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前沿综述 | 如何从空间转录组数据中分析空间变异基因?

空间转录组研究中的一项关键任务是识别跨空间位置具有不同空间表达模式的空间变异基因(SVG)。识别SVG为系统分析特定位置的细胞状态、推断细胞间的通讯以及确定生物体中重要的表型和功能提供了机会。...trendsceek使用标记点过程来模拟基因表达和细胞坐标之间的关联;SpatialDE是一种基于高斯过程回归的方法;与SpatialDE相比,SPARK做了一些具体的改进,其基于具有多个空间核的空间广义线性混合模型识别...SVG,直接对空间计数数据建模;SPARK-X基于非参数建模,有效地减少了内存需求和计算时间,同时保持了可靠模型的有效性;GPcounts利用高斯过程回归方法,通过负二项似然模型对空间转录组数据进行建模...Merungue通过三角剖分算法(Delaunay)将空间转录组数据中的每个细胞视为一个邻域,然后根据这些邻域确定每个细胞对是否相邻,并应用二进制邻接权重矩阵来表示这种关系。...通过统计学上的富集测试,如果一个基因在相邻细胞中的表达量很高,这个基因将被视为SVG。作为一种基于图的模型,隐马尔科夫随机场模型 (HMRFs)利用空间基因和空间邻域网络来总结主要的空间域。

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    前沿综述 | 如何从空间转录组数据中分析空间变异基因?

    空间转录组研究中的一项关键任务是识别跨空间位置具有不同空间表达模式的空间变异基因(SVG)。识别SVG为系统分析特定位置的细胞状态、推断细胞间的通讯以及确定生物体中重要的表型和功能提供了机会。...trendsceek使用标记点过程来模拟基因表达和细胞坐标之间的关联;SpatialDE是一种基于高斯过程回归的方法;与SpatialDE相比,SPARK做了一些具体的改进,其基于具有多个空间核的空间广义线性混合模型识别...SVG,直接对空间计数数据建模;SPARK-X基于非参数建模,有效地减少了内存需求和计算时间,同时保持了可靠模型的有效性;GPcounts利用高斯过程回归方法,通过负二项似然模型对空间转录组数据进行建模...Merungue通过三角剖分算法(Delaunay)将空间转录组数据中的每个细胞视为一个邻域,然后根据这些邻域确定每个细胞对是否相邻,并应用二进制邻接权重矩阵来表示这种关系。...通过统计学上的富集测试,如果一个基因在相邻细胞中的表达量很高,这个基因将被视为SVG。作为一种基于图的模型,隐马尔科夫随机场模型(HMRFs)利用空间基因和空间邻域网络来总结主要的空间域。

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    数据采集过程中如何判断HTTP状态码

    介绍在数据采集的过程中,了解和判断HTTP状态码是至关重要的一环。HTTP状态码是服务器对客户端请求的响应的一部分,通过它我们可以了解请求是否成功、失败的原因以及采取相应的处理措施。...本文将探讨在爬虫技术中如何有效地判断HTTP状态码,以提高数据采集的效率和可靠性。技术分析在Python中,我们通常使用requests库进行HTTP请求。...以下是一个简单的例子,演示如何发送HTTP请求并获取响应状态码:import requestsurl = 'https://example.com'response = requests.get(url...结论有效地判断HTTP状态码是数据采集过程中不可或缺的一环。通过使用requests库,我们可以轻松地获取服务器的响应状态码,并根据状态码执行相应的操作。...在爬虫开发中,对不同的状态码进行合理的处理能够提高爬虫的稳定性和健壮性,确保数据的准确性和完整性。在实际应用中,还可以结合其他技术手段,如设置超时时间、处理异常情况等,以构建更为健壮的数据采集系统。

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    C#开发中,如何从header中解析数据

    在C#中,当使用HttpClient类向API发送请求并接收到响应时,可以从响应的Headers属性中解析HTTP头部(Header)数据。...以下是一个如何从HTTP响应的头部中解析数据的示例:首先,确保项目中已经包含了System.Net.Http命名空间。...response.EnsureSuccessStatusCode(); // 从响应的Headers中读取数据...然后,我们检查响应是否成功(即HTTP状态码在200-299范围内),并尝试从响应的Headers集合中获取Content-Type和自定义的X-Custom-Header头部信息。...此外,如果需要读取响应体(例如,JSON或XML数据),可以使用response.Content.ReadAsStringAsync()或类似的方法来获取响应内容的字符串表示,然后进一步处理这些数据。

