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Sphinx补篇

也就是说,如果您的目录包含一堆reST格式的文档(可能还有文档的子目录)以及),Sphinx可以生成结构良好的HTML文件(在其他目录中),以方便浏览和导航。...要在LaTeX文档中使用这些颜色,只需\usepackage[svgnames]{xcolor}在你的序言中添加颜色,然后使用\color{}命令(例如\color{Navy})选择一种颜色,之后所有文本将为你指定的颜色...相关配置项已经由 sphinx-quickstart 在初始化时写入 conf.py (使用 Py 的标准注释 # 将一些备选项,事先注释了) 要修订对应配置,只要先消除对应行的注释,并修订参数值就好....想追加定制的参数,如果没由 sphinx-quickstart 预先生成,自个儿追加也就是了. 注意,要保持配置文件严格使用 Python 脚本语法,特别是 字串,数字,列表等等....其实 sphinx-quickstart 脚本已经创建了 Makefile 以及 make.bat 可以令我们更加简单的随时进行编译,只要 $ make html 这篇呢就是比较杂得一篇,属于上面文章得一个补篇

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QIIME2-2019.10更新学习笔记

修复了阻止MetadataColumnvalue被正确解码的错误-这主要是q2studio的问题。...对于普通用户来说,这不是什么大问题,但是,如果你在构建QIIME2个文档的工作里,这种放缓显著。 2.修复了阻止导出到本地路径的错误。 3.修复了将文件保存到不存在的目录时导致爆炸的错误。...这些元素通常引起的问题多于解决的问题,因此我们决定与格式的这些方面分开。 2.为了使DNAFASTAFormat禁止重复记录,在ID的开头禁止空格以及其他一些内部管理元素。...2.杂项错误修复和性能改进: 改善错误消息,以查找缺少或不匹配的 feature metatdata。 对于大图,解决了一个隐藏对象仍可单击的问题。 修复了从设置文件错误加载轴方向的错误。...q2-taxa 在此插件的barplot可视化工具上放了一个放大镜-瞧,发现了一个简单但重要的错字-本应使用“样本”一词时使用了“功能”一词时出错。有趣的是,如此小的语言变化如何产生如此不同的结果!

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  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
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    科学软件十条简单编程原则

    尽管您没有义务提供这么多示例,但请花时间至少编写一些示例来展示您软件的主要功能。您甚至可以使您的示例作为单元测试执行双重任务(反之亦然),从而在提供指令时验证功能。...作为生物信息学库的一个例子,它在控制文档的版本方面做得特别好,请查看khmer,它有一个包含新功能的彻底更改日志,修复了错误(由它们是否与用户或开发人员相关),已知问题,以及发布的贡献者列表。...好的错误消息应该包含三个部分:它们应该说明错误是什么,产生错误时软件的状态是什么,以及如何修复错误或在哪里找到与修复错误相关的信息。...通过显示出现了什么问题并提出修复方法,您的用户将花费更少的时间进行调试并花更多时间进行科学研究。由于您比其他任何人都更了解您的软件,因此在错误消息中提供指导非常宝贵。...如果没有其他原因,那么为了避免为用户提供技术支持(大多数人几乎没有阅读过您的文档,如果有的话),他们遇到了容易修复的使用错误。

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    QIIME 2 2024.5 更新来啦

    框架更新[6] 修复了导致复合语义类型TypeMap不允许子类型具有属性的问题 添加Collection[Visualization] 为有效的输出类型 - 这是新的QIIME 2社区插件q2-boots...支持,并添加了对 WDL 和 CWL 的集合支持 q2-galaxy[11] 重构了我们的Galaxy Tools实现,改进了错误处理 插件更新 Q2-组成[12] 修复了 ANCOM-BC 中的bug...在我们与 scikit-bio 就如何处理这种情况进行沟通时,这是一种临时解决方法 q2-特征表[15] 修复了summarize每个样本计数选项卡中的样本 ID 被替换为数字索引的问题 重构以确保一致的表格式...[PresenceAbsence]为taxa filter-table可接受的输入 q2-types[20] 将类型/格式/转换器从 Q2-demux 迁移到 Q2-Types,以便进行更通用的访问 修复了一个错误...,即在环境中进行开发后不再识别类型 修复了bowtie和contig中的一些循环导入 添加了一个新类型FeatureData[Contig] sample_dict添加了方法MultiFASTADirectoryFormat

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    AI编码工具Bolt:是神器还是鸡肋?

