在R中使用来自geiger包的treedata()时出错可能是由于以下原因之一:
install.packages("geiger")
library(geiger)
treedata()
?treedata
如果以上解决方法无效,可以尝试在R的社区或相关论坛上寻求帮助,提供更详细的错误信息和代码示例,以便其他人能够更好地理解和解决问题。
它在处理实际决策问题时,承认各项决策要求 (即使是冲突的)的存在有合理性;在做最终决策时,不强调其绝对意义上的最优性。...可以证明,在模型2有解的情况下,可以将其化为只含有目标约束的目标规划问题,方法是给所有的绝对约束赋予足够高级别的优先因子,从这个角度来看,线性规划为目标规划的特殊情况,而目标规划则为线性规划的自然推广。...用goalprog包求解目标规划 R中,goalprog包 (Novomestky, 2008) 可以求解形式为模型(3) 的目标规划问题,核心函数为llgp(),用法如下: llgp(coefficients...例 某工厂生产两种产品,受到原材料供应和设备工时的限制,在单位利润等有关数据已知的条件下,要求制定一个获利最大的生产计划,具体数据见表在决策时,按重要程度的先后顺序,要考虑如下意见: 1.原材料严重短缺...该模型符合模型 (3) 的形式,可以直接调用 llgp() 函数来求解该问题,注意:R中根据achievements数据框中的 priority 来判断绝对优先级别,不用再设置 P1,P2,P3。
ios 在ios平台,包名有它专有的名词:bundle ID.bundle ID可以翻译成包ID,也可以叫APP ID或者应用ID,他是每一个ios应用的全球唯一标识,只要bundle id不变,无论代码怎么改...Explicit App ID(明确的APP ID),一般格式是:com.smobiler.app。这种id只能用在一个app上。每一个新应用都要创建一个,云平台需要的就是此类型的包名. 2....android 在android平台, 包名称为applicationId,每个Android应用程序都有唯一一个类似Java包名的Application ID,比如com.smobielr...在Android设备和各大应用商店上,Application ID是您应用的唯一标识。如果您想上传应用程序的新版本,那么Application ID必须和原来相同。...总结 在云平台设置包名时,需按照ios和android标准,错误的格式和内容会导致打包失败或者无法在两个平台使用,请参考本文内容合理设置包名.
ios 在ios平台,包名有它专有的名词:bundle ID.bundle ID可以翻译成包ID,也可以叫APP ID或者应用ID,他是每一个ios应用的全球唯一标识,只要bundle id不变,无论代码怎么改...android 在android平台, 包名称为applicationId,每个Android应用程序都有唯一一个类似Java包名的Application ID,比如com.smobielr...在Android设备和各大应用商店上,Application ID是您应用的唯一标识。如果您想上传应用程序的新版本,那么Application ID必须和原来相同。...参考链接:https://developer.android.com/studio/build/application-id.html#change_the_package_name 总结 在云平台设置包名时...,需按照ios和android标准,错误的格式和内容会导致打包失败或者无法在两个平台使用,请参考本文内容合理设置包名.
用矩阵和向量来表示非线性函数的数学模型如下: (4) 模型 (4) 中,z = f(x) 为目标函数,三个约束条件中,第一个为定义域约束,第二个为线性约束 (A为系数矩阵),第三个为非线性约束。...当目标函数和约束函数光滑时,称之为光滑的非线性规划,其求解的难度要小于非光滑的非线性规划。...用 Rdonlp2 包求解光滑的非线性规划 对于无约束或者约束条件相对简单的非线性优化问题,stats 包中的 optim()、optimize()、constrOptim()、nlm()、nlminb...鉴于该包为默认安装包,大多数人比较熟悉,下面着重探讨专门解决非线性优化的 Rdonlp2 包的用法。 R中,Rdonlp2包是一个非常强大的包,可以方便快速地解决光滑的非线性规划问题。...name字符变量,如果不是默认值,则会在程序运行时在工作目录生成两个以 name 为主文件名,后缀分别为 pro、mes 的文件,其中 name.pro 文件为优化问题运行结果,name.mes文件为警告及其它信息
线性规划和整数规划都可以视为混合整数规划的特例,用矩阵和向量表示混合整数规划的数学模型如下: ?...R中,有很多包可以解决该问题,推荐 Rglpk包 (Theussl and Hornik, 2008),该包提供了到GLPK (GNU Linear Programming Kit) 的高级接口,不仅可以方便快速地解决大型的线性规划...max为逻辑参数,当其为 TRUE 时,求目标函数的最大值,为 FALSE 时 (默认)求目标函数的最小值。bounds 为 x 的额外约束,由模型 (1) 中向量l和u控制。...输出结果中,$optimum 为目标函数的最大值,$solution 表示决策变量的最优解,$status 为 0时,表示最优解寻找成功,非 0 时失败。...我们发现 R在解决线性规划、整数规划、混合整数规划问题时,仅仅需要将模型转换为求解函数所需要的格式即可,并且几乎所有的约束都直接用矩阵、向量来表示,不必像LINGO 那样需要键入 X1、X2 之类的字符
