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如何随机选择vcf文件中的变异位点

现在做群体基因组的论文大部分会公开自己论文分析中的变异检测结果,通常是vcf文件,我们自己可以把vcf文件下载下来试着复现论文中的内容,有时候vcf文件过大,每一步处理起来都会花费比较长的时间。...有时候就想把这个vcf文件缩小,随机选择一部分。 查了一下,没有找到现成的工具或者脚本。尝试自己写脚本,没有思路。...这个函数随机生成一个小于1的数,如果我们想要随机取vcf文件中的10%,就设置random.random()随机数种子 random.seed(123)。...运行 python randomSelectRowsFromVCF.py tiny.vcf tiny.out.vcf 1 123 四个位置参数分别是 输入文件 输出文件 随机选取的比例(0-100)

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    从10W个数中随机抽走2个数,求出那两个数是多少

    这道题目是从51js论坛上看到的,链接在这里>> 题目大意是: 从1到10w(共10w个数)中随机抽走2个数,然后打乱剩下的数的顺序,问如果从这剩下的数中快速的找出抽走的是哪2个数?...说明:下文中所指的原数组是指,未被打乱顺序、未被截取的数组          现在的数组,指被抽走2个数且顺序被随机打乱了的数组。...数组的下标从0开始,这里的数(10w个数)应该是从1开始,随便拿走两个 1: var n = 100* 1000; 2: var arr = []; 3: ...上面方程式的两个实根为: ? 其中,b为x + y的和,c为x*x + y * y 的和。...剩下就是如何求这两个数了: x + y =  原数组每一项之和 -  现在数组中每一项之和 x*x + y * y = 正常数组每一项的平方各 - 现在数组的每一项的平方各 根据以上分析,代码基本上已经出来了

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    在Scrapy中如何利用CSS选择器从网页中采集目标数据——详细教程(上篇)

    点击上方“Python爬虫与数据挖掘”,进行关注 /前言/ 前几天给大家分享了Xpath语法的简易使用教程,没来得及上车的小伙伴可以戳这篇文章:在Scrapy中如何利用Xpath选择器从网页中采集目标数据...——详细教程(上篇)、在Scrapy中如何利用Xpath选择器从网页中采集目标数据——详细教程(下篇)。...今天小编给大家介绍Scrapy中另外一种选择器,即大家经常听说的CSS选择器。...需要注意的是在CSS中获取标签文本内容的方式是在CSS表达式后边紧跟“::text”,记住是有两个冒号噢,与Xpath表达式不一样。...,反之亦成立,当然也可以同时在一个爬虫文件将两个或者多个选择器进行交叉使用。

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    在Scrapy中如何利用CSS选择器从网页中采集目标数据——详细教程(下篇)

    点击上方“Python爬虫与数据挖掘”,进行关注 /前言/ 前几天给大家分享了Xpath语法的简易使用教程,没来得及上车的小伙伴可以戳这篇文章:在Scrapy中如何利用Xpath选择器从网页中采集目标数据...——详细教程(上篇)、在Scrapy中如何利用Xpath选择器从网页中采集目标数据——详细教程(下篇)、在Scrapy中如何利用CSS选择器从网页中采集目标数据——详细教程(上篇)。...之前还给大家分享了在Scrapy中如何利用CSS选择器从网页中采集目标数据——详细教程(上篇),没来得及上车的小伙伴可以戳进去看看,今天继续上篇的内容往下进行。...只不过CSS表达式和Xpath表达式在语法上有些不同,对前端熟悉的朋友可以优先考虑CSS选择器,当然小伙伴们在具体应用的过程中,直接根据自己的喜好去使用相关的选择器即可。...CSS选择器从网页中采集目标数据——详细教程(上篇) 在Scrapy中如何利用Xpath选择器从网页中采集目标数据——详细教程(下篇) 在Scrapy中如何利用Xpath选择器从网页中采集目标数据——详细教程

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    【面经】面试官:如何以最高的效率从MySQL中随机查询一条记录?

