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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

在散点图中,随机抖动点以减少过度绘制 尺度:每个几何属性都有一个函数,称为尺度;比例控制从数据到几何属性的映射,以确保数据值对该几何属性有效。此外,在统计变换之前执行缩放。...例如,对于位置,用线性比例变换连续值,并将分类值映射到整数;对于颜色,将连续变量映射到HCL颜色空间中的平滑路径,将离散变量映射到具有相等亮度和色度的均匀间隔的色调,例如,对于位置,连续值被映射到整数;...空图 应该在aes()函数中指定数据帧中需要绘图的任何信息。在本例中,我们通过aes()函数实现美学映射:分别指定x和y变量。但是,只绘制了一个空白的GGPlot。...尺度函数既可用于连续变量,也可用于分类变量。例如,在连续情况下,用刻度填充直方图或密度图;在离散情况下,比例用于填充直方图或条形图,或者在映射颜色、大小或形状时用于散点图。...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中,刻面可以通过两种主要方式执行:网格刻面和包裹刻面。

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Matlab系列之二维图形(上)

要知道,MATLAB是没法真正绘制连续图形的,都是通过”打点“的方式进行绘制,因此要有个离散的概念,比如离散函数y=f(x),然后x的标量数组[x1,x2,x3,......,yn],然后这两个数组在直角坐标系中以点序列的形式表示,于是就形成了离散的图形,而连续图形的表示则是把离散区间进行细化,逼近连续的形式,在视觉上呈现连续的效果,画图的时候,每两个离散点用线进行连接,则可表示出该函数的连续特性...plot plot是最基本的一个二维图形绘制的函数,输入plot(a,b)就可以画出一个分别以a、b为x轴和y轴的图形,基本的调用格式有以下的几种,即: plot(x) plot(x,y) plot(x1...坐标轴设置 在绘图的时候,如果没有对坐标轴进行设置,MATLAB将使用默认模式,即直角坐标系,并自动标记刻度,如果有特定的需要,则可以对坐标轴进行设置,可以设置坐标比例、坐标边界范围以及坐标轴的形式。...子图绘制 子图很常见,就是在一个窗口里布置多个独立的图形,使用subplot函数 subplot(m,n,k)%图形窗口中将有(m x n)幅子图,k是当前子图的编号,编号从左到右,从上到下增加 subplot

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    信号与系统实验一 信号在MATLAB中的表示

    观察并熟悉应用这些信号的波形和特性。 【实验原理】 连续信号的MATLAB表示 信号是消息的表现形式与运送的载体。自变量在整个连续区间内都有定义的信号,称为连续时间信号,简称连续信号。...然而,可以利用连续信号在等时间间隔点的取样值来近似表示连续信号,即当取样时间间隔足够小时,这些离散样值能被MATLAB所处理,并且能够较好地近似表示连续信号。...离散序列通常用x(n),f(n)表示,自变量必须是整数。对于任意离散序列x(n),需要两个向量来表示:一个表示n的取值范围,另一个表示序列的值。类似于连续时间信号,离散时间信号也有一些典型的序列。...(y);%取该函数的实部 stem(n,z),grid on;%绘制图像并设置网格线 axis([-10,10,-2,2]);%设置坐标轴范围 xlabel('n');%设置横轴标签 ylabel('z...除了对于以前知识的回顾,我也掌握了许多新的知识,例如用plot函数作图,axis 命令提供了许多用于设置图形的比例、方向和纵横比的选项。

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    我的Python分析成长之路10

    轴名称,可以指定位置、颜色、字体大小等参数     plt.xlim:指定当前图形x轴的范围,只能确定一个数值区间,而无法使用字符串标识     plt.ylim:指定当前图形y轴的范围,只能确定一个数值区间...        直方图是一种条形图,用于给出值频率的离散显示。...数据被分隔成离散的,均匀间隔的箱,并且绘制每个箱中数据点的数量.一般用横轴表示        数据类型,用纵轴表示数量或者占比。         ...plt.plot()   5.饼图           饼图是将各项大小与各项总和的比例显示在一张“饼”上,以“饼”的大小确定所占的比例。         ...        autupct:指定数值的显示方式     6.箱型图         箱型图也称箱须图,其绘制需要常用的统计量,能提供有关数据位置和分散情况的关键信息,尤其在比较不同特征时,更可表现其分散程度

