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R绘图|染色体SNP指数图绘制

volume)上的配图! 该配图一共由三个图组成,不同染色体的SNP-index[2]对其位置作整图、单一染色体的SNP-index对其位置作细节图以及对应的基因结构图。.../sliding_window.tsv", header=FALSE) # 在snp_index中需要用到数据有:V1(所在的染色体位置)、V2(在某条染色体上的特定位置)、V8(SNP-index值...); # 在sliding_window中需要用到的数据有:V1(所在的染色体位置)、V2(在某条染色体上的特定位置)、V5(滑窗区域中的SNP-index均值); snp_index sliding_window...2 作整图及美化 library(ggplot2) # 加载绘图包ggplot2 library(eoffice) # 为了后续将绘制好的图保存为ppt的可编辑格式 p1 ggplot()...scale_color_manual(values = c("#FF6A6A", "#00BFFF", "#32CD32","#FF6A6A", "#00BFFF"))+ # 线图,设置线的粗细

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R语言学习 - 线图绘制

p ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value),color=variable) + geom_line() p # 图会存储在当前目录的Rplots.pdf文件中...原来默认ggplot2把每个点都视作了一个分组,什么都没画出来。而data_m中的数据都来源于一个分组H3K27ac,分组的名字为variable,修改下脚本,看看效果。...有点难看,如果平滑下,会不会好一些,stat_smooth可以对绘制的线进行局部拟合。在不影响变化趋势的情况下,可以使用 (但慎用)。...另外一个方式是增加区间的数量,线也会好些,而且更真实。 ? stat_smooth和geom_line各绘制了一条线,只保留一条就好。...设置线的粗细和透明度 p ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) + geom_line

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    java中==、equals的不同AND在js中==、===的不同

    一:java中==、equals的不同        1....如果没有则在常量池中创建一个”abcd“常量,并将引用指到该常量。之后,如果还有创建的String str2 = “abcd”;则将栈中的引用直接指向该常量。...因为在Integer类中,会将值在-128的缓存在常量池(通过Integer的一个内部静态类IntegerCache进行判断并进行缓存)中,所以这两个对象的引用值是相同的。...但是超过这个区间的话,会直接创建各自的对象(在进行自动装箱的时候,调用valueOf()方法,源代码中是判断其大小,在区间内就缓存下来,不在的话直接new一个对象),即使值相同,也是不同的对象,所以返回...,前者会创建对象,存储在堆中,而后者因为在-128到127的范围内,不会创建新的对象,而是从IntegerCache中获取的。

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    R语言可视化——ggplot图表系统中的辅助线

    在之前的推送中,曾经有过一篇介绍excel图表辅助线的制作方法,其中用到的技巧五花八门、令人眼花缭乱。 而ggplot图表系统中的辅助线添加起来却异常简单,非常易于操作。...以上柱形图中,我们如果想要了解五个公司的销售额均值以及单个公司销售额与均值的对比情况,需要在图表中添加一条平均线。...当然这种均值线在分面状态下也是可以添加的。...像素画处理之后,再加上均值十字线,你可以清晰地看到,数据分布形态中,左下角最为密集。 辅助线的另外一种常见的用途就是在时间序列数据中。...这里可以使用辅助线来标注我们最感兴趣的时间点数据: ggplot(economics,aes(date,unemploy))+geom_line()+geom_vline(aes(xintercept=

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    R语言基础绘图教程——第3章:折线图和带状图

    利用plot()绘制 在上一章中我们讲过plot()绘图的基本结构,主要通过type参数来设置绘制图形的类型。..."p":绘点(默认值); "l":绘制线; "b":同时绘制点和线; "c":仅绘制参数"b"所示的线; "o":同时绘制点和线,且线穿过点; "h":绘制出点到横坐标轴的垂直线; "s":绘制出阶梯图...利用ggplot2绘折线图 前面我们说过ggplot2绘制散点图是ggplot()+geom_point()格式,绘制折线图,我们只需要再加上geom_line()。...在这里说明一下geom_xxx()中的参数: • alpha: 透明度, 0-1 • colour:颜色,名称或者RGB编码 • fill:填充色 • shape:形状,同pch • size:大小 #...ggplot(data, aes(Year, Anomaly10y)) + geom_line(aes(y=Anomaly10y-Unc10y), colour="blue") + geom_line

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    数据处理神器tidyverse(2)ggplot2

    几何对象的形式由geom_xxx()函数定义,基于数据变量的几何对象的属性(位置,大小,颜色)由美学(aes())函数指定( 在geom_xxx()函数中)。...使用+将图层添加到ggplot对象中。可能最常见的geom层是geom_point。 在geom_point()里面,您将指定从变量到所需几何对象的美学映射。...要修复此图,您需要通过在geom_line()图层的aes()函数中指定group = continent参数来指定行如何组合在一起(即哪个变量定义各行)。...但是,如果您想使用数据框中的变量来定义geoms的颜色(或任何其他美学特征),需要将它包含在aes()函数中。...组合图片 您可以通过添加构面图层来创建由您选择的分类变量(例如“大陆”)分隔的图形的网格(或“构面”)。

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    是Excel的图,不!是R的图

    折线图——geom_line 变量以点展示,然后连点成线 ggplot(df1,aes(id,value,colour=item))+ # 点 geom_line()+ # 连线 scale_x_continuous...-盘底-收盘图的基础上加上`geom_crossbar`,这里是连系a的最小和c的最大值, # geom_crossbar(): 空心柱,上中下三条线分别代表ymax,mean,ymin ggplot...,scale="free"),垂直分割,且不同形式的图表可以被分割出来 ggplot(data = filter(df1,item !...") # 在geom_bar的基础上加上了以三个对象a,b,c,的值为点的点图geom_point ggplot(df1,aes(id,value))+ geom_bar(aes(fill=item...漏斗图 漏斗图的数据分布在图形中间,用coord_flip()转换方向,可以看到不同组的最大,最小值的差异 df_tmp4% select(1:3) %>% arrange(a) %

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    散点图及数据分布情况

    5.3 使用不同于默认设置的点形 Q:如何更改散点图中默认的数据点的点形?...#在heightweight中增加一列用来表示儿童的体重是否超过100磅 hw % mutate(weightgroup=ifelse(weightLb的扰动值为数据点精度的40% #也可以通过time和weight进行调整 #使用ChickenWeight数据集,讲述不同饮食对小鸡成长的影响 cw_sp ggplot(ChickWeight...将其封装在expression()函数中可以有效的查看是否可以正确的输出函数,比如在刚刚的例子中‘==’才能正确的输出等号。。。。...传递一个指定x和y带宽的向量到h,这个参数会被传递给实际生成密度估计的函数kde2d().在本例中,我们将在x,y轴方向上生成一个更小的带宽,以使密度估计对数据的拟合程度更高。

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