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比对软件BWA及其算法（下）

工欲善其事必先利其器前言关于比对软件BWA前面我们介绍了序列比对之BWA 比对软件BWA及其算法（上）今天再来细说一下BWA-MEM 一、BWA-MEM2介绍与下载使用 BWA-MEM是李恒大神于...2010在bioinformatics发布的一款比对软件 Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform: https...BWA-MEM2是英特尔并行计算实验室和李恒大神于2019年发布的，运用C++并行计算技术和更高效的处理器指令集加速BWA-MEM算法的比对软件。...Acceleration of BWA-MEM for Multicore Systems: https://ieeexplore.ieee.org/document/8820962 BWA-MEM2源代码和软件下载...3.2 BWA-MEM算法 BWA-MEM算法是BWA-MEM2软件包执行比对的核心部分，用于将测序得到的读段序列比对到参考基因组上。

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生信软件 | Blast (序列比对)

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比对软件BWA及其算法（上）

（如人类基因组）的软件。...BWA软件在压缩参考基因组，构建参考基因组的索引，以及比对过程中使用BWT算法。BWT算法是M. Burrows和D.J. Wheeler最开始提出对较大字符串文本进行压缩的算法。...在我们进行比对过程中，我们利用SA矩阵将BWT矩阵的string按字母表字典中顺序放在一起的特性，可以像检索字典一样实现快速的比对。...例如我们要将序列go比对到参考基因组googol上，那么SA矩阵中所有首字母为g，第二个字母为o的行就是我们比对到的结果。...因此我们知道，如果我们考虑无容错的比对时，我们querying的序列必定会比对到参考基因组的一个SA interval中。

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生信软件，就是赢家通吃：最佳生信比对软件

在生物信息学中，比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。...今天，我将带大家了解几款常用的比对软件，分析它们的功能特点、优缺点，以及它们在不同研究场景中的适用性。 BWA 功能特点 BWA 是一种高效的短序列比对工具，主要用于基因组比对和变异检测。...BLAT 功能特点 BLAT 是一种快速的比对工具，用于在基因组中进行精确的局部比对。它注重速度，适合快速扫描基因组。优点 • 速度快：在局部比对中表现优异，适合快速初步分析。...MAFFT 功能特点 MAFFT 是一种非常快速且灵活的多序列比对工具，支持多种比对模式和参数设置，适合处理大规模数据。优点 • 高速度：采用快速傅里叶变换算法，加快比对速度。...• 多序列比对：在多序列比对任务中，MUSCLE 和 MAFFT 提供了高效的解决方案。希望这篇文章能为大家提供一些指导，帮助你在生物信息学研究中选择合适的比对工具！

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代码比较工具（代码比对软件，比较软件）收集整理

1、Beyond Compare，这个是收费的，有资金可以买一个，的确是非常不错的需要注意的是吧时间戳拿掉，这样就可以加快对比效果

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比对软件STAR创建索引文件（index）

当前可用的RNA-seq比对软件一般比对错误率较高，比对速度慢，受片段长度限制且比对偏差较大。...STAR（Spliced Transcripts Alignments to a Reference，STAR）软件，使用了未压缩后缀阵列中的连续最大可比对种子搜索算法，接着对种子进行聚类和拼接。...STAR在比对速度上胜过其他比对软件50多倍，在一个普通的12核服务器上，每小时比对5.5亿2 x 75 bp双端片段到人类基因组上，同时改进了比对敏感性和准确性。...除了典型转录本外，STAR能够发现非典型剪切和嵌合（融合）转录本，并能够比对全长RNA序列。...STAR的比对分析基本上可以分为两步：一是genomeGenerate(类似于tophat的index)，二是：序列比对。

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生信软件 | needleall (多对多序列比对)

测试是否编译成功 EMBOSS软件包下的needleall软件进入安装目录下的emboss文件夹，将测试输入文件复制到一个目录(这步随意，找到文件即可) 执行命令.

