欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍热图（Heatmap）是一种数据可视化方法，它通过颜色的深浅或色调的变化来展示数据的分布和密度...以已发表文章的热图代码为例，通过运行这些代码，研究者可以将微生物测序数据或丰度数据转换为热图，从而更好地理解和解释微生物群落的变化。...在制作热图时，研究者还需要注意一些技术细节，比如颜色的选择、颜色的梯度设置、数据的归一化处理等，以确保最终的热图能够准确地反映数据的特点和规律。...，它们分别是丰度数据或富集数据、行名或列名的注释数据。...的分组信息大家通过以下链接下载输入数据：百度网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1zY9UPVCQTal9f_w726rV3w 提取码: WX公zhong号生信学习者后台发送 微生物热图
热图通常还会结合行、列聚类分析，以展示实验数据多层面的结果。 热图在生物学领域应用广泛，尤其在高通量测序的结果展示中很流行，如样品-基因表达，样品-OTU相对丰度矩阵，都适合采用热图呈现。...而且，热图在非常小的区域展示了大量的基因表达/细菌丰度数据，既可以快速比较组间的差别，同时还可以显示组内每个样品的的丰度，以及组内各样品间的重复情况，便于从中挖掘规律。...图B通过扇形图进一步展示目水平中丰度前10的物种分布情况； 同时，扇形图上下排布位置与集合分类对应。 图C进一步结合用热图展示宏基因组数据，扩展扩增子无法区分的种水平差异。...图5. 相对丰度Z-Score转换热图。可以依据聚类簇将热图分为多个板块，这样我们就可以在热图主体中直接获得不同聚类簇的信息，而不会分心去查看聚类情况，在大量数据聚集在一起的时候，非常好用。...热图自定义配色 # 利用colorRampPalette生成梯度渐变颜色，参考?
论文 Microbiome differential abundance methods produce different results across 38 datasets 数据链接 https...https://github.com/jnmacdonald/differential-abundance-analysis 这个链接有很多关于差异丰度分析的代码 今天的推文我们重复一下论文中的Figure1b...image.png 首先是读取数据集 热图数据集 order_raw_count_df数据 热图数据标准化 Alpha_order_filt<-scale(order_raw_count_df, center =...TRUE, scale = TRUE) 读取注释数据 fixed_hackathon_metadata_filt<-read.csv(file = "
本研究通过对全球范围内微生物和宏观数据的汇总发现了微生物和宏观动植物的共性(commonness)和稀有性(rarity)之间的关系：即他们的数量和丰度之间的比例相似。...并提出了一个统一的尺度定律，该定律预测了地球上30个数量级上的优势微生物物种的丰度。 利用这一定律并结合生物多样性的对数正态模型，作者预测地球上有多达1万亿(1012)种微生物。...，估计全球的丰度为7.0 ±0.3×1026 和 2.9 ± 0.1×1027。...图1微生物和大型生物四个指标的规律 图2 Dominance-abundance scaling law预测全球的优势物种 在估计了全球优势物种数Nmax和细胞数的基础上，两种方法推测全球物种数： 一是利用已发表文章的...图3 两种方法预测全球物种数 第一种方法的流程： 1.）随机选取一个N； 2.）估计Nmax； 3.）利用Nmax估计S； 4.）回到第一步进行1000次的迭代。
上次博文我们说到将mysql数据通过grafana框架展示出了折线图和柱状图，这次我们想要生成饼图。 由于grafana框架没有内置饼图的插件，所以我们需要手动安装这个插件。...step1 首先我们访问grafana官网https://grafana.com/ 在插件列表中找到饼图的插件，点开插件详情。...step2 数据准备工作我们还是采用上篇博文中的收入和支出表，表内容不变： ? 也就是说，我们想通过饼图来展示收入和支出各自所占的比例。...step3 访问grafana服务：http://localhost:3000/ 在Home Dashboard下，点击Create your first dashboard新建一个数据面板。...在Query中选择数据来源来自MySQL。
宏基因组数据可以不经组装，直接将测序获得的reads比对到公共数据库中，利用比对到的数据库序列的物种归属信息对reads进行物种分类，从而快速获得群落的物种组成信息。...，通过可缩放的、多层的扇形图进行展示数据结构，krona数据可以通过KronaTools绘制图形，首先使用Kaiju的kaiju2krona工具生成krona数据： kaiju2krona -i clean.reads.kaiju.nr.out...：长度标准化的marker丰度的截断均值，基于分位数--stat_q wavg_g：总体marker丰度的缩尾均值，基于分位数--stat_q wavg_l：长度标准化的marker丰度的缩尾均值，基于分位数...，可选log -x：热图一个小单元的宽度，对于非常大的图可设置此值 -y：热图一个小单元的高度，对于非常大的图可设置此值 --minv：热图展示的最小值（相对丰度），默认为0也即全部展示 --maxv：...热图展示的最大值（相对丰度），默认为出现的最大值，设置成100则展示所有物种 --tax_lev：展示的分类层级，可选a（all taxonomic，混杂在一起，不推荐）、k（kingdoms）、p（phyla
NOAA每天1/4度的最佳内插海面温度(OISST)提供了完整的海洋温度场，它是通过将不同平台(卫星、船舶、浮标)的偏差调整后的观测数据在全球常规网格上进行组合，并通过内插法填补空白。...来自高级甚高分辨率辐射计（AVHRR）的卫星数据提供了主要的输入，使得从1981年末至今的时间-空间覆盖率很高。 OISST数据集对一天的数据进行两次处理。...0.01 * = Values are estimated 影像属性： Name Type Description status String 'provisional' or 'permanent' 数据说明...数据引用： Richard W. Reynolds, Viva F.
