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R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码,其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线;案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...size = 11, color = "black"), # 设置x轴标题的边距、大小,颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r...= unit(0.1, "cm"), # 设置图例水平间距为0.1厘米 legend.box.background = element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图

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    主成分分析PCA在脑科学研究中的应用

    一、PCA背景 在脑科学的研究中,我们通常会获得高维度多变量的数据,虽然高维度数据为我们的研究提供了更大的分析和研究自由度,但是也会无形当中为我们的分析增加很多成本和工作量。...我们这里所说的主成分分析PCA正是基于这样的实际需求而发展出来的一种降维算法。 本文中,笔者重点对PCA在脑科学研究中的应用进行论述,使读者先对PCA的应用场景有一个全面了解。...更重要的是,当你再次从硬盘中调取压缩后的数据后,可以把PCA降维后的数据通过矩阵变换恢复原始数据。...如图1所示,3维空间的数据点,经过PCA降维之后,投射到2维平面上,在2维平面上可视化数据对我们来说更容易更直接。...4)提取ERP中特定的ERP成分 在脑电ERP研究中,某些ERP成分往往是相互叠加的,这样就会使得成分的幅值和潜伏期的测量不太精准。

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    主成分分析(PCA)在R 及 Python中的实战指南

    接着在得到的低维度空间绘制观察结果。 下图显示了利用主成分分析从高维度(三维)数据到低维度(二维)数据的转换。请别忘了,每一个所得到的维度都是特征p的线性组合。...下图是在模拟数据上用两个预测值绘制的。需要注意的是,主成分的方向,正如预期的那样,是正交的。这表明在这两个主成分之间的相关系数为0。...当变量被缩放后,我们便能够在二维空间中更好地表示变量。 在Python & R中应用 主成分分析方法 (带有代码注解) ▼ 要选多少主成分?...让我们在R中做一下: #加上带主成分的训练集 > train.data 在Python中运行主成分分析,只需从sklearn库导入主成分分析。和上文提到的对R用户的解释是一样的。当然,用Python的结果是用R后派生出来的。

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    如何在R中绘制热力地图

    地图绘制思路: ① 绘制需要展示的地图,获取地图对象,获取每个区域的名字以及顺序; ② 在每个区域的名字和顺序后面,加上我们需要展示的数据以及经纬度; ③ 根据数据的大小,设置每个区域展示的颜色的深浅...,获取地图对象,获取每个区域的名字以及顺序; m <- map("state"); m$names #第二步,在每个区域的名字和顺序后面,加上我们需要展示的数据以及经纬度; data <- read.csv...text(data$x, data$y, data$name, cex = 0.6) 绘制好的地图: ?...二、在地图上增加热力地图 热力地图: 以特殊高亮的形式,显示数据地理分布情况的图形。...,设置为显示数值的大小 inches 缩放比例,将圆形的大小缩放到合适程度 add 是否追加到图形中,在地图上增加图形,需要设置为TRUE bg 图形的背景色 代码实现: library

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    在VSCode中调用Jupyterlab和R

    details/122304257安装完成并连接服务器之后,我们需要安装一些拓展程序:Chinese (Simplified),Python和Jupyter插件:VScode登录上服务器之后,我们可以在终端或者左侧目录中创建文件...这时候我们就需要VScode中的一些插件来方便我们写代码。我们直接在左侧的拓展中搜索R,然后安装即可。...然后是代码补全:当我们把鼠标放到函数上时,还能看到帮助文档:如果需要直接在jupyter中安装R的内核,可以直接在终端打开的R中进行操作:install.packages('IRkernel')IRkernel...总结总的来说,R语言的IDE中,Rstudio是最为常用和流行的。而JupyterLab则更多地被应用在Python数据分析领域。...在本文中,我们介绍了如何通过安装插件,在VS Code中远程连接服务器,并愉快地开始编写Python和R代码。

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    在 R 中使用 sf 和 ggplot2 绘制河流地图

    在本教程中,我们将深入探讨重建此地图的具体细节。我们将使用全球河流分类 (GloRiC).GloRiC对世界野生动物基金会HydroSHEDS的全球河流网络进行监督分类,以在全球层面创建河流覆盖类型。...后者在SQL用户中是众所周知的。在此上下文中,如果满足条件,它会根据宽度列分配一个值。 # 2....相反,包使用 s2 库中的球面几何运算符。在我们的例子中,这会破坏代码,因为某些河流线具有无效的球形几何图形。 一个快速的解决方法是通过sf::sf_use_s2(FALSE)关闭此功能。...在本教程中,我们将使用世界等距圆柱投影来展平地图。因此,我们首先定义此投影,然后转换坐标。 # 3....在本教程中,您学习了如何导入河流空间文件以及如何在 R 中制作欧洲的炫酷河流地图。随时检查完整代码这里,克隆存储库并根据需要重现、重用和修改代码。

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    使用 Pandas 在 Python 中绘制数据

    这非常方便,你已将数据存储在 Pandas DataFrame 中,那么为什么不使用相同的库进行绘制呢? 在本系列中,我们将在每个库中制作相同的多条形柱状图,以便我们可以比较它们的工作方式。...我们使用的数据是 1966 年至 2020 年的英国大选结果: image.png 自行绘制的数据 在继续之前,请注意你可能需要调整 Python 环境来运行此代码,包括: 运行最新版本的 Python...在本系列文章中,我们已经看到了一些令人印象深刻的简单 API,但是 Pandas 一定能夺冠。...要在 x 轴上绘制按年份和每个党派分组的柱状图,我只需要这样做: import matplotlib.pyplot as plt ax = df.plot.bar(x='year') plt.show(...) 只有四行,这绝对是我们在本系列中创建的最棒的多条形柱状图。

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