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    MEFISTO:从多模态数据中识别变异的时间和空间模式

    现有的因子分析模型假设观察到的样本是独立的,而这个假设在时空分析研究中并不适用。...使用模拟数据进行验证:在一系列的模拟设置中,MEFISTO产生了更好的潜在空间恢复,并提供了更准确的缺失数据的归因。...为了确定转录组和表观遗传组在发育过程中的协调变化,研究团队使用从RNA表达中得到的二维参考坐标来描述发育过渡期,并将这些作为MEFISTO的协变量(方法)。...MEFISTO未来的发展可能集中在扩展上,以实现跨数据集的空间对齐,以及部署特定的噪声模型。...此外,尽管MEFISTO是基于概率因子分析框架,但明确建立空间和时间协变量模型的概念也可以被纳入其他类别的潜变量模型中。

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    如何高效的从数组数据生成树状层级数组?

    从顶级分类递归查找子分类,最终构建一个树状数组。如果分类数据是一个数组配置文件,且子类父类id没有明确的大小关系。那么我们如何高效的从一个二维数组中构建我们所需要的树状结构呢。 假设数据源如下: ?...每次递归都要遍历所有的数据源。时间复杂度N^2 方案2 : ? 分析: 每次递归循环内部只遍历指定父分类下的数据。加上前期数据准备,整个时间复杂度Nx2 测试 生成测试数据 ?...对两种方式使用相同的5000个数据,分别测试100次,两种方式100次执行总时间如下(单位s): float(96.147500038147) float(0.82804679870605) 可以看出相差的不是一点点...递归调用虽然会让程序简介,阅读方便,但是数据多的时候容易出现超出最大调用栈的情况,同时内存也会持续上升。 还有什么其他的方案呢?

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    在 Vue 中,如何从插槽中发出数据

    我们知道使用作用域插槽可以将数据传递到插槽中,但是如何从插槽传回来呢? 将一个方法传递到我们的插槽中,然后在插槽中调用该方法。 我信无法发出事件,因为插槽与父组件共享相同的上下文(或作用域)。...emit 当一个槽与父组件共享作用域时意味着什么 从插槽到祖父组件的 emit 更深入地了解如何使用方法从插槽通讯回来 从插槽到父级的 emit 现在看一下Parent组件的内容: // Parent.vue...插槽向祖父组件发送数据 如果要从插槽把数据发送到祖父组件,常规的方式是使用的$emit方法: // Parent.vue 从插槽发回子组件 与Child 组件通讯又如何呢?...我们知道如何将数据从子节点传递到槽中 // Child.vue 以及如何在作用域内的插槽中使用它

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    使用生成式对抗网络从随机噪声中创建数据

    可以用来在数据有限的情况下产生新数据的GAN可以证明是非常有用的。数据有时可能比较困难,而且费时费钱。然而,为了有用,新的数据必须足够现实,以便我们从生成的数据中获得的任何见解仍然适用于真实的数据。...交叉熵损失是鉴别器如何准确识别真实图像和生成图像的度量。Wasserstein指标反映了真实图像和生成图像中每个变量(即每个像素的每种颜色)的分布情况,并确定了实际数据和生成数据的分布距离。...卷积层中的每个神经元只与一小组输入和输出(例如图像中的相邻像素)一起工作以允许学习空间关系。我们的信用卡数据集缺乏变量之间的任何空间结构,所以我已经将卷积网络转换成密集连接层的网络。...然而,评论家正在学习如何进行这个计算。只要测量生成数据的距离比真实数据更大,网络就可以改善。我们可以看到在训练过程中,生成的和真实的数据之间的差异如何变化。如果高原,那么进一步的训练可能无济于事。...我们可以尝试一种架构,为我们提供人类可以理解的模型,所以我们可以更好地理解数据的结构(参见InfoGAN)。

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    Slice如何从网络消费数据中获得商机

    当市场营销人员从数据经纪商处购买信息时,很多信息都陈旧不堪或者不完整。 这就是布雷迪的网购数据分析公司Slice为何如此激发人兴趣的原因所在。...由于该应用大获成功,它即将推出一项智能服务,从消费者数据这一宝藏深入挖掘——这是一个储存着两百多万人在线购物习惯的数据库。 ?...“除苹果公司之外,iPhone 6上市的最大赢家是T-Mobile,从该公司产生的预订在首个周末的所有订单中占到了约20%,超过了该公司的市场份额,”Slice Intelligence首席数据官卡尼什卡...在众多数据中,Slice的分析显示,这家婴儿护理公司的客户在预定鲜花方面的支出,大幅超过与他们实力最接近的竞争对手。...他指出,且不说直接的数据营销这一年产值550亿美元的行业,单美国传统的第三方数据经纪商一年的销售规模就是150亿美元,而这些从秘密渠道获得消费者数据并且从中牟利的公司,和消费者的关系却等于零。

