这篇文章是今天发布的CTGAN的补充，我们可以使用pandas的cut函数将数据进行离散化、将连续变量进行分段汇总，这比写自定义函数要简单的多。...'Age'],[0,10,18,25,40,90]) df.pivot_table("Survived", index=["Sex","Pclass"],columns="new_age") 另外一个函数是
不谋而合的是，很多我之前都介绍过了。 这就是优秀者们的马太效应吗！ 1-switch和case_when 在做数据分析时，常常遇到的一个场景是，1,2,3 需要转换成其对应的"a","b","c"。...比如在对结果进行分类统计的时候。...的快捷键]] 3-通过设置系统变量保护脚本中的密码不外露 如果你的脚本中需要你的某些签名或密码，最好不要把他们放在脚本里，因为你的脚本可能会分享给其他人。...可以使用系统变量： Sys.setenv( DSN = "database_name", UID = "User ID", PASS = "Password" ) 接着在脚本中使用这些键即可...例子：Example projects • flexdashboard (rstudio.com)[6] shiny 测试的两个好用函数：req and validate functions The req
一个测试集，这两个数据集提供了同样的非目标变量，但测试集里的目标变量并未提供。你必须根据测试集里的非目标变量来预测目标变量的值（即是否逃离）。...你需要下载在前言中提到的两个数据集：train.csv和test.csv，并将它们保存在方便的地方。在下载页面中向下滚动到变量说明，查看数据集中的相关变量，在阅读本教程时， 你可能需要参考它。...你将看到数据列与我们之前在Kaggle下载页面看到的变量是一一对应的。以相同的方式导入test.csv数据集。首先看一看这两个数据集中的信息。...现在，让我们保留import命令，我们将在近期使用的唯一一个因子变量是gender变量，它正确地导入为分类变量。 有好几种方法去访问数据框的列。如果想要提取数据框中的单个列，请使用美元符号运算符。...在泰坦尼克号比赛中，你每天最多可以提交5次结果； 这是一个好消息，因为我们在第2部分中将生成多个预测结果！
3、安装‘devtools’ 安装包，(代码：install.packages(‘devtools’)) 4、在RStudio.中打开一个新的项目，在“文件”菜单中的点击“新项目”，然后选择“新目录...在第一步源文件创建包的基础上，创建R文件，点击“创建项目”。 6、在屏幕的右下角，你会看到一个文件目录，“R”文件中包含了函数的代码。“man”文件中将包含了文件中函数的所有帮助文件。...根据Rstudio的版本，当你在创建R安装包或者R文档时，帮助文件会自动生成。如果“man”文件夹中已经包含.Rd文件，打开每个文件，添加一个标题然后保存.(如果不是，请见步骤7）。...保存“man”文件夹中的每一个.Rd文件。 注意：如果你需要在你的安装包里添加更多的函数，那么你需要重复以上步骤。即使是在你一开始创建安装包和RStudio自动生成R记录文件的时候。...9、返回并为每个函数编辑其记录文件（帮助文件）。打开每一个.Rd文件，为安装包添加一段简短的描述。如果可以的话,至少包含一个实例。接着，重载你的安装包，在R控制台上彻底检验你的文件。
用RStudio创建R程序包的10个步骤： 1.首先打开一个新的R文件，用rm(list = ls())命令确认你的默认目录。...在RStudio.中打开一个新的项目，去Files菜单中的点击新项目（New Project），然后选择新目录（New Directory），再选择“R Package”和创建一个R新的安装包。...在屏幕的右下角，你会看到一个文件目录。“R”文件夹中包含了你所有的函数的代码。“man”文件夹中将包含了文件中函数的所有帮助文件。...根据Rstudio的版本，当你在创建R安装包或者R文档时，帮助文件会自动生成的。 如果“man”文件夹中已经包含.Rd文件，打开每个文件，添加一个标题然后保存.(如果不是，请见步骤7）。...9.返回并为每个函数编辑其记录文件（帮助文件）。打开每一个.Rd文件，为安装包添加一段简短的描述。如果可以的话,包含至少一个例子。接着，重载你的安装包，在R控制台上彻底检验你的文件。