解决办法 - 问题是 yum 在锁定状态中,强制关掉 yum 进程即可: rm -f /var/run/yum.pid 2)第三方的开发包,在编译之前需要安装这些第三方包。...刚开始的时候,代理多数是帮助内网 client 访问外网 server 用的 客户机在发送请求时,不会直接发送给目的主机,而是先发送给代理服务器,代理服务接受客户机请求之后,再向主机发出,并接收目的主机返回的数据再发送给客户机...导入 SQL 脚本创建项目所需的数据库 项目打包发布 在平常开发的过程中,不同的环境中项目的相关配置也会有相关的不同;在不同的环境中部署就要手动修改为对应环境的配置,这样比较麻烦而且也很容易出错。...接下来就通过 maven 的相关配置来在打包时指定各个环境对应配置文件 修改 ssm_dao 子模块 resources 目录中 创建 filter 文件夹; 创建配置文件 在 ssm_dao 的 src...打包后的文件 使用生产环境的配置文件进行打包 打开 ssm-web 模块下的 war 包会发现其他子模块都已经被打成 jar 包,放到了 lib 文件夹下。
,目的是为了渲染时让合并节点可以找到对应的合并模板进行渲染,经过这样合并节点后,最终生成的 TreeData,如上图序号 4 所示。...当然了这种方案也是有缺点,因为这种方案其实是用空间换性能的方式,生成的合并模板会影响会影响包大小,不过对于一些需要追求性能的页面,这点包大小的增加是值得付出的。...美团民宿跨端复用实践 在跨端复用探索中,我们用创新的方案解决了性能和特性限制的难题,设计了 RN-小程序跨端复用框架。...第二,因为不同的复用组件来自不同的RN模块,它们可能依赖不同版本的第三方库,容易产生版本不一致的质量问题。目前的解决方案是把这些依赖库分别打入各自的包里,这样复用组件间依赖相互独立,互不影响。...再结合 Tree-Sharking 的优化,打入的依赖的真实包大小并不大,用小量的包大小换取更稳健的质量保证。 3.
使用data思路如下:在tree中使用data属性加载数据,后期所有涉及到节点动态添加删除的事,我们统统只去操作data就可以了,这也符合数据驱动视图的思想。...1.在页面加载时,我在mounted方法中就去获取了所有的部门数据,然后直接加载到树上(这种方式比较省事,特别是处理后面动态添加删除时很方便,小伙伴在工作中可以根据实际情况选取合适的策略)。...= resp.data; } }) 2.添加节点时,当服务端添加成功后,会返回刚刚添加的节点的json,通过递归找到这一段json所在的位置,动态假如到树中。...3.删除节点时,当服务端返回删除成功时,一样找到删除节点的位置,动态从树中删除。..., data); } } } 这也是在删除成功后,通过递归找到删除的位置,动态删除数据。
与BootStrap的栅格系统类似,整个屏幕被分为12格。我们可以控制所占的格数来控制宽度: ? 本例中,我们用sm10控制在小屏幕及以上时,显示宽度为10格 v-tree:树组件。...当有treeData属性时,就不会触发url加载 远程请求返回的结果格式: [ { "id": 74, "name": "手机", "parentId...handleDelete 当删除节点时触发,isEdit为true时有效 被删除节点的id handleClick 点击某节点时触发 被点击节点的node对象,包含完整的node信息 完整node...} 5.3.实现功能 5.3.1.url异步请求 给大家的页面中,treeData是假数据,我们删除数据treeData属性,只保留url看看会发生什么: <v-tree url="/item/category...我们<em>在</em>启动类上添加一个扫描<em>包</em>功能: @SpringBootApplication @EnableDiscoveryClient @MapperScan("com.leyou.item.mapper")
树状图 在d3 中,绘制树状图,要用到层级布局这个概念: d3.hierarchy(data[, children]) 根据指定的层次结构数据构造一个根节点。...如果 size 没有指定则返回当前系统树布局的尺寸,默认为 [1, 1]。如果返回的布局尺寸为 null 时则表示实际的尺寸根据 node size 确定。...如果返回的尺寸为 null 则表示使用 layout size 来自动计算节点大小。当指定了节点尺寸时,根节点的位置总是位于 ⟨0, 0⟩。...初始化树状图,也就是传入数据,并得到绘制树基本数据 var treeData = tree(hierarchyData); var nodes = treeData.descendants(); var...links = treeData.links(); 5.
