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生物技能树-R语言笔记Day1

第一天很兴奋 心态很重要,提高效率 主要学习了R语言的基础,Rstudio的使用,R语言输出结果,R语言的数据和向量....小洁老师好温柔呀 R语言基础= 数据➕函数 重点不是函数的原理,而是我要使用的数据,数据是什么格式 包,是一个函数的集合,一个工具 Rstudio 集成开发环境,可以让R语言变得更好用的图形界面 如何在...脚本的运行方式: 光标放在哪一行,点Run,逐行运行 光标选中多行,Run运行 #可以为脚本添加注释 3....出现+ 上一句的代码运行不完整 在+后面补全信息即可,或者esc退出(光标要在+后面),一定要处理 7. 出现提示信息 只要没有Error就可以忽略 8....向量 多个数据=向量(列)(需要是同一个类型的数据) 向量的生成 1.将元素放在一起 > c(2,3,4,5) [1] 2 3 4 5 > c("a","b","c","f") [1] "a" "b"

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认识R

认识R 什么是R语言 R是一种编程语言,也是一款软件和一个环境,可在linux、win、mac系统上安装运行。 R可以做什么 R可以进行数据处理,对数据进行统计学分析,以及进行可视化展示。...图片 Rstudio界面介绍 Rstudio可分为4个模块界面; 左上角为“脚本区”,可将R命令输入到此处,也可对脚本进行逐行、多行、整体运行。脚本保存后还可以反复使用。...图片 有些时候我们输入了命令并开始执行,控制台的右上方会出现一个红色的stop标识,这代表着电脑正在运行你的代码,如果长时间没有返回结果,那可以按这个红色按钮将进程停止。...图片 右上角是“环境区”(自称的),其中展示的是在你的R环境中保存着哪些环境数据。比如说给x和y分别赋值了两个向量,在环境区就会展示出这个两个对象(x、y)。...图片 右下角是“多公共区” Files标签页,展示的是工作路径下有哪些文件 Plots标签页,展示的是当绘图时出图的地方(如果不是直接保存成文件的话) Help标签页,展示的是对某个函数的帮助文档。

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    《高效R语言编程》9、10--高效协作和学习

    使用Rstudio风格化代码 Rstudio可自动清理不标准缩进和格式化代码,选中要格式化的代码,“”Ctrl-I“自动缩进。...大括号的封闭部分}应该独立成行}(除非紧跟else,else紧跟其后),大括号的代码应该缩进(Rstudio执行该规则的)。...git checkout -b test #相当于创建一个分支并转入分叉类似分支,但存放在别人机器上,通过git clone可以将该分叉克隆到本地,更易于协作。...pull request是Github的一种机制,可以添加你的代码到已有项目中,PR为别人提供了在合并之前逐行注释代码的机会。 代码审查 考虑以下几个问题: 1、代码正确吗?具有合理的文档?...list(), hessian = FALSE) optimHess(par, fn, gr = NULL, ..., control = list()) example(optim) #会收获三张图和一个代码例子呢

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    生信入门(一)

    > 是命令提示符,存在时才可以和R语言交流 help应用:英文问号+函数名称可以进行函数用法解锁 session(交互式会话),restartR将R重启(快捷键:ctrl+shift+F10),解决R90%...的问题 在R中()前面的英文字母,无论是什么,都是函数,不存在特殊情况 在脚本编辑器中,运行代码1,逐行运行,点击右上角“run”即可...填加注释:加“#” 脚本保存,在脚本编辑器最近的图标 图片 脚本、图片、文件的默认保存位置,也是文件读取的默认位置 工作目录全称working directory简称wd >getwd() #查看当前路径...文件需放在同一级文件夹下,才可运行 图片 “Tab”键自动补齐函数 R里的“warning”忽略,后续恶化再修改(概率很小) 太长时间卡住, 图片 或上文描述的重启 出现“+”说明命令不完整,需要补齐...创建project目的:管理工作目录,打开有两个作用,1.打开Rstudio2,把工作目录设为project所在文件夹下 脚本命名时不要写上中文或特殊符号

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    R沟通|Bookdown中文书稿写作手册(中)

