在来自FASTA文件的DNA序列中查找DNA子序列的序列in - 腾讯云开发者社区

将DNA序列看作是只包含['A', 'C', 'G', 'T']4个字符的字符串，给一个DNA字符串，找到所有长度为10的且出现超过1次的子串。...序列进行整数编码: [‘A’, ‘C’, ‘G’, ‘T’]4个字符分别用[0, 1, 2, 3](二进制形式(00, 01, 10, 11)所表示，故长度为10的DNA序列可以用20个比特位的整数所表示...1.设置全局整数哈希int g_hash_map[1048576]; 1048576 = 2^20，表示所有的长度为10的 DNA序列。...3.从DNA的第11个字符开始，按顺序遍历各个字符，遇到1个字符即将key右移2位 (去掉最低位)，并且将新的DNA字符s[i]转换为整数后，或运算最高位(第19 、20位)，g_hash_map[key...4.遍历哈希表g_hash_map，若g_hash_map[i] > 1，将i从低到高位转换为10个字符的DNA 序列，push至结果数组。

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重复的DNA序列

invite_code=2m9fugqbfukg8 所有 DNA 由一系列缩写为 A，C，G 和 T 的核苷酸组成，例如：“ACGAATTCCG”。...在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超多一次的10个字母长的序列（子串）。...方法返回true和false来判断子串是否出现超多一次，但是字符串保存的空间消耗大。...复习一下位运算中的按位与或非按位或规则： 1｜1=1 1｜0=1 0｜1=1 0｜0=0 按位与规则： 1&1=1 1&0=0 0&1=0 0&0=0 非运算规则： ~1=0 ~0=1 再复习一下十六进制...class Solution { public List findRepeatedDnaSequences(String s) { //ACGT的SCII码的二进制表示

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基于扩散模型的DNA序列设计

今天为大家介绍的是来自Guy-Bart Stan和Yiren Zhao团队的一篇论文。虽然生成对抗网络（GANs）在DNA生成领域得到了广泛关注，但它们常常面临样本多样性有限和模式崩溃的问题。...随着这些工作产生的数据量增加，深度生成模型在合成DNA序列生成的新领域中展现出巨大潜力。生成对抗网络（GANs）在合成DNA序列的生成中是一种流行的选择，已有多项研究证明它的功效。...在此项工作中，作者提出了一种用于离散数据生成的潜在扩散模型，并将其应用于DNA序列生成。...模型的架构及详细信息见图1，2。实验部分图 3 图 4 基序分布：为了评估生成样本的质量，作者使用DiscDiff生成了50,000个哺乳动物和植物物种的DNA序列。它们的基序分布在图3中展示。...图表显示了真实DNA序列和作者生成的启动子中TATA盒分布之间的一致性。此外，图4展示了训练过程中基序分布的演变。

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使用R获取DNA的反向互补序列

其实获取DNA的反向互补序列这个事情本身并不是很难。有很多网页工具都能够实现，我随便在网上搜了一下就找到3个。我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题，帮助大家理解R。...我们还是用上次的DNA序列来举例 DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA' 如果大家只是想解决这个问题，可以使用下面提到的三个网页工具 1.https://www.bioinformatics.org...将你的序列贴进对话框，点击Do the Job!...(to)=from #字符串拆分成字符串向量 sep_DNA=unlist(strsplit(DNA,"")) #获取互补序列 complementary_DNA=to[sep_DNA] #获取反向序列...,collapse = "") #输出反向互补序列 rev_complementary_DNA 2.使用mgsub包中的mgsub函数 #安装mgsub和stringi BiocManager::install

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DNA序列编码中Hairpin的定义和计算

式中s为茎长,Smin为设定的最小茎长。r为环长，Rmin为设定的最小环长,L表示DNA序列长度。...bp(x,y)函数表示DNA序列中x和y位置的碱基相互互补的个数，如果相互互补即为1，否则记为0. s表示遍历茎区可能长度，其中茎区最小长度为人为设定的Smin ，而茎区最大长度是当环区长度取得最小值...Rmin时的茎区长度(l-Rmin)/2 r表示遍历环区可能长度，其中环区最小长度为人为设定的Rmin ，而环区最大长度是当茎区长度取得最小值Smin时的环区长度l-2*Smin i表示DNA序列起始处的索引...==但是 == [3]定义在S.Y.Shin于2008年发表的[3]文章中，提出了如下定义: ?...==[3] 定义与 [ * ]定义差别在于 [3] 定义中茎区匹配索引比 [ * ] 中均索引大1.== [4]定义在S.Y.Shin于2002年发表的[4]文章中，提出了如下定义: ?