但是样本数如果比较多,比如今天一位公众号的读者留言说他有160多个样本,这样矩形的树状图就会比较宽或者比较长。这个时候就可以选择用圆形的柱形图来展示。 那么圆形的树状图如何实现呢?...R语言包dendextend这个包可以实现,利用help(package="dendextend")查看帮助文档,能够看到其中的一个小例子 iris2<-iris[,-5] species_labels...Y叔开发的ggtree包时用来可视化进化树的,我隐约记得好像也可以用来画聚类分析的树状图。...应该是需要更新到最新的ggtree版本。如何更新R包这里我没有仔细研究。...image.png 接下来我们用鸢尾花的数据集试一下 鸢尾花数据集是150个样本,用圆形的图看下效果 df<-iris[,1:4] rownames(df)<-paste(iris$Species,
treeio这个R语言包里有一个函数drop.tip()可以实现,但是他不是直接挑选出来感兴趣的,而是去掉不感兴趣的。...参考链接:https://yulab-smu.github.io/treedata-book/chapter2.html 简单例子 树文件使用treeio包里带的示例文件sample.nwk nwk<-...两个参数:第一个读进来的数;第二个参数是想要去掉的tips。.../tree_reduced.nex") https://yulab-smu.github.io/treedata-book/chapter2.html 这个链接的介绍里还有画两个进化树面对面,然后相同的...想到的应用场景是在:之前做叶绿体基因组的进化树,会使用不同的数据集,然后比较不同的数据集之间的进化树是否存在差异可以选择使用这种方法来展示。后面如果用到的话再来学习吧,就不记录在这篇文章里了。
R语言里的ggtree这个包可视化进化树有一个默认的顺序,如果想要改变枝的相对位置应该如何实现呢?...通过查找ggtree作者写的帮助文档找到了对应的办法,可以使用rotate()函数 ggtree的帮助文档链接 http://yulab-smu.top/treedata-book/index.html...image.png 我们看到图上标记蓝色的一个分支默认是在最底下的,如果想要把这个分支放到顶上应该如何修改呢?可以直接用ggtree中的rotate()函数。...细心的读者可能发现了,这里在使用rotate()这个函数的时候写法是ggtree::rotate(p1,33),这样是为了使用指定包里的某个函数,因为R语言里的函数很多,有可能会重名,有时候你用到的函数可能并不是想实现功能的那个函数...,所以比较保险的做法还是加上包的命名然后用两个冒号链接函数 还有一个知识点是如果想要这个树的开口朝下(现在是开口朝又),可以加 ggtree(df.hclust)+ geom_tiplab(angle
而在一个小时前,最受关注的 CVPR 2018 最佳论文结果揭晓:来自斯坦福大学和 UC Berkeley 的 Amir R....此外,Tübingen 大学教授 Andreas Geiger 与 FAIR 研究科学家何恺明获得本届大会的 PAMI 年轻学者奖。...介绍完大会数据方面的信息,接下来就是揭晓最佳论文得主了: 最佳论文 CVPR2018 的最佳论文(Best Paper Award)由斯坦福大学和 UC Berkeley 的 Amir R....我们提供了一套计算和探测这种分类结构的工具,包括一个求解器,用户可以用它来为其用例设计有效的监督策略。...model》;PAMI Young Researcher Award 的得主为 Andreas Geiger 与何恺明。
因为公司使用的spring版本太高,在集成swagger的时候会存在一些问题,而网上的很多实例大多都是版本比较低的,为了使朋友们少踩坑,我这边将集成的过程记录一下: 引入spring、swagger的相关...jar包(springfox-swagger2、springfox-swagger-ui),在pom.xml中配置: io.springfox...artifactId> 2.4.0 复制代码 提醒: 特别注意,springfox-swagger2在集成的时候...,已经引入了spring的相关jar,特别是spring-context、spring-context-support的版本和项目中使用的版本完全不一致,项目在启动的时候出现很多包冲突的问题,这边在引入...pom.xml文件的时候过滤掉了spring的相关jar包。