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    ggplot2|详解八大基本绘图要素

    直方图 单变量连续变量:可绘制直方图展示,提供一个连续变量,画出数据的分布。...区分与联系: 直方图把连续型的数据按照一个个等长的分区(bin)切分,然后计数画柱形图。 柱状图是把分类数据,按类别计数。...箱式图 箱线图通过绘制观测数据的五数总括,即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值,描述了变量值的分布情况。...1.2 颜色标尺“第三个”单词选择方法 根据第三个单词的不同,更换的颜色分为以下几种 1)离散型:在颜色变量是离散变量的时候使用,比如分类时每一类对应一种颜色 manual 直接指定分组使用的颜色 hue...2 坐标轴标尺修改(x , y) 本部分主要是对坐标轴做如下改变, 更改坐标轴名称 更改x轴上标数的位置和内容 显示对一个轴做统计变换 只展示一个区域内的点 更改刻度标签的位置 实现上面的这些可以使用scale_x

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    探索性数据分析,Seaborn必会的几种图

    本文从实际需求出发,重点放在数据中多个变量关联性的探索上,依据探索的数据类型为连续型或是离散型,将Seaborn常见的图进行简单分组,既方便记忆,又可以从多种图的比较中意识到何时何地该该使用何种图。...离散变量VS连续变量 boxplot 箱形图,用作显示一组数据的分散情况。...参数说明: 这里我们传入的data是DataFrame格式,x,y,hue是其中的col_name。 x列需要是离散变量,y列需要是连续变量。...高阶绘图函数 catplot seaborn.catplot 是一个将分类图绘制到FacetGrid上图级别接口。...这是一个坐标轴级的函数,如果没有提供给ax参数,它会将热力图绘制到当前活动的轴中。

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    ggplot2包图形参数(坐标轴、分面、配色)整理

    ---- 目 录 4 坐标轴 4.1 交换x轴和y轴 4.2 坐标轴显示直线 4.3 设置连续型坐标轴范围 4.4 坐标轴顺序 4.5 设置坐标轴缩放比例 4.6 刻度线和刻度标签 4.7 坐标轴标签...分面 5.1 使用分面将数据分割绘制到子图中 5.2 在不同坐标轴下使用分面 5.3 修改分面的文本标签 5.4 修改分面标签和标题的外观 6....配色 6.1 设置对象的颜色 6.2 将变量映射到颜色上 6.3 对离散型变量使用不同的调色板 6.4 对离散型变量使用自定义调色板 6.5 使用色盲友好型调色板 6.6 对连续性变量使用自定义调色板...() # 设置连续性x轴的最小值和最大值 ylim() # 同上 ylim(0, max(PlantGrowth$weight)) # y轴最大值为weight变量的最大值 ylim()是scale_y_continuous...coord_fixed() # 默认1:1,指坐标轴单位长度表示的数值范围是1:1 coord_fixed(ratio=1/2) # 通过设定参数ratio可以指定其他固定比例 可以在scale_y_continuous

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    这些条形图的用法您都知道吗?

    :用于设置条形图的其他属性信息,如统一的边框色、填充色、透明度等; width:用于设置条形图的宽度,默认为0.9的比例; binwidth:该参数在条形图中已不再使用,但可以使用在绘制直方图的geom_histogram...(data = df, # 指定绘图数据 # 指定x轴和y轴的变量 mapping = aes(x = Province, y = GDP)) + # 绘制条形图...如上图所示,使用grid.arrange函数将两张图组合在一个图框内,其中左图是使用geom_bar函数直接生成的原始图形,右图则是在左图的基础上添加了三项功能,分别是条形图的排序(代码中reorder...在实际应用中,对于单离散变量和单数值变量的条形图,右图会更加受欢迎,因为它更加直观(借助于排序可以迅速地发现柱子的最高、最低及差异;借助于数值标签可以明确地得知各离散水平下的具体值;借助于参考线可以比较哪些水平值高于平均水平...对于数值型变量有两个,离散型变量有一个的数据该如何绘制条形图呢(如常见的环比、同比问题),这里提供一个解决思路,那就是使用对比条形图。