20【准备工作】我安装了新的R语言4.3.1的，但是在Rstudio里面还是之前安装的版本，请问这个怎么解决呢 在 Rstudio上面的 tools --global option 设置 21【R】我这个错误是什么意思...一个4.8M，一个3.3K 3.3k 应该是个假的，里面没有完整的表达矩阵. 23【Rstudio】我在看回放，第五节课，讲ggplot2，用课件给的代码，一开始就报错了 可能是Rstudio 版本太低...生成的pdf文件也是0B 你差 dev.off()；在 plot 之前用了 pdf() 图片就是保存到 pdf 文件里面，不会出现在 Rstudio右下角。...26【R】Day5天的习题5-1中将文件保存为Rdata并加载他，为啥提示找不到文件呢 list = 这个是啥，应该是 file =。...27【R】是不是r中加载csv格式的文件，在左下角的框里如果显示的话，是有限制的是吗 一般左下角窗口只显示若干行，行数太多不会全部打印出来的，你读入R赋值给变量之后，右上角窗口点击变量就是 view
4. ggscatterstats()：散点图 在研究两个连续变量的时候，散点图可以呈现两者间的关系。...除了显示散点图，还分别画出了两个变量各自的直方图从而可以观察它们的分布情况，非常的实用！...下方也是使用 iris 数据集，首先需将 Species 这个变量先剔除，然后作图： ggcorrmat(data = iris[, -5]) ? 也是非常的实用，尤其在探索性分析阶段。...7. ggpiestats()：饼图 如果有两个分类变量，想要通过卡方检验进行率的比较，那可以采用饼图的形式作图。...8. ggbarstats()：呈现分类变量的柱状图 除了使用上面的饼图，还可以使用柱状图： ggbarstats(data = mtcars, x = am, y = vs) ?
---- 0.安装R包 如果是第一次使用，要先在RStudio里安装好这些包 install.packages("AnnoProbe")#用于下载GEO数据的包 BiocManager::install...但如果你的GSE只有两个GPL，那么从gset中就有两列数据，gset[[1]]只能提取该GSE中一个GPL，不注意这点就会遗漏掉另一个GPL的数据。...所以，这种情况要使用两行代码分别提取两个GLP的数据。...cbind(expMatrix1, expMatrix2)#两个表达矩阵合并为一个总矩阵 pdata1 一个平台的临床数据 pdata2 两个或者多个GPL，你可以在RStudio右上角的环境变量中的”gset“后面的括号里看到”2 elements“的字样 含有2个GPL的gset 如果只含有一个GPL，则不会显示括号
1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面）依然mac版，适配的非常不错，没有任何的不适配。...2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面四个象限分别代表：编辑器对象/变量+历史命令脚本运行与结果显示文件/图片/包3.学会外观设置和基本操作从最简单的函数开始plot(rnorm...这是两个函数之间的区别：rnorm(n,mean,sd)函数用于从具有特定均值和标准差的正态分布生成n个随机值。...……但是还是搜了一圈才搞清楚它的意思：boxplot即箱线图，iris是机器学习中很经典的数据集，sepal.length花萼长度，species是分类结果，col=c（）即颜色，最终得到一个经典的箱线图...赋值x变量rm(x)rm(list=ls()) #删除所有变量列出历史命令history清空控制台ctrl+l
Cell | 结直肠癌前病变多组学图谱，揭示两种常见结直肠息肉的不同癌变路径 结直肠癌 （CRC）通常由息肉引起，其主要依据肿瘤细胞的内在特征，如染色体不稳定性 （CIN）、微卫星不稳定性（MSI）等进行分类...如果能够在高度微卫星不稳定性（MSI-H）和微卫星稳定型（MSS）CRC前体中绘制出肿瘤发生的路径，就能揭示定义CRC细胞图谱的机制，确定具有诊断或治疗效用的靶点。...3、使用遗传算法进行变量选择[6] 对算法和特征筛选感兴趣的读者可以看看。...5、gm - 音乐包[11] 轻松创建音乐，并在R Markdown文件，R Jupyter笔记本和RStudio中显示乐谱和音频文件。...资源 1、MIT面向生命科学的深度学习课程 MIT6871课程主页：https://mit6874.github.io/ 2、2022NAR数据库特刊：单细胞数据库合辑
最近安装R语言后遇到了一个比较烦人却其实很简单的问题。 ? ?...如上图所示：在Rgui和Rstudio中都遇到了一个问题，使用install.packages()出现错误，阅读error发现是无法连接到镜像的包集合中。...解决方案一： 我最开始就卸载R和Rstudio然后重新下载，下载了不同版本的R，包括3.3.3、3.3.4还有3.5.1等版本，另外可以在Rstudio中的global选项中设置mirror来源china...先下载包，然后本地加载，这样解决问题，但是过于麻烦 解决方案三： 后来查询资料1，发现是由于 之后了解到R中install.packages()是从ie浏览器中连接镜像的，所以无法连接服务器很可能是在ie...打开电脑的ie浏览器看能不能正常上网，如果显示代理问题，在工具-internet选项-连接中将局域网设置里的代理服务器这一项去掉勾选。这样就可以正常上网了。再检查RStudio也能够正常安装r包了。
