前面我们在人工智能大模型不会告诉你的热图绘制技巧 演示了如何使用ggplot2热图扩展包（ggalign），可以快速替代之前的 pheatmap： 比如我们可以先去geo数据库里面下载 GSE104171...它使你能够使用熟悉的 ggplot2 语法创建复杂热图。...你可以无缝使用任何 ggplot2 geoms、stats 和 scales 来构建复杂布局，包括垂直或水平排列的多个热图。...与 ComplexHeatmap 比较 优点 与 ggplot2 生态系统完全集成。 热图注释轴和图例自动生成。 树状图可以轻松自定义和着色。 对图表大小和间距有灵活的控制。...ggplot2 对象的数据包含以下列： .xpanel 和 .ypanel: 列和行的panel groups .x 和 .y: x 和 y 坐标 .row_names 和 .column_names:
❝最近在进行绘图实战颇有感触，今天来介绍一下如何使用「ggplot2绘制组合热图」，有时我们如果只想对部分数据进行热图形式的展示可以用到这种类型的图表；绘图过程倒也简单主要是选择好合适的展示场所 library...sample=as.character(sample)) #定义因子 df$sample % unique()) 绘制文本热图...p1 % ggplot(...."black",hjust=0.5,vjust=0.5)+ labs(x = NULL,y = NULL,color=NULL,fill=NULL)+ theme_niwot() 绘制组合热图...❝此处将数据数据拆分成两份进行图形绘制，本想借助「ggh4x」 的分面功能，但是此份数据不太适合，关于ggh4x后面再做介绍 ❞ p2 % filter(group=="A") %>%
，今天重复这个热图 这个图具体的数据是什么意思暂时还没太看明白，最终用于作图的数据格式如下 image.png 前半部分准备数据的代码这里就不介绍了 image.png 准备数据的过程可能稍微有点枯燥，...大家感兴趣的话可以自己研究研究 我们直接运行画图代码 加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本的热图 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...)) + geom_tile() image.png 调整热图方块的一些内容 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour...="white", #linewidth=2, width=.9, height=.9) image.png 这里原来热图对应的小单元格高和宽是都可以调整的...调整热图的颜色和图例 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white", #linewidth
超详细的R语言热图之complexheatmap系列1 前几天介绍了ggplot2版本的韦恩图，说到现在R语言画图都在ggplot2化,热图当然也不能例外！...今天介绍的ggheatmap，国产R包，必须支持！ 支持图层语法，也是把热图分为好几个部分，然后再拼起来，得到一个ggplot2对象，最大的好处是方便拼图，因为生信文章里就喜欢把热图和其他图片拼一起。...") 简介 library(ggheatmap) ## 载入需要的程辑包：ggplot2 主要提供了三大主函数： ggheatmap()：画热图的主要函数 ggheatmap_theme()：设置各组件的主题...这个热图和前面介绍过的aplot拼热图类似，也是可以拆分成不同部分的，然后可以对每个部件进行自定义，支持ggplot2的theme()。...还可以进行各种自定义，只要你对ggplot2足够熟悉，就可以进行各种操作，因为本质上就是一个ggplot对象，所以也可以和其他的ggplot图形进行各种组合！ 下面是一个小小的例子！
Python中的树的最大深度和最小深度算法详解 树的最大深度和最小深度是树结构中的两个关键指标，它们分别表示树的从根节点到最深叶子节点的最大路径长度和最小路径长度。...在本文中，我们将深入讨论如何计算树的最大深度和最小深度，并提供Python代码实现。我们将详细说明算法的原理和步骤。 计算树的最大深度 树的最大深度是指从根节点到最深叶子节点的最大路径长度。...和最大深度类似，我们同样可以通过递归遍历树的左右子树来计算树的最小深度。...) print("树的最小深度:", min_depth_value) 输出结果： 树的最大深度: 3 树的最小深度: 2 这表示在给定的二叉树中，最大深度为3，最小深度为2。...通过递归算法，我们能够有效地计算树的最大深度和最小深度。这两个指标在分析树结构时常常被用于评估树的形状和性质。通过理解算法的原理和实现，您将能够更好地处理树结构问题。
主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式，给行名列名 hclust聚类，改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据，处理成ggplot2能够直接处理的数据结构，并加上列名 ggplot_tile进行画图...gplots 数据处理成矩阵形式，给行名列名 调制颜色并用heatmap.2画热图（heatmap.2函数内部用hclustfun 进行聚类） R语言代码 library(ggplot2) library...rowInd hc的列进行聚类 colInd的顺序存为...colInd data和列 dp=melt(data) #对数据进行融合，适应ggplot的数据结构，以进行热图的绘制 colnames...(dp) <- c("Gene","Sample","Value") p ggplot(dp, aes(Sample,Gene)) + geom_tile(aes(fill = as.factor
多分组的PCA图和top基因热图在转录组和蛋白组的差异分析中，我们常常在质控阶段需要做一下样本的PCA图和标准差top 基因的表达，来评价组内差异和组间差异。...以前主要做的二分组的比较，要想把多个分组的信息放在一张PCA图或者热图上，只需修改下Group值就行。...= F)#不以因子变量读取options(scipen = 20)#不以科学计数法显示load("step1_input.Rdata")exp 图-...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),200)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(pheatmap...：匹配最后一个点号之前的所有内容。替换为空，保留最后一个点号后的内容。sub("\\d+$", "", ...)\\d+$：匹配末尾的所有数字。替换为空，去除末尾的数字。P1P2
05:最大值和最小值的差 总时间限制:1000ms内存限制:65536kB描述 输出一个整数序列中最大的数和最小的数的差。...输入第一行为M，表示整数个数，整数个数不会大于10000； 第二行为M个整数，以空格隔开，每个整数的绝对值不会大于10000。输出输出M个数中最大值和最小值的差。
常见的热图看腻了，这节来介绍如何通过ggplot2绘制圆形热图，为了方便各位观众老爷观看，我制作了一个交互式文档，后台回复关键词2021-4-14获取本文代码及文档 （这个是我转载的推文，如果需要这个代码和数据...7 2007 170 7 8 2007 143 8 9 2007 146 9 10 2007 145 10 数据可视化 先画一张常见的热图...ggplot(accidents, aes(x=Month, y=Year, fill=Deaths)) + geom_tile(colour="white") + scale_fill_gradient