step1 新建一个表testgraph，用来存放查询的数据。...至此，数据准备工作结束。 step2 打开grafana，选择折线图表并选择mysql数据源。...我们首先编辑数据表中的数据，将其编辑成如下内容： 你会发现，我在metric列中加入了支出这一个数据名。 你看到这里已经明白啦，我想要一条折线显示收入，一条折线显示支出。...为了使step2中的数据和之前保持一致，我们修改上一步的sql语句，在其中加入限定的where条件：metric="收入" 。...其他 如果想要将数据改成柱状图，可以在如下配置： grafana中的功能很完善，还待我们去发现。
然而，沉积物捕获碳和氮的流量在105和150米之间是逐渐上升的，表明在缺氧区域内部有有机质生成。...病毒很可能被牵涉进海洋的碳循环当中，以往研究表明蓝藻病毒的丰度与寡营养海域的有机碳流量强烈相关。...与两个叶绿素峰值相对应，蓝藻的丰度同样具有两个峰值。...宏蛋白组的数据显示，第二个叶绿素峰值处有大量原绿球藻光合作用相关蛋白，暗示该处具有初级生产力（图4A）。 图3. 水柱以及颗粒中光合自养生物的多样性。A 不同深度四种真核藻类丰度的变化。...B 不同深度原绿球藻和聚球藻不同基因型的丰度变化。 C 不同深度颗粒物中四种真核藻类的丰度。 D 不同深度颗粒物中原绿球藻和聚球藻不同基因型的丰度变化。 3.
本文通过分析大气再分析数据产品和多情景下的地球系统模式模拟结果，发现全球降水的年际变化受海洋蒸发所驱动，对城镇化等土地利用变化不敏感（图1）。...本研究还发现，海洋表面的太阳辐射和海洋热储量这两个因子对降水对气温敏感性的模式模拟结果差异的解释程度高达91%（图3）。...因此，加强海面太阳辐射和海洋热含量观测有助于改善地球系统模式对未来降水变化的预测。 该论文的第一单位是南京信息工程大学，第一作者为王伟副教授，其他作者为T. C....论文连接：https://www.nature.com/articles/s41467-021-22406-7 图1 全球水循环陆地调节因子φ（陆地蒸散与海洋蒸发年际变化的比值）与森林覆盖率变化之间的关系...图2 全球降水对气温敏感性的因子拆分结果 图3 海面太阳辐射和海洋热储量对全球降水对气温敏感性的解释程度 相关文献： Wei Wang, Xuhui Lee*, Wei Xiao, Shoudong
ASTER全球水体数据库(ASTWBD)第1版 Terra高级星载热发射和反射辐射计（ASTER）全球水体数据库（ASTWBD）第1版数据产品以赤道1角秒（约30米）的空间分辨率提供了大于0.2平方公里的水体的全球覆盖...ASTER GDEM第3版数据产品是利用2000年3月1日至2013年11月30日期间获得的ASTER 1A级场景生成的。然后生成ASTWBD数据产品以校正水体表面的高程值。...为了生成ASTWBD数据产品，水体被从陆地上分离出来，然后被分为三类：海洋、河流或湖泊。海洋和湖泊有一个扁平的、恒定的高程值。...为了更好地划分高纬度地区的海洋海岸线，海冰的影响被人工从归类为海洋的地区中剔除。对于湖泊水体，每个湖泊的高程是利用覆盖整个湖泊区域的马赛克图像从周边高程数据中计算出来的。...源数据结构 数据是Geotiff格式的，每个文件都被分成1x1度的瓦片。为了允许添加单个图像而不是集合输出，将压缩文件解压并生成单个复合tif文件。
它的主要目的是：实现从单系列极轨空间平台上对太阳辐射、大气、海洋和陆地进行综合观测，获取有关海洋、陆地、冰雪圈和太阳动力系统等信息；进行土地利用和土地覆盖研究、气候的季节和年际变化研究、自然灾害监测和分析研究...MOD18：海洋2、3级标准数据产品，内容为标准的水面辐射，全球洋面，空间分辨率1km，日、旬、月，海洋叶绿素。...MOD19：海洋2、3级标准数据产品，内容为色素浓度，全球洋面，空间分辨率1km，日、旬、月度数据。...MOD22：海洋2、3级标准数据产品，内容为光合可利用辐射（PAR），全球洋面，1km，日、旬、月度数据。 MOD23：海洋3级标准数据产品，内容为悬浮物浓度。...MOD26：海洋3级标准数据产品，内容为海洋水衰减系数。 MOD27：海洋2、3级标准数据产品，内容为海洋初级生产力，全球洋面，空间分辨率1km，日、旬、月度数据。
