差异分析 将基因计数导入 R/RStudio 工作流程完成后，您现在可以使用基因计数表作为 DESeq2 的输入，使用 R 语言进行统计分析。 7.1....) gsub(".bam", "", colnames(countdata), fixed = T) colnames(countdata) gsub("...SampleID 必须是第一列。...~ "Decreased", data$pval < 1.3 ~ "nonsignificant")) # 用 x-y 值制作一个基本的...ggplot2 对象 vol ggplot(data, aes(x = lfc, y = pval, color = color)) # 添加 ggplot2 图层 vol + ggtitle
前面我们简单介绍过ggplot2画KEGG富集柱形图，其实GO富集结果的展示相对于KEGG来说要复杂一点点，因为GO又进一步可以划分成三个类。...首先来看看这张表中每一列所代表的含义 ONTOLOGY：区分是BP，MF还是CC ID：具体的GO条目的ID号 Description：GO条目的描述 GeneRatio：这里是一个分数，分子是富集到这个...p.adjust：校正之后的p值 qvalue：q值 geneID：输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的 gene名字 Count：输入的做富集分析的gene中富集到这个...){ sapply(ratio,function(x) as.numeric(gsub("/....*$","",x))/as.numeric(gsub("^.
前面给大家介绍过一个高颜值富集分析结果展示图：一种很新的功能富集结果展示方法。...然后取每条通路的 NES 打分从高到低进行排序，并绘制散点图。...HALLMARK通路富集 geneset <- read.gmt("data/h.all.v2024.1.Hs.symbols.gmt") table(geneset$term) geneset$term gsub...ggplot2 定制化绘图 取出绘图需要的列，并进行相关设置： # 绘图 data <- egmt[,c("ID", "NES","setSize","pvalue")] data$setSize_1...ggplot2绘图： p ggplot(data = data, aes(x = xlab, y = NES)) + geom_point(aes(size = setSize_1, alpha
在我们新专辑《绘图小技巧2025》中，已经给大家介绍过一个高颜值两组间差异FC值比较散点图：顶刊 Science 文献两分组差异结果比较图复现。...今天我们继续来学习绘制其中另一幅的功能富集结果展示图，是一种很新的展示方法哦，且颜值高： 含义：三组 KRAS signatures 基因做 Reactome 数据库的功能富集，并挑选 top10进行展示...human/collections.jsp#C2 2、三组 KRAS signatures 基因 这个数据在文章的附件：science.adk0775_data_s4.xlsx 中 开始绘图 这里依然是使用...ggplot2 进行绘制，ggplot2拥有强大的绘图系统。...ggplot2 定制化绘图 p1 ggplot(data = dat, aes(x = 1, y = rev(Description), colour = -log10(p.adjust)))
",data.table = F)tmp_sorted gsub...("-", "", pd$title)# 提取 title 列后面的数字并转为数值型pd$numeric_part gsub(".*?...id和基因symbol(没有现成的需要拆分和转换)# 注意:最终的数据ids只能有两列，第一列列名是probe_id,第二列列名是symbol,且都是字符型，否则后面代码要报错# 方法3 官网下载注释文件并读取...geom_text_repel参数；色号的确定，可是直接使用ishot截图工具，指针指向哪里，就会显示哪里的色号；如何在图中添加p值阈值的水平线，和logFC阈值的竖直线；geom_hline(yintercept...#yintercept = -log10(p_t) 指定了这条线的y值。p_t 应该是P值的阈值，例如0.05。
