画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) #install.packages("see") library(see) ggplot2 是用来作图的 tidyverse 是用来做数据整理的 see 这个包里有很多配色函数...读取热图的数据作图 dfa<-read.csv("20211007.csv") head(dfa) pivot_longer(dfa, !...X, names_to = "Y", values_to = "Value") -> dfa.1 head(dfa.1) 读取添加文本的数据 dfb...X, names_to = "Y", values_to = "Value") -> dfc.1 head(dfc.1) 作图的代码 ggplot
image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...基本的思路有了。今天的推文记录一个小知识点是 如何将图例远离主图并且给放到右上角去 首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 将图例放到右上角 通过 legend.justification 参数来实现 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...首先是准备热图的数据 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条...scale_fill_manual(values = c("green","blue","red")) p1%>% insert_left(p2,width = 0.05) 这里遇到一个问题是如何将右侧的图例放大左上角去
之前写了8篇推文详细介绍了complexheatmap画热图，大家可以在公众号后台搜索即可看到！...超详细的R语言热图之complexheatmap系列1 前几天介绍了ggplot2版本的韦恩图，说到现在R语言画图都在ggplot2化,热图当然也不能例外！...今天介绍的ggheatmap，国产R包，必须支持！ 支持图层语法，也是把热图分为好几个部分，然后再拼起来，得到一个ggplot2对象，最大的好处是方便拼图，因为生信文章里就喜欢把热图和其他图片拼一起。...color, info1 = i1_color, info2 = i2_color ) 然后就是添加到热图中...这个热图和前面介绍过的aplot拼热图类似，也是可以拆分成不同部分的，然后可以对每个部件进行自定义，支持ggplot2的theme()。
Date : [[2022-01-06_Thu]] Tags : #R/index/02 #R/R可视化 #R/R数据科学 #其他/答粉丝问题 前言 感觉ggplot 绘图中的图例/legend，完全可以作为一个单独的内容讲很久...2-移除图例标题 theme(legend.title = element_blank())，我们也可以在labs 中，按照aes 定义的对应内容，直接创建空白的名称： ggplot(chic, aes...之前的是让图例在外围到处溜达，现在让图例进入主图中。...问题来了 在[[89-R可视化21-利用aplot拼图实现类似热图注释柱效果]] 中我提到过，下面这个图： 这样的好处是，注释柱可以堆叠在一起，比较节约空间；但是，不同类型的色块柱的图例却会“缝合”在一起...可是我却并没有在ggplot 中找到自行创建这种自定义legend 的方法。看来还是得依托grob 底层啊。
在徐凌老师的 Nat Com 文章 Genome-resolved metagenomics reveals role of iron metabolism in drought-induced rhizosphere...这种图通常被称为时间热图或时间线图，结合了颜色块、标签和标记，我们按照以下步骤进行绘图： 数据准备：整理你的数据，确保每个时间点的数据都在正确的位置。...添加颜色块：根据数据在相应的时间点添加颜色块。 添加标记：如红点和绿点，表示“Metagenome”和“16S rRNA amplicon seq”等。...添加图例：确保图例清晰，与图中使用的颜色和标记一致。 优化和调整。...= element_text(face = "bold", hjust = 0.5,vjust = -5)) 3小结 除了展示上面的信息，你还可以额外生成一列 Note 用于文字标记，或通过调整点的高度位置来将组学数据展示在图形以外
R.package heatmap():用于绘制简单热图的函数 heatmap.2():绘制增强热图的函数 d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包 ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的...R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析） 首先使用ggplot2画简单热图 data <- as.data.frame(matrix(rnorm(9*10),9,10)) rownames...p ggplot(data_m, aes(x=variable,y=ID)) + xlab("samples") + theme_classic() + theme(axis.ticks...breaks = 1:10) #修改行和列 scale_fill_gradient2('legend name', low = 'blue', high = 'red', mid = 'white') #修改图例名字以及图中颜色...大神Y叔也有画热图的ggplot2讲解，链接：听说你还不会画heatmap https://guangchuangyu.github.io/cn/2017/09/dose-simplot/
昨天公众号后台有人留言作图，示例图如下 image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色...继续昨天推文的内容 R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置（点击蓝色字体直达昨天的推文） 今天的推文记录一下如何实现这个热图 首先构造一份数据集 set.seed("20200407...scale_size_continuous(range = c(2,10))+ scale_y_discrete(position = "right")+ labs(x=NULL,y=NULL) image.png 这里遇到的问题是如何让图例想推文开头的图片一样...：一个图例就能够既反映大小又有颜色呢？...而且图例的排布是从打到小然后又从小到大。这个如何用代码实现呢？
