，再转换回长列表，比如： 这个数据的问题是 x, y 应该放在两列中却合并成一个了，2018 和 2019 应该放在一列中却分成了两列。...中的列表列 nest 与unnest 对于数据框，我们可以使用split 将数据框按某列拆分为多个数据框，并储存在列表中。...实际上，tibble 允许存在数据类型是列表 (list) 的列，子数据框就是以列表数据类型保存在 tibble 的一列中的。...[42 × 4]> 2 Mississippi tibble[,4] [42 × 4]> 由于tibble 类型数据相较数据框来说其元素类型可以是列表，因此相比split 拆分为列表来说，其保存后数据更加直观...我们还可以借助unlist 将tibble 元素提取出来：
多次以不同的参数调用同一个函数。 处理列表列。 这些问题通常可以通过 for 循环简单地解决掉，但如果能够自然地将其流程化将是一个非常好的方案。...当您有列表列时，rowwise()操作是一种自然的配对。...现在我们有了三行（每个组一行），还有一个列表列 data，用于存储该组的数据。还要注意输出是 rowwwise();这一点很重要，因为它将使处理数据框列表变得更加容易。...list()意味着我们将得到一个列表列，其中每一行都是一个包含多个值的列表。...因为输入tibble中的列没有那么规则，所以这种方法更不适合这种方法。
数据框dataframe 一个合适表格就和问卷一样，是包含不同类型的数据的。但需要注意的是，数据框的每一列只 包含一种数据类型 ，也就是说每一列如果单独提取出来，都是一个向量。...另外，tibble类型允许其中的列是列表类型， 这样， 该列的每个元素就可以是复杂类型， 比如建模结果（列表）， 元素之间可以保存不等长的值。...R lists 一个R的列表包括了各种类型的变量，并将他们放置在同一个列表当中，这些变量可以是矩阵、向量、数据集，甚至是其他的列表。...列表的提取也可以按照类似数据框的方式提取。、 需要注意的是，列表用一个中括号提取内容，会返回一个列表，列表中包含提取的内容，只有用两个中括号，才会返回该内容本来的格式。...51:100,]) #5.将iris和test组成一个列表，赋值给tl t1 <- list(x1=iris, x2=test) #6.提取tl的第二个元素 t1[[2]] t1$x2 #7.修改tl第二个元素的名字为
我们使用的R中的函数将取决于我们引入的数据文件的类型（例如文本，Stata，SPSS，SAS，Excel等）以及该文件中的数据如何分开或分隔。下表列出了可用于从常见文件格式导入数据的函数。...可见，genotype和celltype列属于factor类，而replicate列是整型。 您还可以从RStudio的“environment”选项卡中获取此信息。...（1）向量 选择使用索引 从向量中提取一个或多个值，可以使用方括号[ ]语法提供一个或多个索引。索引表示一个向量中的元素数目（桶中的隔室编号）。R索引从1开始。...向量索引 提取这个向量的第五个值，使用以下语法： age[5] 提取除了这个向量的第五个值之外的所有值，使用： age[-5] 如果我们想要选择多个元素，我们仍然会使用方括号语法，但不是使用单个值，...R中逻辑运算符的完整列表如下所示： 操作符号 描述 > 大于 > = 大于或等于 < 少于 <= 小于或等于 == 等于 ！= 不等于 ＆ 和 | 或 使用逻辑表达式来确定特定条件是真还是假。
TRUE, TRUE, FALSE, TRUE)#逻辑型注意：单个向量中的数据必须拥有相同的类型或模式标量是只含一个元素的向量，eg：a 中给定元素所在位置的数值...重复2次二、矩阵矩阵是一个二维数组，只是每个元素都有相同的模式，可通过函数matrix()创建三、数组与矩阵相似，但是维度可以大于2，可通过函数array()创建四、数据框由于不同的列可以包含不同模式的数据...，数据框较矩阵更为常见，可用函数data.frame()创建五、列表列表是数据类型中最为复杂的一种，列表就是一些对象或成分的有序集合，可能包含若干向量、矩阵、数据框甚至其他列表，可用函数list()来创建...制表符/、换行或回车从向量中提取元素1、根据元素位置x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5...RData时的加载命令5、提取元素ax,y#第x行第y列ax,#第x行a,y#第y列ay #也是第y列aa:b#第a列到第b列ac(a,b)#第a列和第b列a$列名#也可以提取列（支持Tab自动补全，不过只能提取一列
