如果是在Windows平台下，那么应该首先检查R包安装路径是否有问题（使用.libPaths()函数查看），尽量不要安装到".RLibrary"之类的无版本依赖的文件夹中。...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library...中记录着，比如下面的dbplyr的DESCRIPTION里面的内容： Type: Package Package: dbplyr Title: A 'dplyr' Back End for Databases...Suggests一般是用于帮助文档渲染时使用的依赖项。 Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。...(1) install.packages 在R中，使用install.packages(pkgs = "tar.gz文件路径", repos = NULL)即可。
)#BiocManager::install("DESeq2")#BiocManager::install("dbplyr")database 标准化处理，其中 blind = FALSE 表示不是盲标准化，即默认情况下，每个特征（基因）都被除以各自的方差进行标准化。...hclust 函数用于进行层次聚类，其中 method = "ward.D2" 表示使用最小方差法（ward's method）进行聚类，并且计算的是D2距离。...这种处理可能涉及到统计假设检验中的标准化或者归一化等步骤。...c(-3,3))#适合本文校正方法resNorm 获取与数据集
1.数据库和数据集的选择 本次分析将使用Kaggle上的德国信用数据集（German Credit Data），并将其存储在PostgreSQL数据库中。...1.数据标准化 数据标准化有助于提高模型的收敛速度和预测性能。我们使用scale函数对数值型特征进行标准化。...# 数据标准化 data_scaled <- scale(data[, -ncol(data)]) # 排除目标变量 # 将标准化后的数据和目标变量合并 data <- cbind(data_scaled...具体方法： 1..收集更多数据： 扩展数据来源，获取更多历史数据或跨区域数据。...# 使用R语言中的ETL包（如odbc、dbplyr）自动化数据处理 library(odbc) library(dbplyr) # 连接数据库 con <- dbConnect(odbc(), "CreditDB
Sysdate Oracle使用sysdate函数获取当前日期和时间（以服务器的时区为准）。Postgres使用’now’::timestamp作为当前事务启动的日期和时间。...但是使用序列进行模拟时可能会使性能慢些。 Oracle的虚拟列ROWID：表行的物理地址，以base64编码。应用中可以使用该列临时缓存行地址，使第二次访问时更加便捷。...ELSE expr END 例如：CASE WHEN c1 = 1 THEN 'match' ELSE 'no match' END，返回第一个为真的谓词对应的表达式。...; 只有汇聚值从outer joined表中提取时，也可能不使用join。...因为不能使用pg_dump进行dump所以不适合在24/7环境中使用。利用大对象的数据库进行备份时，需要将数据库关闭，然后直接备份数据目录。
但是由于ESRI shapefile缺乏清晰开放的标准，其本身混乱、繁多的配置文件及其在呈现空间数据上的诸多缺陷，给sp包造成了不利影响，比如在呈现多边形集合上的孔洞时，盲目的使用封闭外边界来标记孔洞。...另一个重要原因是R语言在读写空间数据（GDAL）以及操纵空间几何对象（GEOS）时重度依赖的外部扩展库均以对simple feature标准给予了强有力的支持。...在使用ggplot2绘图时，先利用fortify函数将sp对象转化成数据框（该数据框里存放着每一个多边形构成点的信息），以此来尝试“简化”多边形对象，这样既不优雅，也不高效。...在撰写本文时，我们只能说，这是一个高度活跃、探索和发展中的领域，我们很乐意向感兴趣的读者指出，这一讨论的中大家关注的主流趋势在向何处发展。...初步研究表明，使用dbplyr框架可以在R中处理大量耗费内存的空间数据库。这不仅消除了R的内存限制，而且还从这些数据库的持久空间索引中获益。
这是某客户AWR报告中的一个TOP SQL，执行时间8.8小时（也有执行12.7小时报错退出的情况） SELECT * FROM ( SELECT rownum num ,t.* FROM TI_BI_CAMPN_USERORDER_TEMP...t WHERE oper_type = '0' OR oper_type = '2' OR (oper_type = '1' AND end_date sysdate...小结： order by 与 rownum 搭配使用时，可以创建谓词字段与order by字段上的联合索引（本例不可，因为有or和不对称的谓词条件）；或者在大部分数据都符合条件的情况下，创建order...系统默认参数一般不建议修改（内存参数、bug除外），因为很多性能测试是在默认参数条件下完成。...WHERE oper_type = '0' OR oper_type = '2' OR (oper_type = '1' AND end_date sysdate
1唯一性字段对执行计划的影响 由于在模型分析时，我们发现DEPT表的DEPTNO字段是唯一的。...CREATEINDEX EMP_I1 ON EMP(DEPTNO); 因为在DEPT表中，DEPTNO的数据类型为NUMBER(2)，在查deptno为14的员工信息时，我们会习惯性的写成： SELECT...通过对比执行计划发现，通过页面调用执行时，并没有命中分区，而在访问谓词中，log_date字段过滤时，多出了函数INTERNAL_FUNCTION。...EMP WHERE HIREDATE >SYSDATE 其执行计划如下： ?...在上个章节中，我们注意到，在查询今年入职的员工信息是，我们用了DATE’2016-01-01’。这种写法很少见诸于正式书籍中，因为这是非标准写法。
