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GEO二代测序表达数据下载数据库

在GEO公共数据检索的时候,发现有一个数据集想要分析,但是发现是二代测序的数据,没有相关的原始数据处理经验,要怎么办呢?...通过分析,最终把原始的fastq的数据转换为了表格数据。这样我们就可以使用了。 数据库的使用很简单,我们只需要在数据检索的地方检索想要查看的数据集就行。...这个呢,如果我们在检索的时候只是检索的是GSE数据集,同时只是相对这个数据集进行简单的常用的数据分析的话(差异表达呀、富集分析呀这种的),那我们可以通过这个数据库链接的另外一个软件来进行分析。...对于这么大的数据,数据库默认的提供的是一整个R语言格式的矩阵文件。...如果没有很大型的储存装备的话,建议还是说可以从count入手,寻找自己想要的数据集,然后找到了想要分析了,可以自己再转tpm即可。

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ABBYY FineReader2022PDF功能介绍

ABBYY FineReader PDF功能介绍 优化文档处理流程 在一个工作流程中对各种文档进行数字化、检索、 编辑、加密、共享和协作。...加密和签署PDF 在共享和存储PDF文件时可降低安全风险。应用并验证数字签名、遮盖敏感信息、删除隐藏数据并控制对PDF的访问。...创建和转换PDF至Excel, PDF至Word 将文件统一转换为 PDF 格式并运用此格式的优势真正实现数字化目标。...将任何格式或纸质文件转换为符合 ISO 规范的可搜索的 PDF, 或将 PDF 转换为 Microsoft® Word、Excel® 和其他15种格式,在编辑和重复使用这些文件时可获得充分的灵活性。...使用OCR对文档和扫描件进行数字化处理数字化和转换 将纸质文档及扫描件数字化处理实现了办工场所的数字化,可以更方便地保存以及快速、可靠地检索文件,也更方便在短期内 反复使用和编辑文件。

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    如何使用向量数据库解决复杂问题

    这些形式的数据很难适配传统SQL风格的数据库,简单的搜索引擎也可能无法发现它们。为了组织和搜索这些类型的数据,需要将数据转换为计算机可以处理的格式。...向量的力量好在机器学习模型允许创建文本、音频、图像和其他形式的复杂数据数字表示。这些数字表示或向量嵌入旨在使语义相似的项目映射到附近的表示。...同样,图像或音频文件也可以转换为向量,使人们能够根据向量的接近程度(或数学相似性)搜索匹配项。如今,将数据转换为向量可比几年前简单多了,而这要归功于一些可用的向量转换器模型。...向量数据库可以定义为一种工具,它用于索引和存储向量嵌入,以实现快速检索和相似性搜索,并具有元数据过滤和水平缩放等功能。向量嵌入或者前面提到的向量是指数据对象的数字表示。...在对整个数据集进行近似最近邻(ANN)搜索后,后过滤会缩小结果。而后过滤利用近似最近邻(ANN)算法的速度,但可能无法返回足够的结果。

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    【重学 MySQL】三十六、MySQL 其他函数

    这对于在应用程序中显示货币值或需要特定格式的数字时非常有用。例如,FORMAT(12345.678, 2) 将返回 '12,345.68'。...INET_ATON(ipvalue) 这个函数将点分十进制的IP地址转换成一个数字,这对于在数据库中存储和比较IP地址很有用。转换后的数字是一个无符号整数,表示IP地址的数值形式。...例如,INET_ATON('192.168.1.1') 将返回一个整数,代表该IP地址,规则就是256进制转十进制 INET_NTOA(value) 与INET_ATON相反,INET_NTOA将数值形式的...这对于将存储在数据库中的数字形式的IP地址转换回人类可读的形式很有用。 BENCHMARK(n,expr) BENCHMARK函数用于评估MySQL处理某个表达式expr的速度。...例如,CONVERT('こんにちは' USING utf8mb4) 将字符串从当前字符集转换为utf8mb4编码(如果当前字符集不是utf8mb4的话)。

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    (二)中文文本分类--机器学习算法原理与编程实践 - 简书

    权重策略--TF-IDF方法:使用TF-IDF发现特征词,并抽取为反映文档主题的特征 5)分类器:使用算法训练分类器 6)评价分类结果:分类器的测试结果分析 2.2.1 文本预处理: 文本处理的核心任务:将非结构化的文本转换为结构化的形式...(文件名:train_corpus_small) 测试集语料:待分类的文本语料(本项目的测试语料随机选自训练语料)(文件名:test_corpus) 3,文本格式转换:统一转换为纯文本格式。...代码见文件 2.2.5 权重策略:TF-IDF方法 1,词向量空间模型:将文本中的词转换为数字,整个文本集转换为维度相等的词向量矩阵(简单理解,抽取出不重复的每个词,以词出现的次数表示文本) 2,归一化...(不同点:在训练词向量模型时,需加载训练集词袋,将测试集生成的词向量映射到训练集词袋的词典中,生成向量空间模型。)代码见文件。...,是衡量检索系统的查全率 召回率=系统检索到的相关文件/系统所有相关的文档总数 (2)准确率(精度):检索出的相关文档数与检索出的文档总数的比率 准确率=系统检索到的相关文件/系统所有检索到的文件总数