    以下景观视图中的定义将 Bolt 定位为前者: 那么,让我们开始使用 Bolt 进行构建。使用 GitHub 登录后,起始页面非常醒目: 首先,让我们确定要构建的内容的一些要求。...当然,这意味着实际上获取我的代码可能会存在问题或障碍。但目前,我假设我的兴趣是构建。 我在预览选项卡中看到了一个不错的 Astro 博客入门模板,在另一个选项卡中看到了代码。...最终,我得到了这个,这非常具有讽刺意味: 因此,我用来检查错误的浏览器可能并不理想,而我离开的浏览器是推荐的。我的问题解决了吗?没有。...它做到了: 然后我要求将日期的颜色和字体与描述的颜色和字体交换。...它做到了,但也颠倒了我对位置的其他更改并删除了标题: 这里的结论不是与 LLM 进行细粒度的语言战斗,而是让 LLM 进行大的更改,同时稍后修复细节。我也在与滚动错误作斗争。

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    Twitter不慎以纯文本形式泄漏用户密码

    经过内部审计之后,Twitter近日承认,他们的密码存储机制存在错误,导致内部日志中记录了一些用户的密码。 在Twitter之前,GitHub本周早些时候也发布了类似的声明。...就像在GitHub事件中一样,密码以明文格式记录在Twitter的内部服务器日志中。...“我们自己发现了这个漏洞,删除了密码,并且正在修复,以防问题再次发生。” 让用户决定是否更改密码 GitHub查出明文密码时,给所有受影响的用户发送了电子邮件并且强制让他们重置密码。...但是Twitter没有发送邮件提醒,有些用户被强制修改密码,小编登陆Twitter发现,的确出现了一个警告窗口。...Twitter并不认为这是非常重大的安全问题,Twitter认为它的系统从未被破坏过,只有少数员工可能看到过泄露的密码。

    1.2K20

    又一起由 VMware 导致的网络错误

    重复错误 电脑的网卡又报错“Windows仍在设置此设备的类配置(代码56)”了,第一反应是这种错误已经出现过而且解决过一次了.....直奔上次笔记栈找方案,然而这次没用,我修复了 VMware 虚拟机并重启之后发现并没有用,随即卸载掉虚拟机仍无果,有点慌.....驱动小插曲 呵呵,说起这个就觉得好笑,机械革命的售后一问三不知,而我只是要个驱动链接而已(已经记录到博客日志了) Cleaner 小插曲 由于我电脑无线网卡不能用了也就是没网可用,那我只能从手机上(iPhone...总结 说白了就是因为系统把我软件误删之后导致的错误,这种是不可避免的,能做的只能是记录踩过的坑,目前是这样。...如果 Ccleaner 清理注册表后不能修复该错误,一定要再去试试 cangshui.net 提供的那个注册表清理软件,因为他是在 Ccleaner 清理无效后再用的代替。 以上,有问题在评论区反馈。

    30910

    解决 but found )

    具体来说,它表示在JSON对象的结尾位置预期了一个结束符号('}'),但实际上却找到了一个字段名。 这个错误通常是由以下几个原因导致的:JSON对象的括号没有正确地匹配。...JSON数据格式不正确。可能存在一些非法字符或者不符合JSON规范的语法。...确保JSON数据符合JSON规范的语法,并且没有任何非法字符。使用工具进行JSON验证。可以使用一些在线或本地的JSON验证工具来帮助我们检查JSON数据的格式和语法是否正确。打印详细的错误信息。...虽然它可能有多种原因导致,但通过逐步排查和采取相应的解决方法,我们可以很容易地解决这个问题。...由于缺失闭合括号,解析器将抛出"END_OBJECT but found FIELD_NAME"错误。然后,我们的代码会自动修复JSON数据,并重新尝试解析。

