向ggplot2 R中的重叠直方图添加图例 - 腾讯云开发者社区

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本需要示例数据和代码点赞点击在看然后在后台留言 20210605 就可以了小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python

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R语言之可视化①⑨子ggplot2中的图例修改

目正文自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...# 设置图例中的标题 basic + theme(legend.title = element_text(face = "bold")) ?

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R语言ggplot2杂记：图例去掉灰色背景、添加椭圆和圆形分组边界

常规气泡图的图例示例数据就直接用内置的鸢尾花的数据集了 library(ggplot2) colnames(iris) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...我开始想复杂了，以为需要去图例相关的参数里进行设置，原来直接更改点的形状就好了，给shape参数设置成21就好了 ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...image.png 这里还可以看到图例是带灰色背景的，如果想要去掉怎么办呢？...image.png 添加椭圆的分组边界用到的是stat_ellipse()函数 ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length, y=...image.png 添加圆形的分组边界用到的是ggforce这个包里的geom_circle()函数 library(ggplot2) library(ggforce) colnames(iris)

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2山脊图添加辅助线图例添加到左下角

，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure2a image.png 主要知识点如何在山脊图上添加辅助线另外一个知识点是如何把图例放到整个图的左下角...，这里通过一个求平均值的函数实现，如果是任意数值应该怎么做暂时想不到方法添加文本 new.df %>% group_by(new_col01,new_col02) %>% summarise...x=mean_value, label=round(mean_value,2)), hjust=1.5,color="#2772a7") 绘制图例...label=round(mean_value,2)), hjust=1.5,color="#2772a7")+ labs(x=TeX(r"...unit(c(0.1,0.1,0.1,1),'cm'))+ annotate(geom = "text", x=0.8,y=1.5, label=TeX(r"

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2频率分布直方图和散点图添加误差线

www.nature.com/articles/s41586-022-05275-y s41586-022-05275-y.pdf 代码没有公开，但是作图数据基本都公开了，争取把每个图都重复一遍今天的推文重复论文中的...extended Figure4 频率分布直方图和散点图添加误差线首先是图a频率分布直方图 library(readxl) dat<-read_excel("extendFig4.xlsx",...sheet = "Panel a") dat colnames(dat)<-"Var1" library(ggplot2) library(ggh4x) ggplot(data=dat,aes(x

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「R」魔性的ggplot2，多个图例时顺序会变？

今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2柱形图添加误差线和频率分布直方图

www.nature.com/articles/s41586-022-05275-y s41586-022-05275-y.pdf 代码没有公开，但是作图数据基本都公开了，争取把每个图都重复一遍今天的推文重复论文中的...extended Figure5 频率分布直方图和柱形图添加误差线 image.png 其中图b的数据没有找到，我们只重复其他5个小图首先是两个频率分布直方图这两个作图代码是一样的 library...20221014/extendFig5.xlsx", sheet = "Source Data for Panels a - c") head(dat01) library(ggplot2...- in SD)", y="Mean density (+S.E.) of genome-wide\nsignigicant SNPs within 100kb") p4 普通柱形图添加误差线...9,219)","EUR\n(N=414,429)", "AFR\n(N=7,543)","EAS(N=1,496)")) p5 水平柱形图添加误差线

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R语言ggplot2一幅好看的频率分布直方图实例

，我们只关注其中关于频率分布直方图的实现代码。...https://github.com/BlakeRMills/MetBrewer 这个用到的都是博物馆里的油画的配色，挺有意思的，大家可以试试使用ggplot2作图这里频率分布直方图用到的是geom_histogram...做一个散点图试试效果 library(ggplot2) library(patchwork) p1<-ggplot()+ geom_point(aes(x=1,y=1),size=50,color...geom_point(aes(x=1,y=1),size=50, color=colorspace::lighten("darkgreen",0.9)) p1+p2 频率分布直方图...), fill = colorspace::lighten(isfahan[6], 0.35), color="white") 添加文本注释

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「R」ggplot2数据可视化

最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签（还有图例）。接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集，它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...ggplot函数设置图形但没有自己的视觉输出。使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...在上述例子中，geom_point()函数在图形中画点，创建了一个散点图。labs()函数是可选的，可以添加注释、轴标签、标题等。 ggplot2中有很多函数，并且大多数包含可选的参数。...分组在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...分面如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。

