正文 R/Bioconductor简介 5.1 安装R包 ? 5.1.1 CRAN Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。...除了成功构建和安装之外，上传软件包的要求很少，因此文档和支持文件通常都很少，并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。...CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库： install.packages("devtools") require("devtools") ?...无法保证上传到github的软件包可以安装。可以使用上面安装的“devtools”软件包直接从github下载和安装R软件包。...5.1.3 Bioconductor Bioconductor是专门用于生物分析的R包装库。它对上传有最严格的要求，包括在每个平台上安装，以及完整的文档和一个教程（称为插图），解释如何使用包。
R到3.5因为引入了Bioconductor version: Release (3.8)，是一个破天荒地的改变，所以低版本的R必须更新到3.5以上！...-*' # apt-get remove 会删除软件包而保留软件的配置文件r # apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件 #然后更新Ubuntu源文件 ## 这里，不同Ubuntu...="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options()$repos options()$BioC_mirror # https://bioconductor.org...安装我们的主角-3大R包 从代码的角度来看，很简单： options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn...://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html R包安装失败通常是linux的库文件缺失 自行搜索安装必备的系统库文件 sudo
mirror for users in China r[ "CRAN" ] CRAN/"; # CRAN的镜像地址...安装包技巧 判断式安装 我们可以利用requireNamespace 函数判断包是否安装在R 中，如果有则返回T，利用判断，看是否执行安装命令： # 安装biocmanager（bioconductor...上的软件包 if (!..." # 包含数据集的bioconductor软件包 接着，通过apply 函数读取向量中的包名，并进行判断，如果在installed.packages() 不存在，则在available.packages...() 的已知CRAN 的包中安装；如果不在CRAN 中，则从BiocManager 上下载： lapply( bioPackages, function( bioPackage ){
一、如何选择合适的 R 包 1.1通过 R TaskView 查找需要的软件包，根据大类查找。.../CRAN/ https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ Bioconductor 镜像： https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc...() #加载 R 包 library(vcd) require(vcd) #升级软件包 update.packages() #删除扩展包，从磁盘中移除 remove.packages("vcd") #取消加载...但是注意不能将 windows 系统安装的迁移到Linux 下。该方法也不是万无一失，比如 R 包需要系统一些配置，缺少了还是无法运行。...6.2 获取名字重新安装 获取要迁移的 R 包名字列表，在一台设备上使用循环逐个安装。但是该方法无法处理Bioconductor 或者 github 上安装的包。
首先需要设置好Rstudio的镜像： #设置镜像 options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") options(BioC_mirror="https...://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") options(repos='http://cran.rstudio.com/') 1....来自CRAN的包 可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/） CRAN_R包 install.packages("ggplot2"...来自Bioconductor的包 bioconductor（http://bioconductor.org/）是生物信息学相关的社区 Bioconductor 安装Biocondutor里面的R包的时候需要先导入...来自github的包 有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核 我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法
tips2：添加镜像要看服务器所在的位置，不是使用者所在的位置 第三步——创建独立小环境 为什么要创建独立的环境?...安装的软件包的名称和实际调用的程序不一定是同名的！...") Q: 如何验证R语言的包安装情况？...最后这两个包可能比较难安装，如果尝试后安装不上，可以用R的方式安装，例如： 在状态栏里输入R并回车，并配置镜像 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../CRAN/"))) options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") 2.在R的交互框里输入