    26140

    学界 | DeepMind想用IQ题测试AI的抽象思维能力,进展还不错

    虽然人工智能已经可以在策略游戏的对战中战胜人类,但是却在一些简单任务方面“无能为力”,特别是需要在新环境中发现并重新构建抽象概念。...为实现这一目标,DeepMind构建了一个用于创建矩阵问题的生成器,涉及一组抽象因子,包括“渐进”之类的关系以及“颜色”和“大小”等属性。...例如,创建了一组谜题训练集,其中只有在应用于线条颜色时才会遇到渐进关系,而在应用于形状大小时会遇到测试集。...然而,在“外推”机制中,同样的网络表现得糟糕得多,在这种情况下,测试集中的属性值并不与训练中看到的值处于相同的范围内。 这种事情发生在当训练集中有深颜色的物体而测试集中是浅颜色的物体的谜题中。...有趣的是,在中性分割中(the neutral split),模型的准确性与它推断矩阵下正确关系的能力密切相关:当解释正确时,模型会选择当时正确的答案的概率为87%,但当它的解释错误时,性能下降到只有32%

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    Python版本的选择和项目目录规范

    最重要的是,我们应该考虑Python2与Python3的问题。对于使用(非常)旧平台的人来说,这仍然是一个开放而没有解决的问题。 最后,一个人应该使用哪种Python版本的问题是值得一问的。...但是,一旦你对那里的最佳实践有了正确的理解,它就非常简单了。 首先,您的项目结构应该是相当基础的。明智地使用包和层次结构:深层次结构可能是导航的噩梦,而平面层次结构往往变得臃肿。...最后,该docs目录应包含reStructuredText格式的包文档,该文档将由Sphinx使用。 包通常必须提供额外的数据,例如图像,shell脚本等。...组织版本号的方法有很多种,但PEP 440引入了一种版本格式,每个Python软件包,理想情况下每个应用程序都应遵循这种格式。这样,程序和包将能够快速可靠地识别它们所需的软件包版本。...最终组件也可以使用以下格式: N[.N]+aN(例如1.2a1)表示alpha版本,可能不稳定且缺少功能的版本。 N[.N]+bN(例如2.3.1b2)表示测试版,可能是功能完整但仍有错误的版本。

    1.2K20

    关于深度学习框架Hamaa与Python API文档生成工具Sophon

    GitHub地址:GitHub : monitor1379/hamaa 文档地址:ReadTheDocs : hamaa.readthedocs.io 关于Hamaa的诞生 Hamaa源自于我当初的一个小想法...有了一定的CNN调参经验。 学会了卷积计算的加速方法: im2col与col2im。 了解到TensorFlow的NHWC数据格式与Theano的NCHW数据格式之间的差异性。...如果有读者发现了,十分欢迎在GitHub上提出issues或者发邮件到作者邮箱:yy4f5da2(at)hotmail.com。 后记 后续会写一些我在造轮子过程中的收获和踩过的一些坑。...考虑到文档编写、网站外貌(Sphinx很强大,但是他的autodoc功能导出的API文档在RTD主题下实在有点丑),最终选择了MkDocs+Markdown来编写文档。...但是这样又有了另外一个问题,MkDocs没有autodoc功能。如果手动编写,就意味着我要同时保持代码中的注释与API文档中的介绍一致。

    72531

    Facebook迁移MySQL 8.0的全过程详解!

    例如,上游 8.0 的 binlog 事件格式与我们自定义的 5.6 修改存在不兼容。Facebook 5.6 功能中使用的错误代码与上游 8.0 中为新功能分配的错误代码发生冲突。...3.1 应用程序验证我们希望迁移对应用程序尽可能透明,但某些应用程序查询在 8.0 上遇到了性能回退或错误。...对于每个应用工作负载,我们在 8.0 上搭建了测试实例,并将影子流量查询重放到这些实例中。我们捕获并记录了 8.0 服务器返回的错误,并发现了一些有趣的问题。不幸的是,并非所有问题都能在测试中被发现。...使用自动转义列名的库的应用程序未受到影响,但并非所有应用程序都使用了这些库。问题虽然容易修复,但定位生成这些查询的代码库和应用所有者花费了一些时间。...5.6 中的一个 Bug 在 8.0 得到修复,但修复增加了事务死锁的可能性。通过分析查询后,我们通过降低隔离级别解决了此问题。由于我们已经切换到基于行的复制,这一选择得以实现。