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如何在 Python 中的绘图图形上手动添加图例颜色和图例字体大小？

本教程将解释如何使用 Python 在 Plotly 图形上手动添加图例文本大小和颜色。在本教程结束时，您将能够在强大的 Python 数据可视化包 Plotly 的帮助下创建交互式图形和图表。...情节发展必须包括一个图例，以帮助观众理解信息。但是，并非所有情况都可以通过 Plotly 的默认图例设置来适应。本文将讨论如何在 Python 中手动将图例颜色和字体大小应用于 Plotly 图形。...语法 Plotly 的 update_layout（）方法以及legend_font_color和legend_font_size参数可用于手动添加图例颜色和字体大小。...这些参数控制图上显示的图例的颜色和字体大小。最后，使用 Plotly 中的 show（）函数显示绘图。...legend_font_color='green', legend_font_size=14) # display the plot fig.show() 输出结论因此，我们学会了如何在 Python 中手动将图例颜色和图例字体大小添加到绘图图形中

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56-R可视化-5-ggplot2基石三部曲之基础二

开始前主要为ggplot2 中的后四个部分的内容。 geometries 几何对象不同的几何对象 image.png 几何对象的叠加几何对象的本质，也就是画面上的不同图层。...当我们通过 ggplot(data=example) 后，便相当于设定了默认的ggplot2 设定的背景图层，接着依靠 +geom_point() , +geom_bar() 等等，便可以实现图层的添加...也正因其代表不同的图层，因此也可以利用新的图层对旧的图层进行叠加（或覆盖）。先后顺序但也正和图层的叠加一样，R中ggplot 的叠加也有先后顺序，后来的图层会覆盖在原来的图层上。...若希望显示出的不是频数，而是频率，则可以通过为y 赋值，将直方图计算出的统计结果重新映射给比例 ..prop.. 。...散点图 jitter 通过为本来重叠在同一位置的点添加随机的“抖动”，使重叠的点产生错位，也因此能够完全地显示在图像里。柱状图 dodge 可以让组中的直方图并列显示。

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...这是一种好的策略，哪怕几乎所有的元素都要替换，如果不这样做会让我们通过添加元素优化主题变得困难。ggthemes[4]包中有很多好的主题作为参考。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！

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R语言ggplot2画图比较两组连续型数据的几种方案

对数据进行展示通常可以使用柱形图，箱线图，小提琴图，直方图，散点图等几种方式。今天的推文分别介绍一下以上5种图形的ggplot2实现代码。...以下代码用到3个R语言包分别是ggplot2 用来画图RColorBrewer 用来生成颜色dplyr 用来整理数据 ggplot2和dplyr如果是第一次使用需要安装，安装用到的命令是 install.packages...分组信息在x轴已经体现，故去除图例，避免累赘。出图如下： ?...但这里因为图形有重叠，我们需要用alpha参数对透明度进行设置。 ?...此外，在直方图的基础上，我们也可以添加核密度曲线： ggplot(data, aes(CRP))+ geom_histogram(aes(y = ..density.., fill = Status

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使用Python中的igraph为绘图添加标题和图例

在 `igraph` 中，可以通过添加标题和图例来增强图形的可读性和表达能力。我们可以使用 `igraph.plot` 函数进行绘图，并通过它的参数来指定标题和图例。...**1、问题背景**在python中的igraph库中，能否为绘图添加图例和标题？在手册或教程中都没有提到这个功能，但是在R中是可以的。...**2、解决方案**R本身提供了一个相当高级的绘图系统，而R接口只是对其进行了利用，因此可以在R中轻松创建绘图标题和图例。...获取其surface属性以访问所进行绘制的Cairo表面，使用此表面构建一个Cairo画图上下文，然后使用画图上下文直接在绘图上用Cairo进行绘制。第二种选择就是我们如何向绘图添加标签。...`igraph` 没有直接的图例功能。可以通过 `add_label` 来模拟图例，或者你可以结合 `matplotlib` 在 `plot` 外部添加自定义图例。希望这个例子对你有帮助！

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【数据分析 R语言实战】学习笔记第四章数据的图形描述（下）