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Leetcode No.187 重复的DNA序列（滑动窗口）

一、题目描述所有 DNA 都由一系列缩写为 'A'，'C'，'G' 和 'T' 的核苷酸组成，例如："ACGAATTCCG"。在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。...编写一个函数来找出所有目标子串，目标子串的长度为 10，且在 DNA 字符串 s 中出现次数超过一次。...L 的滑动窗口。...检查滑动窗口中的序列是否在 HashMap中。如果是，则找到了重复的序列，将序列假如到HashSet中。否则，将序列添加到 HashMap中。...在执行的循环中，有N−L+1 个长度为 L 的子字符串，这会导致 O((N−L)L) 时间复杂性。

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LeetCode刷题实战187：重复的DNA序列

今天和大家聊的问题叫做重复的DNA序列，我们先来看题面： https://leetcode-cn.com/problems/reverse-words-in-a-string-ii/ All DNA...题意所有 DNA 都由一系列缩写为 'A'，'C'，'G' 和 'T' 的核苷酸组成，例如："ACGAATTCCG"。在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。...编写一个函数来找出所有目标子串，目标子串的长度为 10，且在 DNA 字符串 s 中出现次数超过一次。...AAAAAAAAAAAAA" 输出：["AAAAAAAAAA"] 提示： 0 <= s.length <= 105 s[i] 为 'A'、'C'、'G' 或 'T' 解题思路分析：利用map标记各个长度为10的子串出现的次数...findRepeatedDnaSequences(string s) { vector result; unordered_map myMap;//用于关联各个长度为10的子串出现的次数

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DNA与蛋白质的序列比对原理

序列比对当研究一条DNA或蛋白质序列时，主要关注的是其包含的遗传信息；当研究两条或多条DNA或蛋白质序列时，则主要关注不同序列之间的差别与联系。...在生物信息学中，对生物大分子的序列比对是非常基本的工作。目前关于进化的基本思想就是生物结构由简单到复杂，物种由少到多。...在生命进化过程中，DNA可能会经历突变（碱基替换）、插入、缺失等变化，使得不同物种的DNA序列同时具有相似性与差异性。...序列比对多基于动态规划算法（dynamic programming algorithm），揭示序列中的保守和非保守区域，分析序列的进化趋势。...相似性得分是一定计分规则下两条序列对应字符的函数，一般相同字符（也即碱基或氨基酸）越多得分越高，如下所示：但是在进化过程中，除了碱基替换，还有插入、缺失、复制等，因此相似性描述序列的主要思想是通过在序列中插入空格

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Day12-字符串-重复的DNA序列

二来吧上题吧 Q：将DNA序列看作是只包含【'A', 'C', 'G', 'T'】4个字符的字符串。现有一个这样的字符串，找到所有长度为10且出现次数超过1的子串。...我的解法，这样处理逻辑：建立一个的哈希map: word_map 遍历字符串，取，从当前下标开始，长度为10的子串，赋为临时变量word 若当前子串word出现在哈希...map中，则累加次数，若没出现过，将次数初始化为1 遍历完字符串后，再从word_map中取出单词，即key，添加进最后的字符串数组中即从头遍历一遍字符串，时间复杂度O（N），也还行...= word_map.end()){//如果单词word在哈希map中出现了 word_map[word] += 1;//累加出现次数 } else{...word_map[word] = 1; } } //for循环结束后，已遍历完字符串，接下来统计哈希map中出现次数大于1的子串 map

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【leetcode刷题】T56-重复的DNA序列

【题目】所有 DNA 由一系列缩写为 A，C，G 和 T 的核苷酸组成，例如：“ACGAATTCCG”。在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。...编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超多一次的10个字母长的序列（子串）。...示例: 输入: s = "AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT" 输出: ["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA"] 【思路】对长度为10的子字符串进行计数...，选择计数大于1的字符串。...s.size()-9; i++){ str = s.substr(i, ); d[str]++; } // 出现次数大于1的子字符串