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    数据挖掘从入门到放弃(五)seaborn 的数据可视化

    2、数量统计图(离散变量):countplot() # 2、数量统计图(离散变量):countplot() # 分布图一般是针对连续性的特征属性,当特征属性是离散的时使用countplot()方法查看特征属性值的个数统计量...axis3) = plt.subplots(1,3,figsize=(15,5)) sns.countplot(x='sex', data=tips, ax=axis1) # countplot() 可以绘制两个离散值之间的统计关系图...3、两个变量的散点图:scatterplot() # countplot() 中x和y只能指定一个,指定x轴则y轴展示数量,指定y轴则x轴展示数量 fig,(axis1,axis2,axis3) = plt.subplots...,在x和y轴绘制分布图,在中心绘制散点图; # seaborn.jointplot(x, y, data=None, kind='scatter', stat_func=None, color=None...()函数,直观绘制曲线图 # 若输出值域是离散值,我们可以将其转换成1/0 # 这里值域是个连续性的,所以我们把sex转换为1和0,探究一下 tips['sex'].replace('Female',0

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    五分钟入门数据可视化

    离散变量和连续变量: 离散变量是指其数值只能用自然数或整数单位计算的则为离散变量. 例如,企业个数,职工人数,设备台数等,只能按计量单位数计数,这种变量的数值一般用计数方法取得....反之,在一定区间内可以任意取值的变量叫连续变量,其数值是连续不断的,相邻两个数值可作无限分割,即可取无限个数值....seaborn 饼图 饼图是常用的统计学模块,可以显示每个部分大小与总和之间的比例。在 Python 数据可视化中,它用的不算多。我们主要采用 Matplotlib 的 pie 函数实现它。...在 Matplotlib 中,我们使用 plt.pie(x, labels=None) 函数,其中参数 x 代表要绘制饼图的数据,labels 是缺省值,可以为饼图添加标签。...Matplotlib 总结 在 Python 生态系统中绘制数据是一件好事也是一件坏事。绘制数据的工具有很多可供选择既是一件好事也是一件坏事,尽力搞清楚哪一个工具适合你取决于你要实现什么。

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    《数据可视化基础》第一章:把数据放到图表上

    要是有兴趣还等不及更新的话,可以直接看原版书籍:https://serialmentor.com/dataviz/ 所谓的数据可视化 我们在很多文章当中可以看到各种各样的图形,例如:散点图、条形图、热图...将数据值放到图形上 一个图形而言包括很多组成部分,例如图形的位置、形状、大小、颜色、线条宽度、线条类型等等等等。我们将图形当中的每一个部分叫做标度(scale)。...美国四个地点的每日温度的例子,我们把温度值映射到Y轴,把每天的日期映射到X轴,把不同的地区映射到颜色上,最后通过线条来可视化这些结果,就有了下的这个图形。 ?...同样的,如果我们把不同地区映射到Y轴,然后把温度映射到颜色上,最后通过正方形来可视化结果。然后就有了?的热图 ? 以上两个图形都是使用了x轴、y轴和颜色三个标度。...的图,就是有x、y轴的位置标度、颜色标度、大小标度和形状标度,五个标度来呈现一个图形。 ?

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    D3比例尺与坐标轴

    连续比例尺有以下几种通用方法: continuousScale(x):向比例尺函数中传入一个定义域内的值,返回在值域内对应的值。...类似于线性比例尺,区别是在计算输出的值域之前对定义域的值应用了指数变换。每个输出值y可以表示为x的一个函数:y = mx^k + b。...b.分段比例尺 分段比例尺类似于序数比例尺,区别在于分段比例尺的的定义域的值可以是连续的数值类型,而离散的值域则是将连续的定义域范围划分为均匀的分段。分段通常用于包含序数或类别维度的条形图。...; 分位数比例尺是将离散的定义域映射到离散的值域; 序数比例尺是将离散的定义域映射到离散的值域; 分段比例尺是将离散的定义域映射到离散的值域; 坐标轴 以下为含有坐标轴的柱状图代码示例: import...最后再将最大值乘以1.2,这是为了散点图不会有某一点存在于y坐标轴边缘上。