演示如何配置单细胞数据处理环境。...-*' # apt-get remove 会删除软件包而保留软件的配置文件r # apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件 #然后更新Ubuntu源文件 ## 这里，不同Ubuntu...安装旧版seurat的依赖包 如何知道旧版seurat的依赖包呢？...="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options()$repos options()$BioC_mirror # https://bioconductor.org...pkgs='hdf5r' BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F) 最后成功安装旧版seurat packageurl cran.r-project.org
写在前面： 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源，为了博人眼球，而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。...---- 文章目录如下： 查看已经安装了和可以安装哪些R包 如何安装旧版本的包 如何切换镜像以及为什么要切换 4种常见的R包安装方式 说明： 该文首发于我的个人博客以及生信技能树论坛，请点击文末的阅读原文前往查看详细资料..., repos=NULL, type="source") #我这里安装它的1.0.1版本，而不是最新版！...你可以check一下每个镜像的包是不是一致的： dim(available.packages(contriburl = "http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib...命令行版本安装 如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下： sudo su - -c \ "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com
R包的两大分发位置是CRAN和bioconductor，CRAN的R包是本文讨论的重点，bioconductor包的版本依赖比较严格，因此本文暂不分析bioconductor包的旧版本安装。...如何寻找旧版本的CRAN R包 CRAN是The Comprehensive R Archive Network，它是分发各版本R及R包的地方。...install.packages会自动从CRAN下载ROCR包的最新源码，并执行编译安装。...此外，它也支持其他自定义的操作： 网址安装 同样是从网络上安装，但是是指定的R包的网址而不是包名，比如： 在ROCR包主页上的Package source处找到右侧的链接，右击 -> 复制链接地址，拿到...R包而不是源码R包，如果安装时有报错这些信息，可以添加参数type='source'，也就是说从url或者本地安装一个R源码包的最稳健形式是： install.packages("R包url/R包文件路径
2.R包的来源 CRAN（ Comprehensive R Archive Network） CRAN是世界各地的ftp和Web服务器网络，为R存储相同的，最新的代码和文档版本，是R包的主要‘仓’，如果是专业相关...（计算生物学和生物信息学），还需要关注Bioconductor； ####安装 install.packages('ggplot2') ####升级 update.packages('ggplot2')...####卸载 remove.packages('ggplot2') bioconductor 基于R语言的生物信息软件包，主要用于生物数据的注释、分析、统计以及可视化，开源且不断更新； https:/.../www.bioconductor.org/ if (!...(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi")) ####查看现今已安装的bioconductor中的包，会询问是否需要对包进行更新 BiocManager::install
文章目录如下： 查看已经安装了和可以安装哪些R包 如何安装旧版本的包 如何切换镜像以及为什么要切换 4种常见的R包安装方式 说明： 该文首发于我的个人博客以及生信技能树论坛，请点击文末的阅读原文前往查看详细资料...如何安装旧版本的包 既然你点进来看，肯定是有需求。 一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时，都是默认安装最新版的。..., repos=NULL, type="source")#我这里安装它的1.0.1版本，而不是最新版！...你可以check一下每个镜像的包是不是一致的： dim(available.packages(contriburl = "http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib...命令行版本安装 如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下： sudo su - -c \"R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com
安装 R 语言非常简单，你可以从 Comprehensive R Archive Network（CRAN，https://cran.r-project.org/） 下载基于 Linux、 Mac 和...如果你正在找特定包和相关文档，可以试试 Rdocumentation（http://www.rdocumentation.org/），在这里可以非常方便地搜索到 CRAN，github 和 bioconductor...步骤 5：数据分析工作流程 一旦了解了 R 语言的语法、软件包生态系统以及获得帮助的方式，就可以开始关注 R 语言如何在数据分析工作中解决日常任务。...容易的是你可以把各种数据格式导入到 R 语言中，但难的是不同的类型往往需要不同的方法： Flat files：您可以从预先安装的 utils 包导入带有 read.table() 和 read.csv...看了这么多，你是不是已经开始准备动手写软件包了？玩得开心咯！
Bioconductor/R 相匹配的，而并非是最新的版本。...CRAN 和 Bioconductor 所有的包！...用 install.packages 来安装 CRAN 和 Bioconductor 所有的包，你要做的很简单，在 ~/.Rprofile 里加入以下两行内容。...:2) 第一行，使用国内的镜像，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge...安装体积比较大的 R 包 安装 CRAN 或者 Bioconductor 中一些体积比较大的 R 包，如果网络不太好，经常可能会出现包下载不完（Timeout of 60 seconds was reached