    在bookdown的管理下一本书的内容可以按章节分解成多个Rmd文件, 其中可以包含可执行的R代码, R代码生成的统计汇总结果、表格、图形可以自动插入到生成的内容中, 表格和图形可以是浮动排版的。...一般放置在某个子目录下,并作为一个RStudio项目(project)用RStudio管理。...在bookdown项目中与index.Rmd同级的所有.Rmd文件都自动作为书的一章,其好处是作者可以任意地增删章节,编译整本书时将按照文件名的字典序依次进行。...实际上, 也可以在_output.yml文件中设置一项rmd_files, 列出所有需要作为一章的文件,并以列出次序编译; 在index.Rmd的元数据中也可以指定一些 LATEX 的选项, 例如 fontsize...style.css是自定义的 CSS 显示格式,在gitbook和epub_book中使用; _header.html是插入了一部分个性化的HTML代码,其内容将出现在每个生成的HTML文件的head部分

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    命令行上的数据科学第二版:十、多语言数据科学

    我们在第四章中非常清楚地看到了这一点,在那里我们用 Bash、Python 和 R 创建了命令行工具。此外,我们直接在 CSV 文件上执行 SQL 查询,并从命令行执行 R 表达式。...因为说实话,我们不会把整个数据科学生涯都花在命令行上。对于我来说,当我分析一些数据时,我经常使用 RStudio IDE,当我实现一些东西时,我经常使用 Python。...当您打开 RStudio 时,您将首先看到 console 选项卡: [外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-tTv4XZOm-1680149267982)(null...)] 图 10.2:打开控制台选项卡时的 RStudio IDE “终端”选项卡紧挨着“控制台”选项卡。...pipe()转换也在 PySpark, SparkR, 和 SparklyR 中提供。 如果您想在管道中使用定制的命令行工具,那么您需要确保它存在于集群中的所有节点上(称为执行器)。

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    C++异步从理论到实践总览篇

    但对比其他语言的实现, C++的协程和后续的execution都存在一定的理解和封装成本, 本系列的分享我们将围绕基本的原理, 相应的封装, 以及剥析优秀的第三方实现, 最终结合笔者framework落地的情况来展开..., 除网络和IO和日志等少量模块外, 大部分模块主要还是工作在主线程上的, 所以当时设计的重点也就放在了c++20 coroutine的包装和使用上, 更多的使用coroutine来完善异步的支持....当然, 我们的侧重点主要还是c++异步的调度和处理上, 网络相关的有部分内容可能会简单提到, 但不会进行深入的展开.   ...一般多用于模块的初始化和结束 如tbuspp在kNetworkJob上的初始化和结束....Halo引入新的JobSystem主要是为了将老的Tetris结构的并发模式: 向新的基于Dependency的图状结构迁移: 他使用的JobSystem的业务Api其实很简单, 我们直接来看一下相关的代码

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    干货!机器学习中,如何优化数据性能

    解决办法: 除非必须,在使用DataFrame的部分函数时,考虑将inplace=True。...如果在某些特殊需求下(例如当前行的处理逻辑依赖于上一行的处理结果)并且需要构造新的数组,不能直接写入源数据时。这种情况下,建议提前声明一个足够大的数据块,将自增的逐行添加改为逐行赋值。...实际上这个警告是在提醒开发者,你的代码可能没按你的预期运行,需要检查——很多时候可能产生难以调试发现的错误。...解决办法:上图中的警告建议,当你想修改原始数据时,使用loc来确保赋值操作被在原始数据上执行,这种写法对开发人员是无歧义的(开发人员往往会误认为链式赋值修改的依然是源数据)。...总结 1.可以直接修改源数据就修改源数据,避免不必要的拷贝 2.使用条件索引替代逐行遍历 3.构造数据块替代逐行添加 4.想修改源数据时使用data.loc[row_index, col_index]

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    「R」Shiny 教程笔记

    整理之前在知识星球打卡汇总的 Shiny 笔记,作为速学、速查使用和分享。 基于 https://shiny.rstudio.com/tutorial/ 视频而非文字教程写的笔记。...需要注意⚠️的是,当多个输入在同一个代码块中时,修改一个参数会更新全部的参数,在一般情况下没有问题,但如果涉及随机数就会影响整个结果。...例如讲解视频中的例子,当修改图标题时,代码重新运行,而数据来自随机函数,随机函数被重新执行,最终效果是不仅仅图标题改变了,生成的数据也发生了改变。 ? ? ? ? ?...p10:使用 reactive 表达式模块化 Shiny 回顾上一部分的学习中,当多处使用同一随机数据时,不同地方的数据将变得不一致。...除了 observeEvent(), observe 也可以用来进行触发,它更加底层,只需要输入一个表达式,表达式内部的响应值都将被监测,当有任何值改变时,整个表达式将重新执行。 ?