前几天开发的同事问我一个sql的问题，目前在测试环境中发现这条sql语句执行时间很长，希望我们能够给一些建议，能够尽快做一些改进。 sql语句类似下面的形式。...至少从谓词信息来看，优化器还是在内部做了不少的工作，不能直接就说笛卡尔积是低效的。对于笛卡尔积的情况，在itpub中也有一些帖子有相关的讨论，可以参考。...http://www.itpub.net/thread-1511375-4-1.html 谓词信息如下： Predicate Information (identified by operation id...从调优的Hint来看，有些hint其实是没有使用到的，比如并行的hint,其实这个时候还是能够合理利用起来。...最后是一个补充的建议，即关键的表TRANSACTION_LOG 是一个分区表，所以可以尽可能的使用分区键值。
，在b1赋值 'X' 时，我们希望SQL执行计划能使用索引，但是在绑定变量窥视关闭的情况下，优化器不会选择使用索引，理由还是cost高。...为了避免这种情况，一般索引字段在设计表时，都设计为not null，同时就会杜绝col_name is null的写法。...>sysdate-1/24 （ cdate >sysdate - 1/48） 几种隐式类型转换 6.1 varchar2类型的字段，谓词条件变量类型是number类型： phone_no=...6.3 varchar2类型的字段，谓词条件变量类型是nvarchar2类型，这种情况orace会自动使用SYS_OP_C2C函数，将varchar2转换成nvarchar2。...绑定变量窥视与自适应游标（ACS） 与3.3类似，在分布不均字段上使用绑定变量，sql硬解析时，如果窥视到的绑定变量适合全表扫描，那么接下来使用的绑定变量如果适合使用索引，就会有多种不同选择： 7.1
时间获取 获取当前时间 now() mysql> select now(); +---------------------+ | now() | +-------------...--------+ | 2017-06-13 14:02:16 | +---------------------+ sysdate() mysql> select sysdate(); +-------...---------+ 1 row in set (0.00 sec) 同now()函数不同的是，now()在执行开始时得到，sysdate()在函数执行时动态得到。...星期几：DAYOFWEEK(Date) 1=星期天,2=星期一,……7=星期六,ODBC标准 mysql> select DAYOFWEEK('2017-06-06'); +------------...%v 周 (01-53) 星期一是一周的第一天，与 %x 使用 %W 星期名 %w 周的天 （0=星期日, 6=星期六） %X 年，其中的星期日是周的第一天，4 位，与 %V 使用 %x 年，其中的星期一是周的第一天
创建触发器 8.2.1 触发器触发次序 8.2.2 创建DML触发器 8.2.3 创建替代(INSTEAD OF)触发器 8.2.3 创建系统事件触发器 8.2.4 系统触发器事件属性 8.2.5 使用触发器谓词...由于触发器是触发语句的一部分，触发语句被提交、回退时，触发器也被提交、回退了。 l 在触发器主体中调用的不论什么过程、函数，都不能使用事务控制语句。...l 条件谓词：当在触发器中包括多个触发事件（INSERT、UPDATE、DELETE）的组合时，为了分别针对不同的事件进行不同的处理，须要使用ORACLE提供的例如以下条件谓词。...问题：当触发器被触发时，要使用被插入、更新或删除的记录中的列值，有时要使用操作前、 后列的值....当建立在模式(SCHEMA)之上时，仅仅有模式所指定用户的DDL操作和它们所导致的错误才激活触发器, 默认时为当前用户模式。
在Oracle中准确来说一个礼拜是从星期日开始到星期六结束的，其中时间差以天数为单位。...SYSDATE：取得当前的日期和时间,类型是DATE.它没有参数.但在分布式SQL语句中使用时,SYSDATE返回本地数据库的日期和时间....SYSTIMESTAMP：9i新增函数，返回当前系统的日期时间及时区。...） UTC：协调世界时间（我们现在用的时间标准）,比GTM更加标准，UTC=GMT CST：中央标准时间 CDT：中部夏令时 PST：太平洋时间 PDT：太平洋夏令时 EST: 东部标准时间 EDT...HOUR 匹配的结果中没有加上时区，因此在中国运行的结果小 8 小时。
---- 1、安装到全局环境中 这里的全局环境是指R的默认包路径（在R中通过.Library查看），与之相反的是后文中使用renv所创建的隔离环境。.../anaconda/miniconda", pip_options = "-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple" ) 当想重装python环境时，...---- 2、安装到隔离的R环境中 SCP会牵扯许多依赖包，如果不想干扰当前的环境，比如一些依赖包的版本不想在安装时被改变，或者想将SCP及其依赖包设定在一个固定版本避免更新，来保证重复性，我们可以使用...dbplyr。...有两种解决办法： 在R console加载运行SCP，或者取消Rstudio所有的启动后加载功能； 在你的home目录下或者R project目录下, 新建.Rprofile（它是R的启动文件，会在R环境启动时自动加载
14、replace(字段名,待查找的子串,用于替换查找到的子串) 从字段名中检索需要替换的子串,并使用用于替换查找到的子串进行替换 ?...(2)trunc 用于截断日期 i、截取今天,去掉时分秒 select sysdate,trunc(sysdate,'dd') from dual ?...3、add_months(日期,要加的月份) 返回在指定的日期后，加上n个月后的日期 select add_months(sysdate,3) from dual ?...6、 extract 日期提取函数 i、从日期中提取年份 SELECT EXTRACT(YEAR FROM sysdate) FROM dual; ?...vvi、获取当前时间的时(24小时制) select TO_CHAR(sysdate,'hh24') from dual ?
