本文档主要讲述如何在CDSW中使用R语言绘制直方图和饼图，并使用Hive数仓作为数据源。...内容概述 1.创建R工程 2.工程启动及示例运行 3.R直方图示例代码 4.R饼图示例代码 测试环境 1.CM和CDH版本为5.11.2 2.RedHat7.2 3.CDSW1.1.1 前置条件 1.CDH...”创建R工程，输入工程名称，选择模板为R [n8f83cv0ip.jpeg] 3.点击“Create Project”，完成R工程创建 [5m3snqf9jh.jpeg] 创建工程选择Template模板时会附带...4.R直方图示例代码 ---- 1.安装R依赖包 ## 安装R运行依赖包 install.packages("Rcpp",dependencies = TRUE) install.packages("gcookbook...R文件 [513wpbc23f.jpeg] [o7z3kp7h2k.png] [xss6nl7z7g.jpeg] 3.编写R绘制直方图代码 ## 加载R运行依赖包 library(ggplot2) library
看到 gt 包终于被宣告提交到 CRAN 了。这个包挂在 GitHub 上非常久了，基于它包好像都有几个。我今天把冷饭拿出来再炒一炒，或许有读者会喜欢。...另外，该包作者将表格相关的包做了个汇总，我也把它更新到了本文的下方。本文应当可以成为读者使用 R 构建表格的一大入口，值得点赞收藏。 RStudio 提供了出版级的表格解决方案gt包。...使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...针对行，我们可以使用以列名为变量的条件语句（例如size > 15000）。 这里有一个如何添加脚注的简单例子。...我们也可以使用tab_stubhead_head()为它创建标签名。
circlize这个包挺强大的，R语言里用来画圈图非常方便。...今天这篇文章记录用circlize这个包画圈图展示blast双序列比对结果的代码 植物线粒体基因组类的文章通常会分析细胞器基因组间基因转移情况，基本的分析方法就是blast比对。...可视化展示可以选择用这个圈图来做 首先是使用blast建库比对 makeblastdb -in mt.fasta -dbtype nucl -out mt blastn -query cp.fasta...},track.height = 0.1) 画图的时候可以加一个track.height参数 遇到的问题是 调整外圈的刻度，现在展示的有点多，我想增大间隔，减少展示的数字，暂时不知道如何实现...添加图例参考了文章 https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/legends.html
神奇的RStudio，提供了出版级的表格解决方案gt包！ 安装： remotes::install_github("rstudio/gt") gt包所做的一切都是为了更简单地生成好看的展示表格。...使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...针对行，我们可以使用以列名为变量的条件语句（例如size > 15000）。 这里有一个如何添加脚注的简单例子。...我们也可以使用tab_stubhead_head()为它创建标签名。...至于如何自定义组名的设定和选择，不妨发挥你们得想象力 列标签 类似于行组，使用tab_spanner()可以将多个列划分为不同的组。
导语 GUIDE ╲ circlize包是由德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发，这个R包包含两个文件，一个是介绍绘制简单圈图的方法，另一个专门介绍基因组数据绘制圈图。...circlize包安装 首先安装circlize包以及配色R包RColorBrewer install.packages("circlize") install.packages("RColorBrewer...") circlize的使用 01 简单和弦图的绘制 首先我们一起看一下R包中包含的函数 circos.initialize() ##创建Circos图布对象 circos.track() ##创建...定义一个简单的测试数据集，去使用R包绘图 data=matrix(sample(18,18),3,6) rownames(data)=paste0("R",1:3) colnames(data)=paste0...在本部分演示如何制作复杂的圆形热图。
今天我们开启R语言绘图的旅程，第一站我们看一下，今天要绘制的图长什么样？如下两张图： ? ? 看到这种图，有没有眼前一亮呢？这种图是通过链接对对象之间的关系进行圆形可视化。这种图的名字叫做弦图。...当然是相应的R包了，比如我们常见的ggplot2，但今天我们绘制的circle图需要的不是ggplot2，我们给大家介绍一个包— circlize 包。下面我们直接进入正题。 1....安装circlize包，安装包直接用install函数即可，安装好之后，需要加载，利用library函数即可1....安装circlize包，安装包直接用install函数即可，安装好之后，需要加载，利用library函数即可 ? 2. 数据生成。首先，我们生成一个随机矩阵。 ?...3.画圈必备chordDiagram函数，由于circlize包中含有非常多函数，我们可视化相关性的关联关系，我们最多用的便是chordDiagram函数。
