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公开重症监护数据库MIMIC代码仓库介绍

; 医疗领域进入数字化革命(本文是2017年接收),引出形成MIMIC-III数据库; EHR二次分析需要临床专家和数据科学家的合作,在EHR数据库上推导或者定义一些概念是需要资源的,对于没有特别强的临床背景或者数据科学技能的人来说巨大障碍...疾病严重程度评分Severity of illness scores 在回顾性数据库中难以计算 大多都是在前瞻性实验中获取的; 常规收集的数据缺相应元素。...有些特征未纳入结构化电子病历系统,另外则是对某种情况的患者没有统一的协议来定义状态 目前MIMIC代码库中有: acute physiology score(APS)-III simplified acute...和mimic-iv合并在一起了 mimic数据库为了让研究者访问更加方便,很大一个改变是部署在云上比如google的云平台,云平台上需要big query语法来访问,所以现在代码库关于数据提取的代码更新以...Run convert_bigquery_to_postgres.sh. e.g. bash convert_bigquery_to_postgres.sh This file outputs the

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大数据已死?谷歌十年老兵吐槽:收起 PPT 吧!数据大小不重要,能用起来才重要

我曾经在台上实时查询千兆级的数据,证明无论你的数据有多大、有多糟糕,我们都能够处理它,没有任何问题。 在接下来的几年里,我花了大量时间解决用户使用 BigQuery 遇到的问题。...这是采用传统架构的数据管理系统复兴的原因,SQLite、Postgres、MySQL 都在强劲增长,而“NoSQL”甚至“NewSQL”系统却停滞不前。...这里的真实数据比较敏感,所以我不能直接分享任何数字。但我能肯定的是,绝大多数客户的数据存储总量不到 1TB。当然,有的客户确实有大量数据,但大多数组织,甚至一些相当大的企业,都只有中等规模的数据。...如果使用一千个节点来获得一个结果,这可能会消耗你大量的资源。我在会议上演示的 BigQuery 的 PB 级查询零售价是 5000 美元,很少有人愿意花费如此昂贵的费用。...你的查询会更快,可以并发地运行更多查询,随着时间的推移,你最终支付的费用通常会更少。 大多数数据很少被查询 我们处理的数据中有很大一部分是 24 小时以内的。

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    「数据仓库技术」怎么选择现代数据仓库

    它允许动态地重新转换数据,而不需要重新摄取存储在仓库中的数据。 在这篇文章中,我们将深入探讨在选择数据仓库时需要考虑的因素。...让我们看看一些与数据集大小相关的数学: 将tb级的数据从Postgres加载到BigQuery Postgres、MySQL、MSSQL和许多其他RDBMS的最佳点是在分析中涉及到高达1TB的数据。...本地和云 要评估的另一个重要方面是,是否有专门用于数据库维护、支持和修复的资源(如果有的话)。这一方面在比较中起着重要的作用。...结论 我们通常向客户提供的关于选择数据仓库的一般建议如下: 当数据总量远小于1TB,每个分析表的行数远小于500M,并且整个数据库可以容纳到一个节点时,使用索引优化的RDBMS(如Postgres、MySQL...当数据量在1TB到100TB之间时,使用现代数据仓库,如Redshift、BigQuery或Snowflake。

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    【性能优化】面试官:Java中的对象和数组都是在堆上分配的吗?

    写在前面 从开始学习Java的时候,我们就接触了这样一种观点:Java中的对象是在堆上创建的,对象的引用是放在栈里的,那这个观点就真的是正确的吗?...如果是正确的,那么,面试官为啥会问:“Java中的对象就一定是在堆上分配的吗?”这个问题呢?看来,我们从接触Java就被灌输的这个观点值得我们怀疑。...关于面试题 标题中的面试题为:Java中的对象和数组都是在堆上分配的吗?...面试官这样问,有些小伙伴心里会想:我从一开始学习Java时,就知道了:Java中的对象是在堆上创建的,对象的引用是存储到栈中的,那Java中的对象和数组肯定是在堆上分配的啊!难道不是吗? ?...所以,并不是所有的对象和数组,都是在堆上进行分配的,由于即时编译的存在,如果JVM发现某些对象没有逃逸出方法,就很有可能被优化成在栈上分配。

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    如何使用 SQL 对数据进行分析?