这些维度中的一个或多个随时间和空间变化的数据支持海洋、陆地和淡水区域的生物多样性评估。这些环境中生物多样性如何变化的信息对于决策非常必要。...这些观察性数据被转移到开放数据库。确保各数据库之间的数据可交互操作将有效利用生物多样性信息指导保护和可持续发展战略。...然后，模型的验证可以用于全球和区域政策过程，以解释观察结果，改善对生物多样性变化的预测，并产生全球评估报告。 EBVs是可扩展的，这意味着底层观测值可以用来表示趋势分析所需的不同空间或时间分辨率。...EBV名称 EBV含义 物种分布 物种在连续时空单元上的发生概率 物种丰度 在连续的空间和时间单位上预测的个体数量 物种特征：沿着分类学多样性轴性状测量的种内变异 EBV名称 EBV含义 形态学 同一物种的有机体在物理特性上的变化...例:成熟年龄，后代数量，终生生殖量 群落组成：构成生态系统的生物丰度和多样性 EBV名称 EBV含义 群落丰度 生态群落中生物体的丰度 分类学/系统发育多样性 生态群落中生物的物种特征和/或系统发育位置的多样性
我们还需要对样本之间或分组之间的OTU进行比较获得韦恩图： 样品构成丰度 稀释曲线 微生物多样性分析中如何验证测序数据量是否足以反映样品中的物种多样性？ 稀释曲线（丰富度曲线）可以派上用场。...塑料废弃物具有化学稳定性和生物利用率低的特点，可长期存在于海洋中，从而影响海洋环境包括海洋生物的生存。 作为一个独特的底物，塑料碎片可以吸附海洋中的微生物并形成个“塑性球”。...图解读：样本与物种的共线性关系图，左半边表示样本属物种丰度情况。右半边表示属水平在不同样本中的分布比例情况。在最内一圈：左边不同颜色代表不同物种，宽度表示物种丰度，圈外数值表示物种丰度刻度值。...相关系数图 通过R 软件的corrplot 包绘制spearman 相关性热图，并通过该热图可以发现优势物种/样本之间重要的模式与关系。...聚类分析 根据OTU数据进行标准化处理（1wlog10）之后，选取数目最多的前60个物种，基于R heatmap进行作图 ○ 热图中的每一个色块代表一个样品的一个属的丰度 ○ 样品横向排列，
https://github.com/jnmacdonald/differential-abundance-analysis 这个链接有很多冠以差异丰度分析的代码 这两天在看宏基因组的利用otu丰度数据做差异丰度分析...，找到了这篇论文，看了摘要，好像是比较了不同差异丰度分析方法获得结果的异同。...重复一下这里利用DESeq2做差异丰度分析的代码 这里我用到的数据集是 丰度数据 ArcticFireSoils_genus_table.tsv 分组数据 ArcticFireSoils_meta.tsv...这里有一个疑问：论文提供的丰度表格数据有两个，还有一个是带rare后缀的，暂时不知道这两个有啥区别 首先是读取数据集 ASV_table <- read.table("metagenomics/dat01...(groupings)[1] <- "Groupings" 差异丰度分析 library(DESeq2) dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(countData
并且可以实时生成可视化的结果，包括条形图，箱线图，热图，PCA，散点图，带误差条的条形图等。...如果是使用 kraken2，可以先生成 metaphlan 结果，再进行转换。利用metaphlan_to_stamp.pl 工具可以直接将 metaphlan 格式结果转换为 spf。...柱状图：显示每个样品中 feature 的相对比例，并添加组均值，方便查看单个 Feature 的数据分布，如下图显示三种肠型中拟杆菌属的相对丰度。...热图：显示每个 Features 在样品中丰度的比例，优热在于不仅显示所有样本的丰度值，更可以对行 Features 和列样品进行聚类显示之间的关系； 箱线图：简单快速显示组内数据分布。...箱线图展示三种肠型中拟杆菌的相对丰度分布和整体统计 P 值 主成分分析 PCA：散点图在低维空间显示高维数据间主要差异； Post-hoc 图：多组统计检验的无效假设(如 ANOVA