哎呀，我们又复制粘贴了2次代码，因此是不是该思考下如何扩展一个代码让它同时发挥几个函数的功能呢？这段代码的大部分是一个for循环，而且如果不仔细很难看出3个函数有什么差别。...使用purrr函数替代for循环的目的是将常见的列表问题分解为独立的几部分： 对于列表的单个元素，我们能找到解决办法吗？如果可以，我们就能使用purrr将该方法扩展到列表的所有元素。...上面.作为一个代词：它表示当前列表元素（与for循环中用i表示当前索引是一样的）。...第2个参数是列表的一个列表，给出了要传给各个函数的不同参数。随后的参数要传给每个函数。...，detect_index()可以返回该元素的索引。
· 3.数组 · 数组就像是更高维的矩阵，通常使用dim()函数来创建所需要的维度。内部元素类型需相同。同样的，数组内部元素类型必定是一样的。这里的数组可以很高的维度。...下面是数组的使用方法： array(data = NA, dim = length(data), dimnames = NULL) dim参数指定每一个维度的水平数，后面的永远是高维度的水平。...是有必要的如果是a[1,3,5]是指定一个三维的阵列(a)中的一个点，而不是3个点。...同时也可以采用负索引，如果想把7和9从a中剔除掉的结果，可以： > a[c(-4,-5)] [1] 1 4 5 · 2.条件选择 · 当然有的时候我们并不知道我们想要的数据在一个向量中的位置，只需要部分满足条件的值...只有一个数字的索引在数据框中只会提取列数据，不会提取行数据，所以d[3, ]中的”,”省掉和不省结果是不同的。逗号前代表行，逗号后代表列。
) library(tibble) 专题1 玩转字符串★★★ stringr包含几十个函数，本节课主要讲以下6个： 图片 1. str_length() 检测字符串长度 str_length()数的是引号里面有多少个字母...，列表的每个元素对应原来的每个元素拆分的结果 -（2）列表使用不方便——simplify = T简化结果，简化成矩阵 -（3）注意：之前提到过，矩阵的某一列不能单独转换数据类型，需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型...require(tidyr)) install.packages('tidyr') #根据一个包是否library成功来决定要不要安装这个包 练习7-1 图片 # 1.读取group.csv，从第二列中提取圈出来的信息...-（4）no：逻辑值为FALSE时的返回值 -（5）支持单个的逻辑值，也支持多个逻辑值组成的向量 -（6）相当于对向量的每个元素逐个进行判断，然后对判断结果F/T进行逐个替换； i = 1 ifelse...如何挑出30个数里最大的五个 -（1）排序 -（2）取最后五个 图片 3.向量/列表的隐式循环-lapply() 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图
学习内容应用似然比检验 (LRT) 进行假设检验将 LRT 生成的结果与使用 Wald 检验获得的结果进行比较从 LRT 显著基因列表中识别共享表达谱似然比检验在评估超过两个水平的表达变化时，DESeq2...单个 log2 倍变化打印在结果表中以与其他结果表输出保持一致，但与实际测试无关。...值附加列：log2FoldChange：log2 倍变化lfcSE：标准错误识别重要基因当从 LRT 中过滤重要基因时，我们仅对 padj 列设置阈值。...该列表包括可以在三个因子水平（控制、KO、过表达）中以任何方向变化的基因。为了减少重要基因的数量，我们可以增加 FDR 阈值 (padj.cutoff) 的严格性。...class(clusters)我们可以使用名称（簇）查看列表中存储了哪些对象。里面存储了一个数据框。这是主要结果，让我们看一下。第一列包含基因，第二列包含它们所属的簇编号。
学习内容了解如何为可视化准备数据了解如果利用可视化来探索分析结果火山图可视化热图可视化可视化结果当我们处理大量数据时，以图形方式显示该信息以获得更多信息，可能很有用。...Tibble 版本：res_tableOE_tb 和 res_tableKD_tb首先，让我们从数据框中创建一个元数据 tibble（不要丢失行名！）...要生成火山图，我们首先需要在结果数据中有一列，表明该基因是否被认为是基于 p 调整值的差异表达，我们将在此处包括 log2fold 变化。...DE 列表中的前 10 个基因（最低的 padj）在这个图上的位置怎么办？...首先，我们需要按 padj 对 res_tableOE tibble 进行排序，并向其添加一个额外的列，以包含我们要用于标记图的那些基因名称。
