在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
在Python 3.x中，内置函数print()用来实现格式化输出，各参数含义请参考本文末尾的相关阅读。本文重点介绍print()函数的end参数以及转义字符'\r'的妙用。...本文末尾的相关阅读中已经提到，end参数用来确定print()函数在输出全部内容之后以什么结束，默认是转义字符'\n'，也就是换行符，在使用时可以根据需要修改这个参数的值，例如： ?...那么，如果把end参数设置为回车符'\r'，会是什么样的效果呢？...下面的代码 from time import sleep for i in range(1000): print(i, end='\r') sleep(0.01) 运行效果如下面的视频所示：
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE) 第一个参数为.Renviron文件的真实路径，然后在加载ChAMP包就可以了 >> Package version
R包的加载镜像设置后下载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。...#取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，可以在歌搜到install.packages("dplyr")library(dplyr) #在使用前需要调取‘dplyr’包dplyr...包的使用> test mutate(test,new= Sepal.Length * Sepal.Width) #新增加列 Sepal.Length...x z y1 b A 22 e B 53 f C 64 x D NA> left_join(test2, test1, by = 'x') #test2在左 x y z1 a 1 <
代码 代码来自《r-data-science-quick-reference-master》的内容。 dplyr包的使用例子。...## 加载R包 library(tidyverse) iris_df <- as_tibble(iris) print(iris_df, n = 3) head(iris_df$Species)...%>% filter(str_starts(Species, "v")) %>% print(n = 3) iris_df %>% filter(str_ends(Species, "r"...mean_income ) ) %>% spread(key = "year", value = "mean_income") 温馨提示： 第一步：运行一边代码，掌握相应的包和函数使用...第二步：迁移到自己的数据集，进行应用
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
安装和使用 直接从CRAN下载即可： 1install.packages("modules") 使用了解2个函数的使用就可以了。 一是import()，用于替换library()加载包。...如果不想要在全局直接访问包内的函数，在导入时设定attach=FALSE。...4[1] "TCGA-55-7913-01B-11D-2237-01" 目前放置的几个代码文件都可以在代码库https://github.com/BioSisyphus/Rlib中查看。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install()，它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。...代码核心其实 就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是 初学者简便地下载、安装包。
题目：输入两个字符串，从第一字符串中删除第二个字符串中所有的字符。例如，输入”They are students.”和”aeiou”，则删除之后的第一个字符串变成”Thy r stdnts.”。...在具体实现中，我们可以定义两个指针(pFast和pSlow)，初始的时候都指向第一字符的起始位置。当pFast指向的字符是需要删除的字符，则pFast直接跳过，指向下一个字符。...这样，前面被pFast跳过的字符相当于被删除了。用这种方法，整个删除在O(n)时间内就可以完成。 接下来我们考虑如何在一个字符串中查找一个字符。当然，最简单的办法就是从头到尾扫描整个字符串。...我们可以新建一个大小为256的数组，把所有元素都初始化为0。然后对于字符串中每一个字符，把它的ASCII码映射成索引，把数组中该索引对应的元素设为１。...这个时候，要查找一个字符就变得很快了：根据这个字符的ASCII码，在数组中对应的下标找到该元素，如果为0，表示字符串中没有该字符，否则字符串中包含该字符。此时，查找一个字符的时间复杂度是O(1)。
R包在Linux下编译不通过，原因是gcc版本太低怎么办？ 一些有C++代码的R包可能会用到一些新的C++特性，需要C++11或者C++14。...这个问题通常在CentOS/红帽系统上出现，因为系统稳定的要求，这个系列的系统它的C++版本很低。但请读者前往注意了别自己编译新版本的gcc，然后替换掉系统的。...正确的解决方式是安装独立的gcc，通过环境变量引用和使用它。...在Root用户下操作： yum install centos-release-scl yum install devtoolset-9 然后在你使用R的用户下操作： # If you use your...vi /root/.R/Makevars 将下面的内容写入打开的文件，然后保存： CXX11=/opt/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/g++ -std=c++11 -fPIC
可以证明，在模型2有解的情况下，可以将其化为只含有目标约束的目标规划问题，方法是给所有的绝对约束赋予足够高级别的优先因子，从这个角度来看，线性规划为目标规划的特殊情况，而目标规划则为线性规划的自然推广。...用goalprog包求解目标规划 R中，goalprog包 (Novomestky, 2008) 可以求解形式为模型(3) 的目标规划问题，核心函数为llgp()，用法如下： llgp(coefficients...例 某工厂生产两种产品，受到原材料供应和设备工时的限制，在单位利润等有关数据已知的条件下，要求制定一个获利最大的生产计划，具体数据见表在决策时，按重要程度的先后顺序，要考虑如下意见： 1.原材料严重短缺...，生产中应避免浪费，不得突破使用限额； 2.由于产品 B 销售疲软，故希望产品 B 的产量不超过产品 A 的一半； 3.最好能节约 4 h 的设备工时； 4.计划利润不少于 48 元。...该模型符合模型 (3) 的形式，可以直接调用 llgp() 函数来求解该问题，注意：R中根据achievements数据框中的 priority 来判断绝对优先级别，不用再设置 P1，P2，P3。