acc=GSE163558 ,GEO数据库搜索GEO数据号，下载并整理成Seurat所需的格式。...library(data.table)library(Seurat)library(dplyr)library(Seurat)#library(infercnv)library(dplyr)library(ggplot2...print(pro) # 打印当前处理的样本名称 # 读取10X Genomics数据 tmp 值创建...", scRNAlist$sample)scRNAlist$sample = gsub("NT1", "Adjacent_Nontumor", scRNAlist$sample)# 添加患者来源信息scRNAlist...= 0.5))pdf("24-11-29-marker.pdf",width = 10,height = 6)dot_plotdev.off()图片每一个cluster的marker基因点图图片注释过的
我们会使用DOM解析的方式来获取数据，并基于网页的CSS选择器来寻找含有所需信息的网页部分。但在开始之前，我们必须满足一些前提条件。 4....我见识过不少对HTML和CSS缺乏了解的数据科学家，因此我们将使用名为Selector Gadget的开源软件来更高效地实现抓取。你可以在这里下载这个工具包。...("\n","",genre_data) # 去除多余空格 genre_datagsub("","",genre_data) # 每部电影只保留第一种类型 genre_datagsub(",....Step 9: 这是爬取所有网页都会遇到的常见问题，如果我们只是简单地用NA来填充这四个缺失值，它会自动填充第97到100部电影。..."M","", gross_data) gross_data <- substring(gross_data, 2,6) # 检查长度 length(gross_data) [1] 86 # 填充缺失值
禁止商业或二改转载，仅供自学使用，侵权必究，如需截取部分内容请后台联系作者!...as.data.frame(bactcov)rownames(bactcov) 并添加了多个图层来展示不同的数据...p2：在 p1 的基础上添加了条形图，展示每个节点的 MAGs 值。p3：在 p2 的基础上添加了热图，展示 bacDatset 数据。...scale_fill_discrete(na.translate = FALSE)：处理缺失值，不翻译为颜色。...scale_fill_viridis_c()：使用 viridis 色板填充热图。
图一 原数据示例 通过KNIME进行原始聊天记录文件的结构化转换，提取文件中发言人、发言时间和发言内容三个字段，并保存为csv文件。 ?...R语言的语句： require(plyr) require(ggplot2) name=log$V2 #获取发言人姓名字段 table(name)->t_name #生成按姓名出现频率的列联表...origin = '1970-1-1 00:00:00' ,format="%Y-%m-%d %H:%M:%S") #设置日期格式 hour 值中的...R语言的语句： require(tm) require(Rwordseg) gsub("[0-9,a-z,A-Z]", "", log$V1)->t #去除英文和数字 segmentCN(t)-...removeWords(unlist(t_seg),mystopword)->word #去除停用词 word = lapply(X = word, FUN = strsplit, " ") #将分词结果按空格分隔整理
#1.尝试使用normalizeBetweenArrays，但是结果不太好，stage5的平均表达量明显高于其他stage #所以注释掉，使用方法2 #normalizeBetweenArrays(data...washed.RData") colnames(res)<-c(rep(names(summary(model1)$coefficients$fixed),3),"ANOVAp") #取res最后一列ANOVAp...做p值矫正 res.fdr <- p.adjust(res[,dim(res)[2]], method="fdr") res <- cbind(res, res.fdr) #提取跑成功的good.ind...函数的内容用于将y轴的坐标标签每隔一个空格换行一次，是我个人喜欢的绘图代码，可以直接用Term画图 eggplot(res,aes(x = reorder(gsub("(([^[:space:]...BH法，结果显示阈值：p值小于0.05，padjust结果显示阈值为空 mSigdb_enrich<-function(gene,min_gene=5,org="org.Hs.eg.db",method
