博客原文：https://suzan.rbind.io/2018/01/dplyr-tutorial-1/ 作者：Suzan Baert
本篇描述了如何计算R中的数据框并将其添加到数据框中。一般使用dplyr R包中以下R函数：
哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭? 这份学习目录可以
本文我们超越了 CAPM 的简单线性回归，探索了 Fama French (FF) 股票风险/收益的多因素模型。
数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列
专题一：玩转字符串1.检测字符串长度x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."xstr_length(x)#检测字符串内的字符数，空格也算length(x)#向量里面元素的个数2.字符串拆分str_split(x," ")#以空格为分隔符号将字符串拆分开x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")str_split(y," ")str_split(y,"
关系正确返回TRUE 否则FALSE== 相等 != 不相等>大于< 小于 ps：字母多的字符串比少的大
同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用，但是通过拷贝和粘贴的方式进行的话既枯燥就容易产生错误。
x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."
semi_join anti_join实际上没有发生过两个数据框的连接，其实是对左边的数据框取子集
-（3）注意：之前提到过，矩阵的某一列不能单独转换数据类型，需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型；或者把这列单独提取出来再转换其数据类型；
[1] "The birch canoe slid on the smooth planks."
一、玩转字符串 stringr包 图片 1.str_length() 检测字符串长度 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 1.检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素的个数 图片 图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 2.字符串拆分 str_sp
有时我们需要创建新变量,例如我们新建一个列 newcol 值为 sleep_total-1 ;
我们不建议使用这种方式，因为一个无效测量不代表所有测量都是无效的。此外，如果数据质量不高，若对每个变量都采取这种做法，那么你最后可能会发现数据已经所剩无几！
这个包以一种统一的规范更高效地处理数据框。dplyr 包里处理数据框的所有函数的第一个参数都是数据框名。
本文通过多元方差分析和典型相关分析研究微生物（species）、细胞因子（cytokine）和短链脂肪酸（SCFA）之间的相关关系。以下是两种分析的定义：
x2 = str_split(x," ")[[1]];x2 #是list 所以用[[]]
step1 对matrix进行转置：使gene名变为列名，将样本名转化为data.frame中的第一列
summary()函数会对 列 进行处理，并且 创建新的列表 ，简单来说就是把向量作为输入值，输出单个数值。
i ：代称，比如第一次循环则代表in后面向量的第一个元素；第二次则为第二个元素，直到完成in后面向量里所有元素的循环为止。如in后面的向量有8个元素，则8次循环。
Lyric Analysis with NLP & Machine Learning with R
本期“大猫的R语言公众号”由“村长”供稿。村长，数据科学、指弹吉他及录音工程爱好者，浙大金融学博士在读，在data.table包和MongoDB的使用上有较多经验。
图片 专题1 玩转字符串 图片 检测字符串长度 代码1 str_length(x) if(!require(stringr))install.packages('stringr') library(stringr) x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." str_length(x) [1] 42 ### 1.检测字符串长度,包含空格和符号 le
先前已经讲过R语言生成测试数据、数据预处理和外部数据输入等内容，但这仅仅是第一步，我们还需要对数据集进行筛选、缺失值处理等操作，以便获得可以应用于建模或者可视化的数据集（变量）。接下来就以鸢尾花测试数据集进行进一步的数据管理和筛选操作。
代码来自《r-data-science-quick-reference-master》的内容。
一般来说，我们做生存分析，会有（P<0.05）和（P>0.05）两种结果。KM plot在生物医学中很常见，主要用来做预后分析，比如可以根据表达量把病人分成两组，然后比较哪组病人预后好，进而可以得出基因表达量高低与病人预后好坏相关性的结论。 画KM plot时，有时候会比较纠结怎样对病人进行分组，如何来设置分组的cutoff。一般来说常见的几种设置cutoff值得思路如下： 1：大多数情况下，根据表达量从低到高对样本进行排序，取前50%为低表达，后50%为高表达，然后画KM plot。 2：还有一些文章也会将样本表达量均分为三组或者四组。 3：一些文章也会选一些其它的cutoff，比如前1/3和后2/3，前25%和后25%（中间50%的数据去掉）。
ctrl+shift+m，把上一个运算的结果输入为下一个函数的第一个参数，可以省略很多中间变量
如果不想安装额外包，用ifelse；如果是单个条件，用dplyr::if_else；如果多个条件，用dplyr::case_when (更可读)
例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")
1.字符串图片1.str_length图片x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."x### 1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #返回字符串的个数2.str_splitsplit返回列表，但是列表不能进行计算，对列表进行取子集### 2.字符串拆分str_split(x," ")x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")st
str_detect(x,"h")##是否含有关键词h，生成与X长度相等的逻辑值向量，可用于向量取子集；
行列引用、条件筛选等可以简单的数据管理，但其在无法有效处理多次、多重、有规律的循环和判断问题，而控制流却可以通过循环、判断、跳错等等操作轻松处理此类问题。
如今数据分析如火如荼，R与Python大行其道。你还在用Excel整理数据么，你还在用spss整理数据么。
我并没夸大其词，我是真的遇到过了！嵌套6、7层，一个函数几百行，简！直！看！死！人！
属性设置：映射：根据数据的某一列的内容分配颜色；统一设置：把图形设置为一个颜色，与数据无关
在R 使用caret进行机器学习模型构建时候。针对二分类问题，会发现我们的预测值准确度达到100% 即，可以准确对目标进行分类。
citation("ggplo2")取包引用信息，RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。
本来找了好久没找到可以实现这个功能的R包，都打算自己写个包了，没想到这几天找到了！
丹佛市在其开放数据目录中公开保存过去五年的犯罪数据。在本教程中，我们将使用 R 访问和可视化这些数据，这些数据本质上是具有犯罪类型、社区等特征的时空参考点。
由于一个知识星球的小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格，所以先插这个课，「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列的课程下次再发新的哈。本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO（世界卫生组织）的官网上下载新冠疫情的每日报告以及如何从这些报告中的表格里面提取数据。
我在看过的一些 Nature 文章和 COSMIC 数据库中看到用点图来展示不同癌症类型下 TMB 的分布差异。在 R 包中，我有看到过 maftools 中可以绘制这样的图，用来表示新的数据队列与 TCGA 数据的比较，这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题，我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。而且，该图可以拓展到任意可以适应的场景下，所以我想基于 ggplot2 来创建一个通用的绘图函数。
所有的数据百度网盘链接: https://pan.baidu.com/s/1isKEK1G5I6X90KYqLufmWw
如果想查看某些因素，如年龄，性别，分期，肿瘤数目，大小，实验室指标 或者 通过生信手（tao）段（lu）构建的模型和评分是否对预后有影响时候，经常会把连续变量变为分类变量，然后绘制KM曲线或者列线图等。
y4 <- filter(deg, a>1 & b < 0.05);table(y4)
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