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肿瘤多区域取样的进化分析七:胶质瘤多区域的WGS和WES揭示肿瘤的演化模式

了解这些残余细胞的分子结构对寻找成功的治疗方法至关重要。与之前关于GBM的多区域取样分析(解决两个问题:(1)初始肿瘤的突变与随后复发的肿瘤的差异有多大?...(2)化疗与一种常用于治疗胶质瘤的药物替莫唑胺(TMZ),会如何影响肿瘤复发的突变?不同的是,本工作重点研究原发肿瘤的基因改变如何影响肿瘤细胞的进化和亚克隆异质性。...(A)利用多区域测序验证克隆和亚克隆分类,分为四类(泛在/克隆、泛在/亚克隆、私有/克隆和私有/亚克隆)。 (B)克隆突变频率与年龄相关,而亚克隆突变频率与年龄不相关。...类似地,在TCGA-06-0211中,该结构表明导致疾病复发的肿瘤细胞主要出现在sector 1。 Figure 6:基于原发和复发性GBM的多区域测序的系统发育树。...导致复发的基因组学过程是高度特异的,但可大致分为线性复发(与原发肿瘤有广泛的遗传相似性,可直接追踪到某个特定区域),分化性复发(与原发肿瘤几乎没有共同的遗传改变,且来源于肿瘤发生早期分裂的细胞)。

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Uber 基于Kafka的多区域灾备实践

我们采用多区域部署策略,将服务与备份一起部署在分布式的数据中心中。当一个区域的物理基础设施不可用时,服务仍然可以在其他区域运行。...这些服务是 Kafka 的下游,并假定 Kafka 中的数据是可用且可靠的。 图 2 描绘了多区域 Kafka 架构。...uReplicator 扩展了 Kafka 的 MirrorMaker,专注于可靠性、零数据丢失保证和易维护性。 - 从多区域 Kafka 集群消费消息 - 从多区域集群消费消息比生产消息更为复杂。...Uber 的很多应用程序使用这种模式消费多区域 Kafka 集群里的消息,而不是直接连接到其他区域。...在这篇文章中,我们简要地强调了在 Uber 多区域 Kafka 集群的总体架构,以及当灾难发生时不同区域的故障转移策略。

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    Azure Cosmos DB介绍及演示

    Azure Cosmos DB 是 Microsoft 提供的全球分布式多模型数据库服务。Cosmos DB是一种NoSql数据库,但是它兼容多种API。...Cosmos DB 将无缝地将数据复制到与 Cosmos 帐户相关联的所有区域,同时,得益于该服务的多导功能,应用程序将继续保持高可用性。 有关详细信息,请参阅全局分发一文。...AlwaysOn 凭借与 Azure 基础结构和透明多主数据库复制的深度集成,Cosmos DB 可为读写操作提供 99.999% 的高可用性。...Cosmos DB 还提供以编程方式(或通过门户)调用 Cosmos 帐户的区域性故障转移的功能。 此功能有助于确保应用程序能够在发生区域性灾难时进行故障转移。...凭借其新颖的多主数据库复制协议、免闩锁及优化了写入的数据库引擎,,Cosmos DB 可保证全球任意位置第 99 个百分位的读取(已编入索引)和写入延迟均低于 10 毫秒。

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    多区域测序分析肺腺癌的瘤内异质性

    这篇文章是2014年发表在Science上,对11例局部肺腺癌样本进行了多区域全外显子组测序(whole-exome sequencing,WES),均有明显的ITH。...Fig.1 结果解析 1.WES检测突变 多区域WES方法(平均深度为277×)鉴定出7269个突变,其中7026个(97%)体细胞突变通过单独定制的捕获测序实验(平均深度为863×)进行验证。...2.肿瘤突变树结构分析 研究ITH的一个有效方法是把一个肿瘤描绘成树状结构,主干代表所有区域普遍存在的突变,分支代表只存在于某些区域的异质突变,私有分支代表只存在于一个肿瘤区域的突变。...突变在主干和分支上的位置反映了相对时间的变化。 将此方法应用于这11例肺腺癌的多区域测序数据。在每个研究的肿瘤中都发现了ITH的证据,不同肿瘤之间的树状结构差异很大(Fig.1)。...使用ABSOLUTE算法评估每个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性,至少29(共48)个肿瘤区域存在区域内亚克隆细胞群。

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    VBA实战技巧13: 同步多工作表指定区域的数据