circlize软件包从0.4.10版本开始，可以使用circos.heatmap()，画圆形热图，圆形热图不但漂亮，而且可以缩小图片占用的面积。...circos.heatmap()功能 大大简化了环状热图的创建。下面是circos.heatmap()功能的用法。 首先，我们生成一个随机矩阵并将其随机分为五个组。...matrix(rnorm(50*5, mean = 1), nr = 50)) ) rownames(mat1) = paste0("R"...library(circlize) # >= 0.4.10 col_fun1 = colorRamp2(c(-2, 0, 2), c("blue", "white", "red")) circos.heatmap...circos.clear() circlize更多功能：https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/circos-heatmap.html#a-complex-example-of-circular-heatmaps
同时包含托管依赖和 C++/CLI 依赖的“双包”，其特点为项目会直接使用 C++/CLI 程序集里的类型。 分别介绍制作方法。 本机依赖包（单包） 单包特别好打。...所以如果你不是有特别需要的话，最好还是选单包。 第一步：创建一个普通的类库 第二步：将本机依赖文件拷至对应文件夹下 这里，我们建了一个“Assets”文件夹，用来放 NuGet 的零散文件。...第四步：再建一个普通的类库 再建一个普通的类库，引用之前创建的项目。...目标框架需与原来一模一样；也要 GeneratePackageOnBuild 来标记生成 NuGet 包；使用 ProjectReference 引用原来的项目，这样可以在生成的 NuGet 包中自动标记原来的...当你将两个 NuGet 包都推送到 NuGet 服务器上去之后，你就可以在你的业务中使用这两个 NuGet 包了： 如果你只做了一个单包，那么直接引用这个单包即可 如果你做的是双包，那么引用其中托管的那一个即可
欢迎关注R语言数据分析指南 加载R包 library(tidyverse) # 安装所需的包 "edgebundleR" library(edgebundleR) library(igraph) library...sets长度的列表 rel <- vector("list", length(sets)) # 针对每个重复的集合，创建组合数据框 for (i in 1:length(sets)) { rel...Loc) levels(clr) <- c("#DE9ED6FF", "#709AE1FF", "darkorange") V(g)$color <- as.character(clr) # 绘制图形，使用圆形布局...绘制网络图 # 导入 circlize 包 library(circlize) # 初始化 circlize 绘图环境，使用数据中的ID作为因子，设置x轴范围为0到10 circos.initialize...(factors = as.factor(d$ID), xlim = c(0, 10)) # 创建轨道绘图区域，使用数据中的ID作为因子，设置y轴范围为0到0.5，背景颜色根据图中节点的颜色设定，不显示边界线
介绍 R是一种流行的开源编程语言，专门研究统计计算和图形。它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。...在本教程中，我们将讨论如何安装devtools并使用它直接从GitHub安装R包。...第3步 - 从GitHub安装R包 在这一步中，我们将直接从GitHub安装Shiny的最新开发版本，这是一个R的Web应用程序框架。...运行闪亮： 我们将连接到R，这次是普通用户。务必输入R标题大小写。 R 接下来，我们将加载Shiny包： library("shiny") Shiny包含11个内置示例，演示了它的工作原理。...cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION 结论 在本教程中，我们直接从GitHub安装了最新的Shiny软件包，并学习了如何从CRAN重新安装其稳定版本
查看这个代码，实现用到的是spiralize 这个R包对应的论文是 spiralize: an R package for visualizing data on spirals 对应的github主页是...R包circlize,ComplexHeatmap的作者，绝对的大佬级别了。...大家可以打开这个链接看看 其中还有一个功能是对进化树进行展示 image.png 这种形式对于数据量特别大，采用常规的圆形树形图文字标签会重叠以致于看不清楚的情况应该是一个比较好的解决办法。...看了下这个图的代码，暂时还不知道如何添加文字标签，等我研究研究再来介绍。 还有一个很有用的应用是可视化序列比对的结果，比如这个图 这个序列两两比对的结果如果采用常规的矩形就会很长，只能画成好多行。...有时间的话仔细研究研究这个R包的代码。 好了，今天的推文内容就介绍这么多
这个时候就可以选择用圆形的柱形图来展示。 那么圆形的树状图如何实现呢？我查找了一下相关资料。...R语言包dendextend这个包可以实现，利用help(package="dendextend")查看帮助文档，能够看到其中的一个小例子 iris2<-iris[,-5] species_labels...order.dendrogram(dend)], "(",labels(dend),")", sep = "") circlize_dendrogram...Y叔开发的ggtree包时用来可视化进化树的，我隐约记得好像也可以用来画聚类分析的树状图。...如何更新R包这里我没有仔细研究。
它受欢迎的主要原因就是数据科学社区 R 语言使用者的不断贡献和支持。他们贡献的包形成了 R 编程语言的基础。 虽然大家在社区内共享了许多关于如何使用 R 解决问题的教程，但是却较少关注开源的发展。...就我而言，创建包并将它反馈给社区意义重大。这是我开始回报社区的方法，而且我知道这仅仅是开始。 为了帮助社区进一步发展壮大，我决定写一篇关于如何创建包并将包发布在开源 R 社区的教程。...R 包就是一个可重复使用的 R 函数，附带有关如何使用的标准、简要说明文档。有时，包还附带简单的数据。 直至今日，CRAN 上有 10000多个包，大部分包依赖于其他某些 R 包。...你可在此找到关于如何使用此包的更多信息：https://cran.r-project.org/web/packages/ensembleR/vignettes/Introduction_to_ensembleR.html...创建 R 包的过程既有趣又富有挑战性，尤其是在首次创建时。我开始学的是创建包的基本结构和流程。 当我编码完包后，我就学会了如何将它发布在 CRAN 上共享给其他社区成员。