R 语言一直在不断升级，自 1993 年问世以来已经发布了好几个不同的版本，我们可以从 Comprehensive R Archive Network（CRAN，https://cran.r-project.org...CRAN 存储了 R 最新版本的代码和文档的服务器 (https://cran.r-project.org/) 生物信息学领域的 Bioconductor 平台，它提供的R包主要为基因组数据分析和注释工具...安装 CRAN 上的程序包 这里举的例子是三个有名的神包。...tidyverse",dependencies = TRUE) # 安装一系列，并安装所有依赖的程序包 安装 Bioconductor 上的程序包 这里的例子是大名鼎鼎的 ggtree 包，一个功能强大的系统发育树可视化及注释...R 语言软件包。
例如：二叉树，堆，图，等，是非线性表，是因为，在非线性表中，数据之间并不是简单的前后关系。 数组是如何随机访问数组元素？ 数组是如何实现根据下标随机访问数组元素的吗？...同数组插入的原理类似 数组如何提高效率？...将多次删除操作中集中在一起执行，可以先记录已经删除的数据，但是不进行数据迁移，而仅仅是记录，当发现没有更多空间存储时，再执行真正的删除操作，这样减少数据搬移次数节省耗时。...为什么数组要从 0 开始编号，而不是1？ 从偏移角度理解a[0] 0为偏移量，如果从1计数，会多出K-1。增加cpu负担。...为什么循环要写成 for(inti=0;i而不是 for(inti=0;i<=2;i++)。
大家好，我是邓飞，最近星球的小伙伴询问如何在windows安装GAPIT软件包，真是李白的行路难：欲渡黄河冰塞川，将登太行雪满山…… 报错显示LDheatmap不在Bioconductor3.2版本中，...然后报错显示： 下载到本地安装，还是报错： 安装Bioconductor3.2，再安装LDheatmap还是报错： 这日子没法过了，然后我就说：我晚上发个公众号，将相关R包都打包一下，发出来，然后你复制到...1，我先将.libPath()的文件夹找到 2，载入GAPIT，发现找不到，那就将之前安装好的GAPIT文件夹copy到 copy GAPIT文件夹到"C:/Program Files/R/R-4.4.2...这个思路，解决R包安装，屡试不爽。...有时候，我在想，这么简单的方法，R语言的CRAN为何不做一个RPro，类似JuliaPro一样，将所有官方的R包都放进去，估计也不到4Gb，可以节省多少时间和精力，我后面把数据分析和生物信息常用的R包搞一个
1.R包正规军：大多数的包可以被镜像解决 R包正规军有两支部队，一支是CRAN，是R语言官方网站，各种方向都有。一支是Bioconductor，生信专属。...在装包之前运行这两句代码，安装R包的函数就会自动从镜像网站下载: options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))...举两个栗子 cran的 install.packages("tidyr") bioconductor的 BiocManager::install("limma") 2.正规军里的特殊兵 一种是被淘汰了的...因为这个包只支持4.4，如果你还用着4.3，那就不能方便的用install.packages来安装。 你说那我更新R语言版本不就好了吗？ 是呀，那不是懒得更新吗，补补还能用。...不论是github的本地安装还是cran的特殊包的安装，都不如正规军丝滑，有的依赖包不能自动安装，需要自己看报错信息“缺啥补啥”，安装报错的R包。 明天发R包安装的常见问题和解决办法。
Bioconductor 2、基础操作 2.1 设置镜像 提高下载安装包的速度。...options()$BioC_mirror 2.2 安装R包 安装源自CRAN的包：install.packages()基础函数 install.packages("BiocManager")...安装源自Bioconductor的包：BiocManager::install()；其中BiocManager是管理下载Bioconductor包的包，::表示引用该包的函数，install()就是下载包的函数...BiocManager::install("SingleCellExperiment") 所以安装包之前的第一步就是要判断该包来自CRAN库还是Bioconductor 2.3 获取帮助文档 方式1：...方式3：CRAN/Bioconductor的官网里的该包出处。其中如作者所说，Bioconductor对开发包人员所提供的帮助文档有更严格的要求 ?
解决办法是使用Bioconductor源的安装函数 BiocManager::install("GSVA") 手动安装magick 1.2.4 R学习 #查看所安装的所有R包 installed.packages...Network）下载和安装各种扩展包。...然而，有时候全球镜像源可能由于网络连接问题或地理位置的限制而导致下载速度较慢。为了解决这个问题，我们可以自定义指定CRAN本地镜像源，以提高下载扩展包的速度和稳定性。...生物信息学开源工具库（BioConductor） #查看及设置CRAN,Bioconductor镜像源 options()$repos options()$BioC_mirror #options(BioC_mirror...取决于要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，存在于哪里可以谷歌搜到。
以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...](http://cran.us.r-project.org)")除了联网安装R包外，R还提供本地下载压缩包安装模式。...install.packages("local/packagename.tar.gz", repos=NULL, type="source")高效方式一随着时间流逝，安装的R包也越来越多，如何快捷分辨出未安装过的...CRAN , type="CRAN"){ #packages=packages_CRAN #type="CRAN" #..., type="CRAN")InstallPackageFun(packages=packages_biocond , type="bioconductor")高效方式二除了上面这种大规模安装未安装过的
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