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    什么是sparklyr

    [320ghku1ob.png] 在过去的几年里,我们总是在听说大家需要一个连接Spark的源生的dplyr(https://github.com/tidyverse/dplyr)接口,于是我们开发创建了一个...(注意你可能需要安装nycflights13和Lahman包才能运行这些代码。)...函数与你在使用R的data frames时是一样的,但如果使用的是sparklyr,它们其实是被推到远端的Spark集群里执行的。...dplyr代码依旧是用来准备数据,当我们将数据分为test和training后,我们调用h2o.glm而不是ml_linear_regression。...挚友不肯放,数据玩的花! 温馨提示:要看高清无码套图,请使用手机打开并单击图片放大查看。 ---- 推荐关注Hadoop实操,第一时间,分享更多Hadoop干货,欢迎转发和分享。

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    2023-10月的马拉松在线互动授课答疑精选

    10【课前准备】因为我的电脑内存比较小,所以我是在服务器上跑R,是4.1版本,里面有一些之前的数据和安装的很多的R包。...11【课程形式】回看的话,是不是得用电脑版的钉钉? 都可以呢,建议电脑和手机都有 12【R】这个大家打得开嘛 Rdata是可以使用代码来load读入环境里,在Rstudio里打开。...19【mac与R】我在mac上按照公告下载了R和R studio,并且在桌面上新建了R_02的文件夹,文件夹里包含R_02.Rproj,和一些csv文件。...21【R】Global (CDN) - RStudio这个下载源它会默认用国内的镜像站作为下载源吗 不会,用上课讲的方法设置镜像。...23【R绘图】我今天尝试在课件中的堆叠条形图代码的基础上增加黑色边框,其中与黑色边框设置的代码如图,但是运行后得到的边框始终是红色,未见报错,想问一下原因和解决办法 根据数据变化的参数放在aes里,这个

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    c++反射深入浅出 - 基于反射的Lua中间层实现

    template在c++98尚未支持, 我们会发现大量的从0个参数到N个参数展开的模板代码, 导致他们函数类型统一部分的实现非常复杂, 但实际上只是做了函数类型统一这一件事件....= math3d.Vecto3() 接下来我们看一下具体的创建代码, lua c api相关的代码, 整体实现配合注释比较好理解, 这里不逐行展开了....机制将一些额外的参数带入对应的c++函数中, 这样在调用发生时, 就能够很简单的通过up value取到注册时附加上去的值了, 如上面代码中的MetaClass指针, class table本身, 我们都通过这种方式带入了对应的...当然, 这也是得益于c++反射底层打底, bridge的重点落在了了机制串接和lua/c++交互上, 对应代码的理解复杂度直线下降, 定制性和可维护性也高了非常多....因为跨语言边界处理的代码都非常集中, 所以接入其他第三方的profiler也相对容易, 这里直接上最后的效果图了: FramePro本身提供了多种模式, 比如在Server端, 我们一般是将Profiler

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    850K甲基化芯片数据的分析

    我之前分析时是参考ChAMP包的源文档,非常详细的整个流程的介绍,但是,在笔记快整理完时突然发现作者的博客也写过一篇介绍的文章,博客里写的不像源文档很官方,这里面有很多作者很直白的解释和补充,还有作者一些很深刻的思考...所以最好配置高一点,或者在服务器上下载安装R和Rstudio(这里最好安装Rstudio, 因为ChAMP包中有很多的GUI图形功能,Rstudio可以更好实现,或者含有X11功能的linux系统)。...软件的安装: R和Rstudio 的本地安装很简单,直接到官网下载,只要注意安装时的路径不要有中文,Rstudio安装前要先安装R。...csv文件准备好后,将csv文件与所有样本的芯片数据(即IDAT文件)放在一个文件下,然后就可以正常读入了。 ?...Step 4: 质控和标准化 CpG overview: 质控前可以先看看CpG的分布,包括在染色体上的分布;CpG岛附近的 open sea, shelf,shore (参考图2,理解具体意思) ;