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    Prompt提示工程上手指南:基础原理及实践(四)-检索增强生成(RAG)策略下的Prompt

    数据清洗需要转换为Embedding Model可以消化的格式,我们面对的知识源可能包括多种格式,如Word文档、TXT文件、CSV数据表、Excel表格,甚至是PDF文件、图片和视频等,都得转换为大语言模型可理解的纯文本数据...当接收到一个用户查询(如一个问题或关键词)时,RAG框架首先将这个查询转换为向量形式。这一步通常通过预训练的语言模型(如BERT、GPT等)完成,以确保查询向量能够有效地捕捉查询的语义。...全文检索:全文检索是一种比较经典的检索方式,在数据存入时,通过关键词构建倒排索引;在检索时,通过关键词进行全文检索,找到对应的记录。...样本进行微调时,这三个数据集的精度都有多个百分点的提高。...蓝色是针对zero-shot推理进行微调时的情况,绿色是针对检索增强提示进行微调时的情况(带有来自训练集的检索增强示例)。

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    架构师的AIML数据湖参考架构指南

    可以放入内存的训练集可以在训练之前加载(在 epoch 循环开始之前)。但是,如果训练集很大且无法放入内存,则必须在训练之前加载对象列表,并在 epoch 循环中处理每个批次时检索实际对象。...另一个选择是将这些文件加载到数据仓库中,其他工作负载可以在其中使用它们。当数据加载到数据仓库中时,你可以使用 零拷贝分支来执行实验。...这对你用于生成式 AI 的数据基础设施提出了额外要求,其中单词必须转换为数字(或向量,我们稍后会看到)。...这种增强可以是检索增强生成或 LLM 微调的形式。 本节将讨论所有这些技术(将单词转换为数字、RAG 和微调)及其对 AI 数据基础设施的影响。...让我们来看看一种在推理时将您的自定义数据和参数数据相结合的技术。 检索增强生成 (RAG) 检索增强生成 (RAG) 是一种从所问问题开始的技术。

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    MySQL Shell转储和加载第2部分:基准测试

    为了使数字更有意义,我使用了一些在线提供的真实的生产数据集:stackoverflow.com,en.wikipedia.org,准时飞行数据以及这3种数据的组合。...mysqlpump可以在多个线程中转储数据,但仅限于表级别。如果有一个很大的表,它将仅使用1个线程转储。 mysqlpump生成一个类似于的SQL文件,并且加载数据是单线程的。... \ > 加载: $ lz4cat | mysql mydumper mydumper能够并行转储数据,并且在使用--rows选项时还可以并行转储单个表...不要在生产系统上禁用重做日志记录,禁用重做日志记录时 服务器意外停止可能/将导致数据丢失和实例损坏。 ?...MySQL Shell能够在加载数据后(带有deferTableIndexes选项)创建二级索引,但事实上,加载后添加索引会使数据集的整个过程变慢,因此通常不是最佳选择。

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    降低数据大小的四大绝招。

    ,还有购买金额等信息),金融数据存储(大量的标的,价格等),我们不可避免的都会碰到数据过大的问题,如果对这类数据进行处理显得直观重要,本文我们介绍碰到大数据时,我们采用的四种策略。...我们可以将此转换为仅使用4字节或8字节的int32或int64。典型的技巧如获取十六进制字符串的最后16个字母,然后将该base16数字转换为base10并另存为int64。 2....数值特征,从8 bytes降低为2 bytes 对于一些将float64转化为float32而不损失信息的字段可以直接转化,还有很多字段可以直接从float64转化为float16,这样就可以转化为2个...02 选择存储文件形式 通过数值类型转化策略转化之后,我们需要将文件保存到磁盘。而这个时候有两个重要属性: 压缩比; 一些文件格式(如Feather、Parquet和Pickle)会压缩数据。...03 多文件存储与否 这个对于数据大小影响不大,如果一次处理整个训练和测试数据集有困难,那么我们可以考虑分块处理,并将数据作为单独的文件保存到磁盘。如果可以一起存储处理,则直接单个文件即可。