    1.5K70

    eBay 开发新的推荐模型,从数据中挖掘商机

    这个被称为“Ranker”的新模型使用词袋之间的距离得分作为特征,从语义角度分析商品标题信息。...应用使用离线历史数据训练过的 Ranker,根据购买的可能性对召回集进行排序,通过合并卖家广告率对列表进行重新排序。...这个模型的特征包括:推荐商品历史数据、推荐商品与种子商品的相似性、产品类别、国家和用户个性化特征。使用梯度提升树对模型进行连续训练,根据相对购买概率对商品进行排序。...在离线评估中,这个 eBERT 模型在 eBay 的一组标记任务上的表现显著优于开箱即用的 BERT 模型,F1 得分为 88.9。...这就是为什么要通过日批处理作业生成标题词袋,并存储在 NuKV(eBay 的云原生键值存储)中,将商品标题作为键,词袋作为值。通过这种方法,eBay 能够满足其在延迟方面的要求。

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    从嘈杂数据中推断复杂模型的参数:CMPE

    摘要 基于仿真的推断(SBI Simulation-based inference)不断寻求更具表现力的算法,以准确地从嘈杂数据中推断复杂模型的参数。...., 2020).仿真程序可以将观测值x ∈ X 生成为未知参数θ ∈ Θ 和潜在程序状态ξ ∈ Ξ 的函数(Cranmer等,2020)。...2.1.基于模拟推断(SBI) SBI方法的定义属性是它们仅依赖于从数据生成过程p(x,θ)中采样的能力,而不像依赖于评估似然函数p(x|θ)的基于似然的方法。...相反,摊销方法训练神经逼近器以泛化整个模型的先验预测空间。这使我们能够查询逼近器,以获取假定来自模型范围的任何新数据集。...一旦一致性模型训练完毕,从近似后验生成样本变得简单,只需从噪声分布中抽取样本 θT ∼ N (0, T²I),然后将其转换为目标分布的样本,就像在标准扩散模型中一样。

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    R语言状态空间模型和卡尔曼滤波预测酒精死亡人数时间序列|附代码数据

    状态空间建模是一种高效、灵活的方法,用于对大量的时间序列和其他数据进行统计推断 摘要 本文介绍了状态空间建模,其观测值来自指数族,即高斯、泊松、二项、负二项和伽马分布。...绪论 状态空间模型为几种类型的时间序列和其他数据的建模提供了一个统一的框架。...最简单的一类状态空间模型是线性高斯状态空间模型(也被称为动态线性模型),经常被用于许多科学领域。 高斯状态空间模型 本节将介绍有关高斯状态空间模型理论的关键概念。...高斯状态空间模型的例子 现在通过例子来说明。我们的时间序列包括1969-2007年40-49岁年龄组每年每10万人中酒精相关的死亡人数(图1)。数据取自统计局。...从卡尔曼滤波算法中,我们得到了对状态的一步超前预测,at = (µt , νt) 。请注意,即使斜率项ν在我们的模型中被定义为时间不变量(νt = ν),它也是由卡尔曼滤波算法递归估计的。

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    RealNet:从数据生成到模型训练的最新工业异常检测 | CVPR 2024

    虽然自监督方法在使用合成异常训练模型方面备受关注,但仍然面临着合成逼真和多样化的异常图像的挑战,特别是在生成复杂的结构异常和未知的异常类别方面。...由于缺乏可用的异常图像和关于异常类别的先验知识,现有方法依赖于精心设计的数据增强策略或外部数据进行异常合成,导致合成异常与真实异常之间存在显著的分布差异,从而限制了异常检测模型在真实应用中的泛化能力。...然而,由于特征重构的高计算需求和缺乏有效的特征选择策略,现有方法要么使用小规模的预训练CNN网络进行异常检测,要么手动从预训练网络中挑选特定的层特征进行重构。...Related work ***   无监督的异常检测和定位方法仅使用正常图像进行模型训练,没有任何异常数据。...相比之下,SDAS在概率空间中运作,不受数据增强规则或现有数据的限制,能够有效控制异常的强度,并且仅使用正常图像就能生成逼真且多样化的异常图像。