    4.2K120

    c++反射深入浅出 - 4.基于反射的Lua中间层实现

    template在c++98尚未支持, 我们会发现大量的从0个参数到N个参数展开的模板代码, 导致他们函数类型统一部分的实现非常复杂, 但实际上只是做了函数类型统一这一件事件....= math3d.Vecto3() 接下来我们看一下具体的创建代码, lua c api相关的代码, 整体实现配合注释比较好理解, 这里不逐行展开了....机制将一些额外的参数带入对应的c++函数中, 这样在调用发生时, 就能够很简单的通过up value取到注册时附加上去的值了, 如上面代码中的MetaClass指针, class table本身, 我们都通过这种方式带入了对应的...当然, 这也是得益于c++反射底层打底, bridge的重点落在了了机制串接和lua/c++交互上, 对应代码的理解复杂度直线下降, 定制性和可维护性也高了非常多....因为跨语言边界处理的代码都非常集中, 所以接入其他第三方的profiler也相对容易, 这里直接上最后的效果图了: FramePro本身提供了多种模式, 比如在Server端, 我们一般是将Profiler

    1.1K10

    C++20 Coroutine实例教学

    而yield时候的返回值, 和resume时的传入值, 就变成了我们与一个既定协程交换数据的手段了(配图)....结合代码片段理解C++协程 网上讲c++协程关键字和相关类型的文章比较多, 此处不做搬运了, 在文章参考处也会给出一些笔者觉得写得比较好的文章的链接供大家参考....我们主要通过一个代码片断来理解任务管理器部分重点使用的co_awiat的运行机制和co_return的运行机制....2.2.3 理解coroutine_handle 上一节说到Promise对象的作用是“从内部控制协程, 将异常和结果传递给业务系统“, 那么相对应的, coroutine_handle其实就是外部系统对协程生命周期进行控制的对象...业务向实例 4.1 一个Python实现的技能示例 我们以一个原来在python中利用包装的协程调度器实现的技能系统为例, 先来看看相关的实现效果和核心代码。

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    R初探

    总览图 ? Tab自动补全 ? 对了去路径把快捷方式设置一下 ? ? ? 我突然发现这个,是基于前端技术的IDE吗? ? 括号自动补全后面,tab跳不出括号难受....单击一下tab是匹配?...写了两个变量,运行.缓存到右上的变量区 ? 小技巧:想要清除Console上的内容,可按Ctrl + L快捷键或者在Console输入cat('\f')。 你也可通过Source区执行代码。...拿刚才保存下的test.R文件来举例(看下图):将光标放在第一行,点Run键将执行这行代码,然后光标自动会跳至第二行;重复上面步骤,你将逐行执行文件中的代码。...注意:光标不要求在行前或行末,可放在一行中的任意位置。 ? 历史操作 ? 变量区的操作 ? getwb()查看当前位置 ? 更新位置 ? 包管理 ? 我再R原生环境更新了一下 ?...help,学习的好地方 ? ? 切换版本 ? 包安装缓慢,自己换个镜像源 今天太晚了,明天继续写

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    r软件的下载与安装_R语言怎么安装

    可以在开始菜单看到安装好的RStudio和R软件。...最后一步是设置系统环境变量: 四、R使用教程 图 2 R主界面 图 3 R中执行一个简单程序 五、RStudio使用教程 图 6 RStudio主界面 Source...Source——主要负责代码的撰写。 刚启动时,可能会看不到这个区。可点击左上角的【File】→【New File】→【R Script】将Source区打开,如下图。...上面步骤将新建一个名为“Untitled1”的R代码文件(后缀名默认为.R)。你可在文件内撰写代码,然后可按快捷键Ctrl + S(或点击下图红圈里面的按钮)保存文件。...RStudio一些其它小技巧: 切换不同R版本 R允许多个版本共存,比如我在电脑上同时安装了3个版本(如下图)。通过RStudio可以很方便在各个R版本间进行切换。

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    将R与Cloudera Impala集成,以实现Hadoop上的实时查询

    介绍 Cloudera Impala支持Hadoop数据集上的低延迟交互式查询,这些数据集可以存储在Hadoop分布式文件系统(HDFS)或Hadoop的分布式NoSQL数据库HBase中。...由于通用的Impala ODBC驱动程序,R也可以与Impala集成。该解决方案将提供在Hadoop数据集上运行的快速交互式查询,然后可以在R内进一步处理或使数据可视化。...我们将演示他们如何使用股票价格信息一起工作。您可以从http://finance.yahoo.com(股票代码:GOOG)下载Google股票价格。...为了在R上运行相同的Impala SELECT语句,我们需要从R执行以下命令: $ R > library("RODBC"); > conn <- odbcConnect("Impala") > result...并执行与我们在命令行工具中相同的R命令,请参见下图。

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