找到数组中最小的元素 语法 M = min(A) 返回A的最小元素 如果A是一个向量，那么min(A)返回A的最小元素 如果A是一个矩阵，那么min(A)是一个行向量，包含每一列的最小值 如果A是一个多维数组...，那么min(A)沿着大小不等于1的第一个数组维操作，将元素视为向量。...这个维度的大小变为1，而所有其他维度的大小保持不变。如果A是第一个维度为0的空数组，那么min(A)返回一个与A大小相同的空数组。...M = min(A,[],dim) 返回沿dim维数的最小元素，例如，如果A是一个矩阵，那么min(A，[]，2)是一个列向量，包含每一行的最小值。...因为第一维是列，第二维才是行，所以按照行来取最小值，则得到的是一个列向量 [M,I] = min( ___ )找到A的最小值的索引，并使用前面语法中的任何输入参数在输出向量I中返回它们。
学习内容 了解如何为可视化准备数据 了解如果利用可视化来探索分析结果 火山图可视化 热图可视化 可视化结果 当我们处理大量数据时，以图形方式显示该信息以获得更多信息，可能很有用。...Tibble 版本：res_tableOE_tb 和 res_tableKD_tb 首先，让我们从数据框中创建一个元数据 tibble（不要丢失行名！）...要生成火山图，我们首先需要在结果数据中有一列，表明该基因是否被认为是基于 p 调整值的差异表达，我们将在此处包括 log2fold 变化。...DE 列表中的前 10 个基因（最低的 padj）在这个图上的位置怎么办？...首先，我们需要按 padj 对 res_tableOE tibble 进行排序，并向其添加一个额外的列，以包含我们要用于标记图的那些基因名称。
关于dplyr的基本操作我已经写过很多笔记了，不再赘述，这篇文章重点介绍 dplyr 的一个函数 do() 的用法。...例如将diamonds按cut分组，每组都按log(price) ~ carat拟合一个线性模型。和data.table不同的是，我们需要为操作指定一个名称，以便将结果存储在列中。...Good #> 3 Very Good #> 4 Premium #> 5 Ideal 注意结果创建了一个新列...，该列不是典型的原子向量，每个元素都是模型的结果，包含线性回归对象的列表。...假如我们需要分析toy_tests数据，要对每种产品的质量和耐久性进行汇总。如果只需要样本数最多的3个测试记录，并且每个产品的质量和耐久性是经样本数加权的平均数，下面是做法。
” 学习内容 应用似然比检验 (LRT) 进行假设检验 将 LRT 生成的结果与使用 Wald 检验获得的结果进行比较 从 LRT 显著基因列表中识别共享表达谱 似然比检验 在评估超过两个水平的表达变化时...单个 log2 倍变化打印在结果表中以与其他结果表输出保持一致，但与实际测试无关。...p 值 附加列： log2FoldChange：log2 倍变化 lfcSE：标准错误 识别重要基因 当从 LRT 中过滤重要基因时，我们仅对 padj 列设置阈值。...该列表包括可以在三个因子水平（控制、KO、过表达）中以任何方向变化的基因。为了减少重要基因的数量，我们可以增加 FDR 阈值 (padj.cutoff) 的严格性。...class(clusters) 我们可以使用名称（簇）查看列表中存储了哪些对象。里面存储了一个数据框。这是主要结果，让我们看一下。第一列包含基因，第二列包含它们所属的簇编号。
一维数组元素提取 沿着单个轴，整数做下标用于选择单个元素，切片做下标用于选择元素的范围和序列。...正整数用于从数组的开头开始索引元素(索引从0开始),而负整数用于从数组的结尾开始索引元素，其中最后一个元素的索引是-1，第二个到最后一个元素的索引是-2，以此类推。...关于NumPy数组的索引和切片操作的总结,如下表: 【例】利用Python的Numpy创建一维数组,并通过索引提取单个或多个元素。...使用单个值或序列,可以从DataFrame中索引出一个或多个列。...代码和输出结果如下所示: （3）使用“how”参数合并 关键技术：how参数指定如何确定结果表中包含哪些键。如果左表或右表中都没有出现组合键,则联接表中的值将为NA。
