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跟着Nature学数据分析:R语言vegan包做主坐标分析(PCoA)并使用ggplot2可视化结果

header=T) dim(inMBss) 使用vegan包做PCoA分析 library(vegan) distMatrix <- vegdist(inMBsss...,method = "bray") pCoa cmdscale(distMatrix, eig = T,k = 2 ) 这里计算距离的时候会遇到警告信息 他这个是模拟数据,我们可以忽略这个警告...欢迎大家留言讨论 计算每个坐标的贡献 varExp 1:2] xVar 1...pCoaVecsTaxa <- merge(pCoaVecs,inMBssPrev,by="ID") 这里的代码他为什么挑P.copri这个种来映射颜色我没有看懂,还需要仔细看原文 ggplot2绘图...image.png 下面是用来制作封面图,与本文内容无关 library(patchwork) g+g+plot_layout(guide="collect") image.png 下期推文介绍如何将主坐标分析的结果关联表型数据

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「R」自己动手进行R基础绘图

然后,当面对一个复杂的图形时,他们开始使用各种方法,如add=TRUE, ann=FALSE, cex=0,将这些绘制堆叠在一起。...作为一个例子,让我们通过以下方式来修改上面的绘图:1)添加网格,2)移除绘图周围的方框,3)移除轴线,4)将轴线标签加粗,5)将注释标签变为红色,6)将标题向左移动。...基本绘图函数的几乎所有参数都是向量化的。例如,在绘制矩形时,用户不必在一个循环内逐个添加每个矩形的每个点。相反,他或她可以用一个函数调用绘制所有相关的对象,同时为每个对象指定不同的位置和参数。...0.8) 在本例中,通过将y值转换为0 - 1.5的范围,然后为每种馈线类型添加不同的偏移量,来完成准备密度的大部分工作。...(cors), 2, at=1:nrow(cors)-0.5, las=2) 这里的第二行通过将相关性范围从-1:1转换为0:200为每个相关值分配颜色。

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    R语言多元分析系列

    2) 然后从结果中提取前两个维度的座标,用ggplot包进行绘图。...在判别函数建立后,还可以类似主成分分析那样对判别得分进行绘图 ld=predict(model1)$x p=ggplot(cbind(iris,as.data.frame(ld)) ,aes(x=LD1...此外还可以使用predict(model)$posterior提取后验概率。 在使用lda和qda函数时注意:其假设是总体服从多元正态分布,若不满足的话则谨慎使用。...这个过程一直持续到将所有样本归为一类为止。在计算类间距离时则有六种不同的方法,分别是最短距离法、最长距离法、类平均法、重心法、中间距离法、离差平方和法。...model2=kmeans(data,centers=3,nstart=10) 使用K均值聚类时需要注意,只有在类的平均值被定义的情况下才能使用,还要求事先给出分类个数。

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    物种Beta多样性PCoA分析

    降维处理:将距离矩阵转换为低维空间中的坐标,通常选择前两个或三个主坐标(PC1、PC2、PC3)进行可视化。...ComTreament:组合处理方式 Compartments:样本的具体部位或组织 SiteCom:结合采样地点和样本部位 Maize.variety:玉米的品种 Growing.day:样本采集时玉米的生长天数...k=3表示函数将返回前三个主坐标(PC1、PC2、PC3)。这些主坐标可以用于后续的可视化分析 eig=T:这个参数设置为TRUE,表示函数返回特征值(eigenvalues)。...# pcoa分析 pcoa cmdscale(sub_beta, k=3, eig=T) str(pcoa) pcoa # 提取前三个主坐标 points 使用前两个主成分绘制散点图进行展示,点的形状为不同的处理条件,颜色为不同样本部位 # 设置颜色 col 1F78B4","#A6CEE3","#B2DF8A","#33A02C

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    技能 | 如何使用Python将文本转为图片

    在 Python 中,PIL (Python Imaging Library) 是最常用的绘图库,自然地,尝试从 PIL 开始。...1、使用 PIL 将文字转换为图片 说转换其实并不恰当,真实的过程是:先在内存中生成一张图片,将需要的文字绘制到这个图片上,再将图片保存到指定位置。代码如下: ? 生成的图片如下: ?...对于像宋体这样的字体来说,只有 >= 18px 时,才会被当作矢量字体处理,也就是说只有当字体 >= 18px 时,文字才能正常显示: ? 效果如下: ?...4、使用 pyGame 渲染点阵字体 Python 的第三方模块或组件非常多,可用来绘图的除了 PIL 之外,就还有 Pycairo、matplotlib、pyGame 等。...到这儿,使用 Python 将文本转为图片的功能就基本实现了,用到了 PIL 和 pyGame。

