类似py 中的readlines 方法，同样，R 的函数也会逐行（识别） x_line <- readLines("MsigDB/h.all.v7.2.symbols.gmt") ps：发现对于gmt...，列表中的元素为按照换行符拆开的一个个元素。...也就是通路名，作为列表名 x_split 列表中的前两个元素 # 这里 "[" 方法可以理解为 function(x) x[-...HALLMARK_MITOTIC_SPINDLE" [5] "HALLMARK_WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING" [6] "HALLMARK_TGF_BETA_SIGNALING" 纯文本-> 数据框...，一定要小心使用cbind 连接，因为不等长的连接会自动删除那些过长的列表中的元素（木桶中最短的那根板）
“向量”——一维 “表格”——二维 matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型 data.frame 数据框-二维，每列只允许一种数据类型 list列表：可装万物 1.数据框来源 （1）用代码新建 （...2）由已有数据转换或处理得到 （3）读取表格文件 （4）R语言内置数据（没有赋值就可以直接使用的数据，例如iris） 2.新建数据框* 读取文件 df2<-read.csv("gene.csv") df2...#读取"gene.csv"文件，赋值df2 3.数据框属性 4.数据框取子集 df1$gene #"$"前是数据框名称 后是列名；提取该列的向量 #按名字取子集 df1 行，列 图片 5.数据框修改..." #修改一个列名 6.两个数据框的连接 按照共同的列名取交集，后连接 两个数据框列中有交集时既可以使用，自动连接 矩阵新建和取子集 矩阵画热图 pheatmap::pheatmap(m) #热图结果默认聚类...“名字”-names（） 后置的难点 数据框按照逻辑值取子集 #将逻辑值赋值给k，按逻辑值在df1中取子集**实战中会经常遇到 删除变量 数据结构总结 以上来源，生信技能树
数据框数据框的创建数据框来源主要包括用代码新建(data.frame)，由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作)，读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...，data.frame数据框允许不同列不同的数据类型，但同一列只允许一种数据类型*数据框中括号内行在列前df1 的，此时用csv打开会报错，该知识点用于防止部分代码中错误应用csv套用tsv等#文件读写部分(文件位于R_02的Rproject中)#1.读取ex1.txt txt用read.table...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中的向量出现在环境内，本身有名称，无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1
三个a分别对应了k1，12个随机数中的前三个值，那条线是三个值的中位数（不是平均值哦）3.向量、数据框、矩阵、列表#先简单介绍下这些名字吧。# 1.向量是组成数据框以及矩阵的基本单位。...3.1 数据框来源# （1）用代码新建# （2）由已有数据转换或处理得到# （3）读取表格文件# （4）R语言内置数据3.1.1 新建和读取数据框df1 数据框’$+tab#如果没反应就手动敲一下列名，然后删掉再tab。df1$score #代码的意思是：df1这个数据框中取score那列。...# 2.用坐标df1[2,2] #取数据框中第2行、第2列## [1] "up"df1[2,] #取数据框中第2行，由于取行会保留数据框的一部分属性，因此行名和列名会反馈给你。...','r2','r3','r4')colnames(df1)[2] = 'CHANGE' 3.1.6 两个数据框的链接#随便建两个数据框test1 <- data.frame(name = c('jimmy
一、向量、矩阵、数据框和列表的区别 1）向量：一维 2）矩阵：二维，只允许一种数据类型 3）数据框：二维，每列只允许一种数据类型 4）列表：容纳各种数据类型 ps：数据类型的判断：clss（）...数据类型的转化：as.data.frame/ as.matrix 二、数据框 （1）数据框的来源： a 新建 b as.data.frame转化 c 读取表格文件 read.csv() d 内置数据集如...iris，mtcars （2)新建数据框： 1、data.frame() 2、read.csv(" ") ⚠️文件在当前的工作路径中可以直接使用文件名，否则需要使用绝对路径，否则就会报错。...） 4、修改行名和列名 行名修改：rownames(数据框的名称)<-c() #重新赋值 名列名修改：colnames(数据框的名称)<-c() 改一个行名或列名： colnames(数据框名称）[列数...as.data.frame() as.matrix() 最后用class() 明确一下数据类型 （4）矩阵画热图 图片 四、列表 （1）列表的新建 > l<-list(m1=matrix(1
学习目标 演示如何从现有的数据结构中取子集，合并及创建新数据集。 导出数据表和图以供在R环境以外使用。...然后用逻辑向量返回数据框中的所有行，其中这些值为TRUE。...使用双括号表示法对于访问各个组件同时保留原始数据结构非常有用。创建此列表时，我们知道我们最初在第二个组件中存储了一个数据框。...从random列表中提取向量 age的第三个元素。 从random列表中的数据框 metadata中提取基因型信息。 ---- 3.导出文件 到目前为止只修改了R中的数据; 文件保持不变。...R函数进行数据处理。
方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...= 0) funlist <- funlist[-idx] # 创建一个数据框保存数据 objectlist R_system_version R.home R.Version