    很多情形下,我们希望同时在几个工作表中输入同样的数据。我们知道,将工作表组合能够方便地实现数据的同时输入。然而,如果忘记解除工作表组合,则可能误输入不想在所有工作表中都输入的数据。...Array("Sheet2","Sheet1", "Sheet3")).Select Else Me.Select End IfEnd Sub 代码中,SameData是工作表单元格区域的名称...,代表要输入数据且这些数据会同步到其它组合工作表中的单元格区域,示例中为工作表Sheet2中的单元格区域B2:E7。...图1 可以看到,在工作表Sheet2的单元格区域B2:E7中输入的数据将同步输入到工作表Sheet1和Sheet3中相应的单元格区域,而在此区域以外输入的数据则只存在于工作表Sheet2中。...如果你想将工作表Sheet2中输入的数据同步到工作表Sheet1和Sheet3的不同单元格区域中,可以将上述代码修改为: Private Sub Worksheet_SelectionChange(ByVal

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    打造全球最大规模 Kafka 集群,Uber 的多区域灾备实践

    我们采用多区域部署策略,将服务与备份一起部署在分布式的数据中心中。当一个区域的物理基础设施不可用时,服务仍然可以在其他区域运行。...这些服务是 Kafka 的下游,并假定 Kafka 中的数据是可用且可靠的。 图 2 描绘了多区域 Kafka 架构。...uReplicator 扩展了 Kafka 的 MirrorMaker,专注于可靠性、零数据丢失保证和易维护性。 从多区域 Kafka 集群消费消息 从多区域集群消费消息比生产消息更为复杂。...Uber 的很多应用程序使用这种模式消费多区域 Kafka 集群里的消息,而不是直接连接到其他区域。...在这篇文章中,我们简要地强调了在 Uber 多区域 Kafka 集群的总体架构,以及当灾难发生时不同区域的故障转移策略。

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    肿瘤多区域取样的进化分析五:追踪非小细胞肺癌的进展

    目标登记人数为842名患者的样本将被用于高深度、多区域的全外显子组测序,这些患者均为IA至IIIA期手术切除的NSCLC肿瘤。...本工作通过进行多区域的全外显子测序将体细胞突变(编码和非编码单核苷酸变异)和拷贝数变异进行分类,分类成克隆(存在于所有肿瘤细胞)和亚克隆(存在于肿瘤细胞的一个子集)(图1)。...与单样本分析或使用TCGA的NSCLC单样本相比,多区域全外显子组测序发现的突变明显更多。 鳞状细胞癌的克隆突变明显多于腺癌。这一发现可能反映了是由吸烟史的差异。...如果不使用多区域的全外显子组测序,65%的分枝亚克隆簇可能被错误地认为是克隆的。...在具有多区域全基因组测序的拷贝数数据的92个肿瘤中,有62%观察到了这种现象。 染色体不稳定性也可能通过携带克隆突变的基因片段丢失而直接导致突变异质性。

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    把多个DB数据映射到任意Modbus地址开始的数据区域,实现了数据的灵活访问

    摘要: 自V4.0及以上版本的Modbus_Slave指令,可把多个DB数据映射到任意Modbus地址开始的数据区域,实现了数据的灵活访问 1 S7-1200/1500 Modbus RTU 通信概述...自V4.0及以上版本的Modbus_Slave指令,可把多个DB数据映射到任意Modbus地址开始的数据区域,实现了数据的灵活访问,如下图 1-1 所示。...,Data_Area_Array 包含八个元素,本例中使用了3个区域,区域1定义DB10映射到保持性寄存器40001-40005、区域2定义DB11映射到保持性寄存器40021-40025、区域3定义DB12...如果该数据类型的 MODBUS 请求的地址与定义的数据区域不对应,则 STATUS 中会返回一个值 W#16#8383。 db UInt MODBUS 寄存器或位所映射的目标数据块的编号。...注:数据块编号在数据区域中必须是唯一的,不得在多个数据区域中定义相同的数据块编号。数据块必须支持标准访问,并且不得仅存储在装载存储区中。默认从DB中起始地址0.0开始映射。

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    Wiztalk | 097期 温颖《基于博弈论的多智能体信任区域策略优化》