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图像风格迁移软件图像变漫画软件使用教程

图像风格软件是利用深度学习技术研发一款名副其实的AI软件，支持将图片转为10种风格的图像，以下是软件详细信息：软件名称图像风格迁移软件适用平台 Windows7/10 x86/x64系统支持试用...是制作单位未来自主研究中心版权单位未来自主研究中心有无教程无授权方式一机一码可否商用否参考资料 https://firc.gitee.io 软件截图：使用方法：通过拖拽或者点击按钮方法导入图片...，软件支持jpg,png和bmp格式图片，然后点击开始转换，注意图像不能太大，建议800x800以下，支持10种风格样式，实际效果见下图本软件资料参考 FIRC官网：https://firc.gitee.io

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多序列比对软件Jalview的安装及使用体验

软件下载 Jalview为免费软件，可根据电脑系统选择下载，可支持Win、Mac和Linux系统。...使用体验安装好Jalview后，打开软件会自动弹出这些界面，这是该软件的内置信息，目的就是为了展示该软件的主要功能及可视化效果。...可以通过下图大致看到，可以实现以下功能： 1、多序列比对 2、显示保守区间、比对质量和共有序列 3、对多序列比对结果进行编辑 4、构建进化树 5、显示序列的蛋白结构通过如下操作，导入文件，可支持多种文件格式...使用Jalview进行多序列比较，它可以使用的比对方法较多。...各软件的比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。

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生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）

），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。...因其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多倍，因此作为 ENCODE 项目的御用 pipeline 工具。它需要占用大量内存，对计算资源有较高的要求。...2、STAR 比对 STAR --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --runThreadN 20 \ --genomeDir ....其他较慢的比对软件使用的算法通常在拆分 Read 和执行比对之前搜索整个 Read 序列。...如果延伸没有给出良好的比对，那么质量差或接头序列（或其他污染序列）将被软剪切。 ?

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blast比对

全局比对与局部比对例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。...而局部比对软件主要搜索同源序列，例如判断那两个基因是否同源，寻找一段序列的同源序列等，就可以使用局部比对。.../blast/executables/blast+/LATEST/ Manual 使用手册：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/ #软件安装...mamba install -y blast blast 应用程序软件名功能 blastdbcmd 从索引中提取信息 blastn 核酸与核酸比对 blastp 氨基酸与氨基酸比对 blastx

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序列比对：多序列比对与MAFFT

多序列比对算法相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...多序列比对有以下四个要素： A择一组能进行比对的序列（要求是同源序列），例如不同物种的16S rDNA或是其他同类型的基因； B选择一个实现比对与计分的算法与软件； C确定软件的参数； D合理地解释比对的结果...后期的渐进多序列比对软件对这些缺陷进行了改进。...MAFFT；基于一致性算法的工具有ProbCons和MergeAlign，此外还有T-Coffee系列软件。...该软件参数众多，但提供了精确度不同的三个常用模式，以适用不同数据集大小、序列保守性的场景： mafft --maxiterate 1000 --localpair in > out #最准确的方法，

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全局比对

因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。...而局部比对软件主要搜索同源序列，例如判断那两个基因是否同源，寻找一段序列的同源序列等，就可以使用局部比对。...二、mummer 比对 2.1 软件介绍 MUMmer 是 TRIG 在 1999 年开发的，经历了多个版本的更新，现在最新的版本是 3.0，Mummer 的一个最大特点就是比对速度非常快...Mummer 官网介绍该软件是一个多才多艺的软件包，因为它可以完成生物数据分析中很多的功能。Mummer 其实是一个软件包，里面包含了很多工具，这些工具搭配起来使用，可以完成非常多的工作。...找出全局比对的同源序列。首先介绍一下软件包中的mummer软件，mummer的名字来源于Maximal Unique Matcher ，最大唯一性比对。