#eoffice可将图导出为ppt内可编辑元素1.2 基础包（base）-绘图函数高级/低级绘图函数 #高级绘图函数可独立于其它函数，低级绘图函数：用于在图中添加元素高级绘图函数：低级绘图函数：plot...（在同一张图展示多中图像）多张图存在图层顺序！...(x = Sepal.Length,y = Petal.Length))+ geom_point()+ geom_smooth()-->单独为点图添加颜色ggplot(data = iris,mapping...#作图代码dev.off()#关闭画板2.3 eoffice系列topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")#新建并保存为pptx文件对点过多的图不适用（e.g.火山图、热图），会导致...ppt卡死3 拼图R包patchwork优点：1.语法简单，完美兼容ggplot22.拼图比例设置简单#(1)支持p1+p2#(2)布局代码易读性更强#(3)可给子图添加标记#(4)可统一修改所有子图#
前面我们在人工智能大模型不会告诉你的热图绘制技巧 演示了如何使用ggplot2热图扩展包（ggalign），可以快速替代之前的 pheatmap： 比如我们可以先去geo数据库里面下载 GSE104171...= branch), k = 3) + # 在树状图中添加点 geom geom_point(aes(color = branch, y = y)) + # 更改树状图的颜色映射...与 ComplexHeatmap 比较 优点 与 ggplot2 生态系统完全集成。 热图注释轴和图例自动生成。 树状图可以轻松自定义和着色。 对图表大小和间距有灵活的控制。...ggheatmap()使用活动上下文来控制注释信息的位置。默认情况下，ggheatmap()不会初始化活动上下文，因此所有添加的内容(包括ggplot2元件)都将直接添加进热图主体。...由于 align_group() 不创建新图表，因此面板标题只能添加到热图中。
❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制热图并添加双向箭头添加注释，下面小编通过一个案例来进行展示，图形仅供展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。。...(aes(name,ID,fill=value))+ # 设置ggplot的aes参数 geom_tile()+ # 使用geom_tile()添加瓦片 coord_cartesian(clip...= unit(0.01,"in"), # 设置图例内部的水平间距 plot.margin = ggplot2::margin(10,60,10,60)) # 设置图的边距 添加注释...(p,x = 0, y =0) + # 添加主图（热图） draw_line(x = c(0.9,0.9), y = c(0.08,0.98),lineend = "butt",size =1,...::grid.rect(gp=grid::gpar(fill="grey80",col="grey80")),x=0.875,y=0.11,height = 0.85,width=0.05)+ # 添加一个灰色的矩形
ggplot(aes(name, cluster, fill = value)) + # 使用ggplot绘图，设置映射 geom_tile() + # 添加瓷砖图层，用于绘制热图 scale_y_discrete...legend.title = element_blank() # 设置图例标题为空 ) 绘制线图 line % ggplot(...aes(x = type, y = len, group = cluster, color = group)) + # 使用ggplot绘图，设置映射 geom_line() + # 添加线图层...geom_point(size = 2) + # 添加点图层，设置点的大小 geom_text(aes(label = text), nudge_x = 0.08) + # 添加文本图层，...设置轴刻度为空 ) 拼图 plot % ggdraw() + draw_plot(line, scale = 0.93, x = 0.12, y = 0.023) # 添加线图到热图上
ggtree是R语言中一个强大的系统发育树可视化及注释软件包，在Bioconductor中发布，同时兼有ggplot2的优点。...接下来我们还可以使用gheatmap在发育树后面绘制每个物种的序列分布热图，gheatmap支持矩阵作为输入数据，完整脚本如下： library(ggplot2) library(ggtree) library...，字体大小，调整图例位置正好在环状开口处 open_tree(graph, 80) %>% rotate_tree(0) #使环状图开口80度以避免热图过于稀疏，并旋转0度 ⑶系统发育树内插注释图形...ggtree软件包的inset函数可以实现系统发育树节点或末端内插注释图形，从而极大丰富系统发育树的展示内容，下面我们在系统发育树tip处添加序列分布饼图，完整脚本如下所示： library(ggplot2...,"green3","blue","brown")) + theme_inset(legend.position=c(2.2,-20)) }) names(bar1)=1 #bar1主要作用是添加图例
非常精美，且绘制图像的自由程度堪比ggplot2，其为R也提供了接口，在plotly包中，但对于已经习惯用ggplot2进行可视化的朋友而言，自然是不太乐意转向plotly的学习，有趣的是plotly的...R包中有着函数ggplotly()，可以将ggplot2生成的图像转换为交互式的plotly图像，且还可以添加上ggplot2原生图像中无法实现的交互标签，最重要的是其使用方法非常傻瓜式，本文就将结合几个小例子来介绍...式的交互操作，注意上图中我们鼠标放置点位对应显示的悬浮标签，其中的内容是默认的格式，即在这张ggplot2图像中所涉及到的所有信息，在上图中即为横纵轴对应的数据，以及在定义形状和颜色时使用到的分类属性信息...可以看到悬浮标签内的信息如我们所愿，但ggplot2中的某些部件在plotly中是相冲突的，例如图例： p_changed ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width...在上图中我们微调了图例的位置，但是对上图使用ggplotly()后效果如下： ? 可以看到图例并没有得到改变，因此在实际应用中使用ggplotly()还需慎重考虑。
