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chip_seq在增强子研究中的应用

增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp之间的DNA序列,可以显著提高靶标基因的转录活性,属于顺式作用元件的一种。...1981年Benerji在SV40 DNA中发现一个140bp的序列,可以大大提高血红蛋白融合基因的表达水平,位于SV40 早期基因的上游, 由两个正向重复序列组成,每个长度在72bp 。...,而启动子只能下游临近的基因 鉴定增强子的方法多种多样,在chip_seq领域,常用的有以下几种方式 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的...在此基础上,进一步提出了超级增强子的概念,将增强子富集的区域定义为超级增强子,识别的方法如下 ?...首先利用chip数据识别到增强子区域,然后对增强子区进行合并, 距离在12.5kb范围内的增强子合并为一个区域,最后将合并后的区域和未合并的区域根据某种score进行排序,画出第三步的图,将斜率在1以上的区域称之为超级增强子

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Nature 子刊:IncRNA在肿瘤发生中的深度分析

其中,黑色线表示基线,是CLC基因在整个测试基因列表中的百分比。彩色点表示在q值截止值为0.1时预测的候选数。图例中的“ n”显示每种癌症类型的CLC数量和候选总数。...外显子与总长度的比率(外显子含量),总外显子重复序列覆盖率(重复覆盖率)或GC含量均未观察到差异。其中,y轴显示CLC /非CLC平均值的log2倍差异;x轴表示获得的p值。 ? 图4c....序列和基因特性 从进化保守性推断,CLC基因也倾向于具有更大的功能证据,作者计算了lncRNA外显子和启动子在各种进化深度的碱基保守性(图4d)。...在所有测试的指标中,使用平均碱基水平得分或保守元素覆盖率百分比,作者发现CLC基因的外显子比其他lncRNA的保守性高得多(图4d)。观察到启动子区域的保守性相同。...lncRNA,其在肿瘤发生或癌症表型中的作用已得到证明,癌症LncRNA普查揭示证据,证明长非编码RNA在肿瘤发生中的深层功能保守性。

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    在 SQL 中,如何使用子查询来获取满足特定条件的数据?

    在 SQL 中,可以使用子查询来获取满足特定条件的数据。子查询是嵌套在主查询中的查询语句,它返回一个结果集,可以用来过滤主查询的结果。...下面是使用子查询来获取满足特定条件的数据的一般步骤: 在主查询中使用子查询,将子查询的结果作为条件。 子查询可以在主查询中的 WHERE 子句、FROM 子句或 HAVING 子句中使用。...子查询可以返回单个值或多个值,具体取决于使用的运算符和子查询的语法。 以下是一些示例: 使用子查询在 WHERE 子句中过滤数据: SELECT column1, column2, ......FROM (SELECT column FROM table WHERE condition) AS temp_table; 使用子查询在 HAVING 子句中过滤数据: SELECT column1,...FROM table GROUP BY column1 HAVING column1 > (SELECT AVG(column1) FROM table); 请注意,子查询的性能可能会较低,因此在设计查询时应谨慎使用

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    在 Vue 中,子组件为何不可以修改父组件传递的 Prop

    所有的 prop 都使得其父子 prop 之间形成了一个单向下行绑定:父级 prop 的更新会向下流动到子组件中,但是反过来则不行。...这样会防止从子组件意外变更父级组件的状态,从而导致你的应用的数据流向难以理解。 额外的,每次父级组件发生变更时,子组件中所有的 prop 都将会刷新为最新的值。...这意味着你不应该在一个子组件内部改变 prop。如果你这样做了,Vue 会在浏览器的控制台中发出警告。 如果修改了,Vue 是如何监控到属性的修改并给出警告的。...在initProps的时候,在defineReactive时通过判断是否在开发环境,如果是开发环境,会在触发set的时候判断是否此key是否处于updatingChildren中被修改,如果不是,说明此修改来自子组件...需要特别注意的是,当你从子组件修改的prop属于基础类型时会触发提示。 这种情况下,你是无法修改父组件的数据源的, 因为基础类型赋值时是值拷贝。

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    Scan Context++:在城市环境中具有鲁棒性的位置识别描述子

    摘要 位置识别是机器人导航中的的关键模块,现有的研究主要集中在视觉位置识别上,即仅仅根据之前访问过的地方的外观来识别它们。...在本文中,我们通过基于结构外观(即距离传感器)识别位置来解决位置识别问题,扩展了之前在旋转不变空间描述子上的工作,该描述子完成了一个通用描述符,在俯仰运动不严重时,该描述子对旋转和平移都具有鲁棒性。...在(b)中,每个箱子颜色表示箱子中的最大高度;红色为高(例如10米),蓝色为低(例如0米) 图4,顶行中的三个白点表示地面真相轨迹中的三个样本节点。车辆在变道时曾三次驶过该地。...与他们不同的是,我们在不事先知情的情况下追求全局定位精度,我们只依赖于描述符本身,同时通过引入子描述符来最小化全局搜索的计算成本。...(c) 上下文增强由简单的顺序翻转组成。类似地,在PC中,增广描述符显示出比原始描述符更接近地图的距离。 图6 数据集轨迹覆盖在每个航空地图上。

