安装 在R里跑下面这句，包就安装好了。...remotes::install_github("GuangchuangYu/nCov2019") 使用起来相当容易，小白也会用，看完就知道了，再菜的鸟也必须会用。...初印象 library(nCov2019) x <- get_nCov2019() 加载包之后，用一条语句，拿到当前最新的数据，每天都可以跑一下，拿到最新的数据。...打印一下你拿到的数据，它会显示中国确诊的人数，以及这个数据的更新时间： > x China (total confirmed cases): 14489 last update: 2020-02-02...19:22:51 更新时间很重要，因为数字是不断在更新，比如你使用当前的数据来画图，你想在图上加个时间注释，为了让这事变得更容易，nCov2019包提供了time方法，返回数据更新时间： > time
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...= 0) funlist <- funlist[-idx] # 创建一个数据框保存数据 objectlist R_system_version R.home R.Version
介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...它提供了对布局调整和情节注释的精细控制，使您能够创建复杂的、出版质量的可视化，同时仍然使用熟悉的ggplot2语法。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包...install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev"..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...这个文件可以保存在任意目录下，文件中就一句话，内容如下 R_MAX_NUM_DLLS=500 500表示允许的最多的dll文件数目，设置好之后，重新启动R, 然后输入如下命令 normalizePath...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。...： getOption('timeout') # [1] 60 options(timeout=100) 以上，就是这一次 Bioconductor R 包安装和使用的全部内容，希望对大家有所帮助
先不说更加复杂的Linux上游分析，单说从R包安装到R语言作图，到GEO、TCGA等数据库数据下载分析，我们随时随处都可能遇到报错。如果你又是个粗枝大叶的，那你就等着被无数的报错纠缠吧。...non-function），说看起来是我的R包函数冲突了，主要是read_csv惹得祸。...半个月后我突然又想起这个问题，不甘心地去国际版必应搜了搜，第一个跳出的就是当时助教老师发我的githup的链接，我再仔细读了读，有人认为R包更新过程中readr和cli不匹配，有人建议MRAN，cli，...readr都更新到最新就可以了，有人认为更新了旧版本的R就解决了问题。...而我的R和readr都是新版本，那我就去更新重装了cli，果然不再报错。 是不是很简单？
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...1.Linux已安装Apache2服务并正常运行 2.R已安装完成并正常使用 2.Package的安装 ---- R的Package安装主要分为在线安装和离线安装两种方式，如下： 1.在线安装 在R的控制台输入...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。
现在我一共发现了两种： 第一种：使用“window.全局变量”形式 window 对象总是存在的，你可理解其为一个浏览器窗口对象。它包含了其它所有的对象如document 和所有的全局变量。...假设有全局变量seq，那么赋值和取值操作如下： window.seq=13; //赋值 var temp=window.seq; //取值 第二种：使用document对象中的cookie属性 在客户端...JavaScript 中，Window 对象是全局对象，所有的表达式都在当前的环境中计算。...例如，可以只写 document，而不必写 window.document document里面有一个对象属性cookie，可以用来保存用户储存在本地终端上的数据。... split(";") 和 split("=") ?