什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵。Toussaint Loua在1873年就曾使用过热图来绘制对巴黎各区的社会学统计。 ?...所以在该图中可以看到Basal的样本都聚在了一起，Luminal 的样本也都聚在了一起。通常如果两组的差异较明显，组内的pattern较为相似，就能有这样的聚类结果——一个组的样本聚类在一起。...当然在相关性的计算中除了相关系数以外，我们还会看pvalue是否显著。如果我们想要把pvalue表示在图中，可以在格子上添加*号或者具体的数值。...当然，R中也有很多具有heatmap功能的包，比如ggplot2,gplots。今天我们介绍含有heatmap.2功能的gplots包。...#不显示trace col=coul,#修改热图颜色 density.info = "none",#图例取消density key.xlab ='Correlation', key.title = ""
R 在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数和工具包，今天小编就总结了一些易操作且美观的热图绘图方法，一起来学习一下吧 ? ? ?...静态热图 01 ggplot2包的ggplot函数 library(ggplot2) ####建立模拟数据集 set.seed(123) Year <- rep(2006:2015, each = 4)...legend_labels = c("1.0","2.0","3.0","4.0","5.0"), #添加图例标签 #border_color =...05 ComplexHeatmap包 ComplexHeatmap包擅长绘制复杂的热图，有很多功能，大家在实操的时候可以多多尝试。...小编总结 其实上述工具包的功能都很强大，有些小编只是针对热图方面进行简单介绍，大家可以去安装学习，借鉴到符合自己数据可视化的方法~ 科研菌学术讨论群，在群内可以用自己的昵称，广告一律踢；其他公众号的宣传也不发
heatmap R语言之可视化①②热图绘制2 R语言之可视化①③散点图+拟合曲线 R语言之可视化①④一页多图（1） R语言之可视化①⑤ROC曲线 R语言之可视化①⑥一页多图（2） R语言之可视化①⑦调色板...R语言之可视化①⑧子图组合patchwork包 R语言之可视化①⑨之ggplot2中的图例修改 R语言之可视化（20）之geom_label（）和geom_text（） R语言之可视化（21）令人眼前一亮的颜色包...绘制饼图 R语言之可视化（27）通过R语言制作BBC风格的精美图片 R语言之可视化（28）蜜蜂图 R语言之可视化（29）如何更改ggplot2中堆积条形图中的堆积顺序 问题：如何控制由ggplot2创建的堆积条的堆积顺序...解决方案 堆叠在数据框的原始顺序中 ra.melt$quality <- factor(ra.melt$quality, levels = ra$quality) p ggplot(ra.melt...如果我们想颠倒堆叠顺序但同时保留图例的顺序，则使用参数* position_stack（reverse = TRUE）* p ggplot(ra.melt, aes(x = variable, y
R 在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数和工具包，今天小编就总结了一些易操作且美观的热图绘图方法，一起来学习一下吧 静态热图 01 ggplot2包的ggplot函数 library....2函数 该函数能够产生高度定制的热图。...使用heatmap.2绘制的热图看起有一种高级感。...legend_labels = c("1.0","2.0","3.0","4.0","5.0"), #添加图例标签 #border_color =...包 ComplexHeatmap包擅长绘制复杂的热图，有很多功能，大家在实操的时候可以多多尝试。
学习R语言ggplot2包画散点图，然后分组添加拟合曲线。对应的是论文中的Figure2 ?...根据指定变量映射点的形状，并改变点的大小 ggplot(crass_impact,aes(x=rel_crAss,y=rel_res,color=country))+ geom_point(aes(...添加拟合曲线 ggplot(crass_impact,aes(x=rel_crAss,y=rel_res,color=country))+ geom_point(aes(shape=crAss_detection...更改图例的标题 ggplot(crass_impact,aes(x=rel_crAss,y=rel_res,color=country))+ geom_point(aes(shape=crAss_detection...这里注意到更改图例的标题以后图例的顺序也变了。原来图例的默认顺序也是按照首字母排序来的。 还想改图中的哪些地方可以留言讨论
最小值和最大值：在某些箱线图中，除了四分位数之外，还会展示最小值和最大值（不包括异常值）。数据的偏斜性：箱线图的形状可以揭示数据的偏斜性。...在ggplot2 中，可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点，这些点可以代表分组中特定指标的出现率。...density: 密度参数，可能用于调整箱线图内密度图的显示。legend.h: 图例的高度。legend.x.pos 和 legend.y.pos: 图例在图表中的位置。...数据框的基础上添加文本标签，映射 Group 到 x 轴，position 到 y 轴，occ_lab 作为标签文本，不显示图例。...guides(color = "none")：设置颜色图例为不显示。theme_classic()：应用经典的 ggplot2 主题。
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