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    一篇帮你彻底弄懂NodeJs中的Buffer

    为了能够存储和表示这些数据,计算机需要将数据转换为二进制形式。比如,要存储数字12,计算机需要将12转化为二进制1100 计算机怎么知道要如何去转换?这就完全是一个数学问题了。...为了将数据存储为二进制形式,无论任何类型的数据都会先被转换为数字,然后将数字转为二进制形式。所以为了表示”L“,计算机首先将L转换为数字表示,我们看下怎么做到这一点。...数字76?这就是字母L的数字编码。但是计算机怎么知道具体哪个数字代表那个字母呢? 字符集 字符集就是定义数字所代表的字符的一个规则表,同样定义了怎样用二进制存储和表示。...因此,76在计算机中的存储形式应该是01001100。 这就是计算机将字符存储成二进制的方式。...当然,计算机也有一些特殊规则,将图片、视频等存储为二进制的,总之,计算机会将无论图片、视频或其他数据都转换为二进制并存储,这就是我们说的二进制数据。

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    JavaScript技术入门

    全局方法 String() 可以将其它类型的变量转换为字符串。String(123) // 将数字 123 转换为字符串并返回将其它类型变量的 方法toString()也是有同样的效果。...(123).toString()全局方法 Number() 可以将字符串转换为数字。空字符串转换为 0。其他的字符串会转换为 NaN (不是个数字)。...parseFloat()和parseInt(),如parseInt("10")全局方法 Number() 可将布尔值和日期转换为数字。Operator + 可用于将变量转换为数字。...var y = "5"; //stringvar x = + y; //number当 JavaScript 尝试操作一个 "错误" 的数据类型时,会自动转换为 "正确" 的数据类型。...Babel是一个广泛使用的ES6转码器,可以将ES6代码转为ES5代码,从而在现有环境执行。大家可以选择自己习惯的工具来使用使用Babel,具体过程可直接在Babel官网查看。

    1.2K51

    倒排索引

    其次大量用到的是对数字的压缩,数字只保存与上一个值的差值(这样可以减小数字的长度,进而减少保存该数字需要的字节数)。...假设要查询单词 “live”,lucene先对词典二元查找、找到该词,通过指向频率文件的指针读出所有文章号,然后返回结果。词典通常非常小,因而,整个过程的时间是毫秒级的。   ...然而,用户在进行检索时,都是输入关键字进行查询,如果使用这种索引结构,在查询某一关键字时往往需要遍历所有的索引,当索引量非常大时,效率会成为一个很大的问题。...因为在日常的检索中,通常都是按照关键字进行搜索的,所以,倒排索引可以更好地适合这种检索机制的需要。...它是文档检索系统中最常用的数据结构。 有两种不同的反向索引形式: 一条记录的水平反向索引(或者反向档案索引)包含每个引用单词的文档的列表。

    1.5K31

    掌握C#技能:PDF转图片轻松搞定

    一、类库介绍Free Spire.PDF for .NET作为一个独立的免费PDF优秀类库,使用它不需要在系统上安装 Adobe Acrobat 或任何其他第三方软件/库,可以在.NET应用程序中实现pdf...转换为图像,当然也可以支持把其他文档格式的文件转换为pdf文件。...二、功能介绍转换功能:支持pdf转换为图像、也支持文档转换为pdf安全功能:通过设置密码和数字签名保护 PDF 文档、 解密 PDF 文档、 获取并验证数字签名、 修改 PDF 密码pdf文档处理:合并...、HTML ASPX 转换为 PDF• 将图像(Jpeg、Jpg、Png、Bmp、Tiff、Gif、EMF、Ico)转换为 PDF• 将文本转换为 PDF• 将 RTF 转换为 PDF• 将 PDF 转换为图像四...、实战案例2.1 直接nuget搜索安装打开Nuget管理界面,输入 “FreeSpire.PDF” 进行检索,检索结果第一项就是需要安装的类库,大家根据自己的Net版本选择相应的类库版本。

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    PDF转Word彻底告别收费时代,这个OCR开源项目要逆天!

    1.导读 随着企业数字化进程不断加速,PDF转Word的功能、纸质文本的电子化存储、文件复原与二次编辑、信息检索等应用都有着强烈的企业需求。...图4 SLANet模型结构图 可视化结果如下,左为输入图像[1],右为识别的HTML表格结果 图5 可视化结果 在PubtabNet英文表格识别数据集上,和其他方法对比如下。...图6 关键信息抽取流程图 图7 语义实体识别与关系抽取效果图[2] 在XFUND数据集上,与其他方法的效果对比如下所示。...应用程序 飞桨社区开发者吴泓晋(GitHubID:whjdark)基于最新发布的PP-StructureV2智能文档分析系统,开发了一款PDF转Word小工具,导入PDF文件可一键转换为可编辑Word,...图8 PDF文件转Word文件操作流程演示 软件的使用十分简单,下载后解压exe文件,打开图片或PDF文件,点击转换后可对图片型PDF文件进行OCR识别得到Word文件,或者通过PDF解析功能直接获得转换后的