    使用MySQL完全可以存储千亿级别的数据,这个我会在后面的文章中来给小伙伴们分享如何使用MySQL存储千亿级别以上的数据。或者小伙伴们可以提前预定我的新书《MySQL技术大全:开发、优化与运维实战》。...好了,说了这么多,今天给大家分享一篇有关MySQL的经典面试题:如何以最高的效率从MySQL中随机查询一条记录? 面试题目 如何从MySQL一个数据表中查询一条随机的记录,同时要保证效率最高。...从这个题目来看,其实包含了两个要求,第一个要求就是:从MySQL数据表中查询一条随机的记录。第二个要求就是要保证效率最高。 接下来,我们就来尝试使用各种方式来从MySQL数据表中查询数据。...方法二 看来对于大数据量的随机数据抽取,性能的症结出在ORDER BY上,那么如何避免?方法二提供了一个方案。...`))+(SELECT MIN(id) FROM `table`)) AS id) AS t2 WHERE t1.id >= t2.id ORDER BY t1.id LIMIT 1; 最后对这两个语句进行分别查询

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    在Scrapy中如何利用Xpath选择器从HTML中提取目标信息(两种方式)

    前一阵子我们介绍了如何启动Scrapy项目以及关于Scrapy爬虫的一些小技巧介绍,没来得及上车的小伙伴可以戳这些文章: 今天我们将介绍在Scrapy中如何利用Xpath选择器从HTML中提取目标信息。...在Scrapy中,其提供了两种数据提取的方式,一种是Xpath选择器,一种是CSS选择器,这一讲我们先聚焦Xpath选择器,仍然是以伯乐在线网为示例网站。 ?...1、 打开网站,然后随机选择任意一篇文章进行查看,如下图所示。 ? 我们需要提取的信息主要有标题、日期、主题、评论数、正文等等。...可以看到复制的Xpath表达式为“//*[@id="post-113659"]/div[1]/h1”,其中id="post-113659"是属于这篇文章的一个标识,如下图所示。 ?...下面将两个Xpath表达式所匹配的内容分别进行输出。 7、将Xpath表达式写入Scrapy爬虫主体文件中,尔后Debug我们之前定义的main.py文件,将会得到下图的输出。

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    在Scrapy中如何利用Xpath选择器从HTML中提取目标信息(两种方式)

    爬虫框架的第一个项目(下) 关于Scrapy爬虫项目运行和调试的小技巧(上篇) 关于Scrapy爬虫项目运行和调试的小技巧(下篇) 今天我们将介绍在Scrapy中如何利用Xpath选择器从HTML中提取目标信息...在Scrapy中,其提供了两种数据提取的方式,一种是Xpath选择器,一种是CSS选择器,这一讲我们先聚焦Xpath选择器,仍然是以伯乐在线网为示例网站。...1、 打开网站,然后随机选择任意一篇文章进行查看,如下图所示。 我们需要提取的信息主要有标题、日期、主题、评论数、正文等等。...可以看到复制的Xpath表达式为“//*[@id="post-113659"]/div[1]/h1”,其中id="post-113659"是属于这篇文章的一个标识,如下图所示。...下面将两个Xpath表达式所匹配的内容分别进行输出。 7、将Xpath表达式写入Scrapy爬虫主体文件中,尔后Debug我们之前定义的main.py文件,将会得到下图的输出。

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    数据库的双机热备与读写分离

    配置完成之后,主节点就开启binlog日志,在从节点的配置中只需要指定从节点在集群中的编号即可,在从节点中会开前io和sql两个线程,io线程负责登陆主节点监控和抓取主节点的binlog日志信息到当前节点的...而且确实之前使用的公司会比较多一些(这个在官网有登记使用的公司,可以看到从 2017 年一直到现在,是有不少公司在用的),目前社区也还一直在开发和维护,还算是比较活跃,个人认为算是一个现在也可以选择的方案...writeType=1:1.5版本后的mycat不推荐使用,因为在新版本中,读逻辑分离 开来由balance控制,如果writeType=1覆盖掉读逻辑,读写都随机在所有 的writeHost中完成,写操作会随机的在所有的...当balance的值为2时读操作随机到所有的host 中执行。...id,儿子姓名) 为了使两张表产生关联,父亲id作为主键放到儿子表中。

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    【机器学习】第三部分贰:决策树分类

    如何构建决策树 构建决策树算法 决策树的构建,就是不断选取好的特征作为决策节点,构建一颗泛化能力较强的树结构,其基本算法描述如下: 显然,决策树的构建是一个递归的过程,核心是以下两个问题: 如何选取特征...增益率定义为: 其中 ④ 基尼系数 基尼系数定义为: 直观来说,基尼系数反映了从数据集D中随机抽取两个样本,类别标记不一致的概率....在工程应用上,可以对决策树做一些优化,不必让每一个特征都参与子表划分,而只选择其中较重要的(或者说影响因素较大的)的特征作为子表划分依据。...随机森林 什么是随机森林 随机森林(Random Forest,简称RF)是专门为决策树设计的一种集成方法,是Bagging法的一种拓展,它是指每次构建决策树模型时,不仅随机选择部分样本,而且还随机选择部分特征来构建多棵决策树...如何实现随机森林 sklearn中,随机森林相关API: import sklearn.ensemble as se model = se.RandomForestRegressor( max_depth