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    ThreeJS中三维世界坐标转换成二维屏幕坐标

    WebGL是openGL在浏览器上的一个实现。Threejs对WebGL进行了封装,让前端开发人员在不需要掌握很多数学知识和绘图知识的情况下轻松进行web 3D开发,简单易用。...三维开发中最常用的是三维坐标和二维坐标的转换,比如说:给一个三维模型中动态赋予一个文字标签进行展示,以前使用OpenGL处理起来比较麻烦,使用Threejs就简单了很多。...相机对象矩阵变化下对应的标准设备坐标, 标准设备坐标xyz的范围是[-1,1]。...同理使用函数vector.unproject(camera)则可以从屏幕2d坐标转换为3d空间坐标, var vector = new THREE.Vector3(mX, mY, 0.5 );//这里定义深度值为...0.5 //将鼠标坐标转换为3D空间坐标 vector.unproject(camera);

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    matlab保存所有图,Matlab中图片保存的5种方法

    3、复制到剪贴板 在figure中使用菜单edit——>copy figure——>此时图像就复制到剪贴板了,我们可以借助其他软件(比如:绘图板)保存为需要的图片 4、saveas命令格式 Matlab...… CSS中隐藏内容的3种方法及属性值 CSS中隐藏内容的3种方法及属性值 (2011-02-11 13:33:59) 在制作网页时,隐藏内容也是一种比较常用的手法,它的作用一般有:隐藏文本/图片....socket,模拟服务器、客户端通信 在ASP.NET Core中构建路由的5种方法 C#调用接口注意要点 在用C#调用接口的时候,遇到需要通过调用登录接口才能调用其他的接口...使用display:none来隐藏所有内容 display:none可 … matlab中fprintf函数的具体使用方法 matlab中fprintf函数的具体使用方法实例如下: fprintf函数可以将数据按指定格式写入到文本文件中...尽可能使用引用传递参数 2. 尽可能的使用const来保护引用和指针 3. 在可以使用引用的时候不要使用指针 4.

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    .NET 基金会项目介绍-ASP.NET Ajax Control Toolkit

    ASP.NET Ajax Control Toolkit 是属于 .Net 基金会的一个项目,本文将简要介绍该项目相关的信息。...使用该控件库,开发者可以通过将工具包控件从 Visual Studio 工具箱拖放到 ASP.NET WebForm 页面上来构建具有 Ajax 特性的的 ASP.NET WebForm 应用程序。...通过一个个服务端控件的组合,快速的搭建Web应用程序,这是 WebForm 产生时给开发者带来的最大便利。...如今,依旧在制作和维护 WebForm 服务端控件的公司以 DevExpress 、Telerik和ComponentOne三家较为知名。...如果您有项目还是需要使用 WebForm 进行开发,那么这个控件库就是一个必须了解的内容。 尽管这种服务端控件的构建方案现在被采用的越来越少,但是对模块化控件化的追求,业界确从来没有停止过。

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    在ASP中实现UNIX时间戳

    在康盛创想发布UC以后,我曾经尝试为其编写ASP把版本的客户端类库,过程中发现了几个问题,首当其冲的当然是服务器端不支持非php平台的接口,这个问题直接导致了我选择另起炉灶开发自己的通用用户中心。...在PHP中,时间函数time()获得的不是我们在ASP中的事件函数Now()所返回的“2008-06-04 21:19:41”这样的形式,而是“1123495443”这样的形式。...下面是具体的实现办法: ASP/Visual Basic代码 '参数:strTime:要转换的时间;intTimeZone:该时间对应的时区 '返回值:strTime相对于1970年1月1日午夜...1 0:0:0", ToUnixTime) End Function '把UNIX时间戳转换为标准时间 '参数:intTime:要转换的UNIX时间戳;intTimeZone...Unix时间戳和Unix时间戳转标准时间。

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    单细胞转录组学轨迹分析解析2-Slingshot代码解析

    Slingshot的目标是使用细胞亚群的结果对全部发育结果进行可视化,并将这种结构转换为由一维变量表示的平滑谱系,称为“拟时序”。...这使我们能够从数据中去除不需要的技术或生物伪影,例如批次、测序深度、细胞周期效应等。基于此我们推荐使用scone package 。...由于我们在构建谱系和测量伪时间时使用欧几里得距离,因此对数据进行低维表示非常重要。 我们将演示两种降维方法:主成分分析(PCA)和均匀流形近似和投影(UMAP,通过uwot包)。...在进行PCA时,我们不会根据基因的方差来缩放基因,主要是因为不是所有基因的表达量都相同。我们希望在强烈表达、高度可变的基因中找到信号。在绘图时,我们确保设置纵横比,以免扭曲计算距离。...=16, asp = 1)我们将向 SingleCellExperiment 对象添加两个降维,但继续将分析重点放在 PCA 结果上。