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重复的DNA序列（哈希位运算）

题目所有 DNA 都由一系列缩写为 A，C，G 和 T 的核苷酸组成，例如：“ACGAATTCCG”。在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。...编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超过一次的 10 个字母长的序列（子串）。...AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT" 输出：["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA"] 来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems/repeated-dna-sequences...k=10; while(i < k-1) { num <<= 2; num |= m[s[i++]];//生成前9位字符的二进制编码表示...s.size()) { num = (num<<2)&~(3<<2*k); //num左移两位，3（11）移动20位，取反变成00，把出去的高位抹掉

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模拟算法题练习(二）（DNA序列修正、无尽的石头)

（一、DNA序列修正）问题描述在生物学中，DNA序列的相似性常被用来研究物种间的亲缘关系。现在我们有两条 DNA序列，每条序列由 A、C、G、T 四种字符组成，长度相同。...但是现在我们记录的 DNA序列存在错误，为了严格满足 DNA 序列的碱基互补配对即 A-T和C-G，我们需要依据第一条 DNA 序列对第二条 DNA 序列进行以下操作: 1.选择第二条 DNA 序列的任意两个位置...，交换他们的字符, 2.选择第二条 DNA 序列任意一个位置，将其字符替换为 A、C、G、T 中的任何一个。...最后输出操作计数器的值。时间复杂度和空间复杂度分析时间复杂度：O(N2)。在最坏情况下，我们可能需要为每个位置在之后的所有位置中查找可以交换的碱基。空间复杂度：O(N)。...中查找石头编号n，如果找到，输出其在vector中的位置（从0开始计数） auto it = find(stones.begin(), stones.end(), n);

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重复的DNA序列算法解析

一、题目 1、算法题目 “给定一个标识DNA蓄力的字符串s，返回所有在DNA分子中出现不止一次的长度为10的序列。” 题目链接：来源：力扣（LeetCode）链接： 187....重复的DNA序列 - 力扣（LeetCode） 2、题目描述 DNA序列由一系列核苷酸组成，缩写为 'A', 'C', 'G' 和 'T'.。...例如，"ACGAATTCCG" 是一个 DNA序列。在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列非常有用。...给定一个表示 DNA序列的字符串 s ，返回所有在 DNA 分子中出现不止一次的长度为 10 的序列(子字符串)。你可以按任意顺序返回答案。...键是字符串的子串，值是出现的次数，返回所有次数出现超过10次的子串即可。

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多位点序列分型（MLST）：细菌分类的“DNA指纹”

MLST分型，简单来说，就是通过测定细菌基因组中多个管家基因（如aroA、cobQ等）的核苷酸序列，来进行细菌的分类和鉴定,从而了解它们的遗传背景和进化关系。...这些管家基因就像是细菌的“身份证”，每个细菌都有自己独特的序列组合，就像我们的DNA指纹一样。...广泛应用：MLST不仅适用于细菌的分类和鉴定，还可以用于研究细菌的流行传播、抗生素耐药性等问题，对于公共卫生和临床医疗具有重要意义。 MLST在实际应用中的操作流程 1....序列测定与分析：将PCR扩增得到的片段进行DNA测序，现在可以使用二代或者三代测序技术。得到序列后，与数据库中的等位基因图谱进行匹配，从而确定每个管家基因的等位基因编号，最终确定菌株的ST。...2. mlst： mlst是一款可进行MLST分析的Linux命令行工具，可以处理FASTA/GenBank/EMBL格式的数据（同时支持原文件和gzip、zip、bzip压缩文件）。

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基因日签【20210513】σ因子通识别启动子中的特定序列来控制与DNA的结合

2021 05/13基因日签 σ因子通识别启动子中的特定序列来控制与DNA的结合 .壹. 关键概念根据在特定位置存在共有短序列来定义启动子。 .贰....关键概念启动子的共有序列通常包括起始点处的一个嘌呤碱基，以-10区为中心的、邻近TATAAT的六联体序列，以及以-35区为中心的、类似于TTGACA的另一个六联体序列。 .叁....关键概念不同的启动子之间通常在共有序列的一个或多个位置上存在差别。 .肆. 关键概念启动子效率也受到其他因素的影响。