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    Brief Bioinform|FG-BERT:基于官能团的通用自监督分子表示学习与性质预测框架

    传统的机器学习模型在很大程度上取决于如何选择合适的分子表示。...为了解决这一问题,研究者们采用深度学习中的预训练模型进行分子表示学习,通过设置预训练和微调策略,从大量未标记的数据中学习有用的分子表示,然后将知识迁移到下游任务中进行分子性质预测。...在BERT的启发下,本研究中提出的预训练策略与BERT相似,在一个分子中随机选择15%的官能团进行掩模,对于只有少量几个官能团的分子,至少选择一个来进行掩膜。...这些结果表明,预训练实际上使FG-BERT能够从大规模未标记分子中捕获丰富的结构和语义信息,提取有效的分子表征,并通过简单的神经网络轻松地将其迁移到特定的下游任务中,从而增强模型的预测能力。...如图3C和D所示,从测试集中选择两个分子(BACE_350和BACE_1015)进行案例研究。

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    【重学 MySQL】六十六、外键约束的使用

    外键约束的约束等级 在MySQL中,外键约束的约束等级决定了当主表中的记录被更新或删除时,子表中相应的外键记录将如何响应。...示例:如果主表中的某个部门被删除,那么所有属于该部门的员工记录(在子表中)的部门ID字段会被设置为NULL。...注意:由于InnoDB不支持,因此在实际应用中不会使用此约束等级。 在实际应用中,选择哪种约束等级取决于具体的业务需求。...例如,如果希望当主表中的记录被删除时,子表中相应的记录也被删除,那么可以选择CASCADE约束等级。...如果希望保留子表中的记录,但将外键字段设置为NULL以表示不再引用主表中的记录,那么可以选择SET NULL约束等级。

    13110

    mysql常见的建表选项和约束

    id int not null primary key comment '学号' 从数据字典中查询注释信息 select column_name,column_comment from information_schema.columns...where table_name=’stu_comment’ 在CREATE TABLES语句中的表选项 engine:指定表使用的存储引擎 存储引擎:决定了数据如何存储以及如何访问,还有事务如何处理...name) constraint可以给键进行重命名,但是在数据字典中,主键名还是显示primary foreign key外键约束 参照完整性约束,保证一个或两个表之间的参照完整性,外键是构建于一个表的两个字段或者是两个表的两个字段之间的参照关系...注意: 具有外键约束的列的值不能随便给,必须满足外键所引用的主键的取值 一张表中可以定义多个外键 外键列默认可以给null值 父子表 外键所在的表叫做子表,从表 外键所引用的主键所在的表叫做父表,主表...,如果子表中有依赖于被删除父行的子行存在,那么联通子行一起删除,相当于rm -f on delete set null:当删除父表中的行时,如果子表中有依赖于被删除的父行的子行存在,那么不删除,而是将子行的外键设置为

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    MySQL——函数与约束的讲解

    我们先来看两个场景: 1). 在企业的 OA 或其他的人力系统中,经常会提供的有这样一个功能,每一个员工登录上来之后都能够看到当前员工入职的天数。...而在数据库中,存储的是学生的 分数值,如 98/75 ,如何快速判定分数的等级呢? 其实,上述的这一类的需求呢,我们通过 MySQL 中的函数都可以很方便的实现 。...修改父表 id 为 1 的记录,将 id 修改为6 我们发现,原来在子表中dept_id值为1的记录,现在也变为6了,这就是cascade级联的效果。...在一般的业务系统中,不会修改一张表的主键值。 B. 删除父表 id 为 6 的记录 我们发现,父表的数据删除成功了,但是子表中关联的记录也被级联删除了。 ---- 2)....我们发现父表的记录是可以正常的删除的,父表的数据删除之后,再打开子表 emp ,我们发现子表 emp的 dept_id 字段,原来 dept_id 为 1 的数据,现在都被置为 NULL 了。

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    ICLR 2022 under review|化学反应感知的分子表征学习

    表2:在USPTO-479k数据集上的案例研究 现实场景生成物预测中的多选择问题 每个问题给出反应的反应物,从4或5个选项中选出正确的生成物,结果如图2所示,MoLR优于基线方法。...图2:现实场景生成物预测中的多选择问题的结果 分子性质预测 作者在5种数据集中测试MoLR,每个数据集包含数千个SMILES分子。...在图4b中,根据BBBP数据集中随机选择的分子(编号1196)的GED对分子进行着色,显然,与1196号分子结构相似的分子(橙色)在嵌入空间中很接近,而与1196号分子结构不同的分子(红色)在嵌入空间中相距很远...惊讶的是,我们发现横轴与分子中最小环的数量有关:如图4d所示,没有环的分子(蓝色)仅存在于左簇中,含有一个环的分子(黄色)仅存在于左簇和中间簇中,含有两个环的分子(橙色)基本上位于中间簇,而右边簇主要由含有...id=6sh3pIzKS-