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    独家 | 放弃Jupyter Notebooks吧,教你如何用仪表板展示研究成果

    以下是我整理的早先的使用心得: 1. 使用一周后,我发现它非常容易上手。 2. 线性执行模式使得对代码的理解变得容易(稍后会详细介绍)。 3....你可以在几分钟内将任何Python脚本变成交互式仪表板。 从一个正常的绘图过程...... 让我们来看一个例子。...作为一名研究人员,我有很多Python脚本或notebooks,它们在做如下事情: 1. 加载或生成数据 2. 数据处理 3. 绘图 我会无休止地调整参数并重新运行脚本以获得正确的绘图。...用st.slider将输入参数转换为交互式滑块 4. 用st.pyplot绘图 注意,此时我们不必更改任何数据生成、拟合或绘图相关的代码!...因为streamlit在每次更新时都会重新运行整个脚本,所以感觉有点慢,尤其是在更新大量绘图时,它也可能卡在长时间运行的函数上。Streamlit提供了一些选项来缓存中间结果,从而优化性能。

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    2011年09月29日 Go生态洞察:imagedraw包的深度解析

    几何对齐 在合成图像时,需要将目标图像的像素与源图像和遮罩图像的像素关联起来。这里我们需要定义三个矩形,分别代表目标、源和遮罩图像中将要使用的区域。...以下代码展示了如何实现这一转换: // 将任意图像转换为image.RGBA格式 b := src.Bounds() m := image.NewRGBA(image.Rect(0, 0, b.Dx()...绘制字体字形 在Go中,你甚至可以使用image/draw包绘制字体字形,为图像添加文本内容。...总结知识要点表格 功能 描述 图像合成 将源图像通过遮罩绘制到目标图像上 几何对齐 关联目标、源和遮罩图像的像素 填充矩形 使用单一颜色填充指定区域 复制图像 将源图像的一部分复制到目标图像上 滚动图像...在图像内部进行区域复制 转换图像格式 将任意图像转换为image.RGBA格式 通过遮罩绘图 使用遮罩确定绘图区域 绘制字体字形 在图像上绘制字体字形 总结 这篇文章被猫头虎的Go生态洞察专栏收录,

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    程序员开发常用的云在线工具

    SQL代码,也可以将SQL代码进行压缩 SVG编辑器 SVG在线编辑器可用于创建和编辑矢量图像,集成了文本处理、绘图工具、页面UI布局工具,SVG图像可以调整大小而不会丢失任何细节 URL编码解码 可以将普通...URL转为编码URL,也可以将编码URL转为普通URL UTF-8编码解码 可以将文本转换为UTF-8,也可以将UTF-8转为文本 Unicode编码解码 可以将文本转换为Unicode,也可以将Unicode...转为文本 XML格式化 XML格式化程序可以美化压缩的XML代码,也可以将XML代码进行压缩 XML转JSON 该工具可以将XML转JSON,也可以将JSON转XML crontab表达式执行时间计算...,检测出两个文本的不同 文本流程图 一款使用ASCII编码来绘制流程图的工具 日期计算器 可以进行日期间隔天数的计算,计算出今天到过去或未来某一天的天数 时间戳转换器 工具可以将时间戳转换为日期时间,也可以将日期时间转换为时间戳...照片转素描 一款自动生成手绘风格照片的工具,可以设置手绘图片的模糊程度 甘特图 你能够使用该工具绘制甘特图,方便项目管理,进度计划管理 端口扫描器 扫描常用或指定的端口,查看端口是否开放 衣服尺码计算

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    .NET周刊【12月第1期 2024-12-01】

    核心功能包括基于列名数组、列名-类型键值对、类生成表格,以及将表格转换为实体对象集合的方法。还包括对一维数组进行转换的方法和行列转置功能。...其中,通过反射获取类的属性信息,将类转换为表格,并对属性交伙设置了特性值的处理。同时,提供了对应的单元测试来验证方法的正确性和稳定性。...据说新算法产生了显着效果,将花费的时间从 16 分钟减少到 2 分钟。.../masayahak/items/5ca1e43e9d0a5ea8fba2 了解如何在 Blazor 中使用 Virtualize 在查看大量数据时降低速度和内存使用量。...在 ASP.NET 中使用 Seq 和 ILogger 轻松进行日志记录管理 https://www.code4it.dev/blog/logging-with-ilogger-and-seq/ 关于使用

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