    6.3K10

    数据库相关知识总结

    在添加或更改这些表中的数据时,视图将返回改变过的数据 视图用CREATE VIEW语句来创建。 使用SHOW CREATE VIEW viewname;来查看创建视图的语句。...FETCH指定检索什么数据(所需的列),检索出来的数据存储在什么地方。...在不指定用户名时,SET PASSWORD更新当前登录用户的口令。 数据库备份 使用命令行实用程序mysqldump转储所有数据库内容到某个外部文件。...在进行常规备份前这个实用程序应该正常运行,以便能正确地备份转储文件。 可用命令行实用程序mysqlhotcopy从一个数据库复制所有数据(并非所有数据库引擎都支持这个实用程序)。...可以使用MySQL的BACKUP TABLE或SELECT INTO OUTFILE转储所有数据到某个外部文件。这两条语句都接受将要创建的系统文件名,此系统文件必须不存在,否则会出错。

    3.3K10

    matlab复杂数据类型(二)

    1 表 table是一种适用于以下数据的数据类型:即以列的形式存储在文本文件或电子表格中的列向数据或者表格式数据。表由若干行向变量和若干列向变量组成。...可以使用table数据类型来将混合类型的数据和元数据属性(例如变量名称、行名称、说明和变量单位)收集到单个容器中。表适用于列向数据或表格数据,这些数据通常以列形式存储于文本文件或电子表格中。...str2num:将字符数组转换为数值数组 native2unicode:将数值字节转换为Unicode 字符表示形式 unicode2native:将 Unicode 字符表示形式转换为数值字节 base2dec...:将以 N 为基数表示数字的文本转换为十进制数字 bin2dec:将用文本表示的二进制数字转换为十进制数字 dec2base :将十进制数字转换为以 N 为基数的数字的字符向量 dec2bin:将十进制数字转换为表示二进制数字的字符向量...dec2hex:将十进制数字转换为表示十六进制数字的字符向量 hex2dec:将十六进制数字的文本表示形式转换为十进制数字 hex2num:将IEEE十六进制字符串转换为双精度数字 num2hex:将单精度和双精度值转换成

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    特征工程(二) :文本数据的展开、过滤和分块

    但是这两个词在该段落中被重复提到,并且它们在这里的计数比诸如"hello"之类的随机词更高。对于此类简单的文档分类任务,字数统计通常比较适用。它也可用于信息检索,其目标是检索与输入文本相关的文档集。...实际上,它有助于将基于频率的过滤与停用词列表结合起来。还有一个棘手的问题,即何处放置截止点。 不幸的是这里没有统一的答案。在大多数情况下截断还需手动确定,并且在数据集改变时可能需要重新检查。...由于在计算整个语料库之前不会知道哪些词很少,因此需要收集垃圾桶功能作为后处理步骤。 由于本书是关于特征工程的,因此我们将重点放在特征上。但稀有概念也适用于数据点。...如果文本文档很短,那么它可能不包含有用的信息,并且在训练模型时不应使用该信息。 应用此规则时必须谨慎。维基百科转储包含许多不完整的存根,可能安全过滤。...如何将字符串转换为一系列的单词?这涉及解析和标记化的任务,我们将在下面讨论。 解析和分词 当字符串包含的不仅仅是纯文本时,解析是必要的。

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    ExecuteSQL

    描述: 该处理器执行SQL语句,返回avro格式数据。处理器使用流式处理,因此支持任意大的结果集。处理器可以使用标准调度方法将此处理器调度为在计时器或cron表达式上运行,也可以由传入的流文件触发。...支持表达式语言 Max Rows Per Flow File 0 单个流文件中包含的最大结果行数。这意味着允许将非常大的结果集分解为多个流文件。如果指定的值为零,则在单个流文件中返回所有行。...对于大型结果集,这可能导致在处理器执行结束时传输大量流文件。如果设置了此属性,那么当指定数量的流文件准备好传输时,将提交会话,从而将流文件释放到下游关系。注意:片段。...对于大型结果集,这可能导致在处理器执行结束时传输大量流文件。如果设置了此属性,那么当指定数量的流文件准备好传输时,将提交会话,从而将流文件释放到下游关系。注意:片段。...这些来源数据的类型在avro中就无法直接映射类型;这里提供了两种解决方法,第一种是上述类型统一转成字符串类型,具体值不变;另一种是转换成avro Logical Types,但数据值会变动转换。

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