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    如何从机器学习数据中获取更多收益

    这个问题无法通过分析数据得到很好的解决,只能是通过一次次的制作数据集、搭建模型并进行仿真实验才能发现如何最好地利用数据集以及选取什么样的模型结构。  ...本文讲解一些有关于数据集的实用知识,通过本文你将了解以下三点: 探索可能的模型框架; 开发一套“视图”对输入数据进行系统测试; 特征选择、特征工程和数据准备中的想法可以对问题产生更多的观点; ?...在这个过程中,可以借鉴一些其它项目、论文和领域中的想法,或者是展开头脑风暴等。在之前的博客《如何定义你的机器学习问题》中,我总结了一些框架,可供读者参考。...3.研究数据 将能够想到数据都可视化,从各个角度来看收集的数据。...这些工作可以帮助你更好地了解数据,从而更好地选择、设计相应的模型。 4.训练数据样本大小  使用少量的数据样本做敏感性分析,看看实际需要多少数据,可参考博客《机器学习中训练需要多少样本》。

    8.3K20

    如何从单体应用中拆分富数据服务

    拆分步骤从对现有单体应用的逻辑分割开始:将服务行为拆分为一个单独的模块,然后把数据拆分到单独的数据表中。一系列动作之后,这些元素最终成为一个自治的新服务。 从单体应用向较小服务的迁移是目前的主流趋势。...这个转换过程之中最难的部分,就是从单体应用所持有的数据库中把新服务所属的数据拆分出来。如果从单体应用中拆分出来的逻辑部分仍然连接到同一个数据库,这种拆分无疑是比较简单的。...下面讲到的模式中,我们建议完成其中的所有步骤来完成拆分工作。服务分拆过程之中的最大障碍并非来自技术,而是如何让既有的单体应用客户迁移到新的服务之中去。我们将在第五步讨论这一话题。...类似的,数据库中也不该有核心商品信息和商品定价信息之间的硬约束。所有的 JOIN 和 约束都应该从数据库层转移到逻辑层。...图 9:指向定价数据库的定价服务。 步骤 9:从单体应用中删除新服务相关的逻辑和数据 这里就要从原有应用中删除定价功能相关的逻辑和数据库了。

    1.3K30

    ICML 2024 | 离散状态空间上的生成流:实现多模态流及其在蛋白质共同设计中的应用

    结合离散数据和连续数据是生成模型的重要能力。作者提出了离散流模型(DFMs),这是一种新的基于流的离散数据模型,弥补了在多模态连续和离散数据问题中应用基于流的生成模型的缺失环节。...DFMs是一种新的离散生成建模范式:比扩散模型限制更少,允许在不重新训练的情况下实现采样灵活性,并能与连续状态空间流简单结合,形成多模态流模型。...离散流模型DFM 图 1 图1A概述了离散流模型(DFMs)。离散流模型(DFM)是一种围绕从噪声到数据插值的概率流构建的离散数据生成模型。...为了采样新的数据点,作者模拟一个匹配从噪声到数据概率流的序列轨迹。该流的构建使得能够将DFM与连续数据流模型结合起来,从而定义一个多模态生成模型。具体来说,首先定义一个概率流,它从噪声线性插值到数据。...为残基碳-α原子的平移,是残基局部框架相对于全局参考框架的旋转矩阵,是20种氨基酸之一或掩码状态M。在训练过程中,作者使用每种模态的条件流对数据进行破坏。是SO(3)上的均匀分布。

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    NN如何在表格数据中战胜GBDT类模型!

    DNN的优势: 有效地编码多种数据类型,如图像和表格数据; 减轻特征工程的需要,这是目前基于树的表格数据学习方法的一个关键方面; 从流式数据中学习; 端到端模型的表示学习,这使得许多有价值的应用场景能够实现...TabNet使用sequential attention来选择在每个决策步骤中从哪些特征中推理,从而实现可解释性和更好的学习,因为学习能力用于最显著的特征。...表格自监督学习 我们提出了一个解码器架构来从TabNet编码的表示中重建表格特征。解码器由特征变换器组成,每个判决步骤后面是FC层。将输出相加得到重构特征。...我们提出了一个从其他特征列中预测缺失特征列的任务。..., 使用真实值的标准偏差进行Normalization是有帮助的,因为特征可能有不同的ranges,我们在每次迭代时以概率从伯努利分布中独立采样; 03 实验 1.

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