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    个人主题建站首选微博秀模板,仿新浪微博官网

    更新之后最好删除主题自带模块,模块管理-插件创建的模块,删除,然后重新启用主题模板,清空缓存并重新编译模板,前台,强制刷新下就好了,如果启用CDN及得刷新CDN缓存。...主题更新日志:(2020/05/29) V、修复搜索特殊字符导致搜索模板错误的问题。 主题更新日志:(2020/05/22) 优化缩略图php代码。 优化视频自适应显示效果。...优化文章图片自带格式导致的移动端或者PC段被拉伸的问题。 优化视频代码,移动端自适应显示效果。 主题更新日志:(2020/05/13) 优化IE10浏览器,顶部导航出现错位的BUG。...修复文字加粗设置颜色无效的问题。 主题更新日志:(2020/04/22) 修复分类列表文章NEW标签遮盖下拉菜单的BUG。 主题更新日志:(2020/04/20) 修复文章评论没有翻页功能的BUG。...网友反馈的其他优化内容。 主题更新日志:(2020/01/23) 修复一处因春节皮肤导致字体颜色不清晰问题。 主题更新日志:(2020/01/22) 优化导航自适应显示效果。

    3.5K20

    我的第一次坏块故障恢复经历

    这算是自己第一次处理稍微比较复杂的恢复问题,以前碰见的问题都是比较常规简单的,对于备份恢复来说,一直想找一个时间更系统的学习一下,这个问题处理的过程当中才发现这些基础理论的重要性,因此一些处理步骤上还是比较混乱的...环境信息: 版本:12.1.0.2.0 用途:开发环境 其他信息:未开启归档模式 现象:上班后开发人员发现start数据库错误,根据网上的信息,做了重建控制文件等操作,但依旧无法启动,系统此时已经有些混乱了...使用ADVISE FAILURE,指出了一些修复的方法和脚本。...说到修复坏块,江湖上还是有一些神器的,查了下, (1) ODU:ORACLE DATABASE UNLOADER,老熊和dbsnake现在负责维护。...这不是一朝一夕就能掌握的技能,但需要一朝一夕的积累,这块还需要自己多努力学习和实践。 2.还是需要有备份,如果开启了归档,或者有一些冷备,恢复起来就会方便一些。即使这是一套开发库。

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    如何成为一名10x的数据分析师?

    虽然该实验选取的被研究人员平均开发经验已经达到了七年之久,但相互之间的时间差异却能达到惊人的20倍。...虽然该实验的设计存在一定的缺陷,例如将使用低级语言的程序员和使用高级语言的程序员混合到了一起,但之后越来越多的研究都发现了类似的结果。...你得懂得代码设计 虽然在设计代码时有很多非常好的实践,但其中有一些非常突出的细节将大大增加你的生产效率。 我第一次听到关于清晰度或清晰度胜过聪明才智的论述是在大学写作课。...你现在可能知道你的代码是什么,但当你尝试调试或添加函数时,你和其他人将非常开心有注释。 无论你使用什么语言编写代码,请记得使用异常处理,并为你自己,同事和最终用户留下有用的错误信息。...上面的代码显示了一个停止函数,能够传递来自正在调用的API的错误消息。 如果数据不是API需要的,那么它就会引发一个有用的错误消息。

    85180

    Python 线程的自修复

    下面看看我最近的一个实操案例。1、问题背景我创建了一个访问米国和欧某盟服务器的网络蜘蛛。米国和欧某盟的服务器是相同的数据结构,但内部的数据不同,我想把它们全部整理出来。...会出现异常,虽然我试图在程序内部处理所有内容,但很可能会出现一些奇怪的问题。为了真正防御这个问题,我想捕获一个出现故障的线程,记录错误并重新启动它。...最坏的情况是,我从数千页中丢失了几页,这比线程出现故障而损失 50% 的速度要好。然而,根据我的阅读,Python 线程会静默地死去。有没有人有什么想法?...如果发生某种奇怪的事情导致线程失败,很可能会在代码的某个地方抛出一个错误(而不是在多线程子系统本身中);这样你就可以捕获它,对其进行记录,并重新启动线程。...方法二:如果怀疑可能会发生一些非常奇怪的事情,而你无法通过 Python 的错误处理机制来检测到,另一个解决方案是启动一个监视线程,定期检查其他线程是否正常运行。