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    60种常用可视化图表的使用场景——(上)

    9、密度图 密度图 (Density Plot) 又称为「密度曲线图」,用于显示数据在连续时间段内的分布状况。...条形图的离散数据是分类数据,针对的是单一类别中的数量多少,而不会显示数值在某时间段内的持续发展。...堆叠式条形图共分成两种: 简单堆叠式条形图。将分段数值一个接一个地放置,条形的总值就是所有段值加在一起,适合用来比较每个分组/分段的总量。 100% 堆叠式条形图。...比例面积图通常使用正方形或圆形,常见技术错误是,使用长度来确定形状大小,而非计算形状中的空间面积,导致数值出现指数级的增长和减少。...误差线总是平行于定量标尺的轴线,可以是垂直或水平显示(取决于定量标尺是在 Y 轴还是 X 轴上)。 推荐的工具有:AnyChart、Highcharts、plotly、Vega。

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    数据分析与数据挖掘 - 08图形绘制

    首先我们来学习一下bar()函数,它的功能是在x轴上绘制定性数据的分布特征,也就是柱状图。使用方法是plt.bar(x,y),其中x表示在x轴上的定性数据的类别,而y表示每种定性数据的类别的数量。...关于scatter的参数: x就表示x轴上的值 y就表示y轴上的值 s表示散点标记的大小,这个是可选项 c表示散点标记的颜色,可选项 cmap表示将浮点数映射成颜色的颜色映射表 让我们通过一段代码的演示...6 棉棒图 下面我们来讲解一下棉棒图的绘制方法,棉棒图主要用来绘制离散有序的数据,使用方法是plt.stem(x,y)。关于它的参数有: x:用来指定棉棒的x轴基线上的位置。 y:棉棒的长度。...直方图擅长总结和描述连续型数据的分布,而柱状图更加的擅长描述和总结离散型数据的分布,所以你在未来的应用场景中,首先判断数据的特点,然后再决定使用什么图形去描述这些数据。...饼图同样适用于离散型数据的占比情况,比如班级内男女性别比例,公司销售业绩每月在全年中的占比情况等等。对于比例分布的场景,饼图都是非常适合的。

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    pyecharts-10-箱型图绘制

    Pyecharts-10-绘制箱型图 本文中介绍的是如何利用pyecharts绘制箱型图。由于箱线图不像柱状图、折线图那样简单常见,许多人都对它敬而远之。...两种数据 连续型数据 离散型数据 箱型图介绍 5个统计量 绘图 常见的两种数据 在数值型数据中,常见的数据类型有两种:连续型数据和离散型数据,分别解释为: 连续型数据 连续型数据:在一定区间内可以任意取值的变量叫连续变量...箱型图 箱线图(Boxplot)也称箱须图(Box-whisker Plot),是利用数据中的五个统计量:最小值、第一四分位数、中位数、第三四分位数与最大值来描述数据的一种方法。...反映一组或多组连续型定量数据分布的中心位置和散布范围 分析不同类别数据各层次水平差异,还能揭示数据间离散程度、异常值、分布差异等 5个统计量 箱型图中存在5个统计量,它们分别是: 最小值 下四分位数Q1...中位数 上四分位数Q3 最大值 ?

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    【D3.js - v5.x】(2)绘图 | 比例尺 | 坐标轴 | 柱状图 | 过渡

    绘制矩形 本文绘制一个横向的柱形图。只绘制矩形,不绘制文字和坐标轴。 在 SVG 中,矩形的元素标签是 rect。...比例尺 比例尺是 D3 中很重要的一个概念,为什么需要比例尺: 上一章制作了一个柱形图,当时有一个数组: var dataset = [ 250 , 210 , 170 , 130 , 90 ]; 绘图时...D3 提供了多种比例尺,下面介绍最常用的两种。 线性比例尺 线性比例尺,能将一个连续的区间,映射到另一区间。要解决柱形图宽度的问题,就需要线性比例尺。...但是,这些值都是离散的,线性比例尺不适合,需要用到序数比例尺。...下面,在上一章的数据和比例尺的基础上,添加一个坐标轴的组件。

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    20个小技巧,让数据可视化图表更专业!