    中,发布了 BigQuery ML,这样开发者就可以在大型的结构化或半结构化的数据集上构建和使用机器学习模型。...通过 BigQuery 控制台,开发者可以像使用 SQL 语句一样来完成机器学习模型的训练和预测。...所以说置信度是个条件概念,指的是在 A 发生的情况下,B 发生的概率是多少。...我们在计算关联关系的时候,往往需要规定最小支持度和最小置信度,这样才可以寻找大于等于最小支持度的频繁项集,以及在频繁项集的基础上,大于等于最小置信度的关联规则。...我们还需要得到一个 transactions 数组,里面包括了每笔订单的信息,其中每笔订单是以集合的形式进行存储的,这样相同的订单中 item 就不存在重复的情况,同时也可以使用 Apriori 工具包直接进行计算

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    PG15新特性-加速WAL日志归档

    PG在pg_wal目录产生WAL段文件时,会在pg_wal/archive_status子目录产生相关的.ready文件。...因此,对于每个要归档的WAL文件来说,实际上都会导致完整的目录扫描。 如果pg_wal/archive_status/中有数千或者数百万个文件怎么办?...这发生在大事务系统中,WAL归档无法在高峰时段赶上WAL生成,或者如果WAL归档在一段时间内失败了。一旦积累了大量的.ready状态文件,目录扫描本身就会花费更多时间。...逻辑的主要部分中可以避免目录扫描。 采取哪一种方法是一个非常困难的决定。权衡所有影响后,选则了第一种方法,即将WAL段文件名保存在一个数组种。...主要是因为这个数组可以进一步改进依次将多个文件发送到archive_command或模块,这是另一个改进的地方。

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    如何使用 SQL 对数据进行分析?

    通过 BigQuery 控制台,开发者可以像使用 SQL 语句一样来完成机器学习模型的训练和预测。...我们在 SELECT 之后加上 TRAIN 从句就可以完成机器学习模型的训练,在 SELECT 语句之后加上 PREDICT 就可以使用模型来进行预测。...所以说置信度是个条件概念,指的是在 A 发生的情况下,B 发生的概率是多少。...我们在计算关联关系的时候,往往需要规定最小支持度和最小置信度,这样才可以寻找大于等于最小支持度的频繁项集,以及在频繁项集的基础上,大于等于最小置信度的关联规则。...我们还需要得到一个 transactions 数组,里面包括了每笔订单的信息,其中每笔订单是以集合的形式进行存储的,这样相同的订单中 item 就不存在重复的情况,同时也可以使用 Apriori 工具包直接进行计算

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    Kubernetes Context开发者指南

    一切都始于一个 Kubeconfig 文件 当与 SQL 数据库(如 Postgres 或 MySQL)进行交互时,开发者将需要所谓的连接字符串 。...在 Kubernetes 的世界中,连接字符串的等价物是Context 。Context包含了连接到 Kubernetes 集群所需的所有信息,如集群主机名、端口、身份验证方法等。...如果您之前使用过 kubectl,您的计算机上可能已经有一个 Kubeconfig 文件。想知道其中的内容吗?...这些部分被定义为对象数组,因为您可以在单个 kubeconfig 文件中拥有多个集群、Context和用户。...我想鼓励您查看一下您的 Kubeconfig 文件,您会惊讶地发现您可以从简单查看中学到多少知识。大多数 Kubernetes 用户甚至都不知道其中有一个 API 服务器 URL!

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    Firebolt:如何在十八个月内组装一个商业数据库

    当然,对于一个数据库来说,最重要的还有对外提供的接口—— SQL 。虽然有 ANSI SQL 这个标准在,但工业上真正使用的却是一个个的“方言”(dialect)。...join reordering) PhysicalPlanner 需要支持自定义的统计信息收集和代价模型 Planner 需要支持复合数据类型,如数组、结构体 市面上当时针对这两个模块的开源项目还是挺多的...在谷歌诸多产品 BigQuery、Spanner、Dataflow、Dremel、F1 和 Procella 中被验证过 2. 项目简洁、充分测试、工业可用 1....不支持 Postgres SQL 的很多功能 2. 只支持简单的算子树变换 3....不是用 C++ 写的,很难和其他组件进行代码集成 CWI Duckdb 基于内存的、嵌入型的分析型数据库,C++ 编写 1. 测试充分,在交互式数据分析场景广泛使用 2.

