设计 演进性设计 2、分布式架构 网上搜了一圈也没有准确的定义,我们简单点,如果是分布式系统, 我们说说这个系统是分布式架构...,看下分布式系统的定义: 分布式系统是若干独立计算机的集合,这计算机对用户来说就像单个相关系统 分布式系统原理与范型 即整个系统是由不同的计算机组成,而用户是无感知的,就像访问一台计算机一样。...两者概念层面也是不一样的,微服务是设计层面的东西,一般考虑如何将系统从逻辑上进行拆分,也就是垂直拆分; 而分布式是部署层面的东西,即强调物理层面的组成,即系统的各子系统部署在不同计算机上。...微服务可以是分布式的,即可以将不同服务部署在不同计算机上,当然如果量小也可以部署在单机上。

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    云计算历程和前途

    在经过了主机时代,PC时代之后,IT世界正在进入云计算时代。   今天,我们来聊一聊,主流计算机技术是如何进化到云计算时代的。   ...本人有幸在小型机上开始了自己的计算机学习之旅,那也是小型机衰落之后,大学把他开放出来给学生做程序设计语言的学习工具。   ...在摩尔定律的指引下,PC价格的日益便宜,企业机构中单机PC的数量也越越来越多,财务部几台,设计部几台,销售部几台……甚至办公室用来打字都有两台。...所以,应该是第三种模式的体验提升后,最后网上全部是各种应用和服务,我们去访问,得到相同的体验,   再也不用烦恼客户机上的软件版本不一致这些问题了。   ...甚至有些企业,如果外地有分公司,为了管理的方便,会把自己的机房,建立在网上,把文件服务,也包给网上的云计算中心,伴随在线办公软件的发展、日益成熟稳定,很自然的,连办公软件,也采用网上的系统。

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    关于 Java 的简介

    在我们的计算机上安装 JRE 允许 java 程序运行,但是我们无法编译它。JRE 包括浏览器、JVM、小程序支持和插件。为了运行 java 程序,计算机需要 JRE。...这就是为什么在 Java 中无法利用堆栈损坏或缓冲区溢出等安全漏洞。 6、分布式: 我们可以使用 java 编程语言创建分布式应用程序。...远程方法调用和企业 Java Bean 用于在 Java 中创建分布式应用程序。Java 程序可以很容易地分布在一个或多个通过 Internet 连接相互连接的系统上。...它在控制台上打印文本,光标移动到控制台下一行的开头。下一次打印从下一行开始。 java 中的所有内容,在 Class 中都表示为一个对象,包括 main 函数。 如何让学习不再盲目 1....编程小白 很多刚入门编程的小白学习了基础语法,却不知道语法的用途,不知道如何加深映像,不知道如何提升自己,这个时候每天刷自主刷一些题就非常重要(百炼成神),可以去牛客网上的编程初学者入门训练。

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    分布式与集群的联系和区别

    集群 多台服务器组成的一组计算机,作为一个整体存在,向用户提供一组网络资源,这些单个的服务器就是集群的节点。...集群必须拥有以下两大能力: 负载均衡:负载均衡把任务比较均匀的分布到集群环境下的计算和网络资源,以提高数据吞吐量。...而集群是指将几台服务器集中在一起,实在同一个业务。 分布式的每一个节点,都可以用来做集群。...而集群不一定就是分布式了 例如:互联网上访问的人多了,就可以做一个集群,前面放一个响应服务器,后面几台服务器完成同一业务,如果有业务访问的时候,响应服务器看哪台服务器的负载不是很重,就将任务交给哪台去完成...分布式的每一个节点,都完成不同的业务,一个节点宕了,这个业务就不可访问了。 分布式Session解决方案

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    a基础2-Java语言的特点

    ### Java语言的特点 > 大家都这样写,网上有的是,看见了别奇怪 - 跨平台/可移植性(核心优势) ​ 举例:Java在设计时就很注重移植和跨平台性。...- 安全性 Java适合于网络/分布式环境,为了达到这个目标,在安全性方面投入了很大的精力,使Java可以很容易构建防病毒,防篡改的系统。...比如:通过JIT(JUST IN TIME)即时编译技术提高运行效率,将一些“热点”字节码编译成本地机器码,并将结果缓存起来,在需要的时候重新调用。总体来说,目前Java是一门高性能语言。...- 分布式 Java是为Internet的分布式环境设计的,能够较好的处理TCP/IP协议,和支持远程方法调用(RMI,Remote Method Invocation),使程序能够通过网络调用方法。...- 健壮性 Java是一种健壮的语言,Java程序不可能造成计算机崩溃。Java系统仔细检测对内存的每次访问,确认它是合法的,而且不致引起任何问题。不过,即使Java程序也可能有错误。

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    用大白话聊聊分布式系统

    《分布式系统原理和范型》一书中是这样定义分布式系统的:“分布式系统是若干独立计算机的集合,这些计算机对于用户来说就像是单个相关系统”。...集中式系统跟分布式系统是完全相反的两个概念。集中式系统就是把所有的程序、功能都集中到一台主机上,从而往外提供服务的方式。 集中式系统最容易理解了。...分布式系统会面临哪里挑战 毫无疑问,分布式系统对于集中式系统而言,在实现上会更加复杂。分布式系统将会是更难理解、设计、构建 和管理的,同时意味着应用程序的根源问题更难发现。...概况起来,在设计分布式系统时,应考虑以下几个问题: 系统如何拆分为子系统? 如何规划子系统间的通信? 通信过程中的安全如何考虑? 如何让子系统可以扩展? 子系统的可靠性如何保证?...在设计分布式计算时,我们分布式计算可以采用 MapReduce、Apache Hadoop、Apache Spark 等。

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    Kafka实战(三) -Kafka的自我修养

    国内对Kafka是流处理平台的认知还尚不普及,其核心的流处理组件Kafka Streams更是少有大厂在使用 随着在Kafka峰会上各路大神们的鼎力宣传,如今利用Kafka构建流处理平台的案例层出不穷,...,所以Spark/Flink从Kafka读取消息之后进行有状态的数据计算,最后再写回Kafka,只能保证在Spark/Flink内部,这条消息对于状态的影响只有一次 但是计算结果有可能多次写入到Kafka...流式计算的定位 官网上明确Kafka Streams是一个用于搭建实时流处理的客户端库而非是一个完整的功能系统 不能期望着Kafka提供类似于集群调度、弹性部署等开箱即用的运维特性,需要自己选择适合的工具或系统来帮助...,它们的流处理数据量并不巨大,逻辑也并不复杂,部署几台或十几台机器足以应付。...Kafka能够被用作分布式存储系统 Kafka作者之一Jay Kreps曾经专门写过一篇文章阐述为什么能把Kafka用作分布式存储。

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