有一个软件就叫 CIRCOS ，是perl语言写的，使用起来比较麻烦，然后在生信技能树也有介绍一个R包RCircos，在：一层一层的剥开你的圈 这里我们推荐用顾祖光老师的 R 包 circlize，circlize...包在德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的 安装R包 安装R包比较简单，但是如何使用这个R包，需要学习一下帮助文档。...require(circlize)) { install.packages('circlize') } library(circlize) 然后就是获取测试数据，在这个R包中，绘图的数据都是以 bed...基本上到这里就可以看出来SNV/INDEL和CNV的分布情况，可以进一步标注出体细胞突变位点所在的基因，也可以进一步美化，具体要看R包的帮助文档了。...顾老师写的这个 circlize R包的功能非常强大，感兴趣的朋友可以深入了解。
之前热图三部曲介绍了使用ggplot2和pheatmp绘制热图 R语言学习 - 热图绘制 (heatmap) R语言学习 - 热图美化 R语言学习 - 热图简化 后来2017年最后学习1010个热图绘制方法简略介绍了...简介 Complexheatmap是由DKFZ的顾祖光博士创建的绘制热图的R包，基于绘图系统grid，因此如果有相应grid的知识，学习起来应该更顺手。...设计 Complexheatmap提供了一套非常灵活的方法用于多热图也就是热图列表布局以及支持自定义注释绘图，一个热图列表包含若干热图以及注释信息。 ?...绘制单个热图 安装 包的安装就不细说了，R语言学习 - 基础概念和矩阵操作中有详细的教程，下面直接给出安装代码。...这主要是通过circlize包中的colorRamp2()函数来实现的。
可以从中学到其他人的代码技巧，比如判断哪些包没有安装，甚至批量安装R包 cat(sprintf("\n\n##=========== checking if required packages are...跟着jimmy学docker系列之第4讲：docker容器资源调度问题（MAC版本） 使用阿里云+Docker分析RNA-Seq与ChIP-Seq Docker应用之一键化安装Wordpress(无需代码基础...) 如何从看不懂Dockerfile到创建自己的镜像 再复习几个docker指令： docker docker info ## 可以查看目前机器上面的docker里面有多少容器或者镜像。...:3.4.4-ubuntu16.04这个初始化的空白电脑系统，然后安装几个这篇文章绘图需要的R包，就可以啦！...这个R包。
vcf snp.bialles.vcf --SNPdensity 100000 --out StatResults/SNPdensity 100000 是指定窗口长度 --out 是输出文件的前缀 使用...R语言中的circlize包画图 参考 用circlize包绘制circos plot 代码 df<-read.table("SNPdensity.snpden",sep="\t",header=T)...df[,c(1,2,4)] colnames(df)<-c("Chr","X","Y") head(df) df$X<-df$X/1000000 options(scipen=999) library(circlize...image.png 还想实现的其他功能： 想开一个口子用俩给每一圈添加文字标签，如何用代码实现还不太清楚，想到一个解决办法是多加一条染色体，然后出图后手工编辑将这条染色体删除掉，然后添加文字标签 如何填加一圈柱形图呢
算子允许在半径为 R 的圆形邻域内有任意多个像素点。...从而得到了诸如半径为R的圆形区域内含有P个采样点的LBP算子，图示如下： ? 对于不是整数点的像素可以使用双线性插值进行计算，具体计算方式在上一篇推文已经进行了介绍。...（2）LBP的等价模式 一个LBP算子可以产生不同的二进制模式，对于半径为R的圆形区域内含有P个采样点的LBP算子将会产生2的P次幂种模式。...如此多的二值模式无论对于纹理的提取还是对于纹理的识别、分类及信息的存取都是不利的。同时，过多的模式种类对于纹理的表达是不利的。...LBP的使用 在LBP的应用中，如纹理分类、人脸分析等，一般都不将LBP图谱作为特征向量用于分类识别，而是采用LBP特征谱的统计直方图作为特征向量用于分类识别。
很多人提问如何安装一个免疫治疗数据队列包， IMvigor210CoreBiologies ，因为它是一个100多M的压缩包文件，在 http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies...，都知道如何下载这样的R语言源代码压缩包文件来进行安装。...following into your R session to load mandatory dependencies: pkg = c("biomaRt", "circlize", "ComplexHeatmap...: R (>= 3.3), Biobase Imports: biomaRt, circlize, ComplexHeatmap, corrplot, DESeq, DESeq2, dplyr...但是，尴尬的是它这个对应的R数据对象文件里面的 cds变量其实是一个 CountDataSet object ，这个对象来自于 DESeq 包，如果你没办法按照它这个DESeq包，就不可能使用它定义的CountDataSet
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