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    MySQL 分表查询

    在MySQL中,可以使用多种方法进行分表,例如基于范围、哈希或列表等。下面将详细介绍MySQL如何分表以及分表后如何进行数据查询。...下面是详细介绍如何基于哈希的分表的步骤: 步骤1:创建子表 首先,你需要创建多个子表,每个子表将存储一部分数据。通常,子表的数量是一个固定值,例如10个或100个,具体取决于你的需求。...步骤2:数据哈希 在插入数据时,需要计算数据的哈希值,然后将数据插入到对应哈希值的子表中。通常,你会选择一个列作为哈希列,该列的值将用于计算哈希值。...然后,在对应的子表中执行查询操作。 性能优化和注意事项 •哈希函数选择: 选择合适的哈希函数以确保数据均匀分布。通常,哈希函数应该尽可能均匀地分布数据,以避免某些子表过载。...在上面的示例中,我们创建了两个子表,一个用于存储活跃客户,另一个用于存储不活跃客户。 步骤2:数据路由 在插入数据时,需要根据数据的特定条件将数据插入到对应的子表中。

    1.1K20

    ICLR|基于3D几何信息的分子图表示学习

    因此,在2D和3D视图中应用SSL方法将提供一个更好的2D分子表示,它隐含地将能量和几何信息的集合嵌入了分子表示中。 GraphMVP概述 图1: GraphMVP中预训练阶段的概述。...在 GraphMVP中,本文更倾向于 VAE 类方法,原因如下:(1)两个分子视图之间的映射是随机的:多个3D构象对应于相同的2D拓扑; (2)下游任务需要一个显式的2D图表示(即特征编码器); (3)...本文从GEOM中随机选择了具有2D和3D结构的50k个合格分子进行预训练。由于构象集合可以更好地反映分子性质,因此本文对每个分子取C个构象。...案例研究 本文研究了在利用2D拓扑来解决具有困难,但使用3D几何图形来解决非常简单的案例中 (如图2所示),GraphMVP是如何起作用的。...因此,本文设计了两个案例来验证GraphMVP如何将知识从3D几何转化为2D表示。 第一个案例是3D直径预测。对于分子,通常2D直径越长,3D直径越大 (最大的原子成对距离 l2)。

    93010

    不会编程没关系,有了这个“Excel”,零基础上手生成网络

    最近还真有人发明了一种SpaceSheet工具,它就是简单的电子表格界面,即使你完全不会编写代码,也能借助它理解生成对抗网络(GAN)是如何制造图像的。 ?...SpaceSheet应用程序由两部分组成: 左侧是数据选择器,右侧是电子表格界面。 以生成面部图像为例。在右侧的表格个中选中某个位置,再点击点击左侧的元素来选择人脸。 ?...顶部操作栏中的LERP按钮使可以在电子表格中的选定单元格之间进行线性插值。 通过线性插值的方法,产生两张人脸之间的平滑过渡图像,可以帮助我们理解面部特征的连续过程: ?...然后可以将该向量添加到潜在变量中或从潜在变量中减去该向量以使它们或多或少地“笑脸”。 ? 尽管提取属性向量被证明是有效的,但是它还会受到其他“相关属性”的影响,说明属性之间存在着强相关性。...以上表格图像中,左上、右上、左下三张人脸图像都是从左侧数据库中选取,在选中它们后选择“LERP”,就可以得出右下角人脸图像。这张图是根据前3张图推理得出的。

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    手把手 | 如何用Python做自动化特征工程

    这些库以及随机搜索等方法旨在通过查找数据集的最优模型来简化模型选择和转变机器学习的部分,几乎不需要人工干预。然而,特征工程几乎完全是人工,这无疑是机器学习管道中更有价值的方面。...此过程包括通过客户信息对贷款表进行分组,计算聚合,然后将结果数据合并到客户数据中。以下是我们如何使用Pandas库在Python中执行此操作。...将数据框添加到实体集后,我们检查它们中的任何一个: 使用我们指定的修改模型能够正确推断列类型。接下来,我们需要指定实体集中的表是如何相关的。...在数据表的范畴中,父表的每一行代表一位不同的父母,但子表中的多行代表的多个孩子可以对应到父表中的同一位父母。...一个例子是通过client_id对贷款loan表进行分组,并找到每个客户的最大贷款额。 转换:在单个表上对一列或多列执行的操作。一个例子是在一个表中取两个列之间的差异或取一列的绝对值。

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