因为公司使用的spring版本太高,在集成swagger的时候会存在一些问题,而网上的很多实例大多都是版本比较低的,为了是朋友们少才坑,我这边将集成的过程记录一下: 1....引入spring、swagger的相关jar包(springfox-swagger2、springfox-swagger-ui),在pom.xml中配置: <groupId...,已经引入了spring的相关jar,特别是spring-context、spring-context-support的版本和项目中使用的版本完全不一致,项目在启动的时候出现很多包冲突的问题,这边在引入...pom.xml文件的时候过滤掉了spring的相关jar包,如绿色标志。...在spring-mvc.xml文件中进行过滤器的配置,过滤掉swagger的相关访问配置: <mvc:exclude-mapping
ggtree是R语言里对进化树进行可视化展示的一个功能非常强大的R包,ggtree的作者还专门写了一本书对ggtree的用法进行了详细的介绍,相关链接是 https://yulab-smu.top/treedata-book...最新版的ggtree还可以接受R语言里层次聚类分析的结果,画聚类树展示结果,非常方便。我之前也录制过视频进行介绍。...读取nwk格式的进化树文件需要用到treeio这个包中的read.newick()函数 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...", node.label = "support") 现在进化树的所有信息都存储在了tree这个变量里 接下来是对进化树进行可视化展示 最基本就是ggtree()函数.../treedata-book/chapter4.html ?
背景介绍 最近小编在阅读文献发现了文献中使用了一些精美的树状图,觉得非常漂亮,随后又去网上学习树状图的画法,顺便还学习了一种有趣的圆形树状图,在这里小编一起分享给大家,并且介绍今天的主角,树状图绘制R包...ggtree是一个功能强大的系统发育树可视化及注释R语言软件包,在Bioconductor中发布,是ggplot2的扩展包。ggtree可以读取多种数据格式的系统发育树,并对其进行注释分析。...ggtree的安装 首先通过bioconductor安装ggtree包(在接下来的绘图展示中,还需要安装其他依赖包,也可以用此命令安装) if (!...为了更便捷的实现这个功能,在这里推荐一个R包aplot,可以重新排列ggplot对象的内部数据,并创建与树正确对齐的复合图。...输入是ggplot图形对象的命名列表(可以是任何类型的图表)。还可以使用ggplotify将其他功能生成的图转换为ggplot对象,然后在geom_inset中使用该对象。
本文简要介绍其实现的R包metricTester Link: https://github.com/eliotmiller/metricTester 安装 1library(devtools) 2install_github...这个包已经被CRAN移除了,需要手动下载本地安装后再装metricTester。...下载地址: https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/spacodiR/ 另外R版本也有影响。我用4.0.2装不上,但是3.6.1可以。 ?...一个最简单的例子 1#构建一个出生率0.1,死亡率0的系统发育树 2tree <- geiger::sim.bdtree(b = 0.1, d = 0, stop = "taxa", n = 50)...一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士,深受拖延症的困扰。想给自己一点压力,争取能够不定期分享学到的生信小技能,亦或看文献过程中的一些笔记与小收获,记录生活中的杂七杂八。
#Tips:如果通过library(ISwR)获取包时显示错误: 找不到对象‘ISwr’,那么你需要安装ISwR包,install.packages(“ISwR”),并且你的R版本要满足3.4.4以后的版本...read.table()读取的结果是一个数据框,所得数据的每一行包含来自一个对象(类似SAS里的观测)的所有数据,以特殊的顺序,用空格或其他的分隔符分开。...当然可以把其他软件或电子表格的数据回退到文本文档,然后在输入到R中使用,然而R是可以直接读入很多种类型的数据的。...> read_csv=read.csv(“F:/read_csv.csv”) R所带的foreign包是我们实现数据交互的重要的包,它包含读取多种格式文档的程序,包括来自SPSS(.SAV格式read.spss...比如说,在电子表格中选中一个矩形区域,复制,然后在R中使用 > read.table(“clipboard”,header=T) 其实最好的方式就是转换成不易出错的table或者csv的形式传输数据。
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