，一般会有风险得分，生存信息以及重要的临床指标，当然也可以其他重点关注的指标：（1）重点基因突变与否，例如KRAS突变 （2）某个CNV有无（3）TMB ，MSI，IDH等等你想展示的指标。...如果添加基因表达量的话那就是正常的热图即可。 2，临床数据处理 在TCGA下载的临床数据需要进行一些处理，可以在excel中完成，当然也可以使用R完成。...（1）和（2）比较简单，如下 #连续数值，按需转为分类 riskScore_cli2$Age =ifelse(riskScore_cli2$age > 60,">60","<=60") #字符串转为因子..."M1", riskScore_cli2$pathologic_M) riskScore_cli2$pathologic_M ifelse(grepl("^M0", riskScore_cli2$...,gender,OS.time,Age) （2）和（3）一起在HeatmapAnnotation注释中解决，如果为省事未展示T M N分期 ，可以自行添加。
而借助ifelse这一功能，我们便可以把复杂的字符串向量通过函数转换为对应的逻辑值向量（按照自定义的筛选），再转换为自定义的分类。...print(paste("On row", i , "and column", j, "the board contains", ttt[i, j])) } } ps: paste 函数用于打印字符串与变量组合在一起...break 和 next 在循环语句中可以通过break 与next 语句跳出循环。不过二者存在区别。next：跳过循环语句中的剩余内容，直接跳到下一次循环开始。进行中的循环结束，迭代继续。...我们可以创建一个空列表，让每次循环输出的值作为一个元素添加到列表中。使用 do.call 语句我们可以对列表进行 cbind ，将其拼接在一起。...help()与?function_name 可以获取函数使用记载的详细文件。
secom_linear 函数可以评估不同分组（例如，健康组与疾病组）中微生物分类群之间的线性相关性，帮助研究者理解不同分类群如何相互作用以及它们在不同状态下的相互关系。...在不同分组之间，微生物分类群的相互关系表现出显著的波动性。这种波动性反映了微生物群落结构在不同环境或条件下的动态变化，是评估微生物群落稳定性和功能多样性的关键指标。...(grepl("Genus:", x), paste(strsplit(x, ":")[[1]][2], "spp."), ifelse(grepl("...，用于在微生物组数据中进行线性相关性的稀疏估计。...Bacteroides spp.的距离相关系数在G2组是0.68，而在G4组则是0，相比G4组，其他三个组是较为轻微的症状。同样的发现也在Bacteroides spp. vs.
在进行切割时，如果某个簇的大小小于 minSize，# 则可能会合并到其他簇中，以确保生成的簇都具有足够的样本数。# 切除完了之后需要再回到上面的代码进行做图！...# slope：表示软阈值幂次与拟合模型的斜率，通常用于衡量网络的无标度拓扑结构。一般来说，斜率绝对值越小，模型越能保持无标度拓扑结构。...时选用)# 无向网络在power小于15或有向网络power小于30内，没有一个power值可以使 # 无标度网络图谱结构R^2达到0.8，平均连接度较高如在100以上，可能是由于 # 部分样品与其他样品差别太大...# 如果这确实是由有意义的生物变化引起的，也可以使用下面的经验power值。...与一步法的 net$dendrograms[[1]] 性质类似，但是还需要进行进一步处理pdf("geneTree_plot.pdf", width = 10, height = 7) # 或者使用
： group_list=ifelse(grepl('^m',colnames(symbol_matrix)),'case' ,'control') group_list=ifelse(grepl('^...以下是可能存在的一些主要区别： 组织来源和病理特征： 肝癌样品通常是从原发于肝脏的恶性肿瘤中获取的，而结直肠癌的肝转移样品则来自原发于结肠或直肠的癌症，在肝脏发生了转移。...分子生物学特征： 肝癌和结直肠癌在分子水平上可能有不同的遗传变异、突变谱、基因表达模式等。 转移瘤与原发瘤可能存在分子亚型的差异，包括在肿瘤抑制基因和促癌基因的表达上。...) 的两个分组的转录组测序的表达量矩阵很容易差异分析后，使用机器学习算法，比如LASSO，SVM, 随机森林缩小基因数量，来区分两个分组，调整算法和参数可以达到非常好的分类模型。...其次，因为首先我们的训练集里面可能会有标记错误的可能性（两个样品非常突兀，我用箭头高亮出来了），其次很明显会有少量样品是趋势层面就跟大部队格格不入，这样的话就不可能达到在转录组测序的信号层面可以达到百分百区分
哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭?...，然后将结果转换成矩阵（as.matrix），接着再选出前50行（head函数），最后使用pheatmap包中的pheatmap函数绘制热图。...①、多次赋值，产生多个中间的变量 ②、嵌套，代码不易读 ③、管道符号传递，简洁明了 三、条件语句和循环语句 1、if条件语句：满足（）里面的条件，执行；不满足（）里面的条件，不执行 ②、长脚本管理的两种方法...③、if条件语句的进阶 原理： ④、ifelse函数 原理如图所示：简单直接 下面这张图是运用到生信的数据清洗，很重要，大家用心去理会吧?...希望大家能够一起学习，共同进步。如果在笔记中有错误或者不足之处，欢迎大家指正，我们一起加油鸭? 引用自生信技能树——小洁老师
单样本与成对样本方法的比较：研究还表明，单样本GSEA方法（如ssGSEA）能够提供更细致的生物学信号，尤其是在评估个体样本的基因集富集情况时。...可以看到 kimi是不建议我们使用筛选后的基因做GSEA的，下面我们比较一下看看 全部基因 与 只用部分基因做对结果的影响吧！...看看 全部基因 与 只用部分基因做对结果的影响 由于 上述文献并没有提供数据可以供我们分析，这里我们使用来自另外一个文献的数据进行简单的探索：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo...(grepl('baseline',pd$title ), 'baseline',pd$title ) group_list=ifelse(grepl('control',group_list), 'control...（我觉得这里跟使用FC值作为排序指标有关系，如果是其他的排序指标呢？）
这里的无标度网络就像是社会中的人与人之间网络关系，大多数人之间的关系是普通的，但有少部分的人具有很强的"引力"，与他们链接在一起的有一大帮子人。...2、在构建这个无标度网络的时候采用了加权共表达的方式，并且由定义的软阈值去计算加权网络。加权共表达的方式非常好理解，比如人与人之间的交流肯定存在一定的强弱关系，不会只是好与不好的正反两种情况。...3、软阈值的作用是为了更好的放大或者缩小不同节点之间的相关性情况，从而减少在未使用软阈值情况下节点因为稍未达到阈值而被认为“不重要”的情况发生。...在进行切割时，如果某个簇的大小小于 minSize，# 则可能会合并到其他簇中，以确保生成的簇都具有足够的样本数。# 切除完了之后需要再回到上面的代码进行做图！...如果模块中的基因与其他模块的相关性低于这个阈值，它们可能会被重新分配到其他模块。# mergeCutHeight = 0.25：用来合并基因模块。
1.3.按位置提取字符串 str_sub(x,5,9) ###提取x字符串的第5位到第9位，空格也算一个。...1.4.字符检测 str_detect(x2,"h") ### 看x2这个长度为8的向量中的每个元素是否含有h这个关键词，生成的与x2长度相等且一一对应的逻辑值向量 str_starts(x2,"...T") ### 是否以T开头 str_ends(x2,"e") ### 是否以e结尾 1.5.字符串替换 x2 str_replace(x2,"o","A") ###在一个引号里面...#是b的下标，可以给b取子集，也可以给与b对应的其他向量取子集。...，按照以下条件生成向量x： # a的值为down； # a>1 且b的值为up； # 其他情况，x对应的值为no # 统计up、down、no各重复了多少次
str_length(x) length(x) 2. str_split(字符串,"拆分符号") 拆分字符串 图片 -（1）拆分之后成为了了列表，列表的每个元素对应原来的每个元素拆分的结果 -（2）列表使用不方便...str_sub(x,5,9) #提取x的第5到9个字符 4. str_detect() 字符串检测【重要】 -（1）判断每个字符串含不含有某个字母或者多个字母的组合； -（2）判断之后得到一个与x2...-（2）用多次嵌套避免中间变量不直观，且容易出错； ——设置彩虹括号，可以在多层嵌套时看清楚哪个括号和哪个括号是一对： options -- code -- display --use rainbow...(i>0,"+",ifelse(i嵌套式的ifelse：不符合大于零的条件，就再进行一步判断； 练习7-2 # 1.加载deg.Rdata,根据a、b两列的值，按照以下条件生成向量...x： #a的值为down； #a>1 且b的值为up； #其他情况，x对应的值为no； #统计up、down、no各出现了多少次 #我的答案： rm