一、数据容器简介 Python 中的 数据容器 数据类型 可以 存放多个数据 , 每个数据都称为 元素 , 容器 的 元素 类型可以是任意类型 ; Python 数据容器 根据 如下不同的特点 : 是否允许元素重复...列表定义语法 : 列表标识 : 使用 中括号 [] 作为 列表 的标识 ; 列表元素 : 列表的元素之间 , 使用逗号隔开 ; 定义 列表 字面量 : 将元素直接写在中括号中 , 多个元素之间使用逗号隔开...或者 list() 表示空列表 ; # 空列表定义 变量 = [] 变量 = list() 上述定义 列表 的语句中 , 列表中的元素类型是可以不同的 , 在同一个列表中 , 可以同时存在 字符串 和...数字类型 ; 2、代码示例 - 列表中存储类型相同的元素 代码示例 : """ 列表 List 代码示例 """ # 定义列表类 names = ["Tom", "Jerry", "Jack"] #...- 列表中存储类型不同的元素 代码示例 : """ 列表 List 代码示例 """ # 定义列表类 names = ["Tom", 18, "Jerry", 16, "Jack", 21] #
通常拿到了上下调差异基因列表，然后说的GO/KEGG数据库注释，指的是超几何分布检验。...这些都离不开生物学功能数据库，但是数据库不仅仅是GO/KEGG哦，目前最齐全的应该是属于 MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了已知的基因集合：http...，因为数据框不能是不整齐的，所以没办法是宽的，每个基因集合里面的基因个数不一样，大概率都是不整齐的。...(glist)) 这样的列表如果想转换成为前面的数据框也很容易： TERM2GENE = do.call(rbind, lapply(names(genes_to_check), function(...x){ data.frame(gs_name=x,gene_symbol=glist[[x]]) })) 对象（遵循MSigDB的gmt文件标准） 前面的数据框或者列表，要弄成对象就比较麻烦了，需要做一些转换
说明：列表不可以转换为字典 1.转换后的列表为无序列表 a = {'a' : 1, 'b': 2, 'c' : 3} #字典中的key转换为列表 key_value = list(a.keys())...print('字典中的key转换为列表：', key_value) #字典中的value转换为列表 value_list = list(a.values()) print('字典中的value转换为列表...2.转换后的列表为有序列表 import collections z = collections.OrderedDict() z['b'] = 2 z['a'] = 1 z['c'] = 3 z['r'...] = 5 z['j'] = 4 #字典中的key转换为列表 key_value = list(z.keys()) print('字典中的key转换为列表：', key_value) #字典中的...value转换为列表 value_list = list(z.values()) print('字典中的value转换为列表：', value_list) 运行结果： ?
file_name = "hw.txt" dataset = [] file = open(file_name, mode='r') for line in file: line = line.split...dataset.append(line) file.close() print(dataset) 输出dateset是[[1,2,3]，[85,9,7]，[99,1,58]]这个样子 怎么再做下去求出这些数据的总和和平均值
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...python中把列表转换为字符串 1、join方法 2、for语句 3、使用 * 号 1、join方法 lis = ['1','2','3','4','5'] s = " " .join (lis) print...(s) >>>'1 2 3 4 5' 语法格式为: str.join(sequence) sequence是序列类型，序列类型有列表、元组、range 如果列表中为int型,可使用map(,) lis...* 号，是将列表拆分成单个元素，然后传入到函数中。...可用于print()中，例如： a = [1,2,3,4,5] print(a) print(*a) >>>[1,2,3,4,5] >>>1 2 3 4 5 *一般用在传递列表参数到函数中，比如 def
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...1、List列表转为Str字符串 List中存的是字符串的时候，一般是通过.join()函数去转换： 例 ： dataList = ['1', '2', '3', '4' ] str1...= “ ， ” + join(dataList ) print (dataList) 结果： a b c d 2、Str转为List列表 主要就是通过str的split()函数，如果为空就用空格标识
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君 1.java jdk 提供的Arrays.asList(T… a)方法 public static void main(String[] args)...= Arrays.asList(strArray); System.out.println(strList); } // 输出:[a, b, c] 注: 1.1 该方法返回的是数组的一个视图...,对这个list的操作都会反映在原数组上,而且这个list长度是跟原数组一样是固定的,转换后的列表不支持add、remove等改变长度的方法 public static String deploy...，而基本数据类型是无法泛型化的 编译直接不通过 2.guava类库的asList方法 对于基本数据类型,我们可以使用guava类库提供的api,如 Ints.asList(),Doubles.asList...numArray); System.out.println(numList); } // 输出: [1, 2, 3] 但是和Arrays.asList(T… a)方法一样,返回的列表仍然是定长的