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sailfish:不需要比对的转录本定量软件

传统的转录组定量分析都是基于比对的结果去定量，根据比对上基因/转录本的reads的数目来确定其表达量，是能够想到的最直接的定量方式。...基于这样的策略，有很多经典的工具被开发来执行这样的任务，虽然软件的运行速度和硬件消耗不断被优化，但是整个比对+定量这条流程的运行时间还是比较长的。...科研人员又开发出一个新的定量思路，叫做Alignment-free RNA quantification, 也就是不需要要比对，直接根据测序reads的特征来定量。...由于不需要比对，相比比对后再定量的思路，其运行速度提高了非常多。...目前基于这个思路的定量软件有以下几种 sailfish salmon kallisto 本文主要介绍sailfish这个软件, 官网如下 http://www.cs.cmu.edu/~ckingsf

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序列比对：双序列比对与BLAST

今天首先为大家介绍双序列比对，也即两条序列（或者多条序列两两之间）进行的比对，常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...BLAST是免费软件，除了在线比对检索服务，也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。...此外，也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到，如下所示：软件下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...，需要根据要比对的序列类型选择软件工具以及数据库，如下所示： Blast算法基于动态规划算法开发。...与BLAST一样，Diamond也需要根据数据库序列制作格式化的序列文件，如下所示：软件下载地址：https://github.com/bbuchfink/diamond diamond makedb

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生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

传统安装三、使用 1、参考基因组比对必需参数可选参数（常用） 2、构建索引官方索引自建索引 3、一个完整例子一、介绍 Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 (...适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组, 如哺乳动物,进行比对)。...可以同时使用多个处理器来极大的提升比对速度。如果目的是对齐两个非常大的序列（例如两个基因组），请考虑使用MUMmer。...Conda 安装 conda install -y bowtie2 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解...linux-x86_64.zip 解压 unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 设置环境变量打开环境变量设置文件 sudo vim /etc/environment 添加软件

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转录组 - 比对

，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍第三列属性的类型，gff和gtf的区别第九列属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀比对...Hisat2, Subjunc 比对内容建索引比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件

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在Python中使用LooseVersion进行软件版本号比对

有时候我们遇到不同的软件版本不同方法处理的情况，此时就需要用到版本号比对的工具。举一个例子说，我们要在python代码中区分numpy版本在1.21.6之前和之后的版本。...虽然我们可以自己手写一个软件版本号识别和比对的简单函数，但是相比之下，LooseVersion的方案会更加的成熟和方便一些。本文主要介绍LooseVersion的一些相关使用场景。...查看软件版本号在python中我们可以使用两种方法来获取一个软件的版本号。...除了标准的版本号比对之外，还可以进行一些错位的比对： # 末位版本号领先 In [4]: LooseVersion('1.21.6') >= LooseVersion('1.21.0') Out[4]...Python中预先内置的LooseVersion就是一个很好的版本号比对工具，不仅仅可以对相同位数或者相同类型的版本号进行比对，还可以进行错位的版本号比对。

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历史上那些经典的RNA-Seq数据比对软件

2009 TopHat TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件，能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。...但江山代有人才出，随着新软件工具的出现，经典也逐渐落幕，现在已经是不推荐使用了。 2013 TopHat2 4年之后，TopHat 迎来了升级版，采用了更先进的比对算法，提供更高的速度和准确性。...它采用独特的分段式比对策略，优化了对基因组的多处比对。具有高效的多线程支持，适用于大规模测序数据。STAR 的开发得到了美国国立卫生研究院国家人类基因组研究所的支持。...这允许使用全局索引找到基因组中潜在读段比对的初始种子位置，并使用相应的局部索引快速细化这些比对。...HISAT / HISAT2中的分层图FM索引见下图：最后小结目前最为流行的 RNA-Seq 数据比对软件是 HISAT2 和 STAR，它们可以说是大浪淘沙后的优胜者。

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STAR--比对

conda info --envs查看conda中的环境用star进行比对要把.fq.gz文件解压为.fq文件#!

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