4.6 ggplot2程序包 ggplot2是R中用于绘图的高级程序包，它将绘图视为一种映射—数学空问到图形元索空间的映射，例如将不同的数值映射为不同的颜色或其他图形属性。...p中 (2)几何对象基本图层确定了数据源和映射后，通过加号(+)就可以不断地添加新图层.第二图层添加几何对象类的函数，在图中绘制图形元素其他类型的图形，如直方图、箱线图等。...(3)标度标度负责控制图形属性的显示方式，主要包括设置坐标轴刻度，修改颜色取值、图例样式等。...R绘制好的图可以保存成多种格式，对应的生成函数名即它的扩展名。...”) 生成文件后，默认在后台扫一开，所以查看图形文件前需要用dev.off()关闭文件此外，程序包ggplot2中的函数ggsave()也用于保存图形，并且可以指定为不同的文件类型。

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R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置

image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...image.png 正常做一个柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主图的距离使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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「R」数据可视化4 : 直方图条形图

在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。什么是直方图/条形图？...直方图例子而条形图如下列例子统计了不同国家的样本数量。可以看到下图的柱子之间有间隔，体现出国家并非一个连续变量而是一个分类变量。 ? 条形图例子直方图/条形图怎么画？...ggplot2提供了绘制直方图和条形图的功能，分别为geom_bar()和geom_histogram()。...如何绘制直方图/条形图 1）需要什么格式的数据本次我们来看一个新的R提供的数据，就是闪闪发光的钻石?Diamonds。 ?...所以前者我们做直方图，后者我们做条形图。 2）如何使用ggplot2做直方图首先我们来看看钻石重量的直方图。

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数据可视化的最佳解决方案：ggplot2

前言 ggplot是一个拥有一套完备语法且容易上手的绘图系统，在Python和R中都能引入并使用，在数据分析可视化领域拥有极为广泛的应用。...本篇从R的角度介绍如何使用ggplot2包，首先给几个我觉得最值得推荐的理由：采用“图层”叠加的设计方式，一方面可以增加不同的图之间的联系，另一方面也有利于学习和理解该package，photoshop...和对应的函数即可在R中找到函数说明文档和对应的实例在R和Python中均可使用，降低两门语言之间互相过度的学习成本基本概念本文采用ggplot2的自带数据集diamonds。...箱线图统计学中展示数据分散情况的直观图形，在探索性分析中常常用于展示在某个因子型变量下因变量的分散程度。...更多例子有经典的50个ggplot2绘图示例： http://r-statistics.co/Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html

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R语言ggplot2作图的时候给坐标轴添加文本π

image.png 今天用ggplot2作图y轴的标题想实现上图红框里的形式，查了一下如何实现记录一下代码首先是构造一份数据集 df<-data.frame(x=1,y=1) R语言ggplot2...散点图并添加文本 library(extrafont) fonts() library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_text(label=...stackoverflow.com/questions/34892262/subscripts-and-superscripts-or-with-ggplot2-axis-labels-ionic-chemical 欢迎大家关注我的公众号...小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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2023.4生信马拉松day6-绘图

常用可视化R包-（1）作图：base包、ggplot2、ggpubr（ggpubr对ggplot2进行了简化和美化，适用于新手入门，可操作空间较小）#示例体验#1.基础包略显陈旧了解一下plot(iris...（把图片导成ppt）、经典三段论2.基础包-（1）高级绘图函数画完整的图用的，可以单独运行；-（2）低级绘图函数用于给图片添加点/线/标注；不能单独运行；plot(iris[,1],iris[,3],col...geom_jitter()函数用于设置横坐标区域就是一种位置调整；此外还有堆叠式直方图v.s.并列式直方图这种位置调整，二者可以用position=doge这一参数进行变换；#普通的点图ggplot(data...后+theme=classic可以去掉背景的灰色和格子，达到ggpur的主题效果；#要把ggplot2的图例从右边挪到头顶改怎么办？...-（2）去哪里找现成的画图代码现成的代码不难找——① 火山图、热图直接到搜索引擎搜代码；② STHDA网站上找代码、数据、教程；③ 扩展资料-R_03工作目录下的各种扩展学习（基础包500行代码&ggplot2

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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

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