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    开源BI工具Metabase简介

    功能: 设置仅需5分钟 让团队中的成员在不知道SQL的情况下提出问题 丰富美丽的仪表板与自动刷新和全屏模式 分析师和数据专家专属SQL模式 为你的团队创建规范细分和指标以供使用 发送数据到Slack或电子邮件与...Pulses的日程安排 使用Metabot随时查看Slack中的数据 通过重命名、注释和隐藏字段为你的团队人性化数据 支持数据库 Postgres MySQL Druid SQL Server Redshift...MongoDB Google BigQuery SQLite H2 Crate Oracle Vertica 现在BI工具很多,团队对于BI工具选型来说,需要看看Metabase是否满足需求,功能不算强大...我主要看中他的是: 不是技术人员也可以使用 一般来说,BI 产品的用户都是业务人员(大部分不懂 SQL ),Metabase 把数据分析常用的查询通过通过一个易于操作的界面来操作,这样,不懂 SQL 的业务人员也可以快速掌握业务数据...部署 Metabase 同样非常简单,在 Mac 上下载之后点击即用,其他平台也只需运行一个 jar 包而已。

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    Postgres 源码学习 4—表文件 Page 结构概览

    存储在磁盘上的一个表数据文件,内部切分为了多个 page,每个 page 默认的大小是 8KB,为了从磁盘上读取数据的效率,每次从文件中读取数据的时候,都是以 page 作为基本单位。...pd_flags:page 的一些状态信息,取值有如下几种 #define PD_HAS_FREE_LINES 0x0001 /* are there any unused line pointers...Linp n,是一个数组,用来标识 page 内一条数据的位置偏移,使用结构体 ItemIdData 表示。...从前面的 page 结构描述中可以得知,一条 Tuple 在插入到 page 当中的时候,是无序的,所以 Postgres 中最常用的表组织方式叫做 Heap,意为杂乱的,无顺序的。...当读取数据的时候,可以根据 BlockNumber 确定 page 编号,以及页内偏移 OffsetNumber 确定数据在 page 内的位置,使用结构体 ItemPointerData 表示一条数据的物理存储位置

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    PostgreSQL 12 的同步流复制搭建及主库hang问题处理与分析

    target_session_attrs=any' 配置完成后,直接启动备库即可。...pg_ctl -D /pgdata start 三、发现问题 通过ps -ef|grep postgres,已经可以看到主库和备库的walsender和walreciver进程都已经启动,流复制已经搭建好...target_session_attrs=any' 从数据库中的参数可以看到,此时primary_conninfo加载的参数,是异步流复制的参数,而不是我们在postgresql.conf中配置的同步流复制的参数...target_session_attrs=any' 可以看到,在postgresql.auto.conf中有参数primary_conninfo的设置,且为异步流复制的配置参数。...此时数据库在进行DML和DDL操作的时候,则会等待备库的响应,但备库又为异步流复制,所以不会给主库回复wal已经接收到或者写入磁盘。因此,主库会一直hang住。

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    自建 Gitlab (邮箱配置、拆分 PostgreSQL、Redis) + 随想

    经过一番揪心地测试之后,还是得说可惜,浪费了不少时间却没有顺利达到目的,最后只能按照官方推荐的在配置文件中禁用 postgreSQL 和 redis。...postgreSQL 默认的用户名、密码、初始数据库都是 postgres,可以通过设置环境变量更改默认配置: environment: - POSTGRES_PASSWORD=mysecretpassword...- POSTGRES_USER=myuser - POSTGRES_DB=mydb 最后就是就是修改 gitlab 的配置文件了: # redis redis['enable'] = false...强迫症的救赎 上一节提到在目前的微服务环境下启用 SSL 不需要任何配置,那我写这节干嘛?脑残吗?好吧,是脑残,而且是添加了强迫症的脑残,先放一张图: ? 逼死强迫症的是什么,各位能懂吗?...然后,我不知道当时的状态是不是已经已经在阿鼻地狱的边缘,我最开始想到的是从源代码中去寻找这个提示的逻辑,强行改成 HTTPS(失败);注入一段 js 去修改提示(有修改的延迟,仍然无法忍受);修改 nginx

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    测度转换 (上) – 等价物转换

    一台苹果手机价值 1,000 新币,这时等价物是新币 一辆马自达三价值 90,000 新币,这时等价物也是新币 一辆马自达三价值 90 台苹果手机,这时等价物是苹果手机 大家可能会问,有人会傻到用苹果手机衡量马自达三的价值吗...它里面只有 B 没有 A,所以此概率测度是由等价物资产 B 生成出来的。 将上式整理一下得到 其中 EB 代表在“由等价物资产 B 生成出来的概率测度”下的期望。这个公式强大之处是选择B的自由度。...例如我们要估值资产 A 的价值,对某一个等价物 B 来说,在它生成的概率测度下求 Ak(T)/Bk(T) 特别简单,那么我们就把 B 当做等价物。...= Q(正面或反面) = 1 [一定] 那么 P 和 Q 之间有关系吗?...那么 S(t) 的 SDE 在 Q 测度和 QS 测度下一样吗?不一样的话怎么做转化? 这个就是下节的内容 – 吉尔萨诺夫定理(Girsanov’s Theorem)。