    基于博弈论的多智能体信任区域策略优化 分享专家: 上海交通大学 温颖老师 内容简介: 在游戏中,存在着很多关于多智能体的应用,而更多生动形象的多智能体交互是需要不断的更新优化。...本期上海交通大学的温颖老师将讲述他们团队基于博弈论对多智能体的策略优化所做出的具体工作。耐心看完,相信大家会有所收获。 内容难度:★★★(相关细分领域研究生或专业方向学者适宜内容) ?...点击下方程序小卡片 也可点击“阅读原文”或打开“哔哩哔哩” 搜索关注“Wiztalk”, 一起开启科普知识分享“新视界”~ ---- — 关于Wiztalk — Wiztalk是腾讯高校合作团队打造的一个短视频知识分享系列...,每集10分钟左右,致力于跟随科技的发展以及时代的步伐,使用更为科普化的方式传播最新、最热门、最通用的知识。

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    GPT4RoI:面向区域级图像理解的端到端多模态大模型

    本文将支持自然语言的交互方式的图片级多模态系统向前推进了一步,开发了一套同时支持自然语言与在线画框的交互方式的区域级多模态系统 GPT4RoI,希望在开源社区中贡献一份力量。...,还不能支持区域级逻辑推断 于是,一种支持自然语言与在线画框的交互方式,端到端的,区域级感知和推理的多模态对话系统成为 GPT-4 开源项目的下一个发展方向。...这使得多模态系统既可以实现单区域的理解,也可以实现多区域的理解。这种多区域的理解激发出了一些非常有趣的应用,例如,对区域描述的粒度控制和多区域间的关系推理。...因此,面向区域级理解的多模态大模型需要在 region-text pairs 数据上建立 LLM 和 vision encoder 的区域级对齐。...多区域理解:当用户框选多个区域时,GPT4RoI 能够感知每个区域内的物体。

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    ChaosDB漏洞:泄露了成千上万的微软Azure数据库

    因此,当我们能够完全不受限制地访问数千个微软Azure客户(包括许多《财富》500强公司)的帐户和数据库时,您可以想象我们有多惊讶。...确切地说,Cosmos DB功能中的一系列缺陷造成了安全漏洞,允许任何用户可以下载、删除或操纵大量的商业数据库,以及对Cosmos DB底层架构执行读取/写入访问。...主密钥是攻击者觊觎的目标——它们长期存在,允许对客户数据进行全面的读取/写入/删除访问。...该功能已在2021年2月自动为所有Cosmos DB启用。 Notebook功能中的一系列错误配置打开了一条新的攻击途径,我们得以趁虚而入。...然后,我们可以直接从互联网控制客户Cosmos DB,并拥有全面的读取/写入/删除权限。

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    大会 | AAAI论文:基于强化学习循环查找受关注区域的多标签图像识别

    RARL,即基于强化学习循环发现关注区域,用于解决多标签图像的识别任务。...相比于目前存在的其他方法,该方法在识别精度和效率上都取得极大的提升。本文将详细介绍论文中提出的方法。 多标签图像识别 多标签图像识别是计算机视觉领域一个非常重要且比较难的任务。...近年来,有些工作通过结合物体候选框提取的方法,将深度学习应用于多标签图片识别任务,并取得一定的进展。...相比于目前多标签图片识别的方法,本文提出的方法具有以下两个优点: 1)本文引入视觉注意机制自动的搜索语义关联的局部区域,不需要依赖于物体候选框提取技术,在多标签识别精度和效率上都有极大的提升。...2)本文利用记忆网络直接对不同局部区域的关联进行建模,这可以有效的利用标签共存的情况,进一步提升多标签图像的识别性能。 RARL框架 RARL 的框架如下图所示。

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    VBA汇总文件夹中的多文件的工作表中不同单元格区域到总表

    VBA汇总文件夹中的多文件的工作表中不同单元格区域到总表 【问题】我们发了这样一个表格到各单位收集资料,各单位填写完后上交上来有许多个文件,我们现在想汇总成一年一个表,怎么办?...◆表格是先设定后的一样的格式 ◆收上来后有很多个文件 ◆我们想汇总成这样的“一年一个汇总表” 【难点】正常的做法是一个文件打开---复制2016年的—粘贴………再复制2017年的—粘贴…………再复制...那就加班,再加班 【解决问题】我们的口号是VBA使工作效率提高,不加班 ====【代码】==== Sub 提取多文件一工作表中不同区域汇总() Dim fileToOpen, x, total_file_path...用Application.GetOpenFilename打开一个选择文件的对话框,可以多选,把选择的文件存入到fileToOpen的数据中 2.循环数组, 3.打开一个文件,并复制全部的区域,到指定的2016...====【遇到的坑】==== 本来我想打开一个文件,再用Union所在的区域,最后再复制,但这里遇到问题,也算是学习了, 代码如下: '用GetObject打开文件后 If rn