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    将子数组重新排序得到同一个二叉查找树的方案数(DP)

    题目 给你一个数组 nums 表示 1 到 n 的一个排列。 我们按照元素在 nums 中的顺序依次插入一个初始为空的二叉查找树(BST)。...请你统计将 nums 重新排序后,统计满足如下条件的方案数:重排后得到的二叉查找树与 nums 原本数字顺序得到的二叉查找树相同。...请你返回重排 nums 后,与原数组 nums 得到相同二叉查找树的方案数。 由于答案可能会很大,请将结果对 10^9 + 7 取余数。 示例 1: ?...将它对 10^9 + 7 取余后得到 216212978。...解题 根节点是数组第一个数 然后分为左右两个子树,左右子树之间的顺序不乱就可以 假设左子树 L 长度 nL,右子树 R 长度 nR,存在方案数为 CnL+nRnL​∗f(L)∗f(R) class Solution

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    Nature子刊重磅综述:机器学习在神经退行性疾病诊疗中的应用

    机器学习是人工智能的子领域,它使科学家、临床医生和患者能够应对其中的一些挑战。在这篇综述中,作者讨论了机器学习如何实现医学图像的早期诊断和解释,以及新疗法的发现和发展。...无监督学习学习在没有标签的情况下确定数据集中的模式和类别,并且在识别将不同的患者疾病组分类为分子亚型的分子签名时特别有用。在强化学习模型中,决策过程和输出是从先前经验中获得的知识的结果。...在每一个连续的层中,神经网络能够处理数据的更抽象的表示。与支持向量机或随机森林相比,人工神经网络在预处理过程中需要的人工数据处理步骤甚至更少,在某些情况下,将分类器的选择归入网络的体系结构。...然后,作者使用训练后的算法来识别与大脑特定网络中已知的AD相关基因密切相互作用的基因,并根据AD关联概率对这些新的候选基因进行排序。...这18种蛋白也被用来识别在样本收集后2-6年内进展为AD的MCI患者。几年后,在Agarwal等人的一项研究中,用于特征选择和分类的无监督人工神经网络算法被应用于与Ray等人使用的相同的数据集。

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    golang刷leetcode 技巧(77) 将子数组重新排序得到同一个二叉查找树的方案数

    给你一个数组 nums 表示 1 到 n 的一个排列。我们按照元素在 nums 中的顺序依次插入一个初始为空的二叉查找树(BST)。...请你统计将 nums 重新排序后,统计满足如下条件的方案数:重排后得到的二叉查找树与 nums 原本数字顺序得到的二叉查找树相同。...请你返回重排 nums 后,与原数组 nums 得到相同二叉查找树的方案数。 由于答案可能会很大,请将结果对 10^9 + 7 取余数。...3,1,2,5,4,6] 输出:19 示例 5: 输入:nums = [9,4,2,1,3,6,5,7,8,14,11,10,12,13,16,15,17,18] 输出:216212978 解释:得到相同 BST 的方案数是...将它对 10^9 + 7 取余后得到 216212978。

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    M2DP:一种新的三维点云描述子及其在回环检测中的应用

    在M2DP中,我们将3D点云投影到多个2D平面,并为每个平面的点云生成密度签名,然后使用这些签名的左奇异向量值和右奇异向量值作为三维点云的描述子。...在每个bin内,签名方法计算一个或多个几何测量值,例如点数、法线,并对bin中的信息进行编码。直方图生成每个点或点子集上特征值的计数,并将这些计数与描述子连接起来。...通过计算属于一个类的单元数,NDT将类的直方图作为一个点云的描述子。...本文中,使用分解后的左右奇异值矩阵的第一个向量作为点云描述子;方法框架如图1 图1:M2DP方法框架 B 点云预处理 回环检测中,描述子需要对三维空间保持移动不变性和旋转不变性,为了保持移动不变性,使用输入点云的中心作为描述子参考坐标系的原点...都生成一个lt×1的二维签名,因此可以得到一个pq×lt的矩阵A来表示点云,每一行代表一个二维签名;在A上使用SVD,将分解后的左右奇异值矩阵的第一个向量结合起来,作为最终的描述子;整体算法框架及伪代码如下

