我们做肿瘤研究的单细胞数据,一般来说会选择初步很粗狂的定义大的细胞亚群,比如我常用的 第一次分群是通用规则是:
immune (CD45+,PTPRC),
epithelial/cancer (EpCAM...+,EPCAM),
stromal (CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo)
然后绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分,包括淋巴系(T,B,NK细胞)和髓系(单核,...但是也有不少文章是抓住stromal 里面的fibo 和endo进行细分,并且编造生物学故事的。...但是,在真实单细胞数据分析里面,你会惊讶的发现,stromal 里面并不是只有fibo 和endo哦,还可以有smooth muscle cells和percite这两个细胞亚群。...the Mouse Heart》 ,它的数据在 E-MTAB-6173 ,可以下载后进行深度分析!