    11410

    详解RemoveError: setuptools is a dependency of conda and cannot be removed from

    解决方法尽管无法直接从Conda环境中移除setuptools,但你仍然有几个选项来解决这个问题。下面是几种常见的解决方法:1....dl_env_newconda install tensorflowconda install jupyter通过这种方式,我们成功避免了移除setuptools的错误,并创建了一个新的Conda环境...下面是 setuptools 提供的一些主要功能:定义包的元数据和依赖项:使用 setup.py 文件,你可以定义包的元数据,如名称、版本、作者、许可证等。...插件和扩展机制:setuptools 支持插件和扩展机制,可以方便地集成其他工具和框架,如构建 Sphinx 文档、生成 Wheel 格式的二进制发行版等。...为了解决这个问题,你可以使用conda remove --force命令强制移除,创建一个新的环境并在其中安装需要的软件包,或者考虑其他解决方案。谨慎处理这个错误,以确保你的环境的稳定性和功能正常性。

    1.4K10

    Python常见问题

    Python 是一种解释性、交互式、面向对象的编程语言。 它包含了模块、异常、动态类型、非常高层级的动态数据类型以及类的概念。 Python结合了超强的功能和极清晰的语法。...以下是有关最初缘起的一份 非常 简短的摘要,由 Guido van Rossum 本人撰写: 我在 CWI 的 ABC 部门时在实现解释型语言方面积累了丰富经验,通过与这个部门成员的协同工作,我学到了大量有关语言设计的知识...我对 ABC 语言有过许多抱怨,但同时也很喜欢它的许多特性。 没有可能通过扩展 ABC 语言(或它的实现)来弥补我的不满 —— 实际上缺乏可扩展性就是它最大的问题之一。...发布版源代码是一个以 gzip 压缩的 tar 文件,其中包含完整的 C 源代码、Sphinx 格式的文档、Python 库模块、示例程序以及一些有用的自由分发软件。...文档以 reStructuredText 格式撰写,并使用 Sphinx 文档工具 生成。 文档的 reStructuredText 源文件是 Python 源代码发布版的一部分。

    67220

    这些老照片如何用算法修复?

    我们是如何使用在图像修复中使用Unet的呢? 我们使用了部分卷积替代了原始的那一版。当我们使用一些核去卷积一个区域时,我们没有把损坏的像素算在内。这使得图像修复更精密。...因此,如果你想修复有大缺陷的图片,增大你训练集里的缺陷。 这是一个关于我们的算法效果的例子: ? 着色 我们已经将图片有缺陷的部分分割了出来并且修复了他们;第三步——颜色复原。...因为人眼对明暗变化的敏感程度会比对色彩变化的敏感程度更高。这是我们选择复用了人眼更敏感的Y通道(亮度)及预测我们可能出错的Cb和Cr通道值的原因,因为我们不会很注意颜色错误。...然而,会有一些区域没有被着色。这是因为跟去预测一些别的颜色相比,不做任何变化会使L1误差有更优的结果。 ? 我们正在比较我们的结果与原始真实照片-由Klimbim手工着色 我们该如何解决这个问题呢?...简要回顾 Unet是一个非常棒的模型。在第一个分割任务中,我们在训练过程中遇到了一个问题,就是处理高分辨率的图像,这就是为什么我们使用In-Place 批归一化。

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    这些老照片如何用算法修复?

    我们是如何使用在图像修复中使用Unet的呢? 我们使用了部分卷积替代了原始的那一版。当我们使用一些核去卷积一个区域时,我们没有把损坏的像素算在内。这使得图像修复更精密。...因此,如果你想修复有大缺陷的图片,增大你训练集里的缺陷。 这是一个关于我们的算法效果的例子: ? 着色 我们已经将图片有缺陷的部分分割了出来并且修复了他们;第三步——颜色复原。...因为人眼对明暗变化的敏感程度会比对色彩变化的敏感程度更高。这是我们选择复用了人眼更敏感的Y通道(亮度)及预测我们可能出错的Cb和Cr通道值的原因,因为我们不会很注意颜色错误。...然而,会有一些区域没有被着色。这是因为跟去预测一些别的颜色相比,不做任何变化会使L1误差有更优的结果。 ? 我们正在比较我们的结果与原始真实照片-由Klimbim手工着色 我们该如何解决这个问题呢?...简要回顾 Unet是一个非常棒的模型。在第一个分割任务中,我们在训练过程中遇到了一个问题,就是处理高分辨率的图像,这就是为什么我们使用In-Place 批归一化。

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