1.2 awk中模式与动作 'pattern{action}' 1.2.1 在awk眼中的行与列 field 字段，列 record 记录，行 1.3 awk默认有一把“菜刀” 空格系列...（单独的空格，连续的空格，tab键） -F 指定分隔符 -vFS FS == field sep 每一列的分隔符 OFS ==output field sep 输出每一列的时候使用的分隔符...sep NR 记录号 行号 number of record RS 每一行的分隔符（每一行的结束标记） $数字 取某一列 $0 取出这一行 1.4.1 $NF的使用 $NF 表示最后一列，(NF...gensub 1.7.1 使用gusb 函数进行替换 gsub(r, s [, t]) r /找谁/ s "替换成什么" [] 替换那个部分的 表示为： gsub(/...找谁/,"替换成什么",替换那个部分的) 1.7.2 替换文本中的内容 题目：显示Xiaoyu的捐款.每个值时都有以$开头.如$520$200$135 中间使用分号分割 ; [root@znix files
添加文件扩展名，你需要执行下面这个find命令。他会给当前文件夹下的所有文件追加.csv后缀，所以需要小心使用。 find ....JOIN Join是一种简单的、准切向的SQL。最大的区别在于Join将返回所有列，匹配可能只发生在一个字段上。默认情况下，join将尝试使用第一列作为匹配键。...常用的选项： join -a 打印未成对的行 join -e 替换缺失字段 join -j 等同于 -1 FIELD -2 FIELD GREP 全局搜索正则表达式并输出，或使用grep;可能是最知名的命令...为了获取文件中这53个记录： awk -F, 'NR == 53' filename.csv 添加一个小窍门可以基于一个值或者多个值过滤。...($0 in a) {a[$0];print} 使用内置函数gsub()替换多个值。
还支持列之间的运算，如$NF-$(NF-1)是最后两列的值相减。 只写一个print 是 print $0的简写，打印整行所有数据。 4....输出的列间隔 print $1,$2 中间的','逗号，代表打印时第1与第2列之间使用默认分隔符号也就是空格，也可以用” ”来定义其他任意的字符： awk '{print $1 "\t" $2 " -...1.计算累计值和平均值 awk '{sum+=$NF} END {print sum, sum/NR}' 上例对每行输入内容进行最后一列的值的累计，而END后的语句，打印累计结果 和平均值，NR是系统变量代表总行数...其中gsub将一个字符串替换为目标字符串，可选定整行替换或只替换某一列。...找出超时的数据集中发生的时间 第一段找出超时记录，第二段过滤掉时间戳里的微秒，然后按秒来合并，并统计该秒超时的次数。
"Cont","STING.activated","STING.deficient","Cont.vs.activated_Pvalue","Cont.vs.deficient_Pvalue") ##添加除法列...其实引起我最大注意的还是，看到横坐标是科学计数法显示的 于是就搜索的教程 《如何使用ggplot更改轴上数字的格式？》 如何使用ggplot更改轴上数字的格式？...包之注释》 R语言ggplot2包之注释_r语言 ggplot annotate parse_zx403413599的博客-CSDN博客 P值的注释是竖的，所以，搜到的教程~ 修改注释字的角度 《如何在...找到的教程5.4 添加注释：添加线段(segment) - 知乎 (zhihu.com)《ggplot2作图：隐去坐标轴标签（xlab、ylab）》ggplot2作图：隐去坐标轴标签（xlab、ylab...于是就先先添加用于分组的列 draw.data$color_4 = ifelse(draw.data$fold >= 1 & draw.data$p_value < 0.05,"goodup",
追加slowlog条目并格式化输出文件 2. 去除重复条目并生成结果文件 3. 最终脚本文件 4....slowlog-max-len：表示慢查询最大的条数，默认值为128。当slowlog超过设定的最大值后，会将最早的slowlog删除。 ...将含有“1) (integer)”的行的第一列置空，并去掉前置空格。目的是去掉条目编号列。 将含有“1) (integer)”的行的第三列替换为指定的日期时间格式，并去掉前置空格。...将含有“3) (integer)”的行去掉前置空格。目的是左对齐显示。 将含有“4) +1)”的行中的“4)”替换为两个空格。“ +”表示4)和1)之间有多个空格。...将以“1) (integer)”开头的行的十个字段按格式添加换行符输出，并打印计数器变量： # 处理前 1) (integer) 89209 2) (integer) 2018-11-02 10:03