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    肿瘤多区域取样的进化分析二:食管鳞癌及其前体细胞病变的基因组比较

    食管鳞状细胞癌(ESCC)是食管癌的主要亚型,占全世界食管癌病例的90%,其发病机制、危险因素和基因组结构都与EAC不同。今天我们继续分享关于ECSS的多区域取样分析。...目前仍然不清楚从鳞状异型增生到ESCC的演变过程,特别是关键的致癌事件是如何发生以及在哪个阶段发生的。 对同一患者的前体病变和肿瘤区域进行采样,是研究肿瘤演变过程的一种实用方法。...03 鳞状异型增生与ESCC存在明显的异质性 TD中多(≥3)个样本的患者的异型增生样本和ESCCs突变的区域分布 (Fig. 3a,c,e)。...Fig. 3:典型病例的体细胞突变和系统发育树的区域分布。a-f:热图显示每个病例中所有突变在不同样本之间的区域分布。突变类别与系统进化树线条的颜色对应。树干和树枝的长度与突变数量成正比。...推断TP53突变出现在ESCC早期,大多数突变发生在p53蛋白的DNA结合区域(Fig. 6b)。 TD和NTD中异型增生样本之间,TP53杂合性的损失(LOH)存在显著差异(Fig. 6c)。

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    肿瘤多区域取样的进化分析四:肝癌肿瘤内基因组异质性变化

    此外,多区域测序分析表明在许多癌症中,存在瘤内异质性(ITH)。 根据MLs在肝脏的空间分布分为两组:肝脏组织病变组和肿瘤血栓组(Figure 1),前者包括原发灶和分离的继发灶。...根据其临床病理特征,继发性病变分为肝内转移(IM)和多中心转移(MO)。IMs和MOs有不同的危险因素和预后。卫星结节(SNs)是肝脏组织中一种特殊的继发性显微镜病变,常规的成像方法无法显示。...02 突变分析显示患者的ITH程度不同 每个患者非同义突变的区域分布表明,HCC患者的ITH程度存在显著差异。...PG和MG拷贝数变异的基因组区域差异较大(Figure 5D、E),表明它是独立起源的。 总的来说,每个肿瘤中心都可以独立进化。...这表明P5中所有的病变有着相同的克隆起源(Figure 6C)。 小编总结 对HCC患者中多区域病变的基因组测序,使我们能够评估瘤内异质性,并概括这些病变的克隆关系。

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    肿瘤多区域取样的进化分析六:复发的神经母细胞瘤表现频繁的RAS-MAPK通路突变

    背景介绍 有研究对389个原发性神经母细胞瘤的诊断时的样本进行新一代测序,这些发现了相对较少的体细胞突变,ALK的激活突变和ATRX的失活突变是最常见的,但这些每一个基因突变的病例不到10%。...结果解析 01 克隆进化 首先分析了导致氨基酸变化或位于外显子3 bp内的剪接位点区域,以及包含5个或更少基因的区域的局灶性结构畸变的体细胞突变的测序数据。...此外,评估所有复发性肿瘤突变的CCF中值为83%,而所有原发性肿瘤突变的CCF中值为75%,这表明复发时突变子集的克隆富集。...在原发和配对的复发肿瘤中,受较小的结构事件和染色体拷贝数改变影响的基因的比较显示了类似的结果,其中有一个子集的畸变是相同的(Fig. 1c,d) 02 激活RAS-MAPK信号的突变的富集 对患者的复发样本的全基因组测序数据进行无偏倚通路分析...接下来,识别了Cancer Gene Census标注的已知的突变基因,然后关注在COSMIC中标注的突变的热点区域,以识别注释到该通路的事件。23例复发样本中有15例包含符合这些标准的体细胞突变。

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    NASA:ARCTAS 区域的二级 FIRSTLOOK 气溶胶产品子集。 它包含气溶胶光学深度和粒子类型,以及相关的大气数据