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    整理得吐血了,二叉树、红黑树、B&B+树超齐全,快速搞定数据结构

    image 二叉查找树(Binary Search Tree - BST,又称二叉排序树、二叉搜索树) 二叉查找树根节点的值大于其左子树中任意一个节点的值,小于其右子树中任意一节点的值,且该规则适用于树中的每一个节点...m/2个子节点 节点的子节点数等于节点的key数加1 节点的所有key都按键值升序排序,两个键k1和k2之间的子key包含k1和k2范围内的所有键 与其他平衡二叉搜索树一样,搜索、插入和删除的时间复杂度为...节点n中在k之前的子节点kln(key left node)键数至少有m/2个,则在kln节点中查找最接近k的键k0,将k0替换k,结束删除操作。...节点n中在k之前的子节点kln键数少于m/2个,且k后的子节点krn(key的右侧节点)键数至少有m/2个,则在krn节点中查找最接近k的键k0,将k0替换k,结束删除操作。...但是,B树有一个缺点是它将与特定键值对应的数据指针(指向包含键值的磁盘文件块的指针)以及该键值存储在B树的节点中。该设计大大减少了可压缩到B树节点中的条目数,从而增加了B树中级别数与记录的搜索时间。

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    Nature子刊 | 基于p300的脑机接口在遗传性肌肉萎缩病患者中的应用

    P300是一种与注意力相关的事件电位,在BCI中被广泛应用。它可以通过呈现不同类型的刺激来触发,当受试者关注特定刺激并作出反应时,P300会在刺激后发生,产生高级认知反应。...展示了基于区域的两步P300平假名拼写器。受试者需要数绿/蓝色圆圈中包含的目标字符的强化次数。...选择P4电极是因为在先前的研究中,研究人员显示了在使用绿/蓝色闪烁刺激的视觉P300 BCI操作中电极位置的重要性25,26。目标ERP的平均波形在两组之间有差异。...在对照组中,在刺激开始后约243ms和535ms处看到两个正峰,分别对应P300的早期和晚期成分,而在DMD组中,看不到与早期成分相对应的清晰峰,但在450-550ms处看到可能对应于晚期成分的模糊峰。...在对照组中,刺激开始后约243毫秒和535毫秒处显示两个正峰,而在DMD组中,没有清晰的与早期成分相对应的峰值,但在大约450-550毫秒处可见模糊的峰值。

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    2022-05-06:给你一个整数数组 arr,请你将该数组分隔为长度最多为 k 的一些(连续)子数组。分隔完成后,每个子数组的中的所有值都会变为该子数组中的最

    2022-05-06:给你一个整数数组 arr,请你将该数组分隔为长度最多为 k 的一些(连续)子数组。分隔完成后,每个子数组的中的所有值都会变为该子数组中的最大值。...返回将数组分隔变换后能够得到的元素最大和。 注意,原数组和分隔后的数组对应顺序应当一致,也就是说,你只能选择分隔数组的位置而不能调整数组中的顺序。...解释: 因为 k=3 可以分隔成 1,15,7 2,5,10,结果为 15,15,15,9,10,10,10,和为 84,是该数组所有分隔变换后元素总和最大的。...若是分隔成 1 2,5,10,结果就是 1, 15, 15, 15, 10, 10, 10 但这种分隔方式的元素总和(76)小于上一种。 力扣1043. 分隔数组以得到最大和。...答案2022-05-06: 从左往右的尝试模型。0到i记录dpi。 假设k=3,分如下三种情况: 1.i单个一组dpi=i+dpi-1。 2.i和i-1一组。 3.i和i-1和i-2一组。

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    当Kotlin遇见数据结构丨数据结构之树结构概述(含满二叉树、完全二叉树、平衡二叉树、二叉搜索树、红黑树、B-树、B+树、B*树)

    每个红色节点必须有两个黑色的子节点(从每个叶子到根的所有路径上不能有两个连续的红色节点)。 从任一节点到其每个叶子的所有简单路径都包含相同数目的黑色节点。 ? ---- 3....这个数据结构一般用于数据库的索引,综合效率较高。 3.1 B- 树 B-树 就是指 B树,也是一种用于查找的平衡树,但是它不是二叉树,B树可以拥有多于2个子节点,能够用来存储排序后的数据。...根结点的儿子数为[2, M]。 除根结点以外的非叶子结点的儿子数为[M/2, M]。 每个结点存放至少M/2-1(取上整)和至多M-1个关键字;(至少2个关键字)。...特性: 所有关键字都出现在叶子结点的链表中(稠密索引),且链表中的关键字恰好是有序的。 不可能在非叶子结点命中。...B+树的分裂:当一个结点满时,分配一个新的结点,并将原结点中1/2的数据复制到新结点,最后在父结点中增加新结点的指针;B+树的分裂只影响原结点和父结点,而不会影响兄弟结点,所以它不需要指向兄弟的指针。

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