6.switch 语句也是分⽀效果的，只有在 switch 语句中使⽤ break 才能跳出 switch 语 句，如果某⼀个 case 语句的后边没有 break 语句，代码会继续往下执⾏，有可能执⾏...其他 case 语句中的代码，直到遇到 break 语句或者 switch 语句结束。...所以在 switch 语句中 break 语句是⾮常重要的，能实现真正的分⽀效果。 当然，使用时需要结合实际情况，并不是每个 case 语句都得有break。...，我们需要注意的是continue只能在循环中使用，而break可以在switch和循环语句中使用，但是break不能与if语句单独使用。...循环的嵌套使用 用两个例子来说明： 1.打印100--150的素数 2.打印4*4矩阵
这个文献中的双向富集结果展示了 Scissor+ cells 与 Scissor- cells 差异分析后GO BP富集结果，并高亮了通路中的关键通路：中性粒细胞的激活、趋化和脱颗粒。...这个文章给我们提供了一种筛选与疾病高度相关的细胞亚群方法，即Scissor算法，它利用单细胞数据和 bulk RNA-seq 数据及表型信息识别与疾病高度相关的细胞亚群。...：\w{3}$ 匹配每个单词最后的三个字符替换为空字符串，即去掉它们 s <- gsub("(\\w{3}$)", "", gse, perl = TRUE) s file <- paste0(gse,..., 0) # 对其的x轴起点，上调通路在x轴左边，起点隔0.5, 避免与柱子粘在一起 dt$lable_xloc ifelse(dt$Cluster=="up", -0.5, 0.5) # 设置通路高亮颜色...如何做的？结论是什么？这个文章你觉得最有意思的地方在哪？ 嗯，我觉得文章中如何使用 Scissor算法鉴定与 急性主动脉夹层相关的细胞亚群这个地方比较有意思。
if 在 if else 语句中， else 可以与另⼀个 if 语句连⽤，构成多重判断。...0\n"); else if(num > 0) //这⾥的if 相当于嵌套在else语句中，形成了嵌套结构 printf("输⼊的数字是正数\n"); else...是和第⼆个 if 进⾏匹配的，这样后边的 if...else 语句是嵌套在第⼀个 if 语句中的，如果第⼀个 if 语句就不成⽴，嵌套 if 和 else 就没机会执⾏了，最终啥都不打印。...其他 case 语句中的代码，直到遇到 break 语句或者 switch 语句结束。...，我们发现应该根据实际的情况，来在代码中觉得是否使⽤ break ，或者在哪⾥使用break ，才能正确完成实际的需求。
这个图可以看到，logCPM(最右边的图)中样本分的还很开，logRPKM(最左边)次之，它把绿色的样本混在了一起，最差的是直接用RPKM得到的分组 如果使用logCPM矩阵进行作图： load(file...常用的limma包进行处理(注意：这里只是在探索如何进行分析，单细胞数据不一定会使用到常规的差异分析包，会有更好的算法等待着我们) 如何得到差异基因？...于是我们可以对第一组和其他组(第2、3、4组的混合)进行差异分析 # 定义分组信息 group_list=ifelse(df$g==1,'me','other');table(group_list) #...那么好，现在处理完了第一组和其他组的比较，得到的在第一组的差异基因，那么如何得到其他组中的差异基因呢？最先想到的会是将上面?...看到这里火山图的形状和我们平常见到的不太一样，这是因为我们得到差异基因的方法存在问题，这里的单细胞数据不单单是原来bulk转录组的 3v3样本这样，每个细胞都是一个样本，而我们只是又将相似的细胞聚在一起当成一个大组
(grepl('Normal',pd$title ,ignore.case = T ), "control","case") group_list ifelse(grepl('Normal',pd...在ESCC中，癌旁组织可能是食管组织，它们与肿瘤组织相邻，但尚未被癌细胞侵袭。 肿瘤组织（Tumor Tissues）： 肿瘤组织是指已经发生癌变的组织，包含癌细胞。...这里你可以看到 癌旁组织与正常健康对照组完全分在了一起，那么：实际中我们能 将 癌旁组织与正常健康对照 都看做正常样本吗？...df) gplots::balloonplot(table(df)) 这两次差异分析结果是高度一致的，只不过因为阈值原因可能有一些显著变为不显著： 居然正常组织与癌旁组织在差异分析时可以一视同仁？...学徒作业： 到底是泾渭分明呢，还是混淆在一起呢， 这个癌旁组织和正常组织，它们肯定是与癌症样品完全不一样。但是癌旁组织和正常组织的差异到底有多大呢？