在 PySpark 中，可以使用SparkContext的parallelize方法将 Python 的列表转换为 RDD（弹性分布式数据集）。...以下是一个示例代码，展示了如何将 Python 列表转换为 RDD：from pyspark import SparkContext# 创建 SparkContextsc = SparkContext.getOrCreate...()# 定义一个 Python 列表data_list = [1, 2, 3, 4, 5]# 将 Python 列表转换为 RDDrdd = sc.parallelize(data_list)# 打印...RDD 的内容print(rdd.collect())在这个示例中，我们首先创建了一个SparkContext对象，然后定义了一个 Python 列表data_list。...接着，使用SparkContext的parallelize方法将这个列表转换为 RDD，并存储在变量rdd中。最后，使用collect方法将 RDD 的内容收集到驱动程序并打印出来。
# 列表 列表 是一种用于保存一系列有序项目的集合，也就是说，你可以利用列表保存一串项目的序 列。...想象起来也不难，你可以想象你有一张购物清单，上面列出了需要购买的商品，除开在 购物清单上你可能为每件物品都单独列一行，在 Python 中你需要在它们之间多加上一个逗 号。...# 代码 # 列表 # This is my shopping list ''' 在这里要注意在调用 print 函数时我们使用 end 参数，这样就能通过一个空格来结束输出 工作，而不是通常的换行
3.使用列表中的各个值可像使用其他变量一样使用列表中的各个值。例如，你可以使用拼接根据列表中的值来创建消息。...例如，你创建一个游戏，要求玩家射杀从天而降的外星人；为此，可在开始时将一些外星人存储在列表中，然后每当有外星人被射杀时，都将其从列表中删除，而每次有新的外星人出现在屏幕上时，都将其添加到列表中。...2.在列表中添加元素 你可能出于众多原因要在列表中添加新元素，例如，你可能希望游戏中出现新的外星人、添加可视化数据或给王振添加新注册的用户。python提供了多种在既有列表中添加新数据的方式。...因为经常要等待程序运行后，你才知道用户要在程序中存储哪些数据。...例如，你可能需要获取刚被射杀的外星人的x和y坐标，以以便在相应的位置显示爆炸效果；在Web应用程序中，你可能要将用户从活跃成员列表中删除，并将其加入到非活跃成员列表中。
⭐️ 什么是列表 列表是Python 中一个非常重要的数据类型，为什么说它非常重要呢？因为在我们的实际开发过程中，列表是一个经常会用到的数据结构，它以占用空间小，浪费内存空间少这一特性而被广泛应用。...列表就是队列 它是各种数据的集合，也是一种数据结构 列表是一个有序且内容可以重复的集合类型 列表是一个有序的序列，列表中所有的元素放在 [] 中间，并用逗号分开，例如： 1, 2, 3，一个包含 3 个整数的列表...后续的关于列表的常见运算操作、常见函数与常见方法章节会有详细介绍，当前了解即可 ⭐️ 列表的定义 在 Python 中， list 代表着 列表 这种数据类型，也可以使用它定义一个列表 在 Python...中，列表的元素存在于一个 [] 中，示例如下 在 Python 中，列表是一个无限制长度的数据结构(但应当避免创建超大列表的情况) 一个 列表 可以包含不同类型的元素，但通常使用时各个元素类型相同...不同数据类型的列表使用 max 函数呢？
序列是Python中最基本的数据结构。序列中的每个元素都分配一个数字 - 它的位置，或索引，第一个索引是0，第二个索引是1，依此类推。...1.列表 数组：存储同一种数据类型的集合 scores = [12,23,45] 列表(打了激素的数组):可以存储任意数据类型 list = [1,1.2,True,'westos'] print(list...#切片 print(service[::-1]) # 列表元素序列反转 print(service[1:]) #列表中除了第一个元素之外的元素 print(service[:-1])...# 列表中除了最后一个元素之外的元素 ?...是否是列表中的元素 print('ftp' in service) print('mysql' not in service) 假定有下面这样的列表: names = ['fentiao
一 列表的排序 方法1: 没有返回值 list1 = [2, 1, 4, 5, 3] print("最开始数据:{}".format(list1)) # 升序 list1.sort() print(...": "true"} # 降序 dict2 = sorted(dict1.items(), key=lambda dict1: dict1[0], reverse=True) print("开始的字典数据...:{}".format(dict1)) print("按照键进行降序后的数据:{}".format(dict2)) ?...:{}".format(dict1)) print("按照值进行降序后的数据:{}".format(dict2)) ?...三 包含字典dict的列表list的排序方法 方法1：使用 operator进行排序 import operator list1 = [{'name': 'Kevin', 'age': 27}, {'
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