需要注意的是， 如果map()等泛函中的无名函数需要访问其它变量的话， 需要理解其变量作用域或访问环境。另外， 无名函数中的其它变量在每次被map()应用到输入列表的元素时都会重新计算求值。...提取列表元素的简写 map 除了调用无名函数时可以简写，在提取列表元素时也有简写的方法。 较为复杂的数据， 有时表现为列表的列表， 每个列表元素都是列表或者向量。...， 在需要一个函数或者一个“~ 表达式”的地方， 可以用整数下标值表示对每个列表元素提取其中的指定成分，如： map_dbl(od, 1) ## [1] 101 102 > map_chr(od, "...reduce2 reduce2(x, y, f) 中的x是要进行连续运算的数据列表或向量， 而y是给这些运算提供不同的参数。...其他有用的函数 比如keep， 可以专门用来选择数据框各列或列表元素中满足某种条件的子集， 这个条件用一个返回逻辑值的函数来给出。
列表是一种特别的对象集合，它的元素也由序号（下标）区分，但是各元素的类型可 以是任意对象，不同元素不必是同一类型。元素本身允许是其它复杂数据类型，比如，列表 的一个元素也允许是列表。...如： > rec$age <- 45 甚至 > rec$age <- list(19, 29, 31) （可以任意修改一个列表元素）。如果被赋值的元素原来不存在，则列表延伸以包含该新 元素。...—————————— unlist与list的区别 unlist(x)生成一个包含x所有元素的向量。...list中的单个单词 unlist(Job_Pwordseg.ct[1])[1]#可以得到单个单词，向量形式 #2、data.frame法，批量处理时，因为不等长而无法合并 data.frame(Job_Pwordseg.ct...#如何解决合并时数据不等长问题——两种方法：do.call函数以及rbind.fill函数（plyr包） #rbind.fill函数只能合并数据框格式 #do.call函数在数据框中执行函数（函数，数据列
install.packages('tidyverse') 创建 tibble 因为 tibble 是 tidyverse 的标准功能之一，所以 tidyverse 中几乎所有函数都可以创建 tibble...tidyverse 中许多函数都可以创建 tibble，因为 tibble 是 tidyverse 的标准功能之一。 可以通过 tibble() 函数使用一个向量来创建新 tibble。...可以在 tibble 中使用在 R 中无效的变量名称（即不符合语法的名称）作为列名称。例如， 列名称可以不以字母开头，也可以包含特殊字符（如空格）。...创建 tibble 的另一种方法是使用 tribble() 函数，tribble 是 transposed tibble（转置 tibble） 的缩写。...10 4.9 3.1 1.5 0.1 setosa ## # … with 140 more rows 取子集 有两个工具可以提取数据框的单个变量
字典键或Series索引的并集将会成为DataFrame的列标 由列表或元组组成的列表 类似于“二维ndarray" 另一个DataFrame 该DataFrame的索引将会被沿用，除非显式指定了其他索引...计算并集 isin 计算一个指示各值是否都包含在参数集合中的布尔型数组 delete 删除索引i处的元素，并得到新的Index drop 删除传入的值，并得到新的Index insert 将元素插入到索引...向[ ]传递单一的元素或列表，就可选择列。...它们大部分都属于约简和汇总统计，用于从Series中提取单个值（如sum或mean）或从DataFrame的行或列中提取一个Series。...与isin类似的是Index.get_indexer方法，它可以给你一个索引数组，从可能包含重复值的数组到另一个不同值的数组： to_match = pd.Series(['c', 'a', '
INSERT语句与SELECT查询的结合使用通常用于用从其他表中提取的现有数据填充表，如下面的“插入查询结果”部分所述。...如果指定列列表，则各个值必须在位置上与列列表中的列名相对应。 值赋值语法 插入记录时，可以通过多种方式为指定列赋值。默认情况下，所有未指定的列必须接受NULL或具有定义的默认值。...如果指定的值少于表列的数量，则会发出SQLCODE-62错误。如果指定的值多于表列的数量，则会发出SQLCODE-116错误。 RowID列不能由用户指定，因此不包括在此语法中。...当使用不带列列表的VALUES关键字时，请指定一个标量表达式的动态本地数组，该数组隐式对应于按列顺序的行的列。例如： VALUES :myarray() 此值赋值只能使用主机变量从嵌入式SQL执行。...必须按列号顺序指定值。必须为采用用户提供的值的每个基表列指定值；使用列顺序的插入不能采用定义的字段默认值。提供的数组值必须以array(2)开头。第1列是RowID字段；不能为RowID字段指定值。
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