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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

-(1)arrange(test, Sepal.Length)默认按照某列对整行进行排序,不改变列与列之间的对应关系; -(2)默认从小到大排序;要改为从大到小排序的话改成arrange(test,...-(2)用多次嵌套避免中间变量不直观,且容易出错; ——设置彩虹括号,可以在多层嵌套时看清楚哪个括号和哪个括号是一对: options -- code -- display --use rainbow...require(tidyr)) install.packages('tidyr') #根据一个包是否library成功来决定要不要安装这个包 练习7-1 图片 # 1.读取group.csv,从第二列中提取圈出来的信息...4. full_join 保留所有的,缺失的位置填充NA 5. semi_join 半连接,效果是取子集:以右边表格为参考对左边取子集 6. anti_join 保留左边表格在右边表格里没有的东西 test1...加载test1.Rdata,将两个数据框按照probe_id列连接在一起,按共同列取交集 #2.

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UseGalaxy.cn生信云|零代码使用Tiverse优雅地处理数据集

Pivot Longer from wide Tidyr Pivot Wider from long Dplyr Arrange rows arrange 函数用于对数据框按照指定变量进行排序,可以根据一个或多个变量对数据进行升序或降序排列...Dplyr Count the observations count 函数用于统计数据框中各个组的频数,可以对指定变量进行计数,得到每个类别的观测数目,支持根据需要对结果进行排序。...Dplyr Join two tables join 函数用于根据指定的键将两个数据框连接起来,可以根据共同的变量将数据框进行合并,支持多种连接操作,如内连接、左连接、右连接和外连接等。...Tidyr Pivot Longer from wide pivot_longer 函数用于将宽格式数据转换为长格式数据,能够根据用户指定的列将数据框中的多个列整理成一对 “名-值” 对,便于进一步的分析和处理...Tidyr Pivot Wider from long pivot_wider 函数用于将长格式数据转换为宽格式数据,能够将数据框中的一列分成多个列,根据指定的列名进行展开,使得数据以更直观的宽格式形式呈现

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    使用R或者Python编程语言完成Excel的基础操作

    筛选特定数据:在列头上的筛选下拉菜单中选择要显示的数据。 7. 高级查询 使用高级筛选:在“数据”选项卡中选择“高级”,根据条件进行数据筛选。...以下是一些其他的操作: 数据分析工具 数据透视表:对大量数据进行快速汇总和分析。 数据透视图:将数据透视表的数据以图表形式展示。 条件格式 数据条:根据单元格的值显示条形图。...色阶:根据单元格的值变化显示颜色的深浅。 图标集:在单元格中显示图标,以直观地表示数据的大小。 公式和函数 数组公式:对一系列数据进行复杂的计算。...通过dplyr和tidyr包,我们可以轻松地对数据进行复杂的操作。 在R语言中,即使不使用dplyr和tidyr这样的现代包,也可以使用基础包中的函数来完成数据操作。...在实际工作中,直接使用Pandas进行数据处理是非常常见的做法,因为Pandas提供了对大型数据集进行高效操作的能力,以及丰富的数据分析功能。

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    从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

    ),] rownames(test) =NULL # 去掉行名,NULL是“什么都没有” test 图片 library(dplyr) arrange(test, Sepal.Length) #按照一列的顺序将所有数据框从小到大排序...= T) ##某一个数据第一次出现视为不重复,之后出现的为重复 图片 2.mutate()数据新增列 # mutate,数据框新增一列,新增一列是两列数值的乘积 mutate(test, new =...require(tidyr)) install.packages('tidyr') 图片 #### (2)有else i =1 if (i>0){ print('+') } else { print...", ##新的列的名字 values_to = "count") ## 把原来列中的数值一一对应形成一个新的数值列'count' 图片 library(ggplot2...(第二个写的数据框),左表中多余的数据舍去 full_join(test1,test2,by="name") ##取全集 semi_join(test1,test2,by="name") ##半连接,对左边表格取在右边表格住存在的子集

    2.5K30

    Day07 生信马拉松-数据整理中的R

    str_remove(x," ") #只删除第一次出现的目标字符 str_remove_all(x," ") #删除全部目标字符 2.玩转data.frame--dplyr包 2.1 arrange,数据框按照某一列排序...,实际参数不能加" " library(dplyr) arrange(test, Sepal.Length) #从小到大排序 arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小排序...,by="name") #反连接 基本不用 6.表达矩阵画箱线图 6.1操作过程图示 step1 对matrix进行转置:使gene名变为列名,将样本名转化为data.frame中的第一列 ggplot2...对行名并不友好,通常要使样本名转化为data.frame中的第一列,防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来的行名转变为第一列 图片 step3 宽变长 :test、gene、count...= 3)) #对data.frame新增一列分组信息 # 宽变长操作 pdat = dat%>% pivot_longer(cols = starts_with("gene"), # pivot_longer

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    生信技能树- R语言-day7

    str_replace_all(x2,"o|e","A") # 竖线 代表着或者6.字符删除str_remove(x," ")str_remove_all(x," ")玩转数据框arrange,数据框按照某一列排序...sort是给向量排序的library(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #默认根据这一列从小到大给整个数据框排序arrange(test, desc(Sepal.Length...duplicated(mm)] 提取没有重复的第一次出现的mutate,数据框新增一列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) new是新产生的列名新加之后...else2, ifelse(,,ifelse)在ifelse里加一个ifelse补充 case_when练习题1.加载deg.Rdata,根据a、b两列的值,按照以下条件生成向量x:load("deg.Rdata...1exp数据框如下library(tidyr)library(tibble)library(dplyr)dat = t(exp) %>% # 赋值dat,然后进行转置as.data.frame() %>