    MISR L2 FIRSTLOOK Aerosol Product subset for the ARCTAS region V001 简介 这是 ARCTAS 区域的二级 FIRSTLOOK 气溶胶产品子集...它包含气溶胶光学深度和粒子类型,以及相关的大气数据,是利用前一时期的辅助输入数据制作的。...subset for the ARCTAS region V001是一个包含地球观测卫星MISR(Multi-angle Imaging SpectroRadiometer,多角度成像光谱仪)仪器获取的大气气溶胶数据的子集...ARCTAS项目旨在研究北极地区的大气成分,特别是气溶胶的分布、组成和影响。 MISR仪器通过多角度观测地球表面,能够提供多角度的遥感数据。...MISR L2 FIRSTLOOK Aerosol Product subset就是基于MISR仪器获取的遥感数据中的气溶胶产品子集。

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    肿瘤多区域取样的进化分析三:突变分析揭示复发性胶质瘤的起源和治疗driver进化

    BRAF V600E在3/6个最初肿瘤不同位置区域中,二复发的7个不同位置样本均缺乏这种突变。这些结果表明尽管BRAF 突变通常具有增殖优势,但该突变的克隆没有扩增。...,该突变引发异常剪接、过早终止和生长抑制所必需的RB1 C-末端区域的丢失(Fig. 3C)。...最后,在体外验证了TMZ相关的MTOR S2215F (Ser2215→Phe)突变,在1号患者的复发肿瘤中是结构性突变激活的,此外该复发肿瘤的邻近区域显示异质mTORC1活性(Fig. 3E)。...显微解剖显示,尽管这些相邻区域共享了在初始肿瘤中发现的突变的一个子集,MTOR S2215F等TMZ相关突变仅存在于mTORC1活化较强的区域,该区域增殖标记物Ki-67染色较高,提示TMZ相关突变具有增殖作用...远端第二复发包含了相同的TMZ相关突变,且mTORC1靶细胞染色强烈且均匀。虽然第一次复发的两个区域均为GBM,但高突变的亚克隆在体内进行了选择,向远端侵袭,并播下了第二次复发的种子。

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    【第二部:容器和微服务架构】(3)Docker应用程序中的状态和数据

    在大多数情况下,可以将容器视为流程的实例。进程不保持持久状态。虽然容器可以写入其本地存储,但假设实例无限期地存在,就像假设内存中的单个位置是持久的一样。...以下解决方案用于管理Docker应用程序中的数据: 从Docker主机,作为Docker卷: 卷存储在Docker管理的主机文件系统的一个区域中。...tmpfs挂载就像虚拟文件夹,只存在于主机的内存中,从不写入文件系统。 从远程存储: Azure存储提供了地理分布存储,为容器提供了一个良好的长期持久性解决方案。...远程关系数据库,如Azure SQL数据库或NoSQL数据库,如Azure Cosmos DB,或缓存服务,如Redis。 从Docker容器: 覆盖文件系统。...此Docker功能实现了一个写时拷贝任务,该任务将更新的信息存储到容器的根文件系统中。该信息位于容器所基于的原始图像的“顶部”。如果容器从系统中删除,则这些更改将丢失。

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    肿瘤多区域取样的进化分析一:食管鳞状细胞癌的空间瘤内异质性和时间克隆进化

    在本研究中,通过整合分子方法解决这些关键问题,包括多区域全外显子组测序(M-WES,multiregion whole-exome sequencing)和全局甲基化分析,以及系统发育和系统表观遗传学树的构建...结果解析 01 ESCC肿瘤内空间异质性 13个患者的基因组DNA进行M-WES检测,对每个患者测肿瘤的4个区域(共51个肿瘤区域,样本ESCC04未测4个区域),还有1个匹配的正常的食管组织样本(共13...为了探索ITH和ESCC的基因组进化,在每个肿瘤区域识别的体细胞突变(包括沉默突变和非沉默突变)的基础上建立系统发育树,每棵树的主干、“共享”分支和“私有”分支分别代表在所有肿瘤区域的突变、在部分但不是全部肿瘤区域的突变和仅在一个肿瘤区域的突变...一些TSGs在同一病例中的部分肿瘤区域发生的启动子发生高甲基化,说明其在不同肿瘤区域的表达可能受到不同程度的抑制。...小编总结 本工作对13例ESCC样本组织的不同位置进行多区域全外显子组测序分析和全局甲基化分析,构建了系统发育和系统表观遗传学树,发现ESCC的瘤内具有空间上的异质性,识别了肿瘤早期和晚期的突变基因,发现拷贝数和甲基化都具有瘤内异质性

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