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    《Postgresql 内幕探索》读书笔记 - 第一章:集簇、表空间、元组

    另外集群在物理磁盘中通过文件目录形式展示,一个目录对应一个数据库,也就是一个base下子目录中有一个目录就是有一个数据库。...这里简单总结一下两者设计上的区别:堆表:数据存储在表中,索引存储在索引里,两者分开的。数据在堆中是无序的,索引让键值有序,但数据还是无序的。...- 行指针的结构是简单的线性数组设计,充当堆元组的索引,注意索引是从1开始不是0开始,这些索引被叫做偏移号(offset number),偏移号和堆元组意义对应。...PageHeaderData 单中有一个 ItemIdData 的结构体定义。..., bool ** nullFlags)根据参数query生成一个用于查询的键值数组,并返回其指针。

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    《Postgresql 内幕探索》读书笔记 - 第一章:集簇、表空间、元组

    另外集群在物理磁盘中通过文件目录形式展示,一个目录对应一个数据库,也就是一个base下子目录中有一个目录就是有一个数据库。...这里简单总结一下两者设计上的区别: 堆表: 数据存储在表中,索引存储在索引里,两者分开的。 数据在堆中是无序的,索引让键值有序,但数据还是无序的。...行指针的结构是简单的线性数组设计,充当堆元组的索引,注意索引是从1开始不是0开始,这些索引被叫做偏移号(offset number),偏移号和堆元组意义对应。...*/ } PageHeaderData; typedef PageHeaderData *PageHeader; 4.3.3 ItemIdData 结构 在 PageHeaderData 单中有一个..., bool ** nullFlags) 根据参数query生成一个用于查询的键值数组,并返回其指针。

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    Postgresql快照导出使用案例与原理分析

    1 快照导出、导入的使用场景 1.1 手动导出数据的场景 预设场景 假设系统中有两张大表在不停的写入数据,现在的需求是把两张大表做一个逻辑备份,要求两张表的数据必须一致。 如何定义一致?...假设一个事务在两张表中各插入一行,那么导出的两张表中,这两行数据要么都在,要么都不在 简单方案 最简单的方案是直接启动一个事务,设定为RR级别,然后在事务中串行导出这两张表的数据即可。...Once a transaction has exported any snapshots, it cannot be prepared with PREPARE TRANSACTION....postgres=# BEGIN TRANSACTION ISOLATION LEVEL REPEATABLE READ; BEGIN postgres=*# SET TRANSACTION SNAPSHOT...TRANSACTION SNAPSHOT must be called before any query 1.2 pg_dump并发场景 在使用pg_dump并发导出数据时:-j, --jobs=NUM

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    Postgresql分区表大量实例与分区建议(LIST RANGE HASH 多级混合分区)

    每个分区都是一个普通PG表: 可以指定表空间:例如按月份分区的场景,可以把历史非活跃数据通过表空间指定到慢速廉价存储上,新的热数据保存到快速存储上。...不带分区键的查询 或 带分区键但涉及大部分分区表的查询 会使执行计划成倍增长,在分区表很多时会消耗大量内存。...生成执行计划的时间也会变长(几千个分区时可能Planning time会超过Execution time)。 分区数量的增长应该在设计时就有预期,根据表大小评估,一般最好不要上千。...text]))) Indexes: "cust_archived_arr_idx" btree (arr) Access method: heap 5.4【父表】先建索引后建子表,子表索引自动建吗:...会 非分区键上的索引会传播的子表上,自动创建。

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    原 PostgreSQL的系统函数分析记录

    PostgreSQL数据库中有许多内部函数,这次对系统表pg_proc以及函数代码进行分析记录(这里是针对9.3进行介绍的)。  ...这个地方在这里对concat说明,在函数concat这个参数是这样写的2276,这                                 个函数是拼接字符串,而2276正是any,在这里填写后...proisstrict:遇到NULL值是否直接返回NULL,这里要说明的是,数据库中有一个数组专门来存储这个值,当为true时,数据库对参数为NULL的qi。         ...STABLE COST 1; ALTER FUNCTION concat("any") OWNER TO postgres; COMMENT ON FUNCTION concat("any")...IS 'concatenate values';         这里不同的就是在参数上添加了VARIADIC,这是说明这个类型是一个可变数组。

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