只需两列，第一列物种分类名称，第二列 reads 数目或者丰度信息。csv 可以用逗号分隔，如果是使用制表符分隔则为 tsv 格式。如果不熟悉Linux 命令，可以使用 Excel 进行处理。...四、热图 利用 hclust2 可以绘制热图，输入合并之后的物种组成丰度表即可。...#提取种丰度信息 grep -E "s__|clade" merged_abundance_table.txt | sed 's/^....slabel_size 10 --max_flabel_len 100 \ --max_slabel_len 100 --minv 0.1 --dpi 300 --ftop 25 hclust 结果热图展示...还可以将生成的矩阵，导入R中绘制热图 x <- read.table("merged_abundance_table_species.txt",sep = "\t",header
尽管活性污泥具有高度的多样性，但存在一个全球核心细菌群落(28个OTUs)与活性污泥的性能密切相关。 利用全球数据集进行meta分析表明，活性污泥微生物群落与淡水群落的关系最为密切。...利用SILVA Test Prime v.1.0和SILVA132数据库检验了引物覆盖度，无错配情况可覆盖86.8% 细菌和52.9%的古菌。...结果 样本和大洲水平的稀释曲线 (1)活性污泥微生物群落的全球多样性程度如何不同模型拟合物种丰度分布。泊松对数正态模型最优，可解释99%的群落变化。 利用尺度定律估算全球WWTP的微生物数量。...对于尺度定律，见前文： PNAS(2016)-尺度定律预测全球微生物多样性 (2)活性污泥工艺中是否存在跨大陆的核心微生物群筛选方法包含三个条件： 先计算出每个OTU在所有样本中的平均相对丰度mean...(3)活性污泥微生物群落是否具有纬向多样性梯度(LDG)中纬度丰度最高。曲线为基于最小二乘回归的多项式拟合。颜色表示全年平均气温。 不同尺度上的DDR。
这里使用 plot 方法绘制趋势图，（由于天池实验室环境不是最新的库，兼容问题会报警告，但是不影响出图。...我在其它环境测试没问题，图的横坐标会有日期显示的。） # grid参数 用来显示后面的辅助网格线， rot 使横坐标的日期以45度排列， 不会导致产生字符过长导致叠加的问题。...使用桑基图分析美国各州对党派的贡献度 桑基图（Sankey），即桑基能量分流图，是一种高级可视化图形。常用于金融等数据的可视化分析。...label_opts=opts.LabelOpts(position="right", is_show=True, color='red'), node_gap=1 ) sankey.render() # 生成的桑基图可通过下方目录查看...桑基图会包含很多数据元素，通过桑基图可以探索更多的数据，例如去除两大党的情况和仅比较两大党的情况等等。
实际上，任何一个表格数据都可以转换为热图展示。 热图基本解读 热图通过将数据矩阵中的各个值按一定规律映射为颜色展示，利用颜色变化来可视化比较数据。...OTU丰度随生长期变化热图 下图是刘永鑫老师发表的一篇封面文章 水稻微生物组时间序列分析中的一副热图，展示了不同菌在不同生长时期的丰度变化模式。...每个框的颜色代表对应菌群在对应采样时间的丰度信息。 从图例可以看出，丰度值采用按行归一化 (scale)之后的相对表达变化(Z-score)进行展示。...Z-score是常用的数据归一化方式，用来展示数据相比于均值上调或下调了多少倍的标准差 (X-mean)/SD。此处反应的是OTU的相对丰度变化。...这是理解图的关键，也是画图的关键。热图绘制需要的数据与最后呈现的热图一般是一致的，数据中每一行对应于热图中每一行，数据中每一列对应于热图每一列。如果做了聚类分析，顺序可能会变。
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