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脚本分享——对fasta文件中的序列进行排序和重命名

小伙伴们大家下午好，我是小编豆豆，时光飞逝，不知不觉来南京工作已经一年了，从2018年参加工作至今，今年是我工作最快乐的一年，遇到一群志同道合的小伙伴，使我感觉太美好了。...今天是2022年的最后一天，小编在这里给大家分享一个好用的脚本，也希望各位小伙伴明年工作顺利，多发pepper。‍...-h 实战演练 # 只对fasta文件中的序列进行命令 python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s F -a rename_fasta.fna...# 对fasta文件中序列根据序列长短进行排序，并对排序后的文件进行重命名 python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s...T -a rename_fasta.fna

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查找一个基因的启动子序列

如何查找某个gene的promoter sequence？首先，知道启动子在哪里？...启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游其次，找gene的TSS 对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence...其他人类的启动子相关数据库 Biobase TransPro mPROMDB CSH TRED Eukaryotic Promoter Databse（EPD） ---- ?...promoter sequence of a Gene from Ensembl --以Ensembl为例-- 1 打开上述Ensembl网址，选择物种，以示例中的BRCA2为例 ?...4为了确定是否正确（主要是TSS位点），可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer 复制ensembl的 promoter sequence

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R软件基于k-mer 的DNA分子序列比较研究及其应用

作为生物信息学的重要研究内容之一，生物序列比较成为当下热点问题。基于k-mer的DNA分子序列比较研究是序列比较的一种，该方法以进化论作为依据，从序列的相似性出发探究同源的可能性。...针对本文研究内容收集相应生物序列数据，整理成文件。（2）k-mer的读取。...甲型流感病毒的系统发育树我们一般在基因水平上测试分类器的效率。这一节，我们针对甲型流感病毒的分类问题收集到 32 条来自五种致命类型的甲型流感病毒基因序列。...在相似性分析中，从k=1到k=5，加权欧氏距离的AUC值都大于欧氏距离的AUC值。在系统发育树分析中，欧氏距离与加权欧氏距离两种方法分类效果相当，都能准确将同类别的生物序列聚为一类。...故结果表明基于k-mer思想，利用熵权来研究DNA序列非比对方法精确度更好，是有效的。

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序列比对在biopython中的处理

在biopython中，支持对序列比对的结果进行读写，解析，以及运行序列比对的程序。...在biopython中，为不同格式，不同软件提供了统一的接口，方便我们的使用 1....读取多序列比对结果通过Bio.AlignIO模块来对多序列比对结果进行读写，其中的parse方法用于从文件句柄中读取多序列比对的内容，用法如下 >>> from Bio import AlignIO...输出多序列比对结果通过write方法将多序列比对的结果输出到文件中，可以指定输出文件的格式，用法如下 >>> alignments = AlignIO.parse("aln.fasta", "fasta...运行多序列比对程序为了简化调用，在Bio.Applicaitons模块中，提供了各种应有的调用接口。

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使用R语言用DNA序列做主成分分析（PCA）的简单小例子

之前也有人在公众号留言问过如何用DNA序列做主成分分析，当时我也不知道，但是大体有一个思路就是先比对，然后把比对的数据转换成通常用的snp数据应该就可以了，但是也仅限于思路，完全不知道如何操作，今天坐车回家...，路上无聊，翻了一下电脑上保存的一些资料，发现了一个办法：可以借助R语言的adegenet包，用到的函数是fasta2genlight() fasta2genlight()函数的只要作用 The function...从比对好的fasta文件中提取snp数据下面开始实际操作 adegenet这个包第一使用需要先安装，直接运行如下命令 install.packages("adegenet") 今天的推文使用的数据集是这个包的内置数据集...，首先是获取这个数据集的存储路径 dfpathfasta",package="adegenet") dfpath 加载包读入数据 library(...image.png 这个图如果分面画成山脊图的形式可能会更好看，但是自己目前还不知道如何实现还能够检测snp在染色体上是否分布均匀 snpposi.test(position(flu),genome.size

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