❝本周推文本来是计划把一篇文献中的NMF部分复现一下,然后在处理数据的时候发现在读入数据以后,基因名字显示的并不是symbol而是ensemble ID, 想着要不就从这个小小的问题入手写个笔记~
❞...)
getwd()
setwd("../")
dir='raw/'
samples=list.files( dir )
samples
library(data.table)
a=fread.../raw/GSE210171_acc_scrnaseq_counts.txt.gz',data.table = F)
a[1:4,1:4]
class(a)
a<-as.data.frame...meta.data)),"ACC5",
ifelse(grepl("ACC7",rownames(sce.all@meta.data)),"ACC7",
ifelse(grepl("ACC15",...label.box = T)
p_all_markers+p_umap
ggsave('markers_umap_by_celltype_2.pdf',width = 13,height = 8)
❝该篇文献中也有关于