每当一个特定的数据操作语句（insert update delete）在指定的表上发出时，Oracle自动执行触发器中定义的语句序列。...对于其中的每个数据行，只要它们符合触发约束条件，均激活一次触发器； 在行级触发器中，使用:old 和:new 伪记录变量，识别值的状态 语句触发器将整个语句操作作为触发事件，当它符合约束条件时，激活一次触发器...既可以是单个触发事件，也可以是多个触发事件的组合（只能使用OR逻辑组合，不能使用AND逻辑组合）。...条件谓词：当在触发器中包含多个触发事件（INSERT、UPDATE、DELETE）的组合时，为了分别针对不同的事件进行不同的处理，需要使用ORACLE提供的如下条件谓词。 1）。...raise_application_error用于在plsql使用程序中自定义不正确消息。
禁止商业或二改转载，仅供自学使用，侵权必究，如需截取部分内容请后台联系作者!...这可以通过I²统计量或Q统计量来完成。固定效应和随机效应模型：根据异质性的大小，选择使用固定效应模型（假设所有研究共享相同的效应量）或随机效应模型（允许不同研究有不同的效应量）。...获取该模型中微生物物种的效应值和效应值误差，它们将用于后续荟萃分析。...函数d_fromlm: 计算线性模型t值的标准偏差SE_d: 计算t值的标准偏差的标准误，该值用于荟萃分析asin_trans: relative abundance数据转换（线性模型要求数据服从正态分布...ANCOMBC分析使用ANCOMBC方法对每个研究的gender（male vs female）进行差异分析，获得每个数据集的差异分析结果即每个物种的效应值和效应值标准误差。
SELECT TRUNC (LAST_DAY (SYSDATE)) "Last day of current month" FROM DUAL; 获取当前年份的第一天 每年的第一天都是1 月1日，这个查询语句可以使用在存储过程中...DUAL; 获取两个日期之间的天数 使用这个语句来获取两个不同日期自检的天数。...SELECT ADD_MONTHS (TRUNC (SYSDATE, 'MONTH'), i) start_date, TRUNC (LAST_DAY (ADD_MONTHS (SYSDATE..., i))) end_date FROM XMLTABLE ( 'for $i in 0 to xs:int(D) return $i' PASSING XMLELEMENT (..., 'YEAR') - 1, 12), SYSDATE))) COLUMNS i INTEGER PATH '.'); 获取直到目前为止今天过去的秒数
在Oracle数据库中，Oracle to_date()函数是我们经常使用的函数，下面就为您详细介绍Oracle to_date()函数的用法 to_date()与24小时制表示法及mm分钟的显示：...一、在使用Oracle的to_date函数来做日期转换时，很多Java程序员也许会直接的采用“yyyy-MM-dd HH:mm:ss”的格式作为格式进行转换，但是在Oracle中会引起错误：“ORA 01810...1.日期格式参数 含义说明 D 一周中的星期几 DAY 天的名字，使用空格填充到9个字符 DD 月中的第几天 DDD 年中的第几天 DY 天的简写名 IW ISO标准的年中的第几周... IYYY ISO标准的四位年份 YYYY 四位年份 YYY,YY,Y 年份的最后三位，两位，一位 HH 小时，按12小时计 HH24 小时，按24小时计 MI 分 ...,sysdate - interval ’7’ MINUTE from dual //当前时间减去7小时的时间 select sysdate - interval ’7’ hour from dual
因此，在整合不同样本的情况下，即使使用相同基因集为相同细胞打分，也会产生不同的富集评分； SCSE 使用基因集所有基因的归一化的总和来量化基因集富集分数； Vision 使用随机签名的预期均值和方差对基因集富集分数进行...； AUCell 基于单个样本中的基因表达排名,使用曲线下面积来评估输入基因集是否在单个样本的前5%表达基因内富集； UCell 基于单个样本的基因表达排名，使用Mann-Whitney U统计量计算单个样本的基因集富集分数...使用全局表达谱对差异分数进行标准化。 标准化这一步容易受样本构成的影响。 JASMINE 根据在单个细胞中表达基因中的基因排名和表达基因中基因集的富集度计算近似平均值。...3.irGSEA支持的基因集打分方法 为了方便用户获取MSigDB数据库中预先定义好的基因集，我们内置了msigdbr包进行MSigDB的基因集数据的获取。...msigdbr包支持多个物种的基因集获取，以及多种基因格式的表达矩阵的输入。
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