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...1.Linux已安装Apache2服务并正常运行 2.R已安装完成并正常使用 2.Package的安装 ---- R的Package安装主要分为在线安装和离线安装两种方式，如下： 1.在线安装 在R的控制台输入...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...BiocInstaller 安装 我们以在 R-3.4（Bioconductor==3.6）中安装最新版本的 clusterProfiler 为例。...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。
Laravel 中默认使用的时间处理类就是 Carbon。...如果你不指定参数，它会使用 PHP 配置中的时区： <?php echo Carbon::now(); //2016-10-14 20:21:20 ?...Carbon::tomorrow()->toDateTimeString(); 2.2 日期类型转为字符串 如上所述，默认情况下，Carbon 的方法返回的为一个日期时间对象。...Carbon中你可以使用下面的方法来比较日期： min –返回最小日期。...1小时距现在 5月距现在 当比较的值超过另一个值 1小时前 5月前 当比较的值在另一个值之后 1小时后 5月后 你可以把第二个参数设置为 true 来删除“前”、“距现在”等修饰语：
这篇文章上次修改于 394 天前，可能其部分内容已经发生变化，如有疑问可询问作者。 import java.util.Scanner; Scanner scan...
第一篇目录 TCGA数据源 查看有多少不同的癌症数据集 查看任意数据集的样本列表方式 查看任意数据集的数据形式 选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因的信息 选定样本列表获取临床信息 综合性获取 从cBioPortal...for Systems Biology Next-Generation Clustered Heat Maps, MD Anderson Cancer Center 其中cBioPortal更是被包装到R包里面...：http://www.cbioportal.org/cgds_r.jsp 这里就介绍如何使用R语言的cgdsr包来获取任意TCGA数据吧。...stad2014 <- "stad_tcga_pub" ## 获取在stad2014数据集中有哪些表格（每个表格都是一个样本列表） all_tables <- getCaseLists(mycgds...综合性获取 只需要根据癌症列表选择自己感兴趣的研究数据集即可，然后选择好感兴趣的数据形式及对应的样本量。
比如：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 这个文献，研究者就是使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断，拿到了11个自定义的...首先阅读 SomaticSignatures 包的文档 原文在：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SomaticSignatures...把508个ESCC的WGS数据的somatic突变制作成为 SomaticSignatures 包的输入数据 在文章主页下载；https://static-content.springer.com/esm...，然后读入R，并且制作成为 SomaticSignatures 包的输入数据的代码如下： library(data.table) b=fread('.....主要是R包deconstructSigs可以把自己的96突变频谱对应到cosmic数据库的30个突变特征。
R包在Linux下编译不通过，原因是gcc版本太低怎么办？ 一些有C++代码的R包可能会用到一些新的C++特性，需要C++11或者C++14。...正确的解决方式是安装独立的gcc，通过环境变量引用和使用它。...在Root用户下操作： yum install centos-release-scl yum install devtoolset-9 然后在你使用R的用户下操作： # If you use your...x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc 2export CXX=/path/to/anaconda/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-g++ 如果是R包编译...如果使用的是miniconda，这个文件的内容可能就是这样的了： 1CXX11=~/miniconda3/bin/x86_64-conda-linux-gnu-g++ -std=c++11 -fPIC
在golang中，所有源文件都属于一个包，golang的包具有以下特性： 包可以被其他包引用 每个golang程序只有一个main包 包的主要用途是提高代码的可复用性 本节，我们将介绍包的相关概念以及使用方法...使用GOPATH时，golang会在以下目录中搜索包： GOROOT/src：该目录保存了Go标准库里代码。 GOPATH/src：该目录保存了应用自身的代码和第三方依赖的代码。 2....编译 golang中go build 命令主要用于编译代码。在包的编译过程中，若有必要，会同时编译与之相关联的包。...main包，所以在main.go文件中能正常引入lib.go文件。...Go Modules可以轻易地进行一个包的依赖管理和版本控制，go build和go install将自动使用go.mod中的依赖关系，减少了GOPATH管理时的复杂性。
lpSolve 包和运输问题 运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。 解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。...同运输问题一样，LINGO 在解决指派问题时，也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等，比较繁琐，相比之下，R两三句代码就可以快速解决问题，较之LINGO 软件，的确方便快捷了许多。
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