是和第⼆个 if 进⾏匹配的，这样后边的 if...else 语句是嵌套在第⼀个 if 语句中的，如果第⼀个 if 语句就不 成⽴，嵌套 if 和 else 就没机会执⾏了，最终啥都不打印。...• && ：逻辑与运算符，就是并且的意思（两侧的表达式都为真，则为真，否则为假）。 • || ：逻辑或运算符，就是或者的意思（两侧⾄少有⼀个表达式为真，则为真，否则为假）。...• switch 后的 expression 必须是整型表达式 • case 后的值，必须是整形常量表达式 5.1 break 只有在 switch 语句中使⽤ break 才能在跳出 switch...语 句，如果某⼀个 case 语句的后边没有 break 语句，代码会继续往下执⾏，有可能执⾏其他 case 语句中的代码，直到遇到 break 语句或者 switch 语句结束。...5.2 default 在使⽤ switch 语句的时候，我们经常可能遇到⼀种情况，⽐如 switch 后的表达式中的值⽆法匹 配代码中的 case 语句的时候，这时候要不就不做处理，要不就得在 switch
欢迎您关注《大数据成神之路》 今天在改老代码的过程中，亲眼见证了一段30个if-else嵌套的代码... 然后搜集了一些资料做了以下简单整理。 概述 ifelse是任何编程语言的重要组成部分。...但是我们编写了大量嵌套的if语句，这使得我们的代码更加复杂和难以维护。 接下来，让我们探索如何简化代码的中的ifelse语句写法。...工厂模式 很多时候，我们遇到ifelse结构，最终在每个分支中执行类似的操作。这提供了提取工厂方法的机会，该工厂方法返回给定类型的对象并基于具体对象行为执行操作。...使用枚举 除了使用Map之外，我们还可以使用Enum来标记特定的业务逻辑。之后，我们可以在嵌套的if语句或switch case 语句中使用它们。...我们总是可以选择在嵌套的if语句或switch case中使用这些值作为不同的条件，但让我们设计一种将逻辑委托给Enum本身的替代方法。 我们将为每个Enum值定义方法并进行计算。
print("其他情况") 如果满足条件1，则执行条件1的代码； 如果满足条件2，则执行条件2的代码； 其他所有情况执行其他的逻辑代码。...Python的条件语句中用elif关键字代替了 else if ,每个条件后面跟 :，冒号后面是具体的逻辑代码，切记要使用缩进格式来控制代码块，相同缩进的语句在一起构成一组代码块 if语句中可以使用运算符进行条件判断...，> =等，也可使用逻辑运算符和身份运算符进行判断。...但不能整除 2") else: print ("你输入的数字不能整除 2 和 3") 结束语 觉得有用的话点个赞 呗。...Stay Hungry Stay Foolish 道阻且长,行则将至,让我们一起加油吧！
复习R包stringr字符串操作的几个函数-长度、拆分、提取、字符检测、替换和删除。...Rdata可以保存多个变量，下次使用只需要一次load可以的到多个数据。-Rdata不仅可以保存数据框，也可以保存其他任何数据结构，包括复杂的对象！...")在工作目录外其他地方，以上两个代码不能读取成功。...(i>0,"+",ifelse(i嵌套！！！...表达矩阵：一行是一个基因在所有样品里的表达，一列是一个样本里所有基因的表达。在表达矩阵中，寻找在不同组有表达差异的基因。
，只需要把要一起控制的语句用大括号括起，如图： 这下输入15就不会打印“可以谈恋爱了”。...嵌套if： 在 if else 语句中，else 可以与另⼀个 if 语句连⽤，构成多重判断。⽐如：要求输⼊⼀个整数，判断输⼊的整数是0，还是正数或者负数。...请看如下代码： 上面的if语句就嵌套在else语句中。...整除是闰年 答案在文末 五、switch语句 除了 if 语句外，C语⾔还提供了 switch 语句来实现分⽀结构。...break 语句，代码会继续往下执⾏，有可能执⾏其他 case语句中的代码，直到遇到 break 语句或者 switch 语句结束。
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