    2、根据正负值选择合适的绘图方向 绘制水平条形图时,在Y轴左侧绘制负值,在Y轴右侧绘制正值,不要把正负值绘制到轴同一侧。 垂直柱状图同理。 3、从0基线开始绘制柱状图 截断Y轴会导致表达失真。...4、折线图使用自适应Y 轴比例 对于折线图,如果始终将 Y 轴比例限制为从0开始可能会使图表过于平坦,无法表达趋势变化。...由于折线图的主要目标是表示趋势,比较合理的是根据数据范围调整比例,保持折线上下高度占据 Y 轴范围的三分之二。...但双轴图表不仅难以阅读,而且还会误导观众,以为代表了 2 个数据系列之间的比较。 大多数用户不会密切关注双轴比例差异,只是浏览图表,可能得出错误的结论。...发散调色板是两个连续调色板的组合,中间有一个中心值(通常为零)。通常,不同的调色板会传达正值和负值。确保颜色也符合“消极”和“积极”表现的概念。

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    信号与系统实验三 信号的卷积计算

    y的非零样值的宽度 t=t0:p:(t3*p+t0); %确定卷积和y非零样值的时间向量 subplot(2,2,1) plot(t1,x1) %在子图1绘x1⑴时域波形图 title('x1') xlabel...(2,2,3) plot(t,y); %画卷积y(t)的时域波形 g=get(gca,'position'); %获取坐标轴的未知属性 g(3)=2.5*g(3); set(gca,'position'...y'); %作出离散序列y的图 【实验感悟】 通过本次实验,我学会了连续时间信号的卷积积分与离散时间信号的卷积和的matlab的实现方法,掌握了conv命令的用法:conv(u,v)返回向量u和v的卷积...在实验中,我也遇到了一些问题,在计算连续时间信号的卷积积分时,我没有将y乘一定的比例系数,导致得到的结果幅度很大,如下图所示: 从出来的结果可以看到,如果不乘以dT,那么所得结果会比原始数据大出很多倍...除此以外,在计算离散时间信号的卷积和时,我最初没有命令序列的起点,导致x1和x2的起点都是从1开始的,通过查阅官方文献得知,绘制离散信号时应提前规定序列的起点,即命令自变量的取值范围。

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    散点图及数据分布情况

    'jitter')#等同于geom_jitter()函数 cw_sp+geom_point(position=position_jitter(width = 5,height = 0)) *对于一个离散型数据轴和一个连续型数据轴...A:边际地毯图实际上是一个一维的散点图,可以用于展示每个坐标轴上数据的分布情况,调用geom_rug()函数即可。...当x轴y轴都是分类变量的时候,气泡图可以表示网格点上的变量值 ##使用数据集HairEyeColor包含了592个学生头发眼睛颜色的分布 # 创建一个数据框,对男性组和女性组计数求和 hec 一个连续变量和一个离散变量到y和x即可 #依旧使用MASS包里的小孩数据集(小孩体重太低的因素,比如之前我们一直谈的小孩们妈妈抽烟) low age...传递一个指定x和y带宽的向量到h,这个参数会被传递给实际生成密度估计的函数kde2d().在本例中,我们将在x,y轴方向上生成一个更小的带宽,以使密度估计对数据的拟合程度更高。

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    数据分析中10种常见的可视化图例

    数据类型:单变量的连续值 使用场景:数据的分布及异常值检测 表达形态:用矩形代表4分位间距,中值由框内的一条线表示,异常值绘制为单个点。...局限:每个类别内的元素不能太多,一般不大于6。 5 多纳图 实际上,饼图是更为常见的,英文为Sector Graph,又名Pie Graph。饼图显示一个数据系列 中各项的大小与各项总和的比例。...数据类型:多变量的多个维度 使用场景:表达复杂变量的整体性能,以及多个维度的整体特性 表达形态:多个轴代表多个维度,不同颜色线代表不同的变量,轴上的点组成的面积形状代表整体衡量。...表达形态:每个递减的梯形代表一个类别的阶段,每个梯形的比例宽度代表了该类别的值。...数据类型:多个连续的变量 使用场景:以颜色密度表达变量之间的关系,典型的是两个变量之间的关系 表达形态:两个变量分别是x、y轴,颜色深浅代表对应点的值的大小。

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