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    tidyverse

    背景 Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合,里面包括了readr,tidyr, dplyr,purrr,tibble,stringr...tidyr 与 dplyr 包是用 R 语言中用来处理各种数据整合分析的包,可以说是 R 数据整合的“瑞士军刀”,tidyr 包负责将数据重新整合,dplyr 包可以完成数据的排序,筛选,分类计算等都等操作...tidyr 之前的版本主要包含以下几个重要函数: gather:宽数据变成长数据; spread:长数据变成宽数据; unite:将多列按指定分隔符合并为一列...1.1 整洁数据 tidyr 名字来自于 tidy(整洁)一词。所谓“整洁数据”,根据 Hadley Wickham 对整洁数据的专门研究,其定义如下: 1....稀疏矩阵与稠密矩阵 在矩阵中,若数值为 0的元素数目远远多于非0元素的数目,并且非 0元素分布没有规律时,则称该矩阵为稀疏矩阵;与之相反,若非 0 元素数目占大多数时,则称该矩阵为稠密矩阵

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    python数据分析——数据的选择和运算

    sort:是否按连结主键进行排序,默认是False,指不排序。True表示按连结主键(on 对应的列名)进行升序排列。 【例】创建两个不同的数据帧,并使用merge()对其执行合并操作。...= False ) join()方法参数详解 参数 描述 Self 表示的是join必须发生在同一数据帧上 Other 提到需要连接的另一个数据帧 On 指定必须在其上进行连接的键...How 提到了连接的类型 left_suffix 要从左框架的重叠列中使用的后缀 right_suffix 要从右框架的重叠列中使用的后缀 sort 对输出进行排序 【例】对于存储在本地的销售数据集...sort_values()方法可以根据指定行/列进行排序。...按照数据进行排序,首先按照C列进行降序排序,在C列相同的情况下,按照B列进行升序排序。

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    R语言学习笔记-Day6

    str_split(x," ")根据字符串内" "(空格)进行拆分class(str_split(x," "))1 "list"#获得向量:[1]#str_split()可对多个字符串进行拆分,每个字符串成为一个数据框...(x," |,") #按" "或","进行拆分1.3 按位置提取字符str_sub(x,5,9)1 "birch"#提取第5到第9个字符1.4 字符检测str_detect(x2,"h")对每个字符串内的字符进行检测..."o"替换成"A"1.6 字符删除str_remove(x,"o")只会对第一次出现的"o"进行删除#改进:str_remove_all(x,"o")对所有的"o"进行删除1.7 补充y = c("jimmy...arrange(test,Sepal.Length)#按照某一列对整个数据框进行排序。...#整行移动#升序排序降序排序arrange(test,desc(Sepal.Length))##列名不能加""2.2 去重复distinct(test,Species,.keep_all=T)#对某一列中重复的元素去重复

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    tidyverse:R语言中相当于python中pandas+matplotlib的存在

    library(tidyverse) #加载以下tidyverse中核心的packages: ggplot2:画图,可视化数据 dplyr:操控数据,过滤、排序等 tidyr:清理数据 readr:(...这些函数允许在长数据格式(long data)和宽数据格式(wide data)之间进行转换(功能类似于reshape包,但是比reshape更好用,并且可以用于管道%>%连接)。...tidyr包的下述四个函数用法 5.1 宽数据转为长数据:gather (excel透视表反向操作) 5.2 长数据转为宽数据:spread (excel透视表功能) 5.3 多列合并为一列:unit...5.4 将一列分离为多列:separat #install.packages("tidyr") #安装tidyr包 library(tidyr) 5.1 宽数据转为长数据:gather() ?...:unit() #unite(data, col, …, sep = “_”, remove = TRUE) #data:为数据框 #col:被组合的新列名称 #…:指定哪些列需要被组合 #sep:组合列之间的连接符

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    Learn R 专题1-3

    , Sepal.Length,Sepal.Width) #再筛选列 x3 = arrange(x2,Sepal.Length) #再进行排序 # 2.管道符号传递,简洁明了 x = iris %>%...将两个数据框按照probe_id列连接在一起 练习7-2 1.读取group.csv,从第二列中提取圈出来的信息 > a=read.csv(".....ifelse(i>0,"+",ifelse(i<0,"-","0")) #嵌套写法 先里后外 [1] "0" for循环 图片 图片 #variable是元素代称;vector是向量名字 { }中是对元素进行操作的...#X 是数据框/矩阵名;MARGING为1表示行;为2表示列,FUN是函数 ;对x的每一行/列进行FUN这个函数;...用于写函数的参数 > test<- iris[1:6,1:4] > apply(test...,以右边的name为准将两个数据框进行连接,有右边名字的连接上,没有的不连接 name blood_type group vision 1 jimmy A group1

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    数据清洗与管理之dplyr、tidyr

    将一列分离为多列:separat 正 文 先前已经讲过R语言生成测试数据、数据预处理和外部数据输入等内容,但这仅仅是第一步,我们还需要对数据集进行筛选、缺失值处理等操作,以便获得可以应用于建模或者可视化的数据集...接下来就以鸢尾花测试数据集进行进一步的数据管理和筛选操作。...() %>% 是管道函数,将左侧数据结果传递到右侧,作为右侧处理的原始数据 #当对数据集通过group_by()添加了分组信息后,mutate(),arrange() 和 summarise() 函数会自动对这些...包的下述四个函数用法 #install.packages("tidyr") #安装tidyr包 library(tidyr) 6.1 宽数据转为长数据:gather() ?...:unit() #unite(data, col, …, sep = “_”, remove = TRUE) #data:为数据框 #col:被组合的新列名称 #…:指定哪些列需要被组合 #sep:组合列之间的连接符

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