追加slowlog条目并格式化输出文件 2. 去除重复条目并生成结果文件 3. 最终脚本文件 4....slowlog-max-len：表示慢查询最大的条数，默认值为128。当slowlog超过设定的最大值后，会将最早的slowlog删除。...将含有“1) (integer)”的行的第一列置空，并去掉前置空格。目的是去掉条目编号列。 将含有“1) (integer)”的行的第三列替换为指定的日期时间格式，并去掉前置空格。...将含有“3) (integer)”的行去掉前置空格。目的是左对齐显示。 将含有“4) +1)”的行中的“4)”替换为两个空格。“ +”表示4)和1)之间有多个空格。...将以“1) (integer)”开头的行的十个字段按格式添加换行符输出，并打印计数器变量： # 处理前 1) (integer) 89209 2) (integer) 2018-11-02 10:03
“,”来添加条件，而不是“&”。...使用strsplit之后，之前合成的字符串会再次将A，B用空格隔开，分别生成两个list 。parts[[1]][2]命令旨在显示第一个list中的第二个元素，是“beta”。因此选项B是正确答案。...因此，在这种情况下，gsub和sub命令都有效。所以，选项C是正确答案。 33 创建一个表示另一变量是否有缺失值的特征数据，有时对于预测模型来说非常有用。 下方数据框中的某一列有缺失值。...使用B列中的值来表示条形图的高度。...ggplot(frame,aes(A,B))+geom_bar() D) None of the above 答案：（A） stat =“identity”将确保B列中的值成为条形图的高度。
awk基本概念awk是基于列的处理工具，它的工作方式是按行读取文本并视为一条记录，每条记录以字段分割成若干字段，然后输出各字段的值。...awk认为文件都是结构化的，也就是说都是由单词和各种空白字符组成的，“空白字符”包括空格、tab、连续的空格和tab等，因此awk特别适合用于csv文件的处理。...- 打印第一个和第四个列：`awk '{print $1,$4}' awk.txt`- 打印全部内容：`awk '{print $0}' awk.txt`$NF表示最后一列，$(NF-1)倒数第二列...：gsubawk 'gsub(/^root/,"netseek") {print}' /etc/passwd # 将以root开头的字符串替换为netseek并打印awk 'gsub(/0/,2){print...md5 值，第二列是绝对路径，将第二列的绝对路径改为只有文件的名- `cat test.txt | awk '{"basename "$2 |& getline $2; print $1" "$2
因为之前自己已经学习过R语言基础的一些内容，包括：数据类型与数据结构、函数与R包、R语言作图基础等，今天的学习内容主要是《R数据科学》这本书的第一章——使用ggplot2进行数据可视化。...ggplot(data=mpg) ggplot（）函数绘图，ggplot（）创建坐标系，地图一个参数data=指明对哪个数据集进行绘图geom_point() 接下来是向ggplot（）中添加图层，函数...geom_point向图中添加一个点层mapping参数定义如何将数据集中的变量映射为图形属性，mapping参数总是与aes()函数成对出现注意：geom_point是函数，而mapping是它的参数...（6）在使用函数facet_grid()时，一般应该将具有更多唯一值的变量放在列上。为什么这么做呢？...geom_line、geom_boxplot、geom_histogram、facet_grid（2）在脑海中运行以下代码，并预测会有何种输出。接着在R中运行代码，并检查你的预测是否正确。
geom_link()这是ggplot2中用于绘制线段的函数。 x = 0：设置线段起点的x坐标为0。 y = Description：设置线段起点的y坐标为数据框中的Description列的值。...xend = -log10(pvalue)：设置线段终点的x坐标为pvalue列值的负对数（以10为底）。...yend = Description：设置线段终点的y坐标与起点相同，即Description列的值。...color = Cluster：根据Cluster列的值来设置线段的颜色。 size = after_stat(index)：根据index值来设置线段的大小。...n = 500：设置线段的平滑度，n参数指定了在绘制线段时使用的点的数量，较大的值会使线段更平滑。
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