打开RStudio并创建一个名为single_cell_rnaseq的新R项目。...这样，不需要加载单个文件，而是该函数将加载并将它们合并为一个稀疏矩阵。我们将使用此功能加载数据！...循环将遍历两个样本“file”，并为每个样本执行两个命令 (1)读入计数数据(Read10X()) (2)从读入数据创建Seurat对象(CreateSeuratObject())： # Create...Seurat对象： ctrl_raw_feature_bc_matrix stim_raw_feature_bc_matrix 我们可以使用c()在for循环的输入部分中将这些样本指定为向量的元素。...我们将这些赋值给一个变量，我们可以随心所欲地给该变量命名(尽量给它起一个有意义的名称)。在本例中，我们将变量命名为file。
1=正常；2=固定缺陷；3=可逆转缺陷 目标--预测属性--心脏疾病的诊断（血管造影疾病状态）（值0=50%直径狭窄) 在Rstudio中加载数据 heart变量转换为因子。 目标是预测变量，告诉我们这个人是否有心脏病。因此，我们将该变量转换为因子，并为其贴上标签。...但我们必须找到一个适当的分界点，从这个分界点可以很容易地区分是否患有心脏病。 为此，我们需要ROC曲线，这是一个显示分类模型在所有分类阈值下的性能的图形。它将使我们能够采取适当的临界值。...同时，我们的错误分类率为18.42%。 Naive Bayes算法 在执行Naive Bayes算法之前，需要删除我们在执行BLR时添加的额外预测列。...train$pred<-NULL rpart代表递归分区和回归树 当自变量和因变量都是连续的或分类的时候，就会用到rpart。 rpart会自动检测是否要根据因变量进行回归或分类。
DST这门课主要讲的是这个专项课程中九门课都是在讲什么的，另外就是一些基础的背景知识的介绍,包括： R/Rstudio的安装使用 其他课程的介绍 Git版本控制工具 这里有一个比较重要的技能，就是git...这门课3个quizzes，两个projects。...Statistic Inference从概率和随机变量讲起，一直讲到统计的检验的势（我猜很多本科毕业的统计学生都不一定熟悉这个概念），只花了四周，当然一些高深的统计知识不需要证明或者计算，只要你可以在R...包含知识点： 模型的训练与检验 各种分类模型：分类树，随机森林，Bagging，GBM，正则化回归(lasso,Riddge) 模型诊断(异方差，多重共线性..)...shiny是Rstudio开发的制作可交互网页的包，将R的函数转化为JS的代码，从而可以做出很多很酷的网页效果，细节请看(shiny.rstudio.com) 最后的packages是讲述了如何写一个自己的
背景 Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合，里面包括了readr，tidyr， dplyr，purrr，tibble，stringr...tidyr 与 dplyr 包是用 R 语言中用来处理各种数据整合分析的包，可以说是 R 数据整合的“瑞士军刀”，tidyr 包负责将数据重新整合，dplyr 包可以完成数据的排序，筛选，分类计算等都等操作...掌握这两个包就可以完成绝大部分的数据处理工作。...每个变量构成一列； 2. 每项观察构成一行； 3....数据的整理是一个从数据框的统计结构（变量与观察值）到形式结构（列与行）的映射。
R、RStudio和ggplot2简介 4.1 R和RStudio简介 citation("ggplo2")取包引用信息，RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。...4.1.1 安装R、RStudio和R包 R提供一个基于命令行的统计框架，RStudio作为IDE，所有统计分析和图形可以使用它进行。...：1、告诉函数忽略重复变量输入（如一个样本的种级别表包含多个相同名称的种）；2、另一个原因是让函数不试图去修正种的名字，来保证系统上的正确（否则，名字中的空间可能变为.）。...par(mfrow) 两个参数，一个是图的行数，另一个是每行的列数，默认par(mfrow = c(1,1))。...= 0))/length(x)}) > cutoff),]) 4.1.7 其他有用的R函数 转置t() 分类和排序 sort() #升序，降序可用rev(sort()) order() #返回的是一个序号向量
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