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...首先是准备热图的数据 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条...legend.title = element_blank())+ scale_fill_manual(values = c("green","blue","red")) 将分组颜色条和热图拼接到一起
pdf 论文 Protective role of the Arabidopsis leaf microbiota against a bacterial pathogen image.png 今天的推文来重复一下论文中的...figure6a image.png 今天的推文先画黑白格的热图，关于添加线段注释和左侧的绿色热图放到下期推文介绍 首先是示例数据集 image.png 读取数据 library(readxl)...，这里我不想读入，最方便的办法是直接手动删掉，不想删就指定读取的行数 宽格式数据转换为长格式 df %>% select(-Func_name) %>% pivot_longer(!...== "4" ~ ">2" )) %>% mutate(new_col=fct_relevel(new_col,c(0,1,2,">2")))-> dfb 最后是作图代码 library(ggplot2...) ggplot(data=dfb,aes(x=Func_id,y=name))+ geom_tile(aes(fill=new_col), color="black")+
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 7-4 最大公约数和最小公倍数 (20分) 本题要求两个给定正整数的最大公约数和最小公倍数。...输入格式: 输入在一行中给出两个正整数M和N（≤1000）。 输出格式: 在一行中顺序输出M和N的最大公约数和最小公倍数，两数字间以1空格分隔。
,XXXX.column2 from XXXX LATERAL VIEW explode(XXXX.column1) t1 as exploded_column 2、使用first_value获取最小值...，last_value获取最大值 select uid,point_id, first_value(loc_x)over(partition by uid order by point_id) as start
画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) #install.packages("see") library(see) ggplot2 是用来作图的 tidyverse 是用来做数据整理的 see 这个包里有很多配色函数...读取热图的数据作图 dfa<-read.csv("20211007.csv") head(dfa) pivot_longer(dfa, !...X, names_to = "Y", values_to = "Value") -> dfc.1 head(dfc.1) 作图的代码 ggplot...今天推文的示例数据和代码可以在后台留言20211007获取
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...首先画热图 这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。...df1<-reshape2::melt(df) ggplot2画热图 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile(aes...接下来是美化 调整一下y轴的的顺序 df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A)) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile...，下一期推文介绍利用堆积柱形图给热图添加分组信息。
还是这幅图 ? image.png 本来以为今天的推文可以重复出来的，但还是高估自己了，实现过程遇到了问题，暂时还不知道如何解决，后面想到办法再来介绍吧！...今天的推文先介绍右上角的方块热图实现办法吧! 首先是方块四周的灰色边框 这里使用到的是geom_tile()函数。...) ggplot()+ geom_tile(data=df5,aes(x=x,y=y), fill="white",color="grey") ?...image.png 如果是画三角热图示例数据如下 ?...image.png 今天的次条推文还是广告，这篇推文的示例数据和代码会放到次条推文的留言区
这个链接的数据和代码主要来自论文 Assessment of the influence of intrinsic environmental and geographical factors on the...image.png 对照论文然后看数据和代码，能够更好的理解论文的设计和分析思路，非常好的学习素材。论文的主要研究内容还没有看太懂，好像是研究了越南和坦桑尼亚的一些厕所的微生物多样性。...分别设置 check.names参数为T和F大家可以看下效果 ?...(Samples),transform,rescale=sqrt(Value)) ggplot2画图 library(ggplot2) p ggplot(df, aes(Species, Samples...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本
昨天公众号后台有人留言作图，示例图如下 image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色...基本的思路有了。...继续昨天推文的内容 R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置（点击蓝色字体直达昨天的推文） 今天的推文记录一下如何实现这个热图 首先构造一份数据集 set.seed("20200407...rownames(df)<-paste0("X",1:6) write.csv(df,file = "20210407_example.csv",quote = F) image.png 这样是宽格式数据，ggplot2...) ggplot(data=df2,aes(x=Sample,y=variable))+ geom_point(aes(size=abs(value_1), color
前言 本文是《剑指Offer》系列（JavaScript版）的第一篇，题目是“连续子数组的最大和或最小和”。 话不多说，开始“打怪”修炼......一、理解题目 以“连续子数组的最大和”为例，相当于我们在数组中，计算连续的子数组的和，找寻最大值。...最优解方案 在面试时面试题除了固定的套路和算法外，要多尝试逻辑思维的转变... 技术方案： 1. 初始化两个变量：sum(连续子数组的累加和)、max(最大值) 2....连续子数组的最小和 “连续子数组的最小和” 这个需求的实现原理和“连续子数组的最大和”的实现基本是一致的，唯一的区别点为：当sum的值 > 0为正数时，累加就无意义了，需要重新赋值为当前值。...我们来看下代码的实现 /** * getLeastSumOfSubArray() * @description 获取连续子数组的最小和 * @param Array arr 指定的数组 * @returns
image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...基本的思路有了。今天的推文记录一个小知识点是 如何将图例远离主图并且给放到右上角去 首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 正常做一个柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=
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