什么是模块 使用python编写的代码（.py文件） 已被编译为共享库或DLL的C或C++扩展 包好一组模块的包 使用C编写并链接到python解释器的内置模块 为何要使用模块 实现代码和功能的复用...，所以需要在程序的开头表明所有的引入的包和模块 python的优化手段是：第一次导入后就将模块名加载到内存了，后续的import语句仅是对已经加载大内存中的模块对象增加了一次引用，不会重新执行模块内的语句...，import 包仍然不会报错，而在python2中，包 下一定要有该文件，否则import 包报错 创建包的目的不是为了运行，而是被导入使用，记住，包只是模块的一种形式而已，包的本质就是一种模块 为何要使用包...，以此来提高程序的结构性和可维护性 注意事项 关于包相关的导入语句也分为 import 和 from ... import ......import导入文件时，产生名称空间中的名字来源于文件，import 包，产生的名称空间的名字同样 来源于文件，即包下的 __init__.py ，导入包本质就是在导入该文件 包A和包B下有同名模块也不会冲突
一、通过install.packages安装 步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装 不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。 我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。
大家好，今天我们来聊一聊在 R 语言中如何提取内置数据集，以及如何使用著名 R 包中的数据集。相信很多同学在学习 R 语言时，都会遇到需要用数据集来做练习或者分析的情况。...在 R 里，数据集资源非常丰富，R 本身自带了许多经典数据集，而且各种 R 包中也包含了大量有用的例子，最后还可以利用一个专门的资源库——Rdatasets。...提取著名 R 包中的数据集 除了 R 自带的数据集，很多常用的 R 包里也内置了数据集。对于生物或医学相关的研究，很多包会提供领域内的数据集，供用户进行模型验证或方法测试。...无论是 R 自带的 datasets，还是一些常见 R 包中的内置数据集，亦或是 Rdatasets 这种专门的仓库，都可以让我们轻松获取并使用各种数据集进行分析。...希望这篇文章能帮助你更好地利用 R 中的各种数据集，提升数据分析的效率和效果。如果你有任何问题或建议，欢迎留言讨论！
lpSolve 包和运输问题 运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。 解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...lpSolve 包和指派问题 指派问题(assignment problem) 属于0 - 1 整数规划，是一种特殊的整数规划问题。...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。
我们用R做数据处理的时候，经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框（dataframe）转换成列表（list），或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。 这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠，就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢？下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息，将第一列的数据划分到各个组，是一个去堆叠的过程。...一、unstack 下面我们来看几个具体的例子 例如现在我们手上有一个数据框，里面的数据来自PlantGrowth 我们可以先看看PlantGrowth 中的内容，第一列是重量，第二列是不同的处理方式...df = PlantGrowth unstacked_df = unstack(df) unstacked_df 结果如下，因为这里ctrl，trt1和trt2中的样本刚好都是10个，所以这里结果看上去还像是一个数据框
本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名） 体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...， 在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算； 然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）
在日常数据分析的过程中，我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西，或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数，grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的，在linux中模式匹配也用grep这个函数，前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。 这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置，grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...☞讨论学习R的grepl函数 参考资料： ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习R的grepl函数
gdal（在终端运行）（一些 R 包的依赖）： brew install pkg-config brew install gdal 安装 RStudio Desktop 最新版的 RStudio 是...安装常用的一些 R 包 可以运行下面的几句命令快速的安装一些 R 包： # 安装 devtools install.packages("devtools") # tidyverse 系列的 R 包 install.packages...R 包，例如我电脑上安装的 R 包有 1479个（截止 2019年12月14号）。...，在里面输入你想要在 R 启动的时候自动运行的代码即可，可以参考我的： Windows 系统： # 加载包 suppressMessages(suppressWarnings(library(ggplot2...一个小的练习：爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题 可以爬清华镜像源的列表：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/web/packages
要在代码中实现高效的数据存储和检索，可以采用以下几种方法： 使用合适的数据结构：选择合适的数据结构对于数据存储和检索的效率至关重要。...使用缓存：缓存是一种将数据存储在快速访问的位置，以便稍后访问时可以更快地获取到数据的技术。将一些经常访问的数据放在缓存中，可以大大提高数据的检索效率。...优化算法：通过优化算法可以提高数据检索的效率。例如，使用二分查找算法可以在有序数组中快速定位到需要的数据。...数据库优化：如果数据存储在数据库中，可以通过索引、分区等数据库优化技术来提高数据的存储和检索效率。...总之，要实现高效的数据存储和检索，需要选择合适的数据结构、使用索引和分区等技术，优化算法，并结合缓存和数据库优化等方法。
粘包和拆包是TCP网络编程中不可避免的，无论是服务端还是客户端，当我们读取或者发送消息的时候，都需要考虑TCP底层的粘包/拆包问题。...服务端分两次读取到了两个独立的数据包，分别是D1和D2，没有粘包和拆包； 服务端一次接收到了两个数据包，D1和D2粘合在一起，被称为TCP粘包； 服务端分两次读取到了两个数据包，第一次读取到了完整的D1...TCP粘包和拆包产生的原因 数据从发送方到接收方需要经过操作系统的缓冲区，而造成粘包和拆包的主要原因就在这个缓冲区上。...Netty中的粘包和拆包解决方案 针对上一小节描述的粘包和拆包的解决方案，对于拆包问题比较简单，用户可以自己定义自己的编码器进行处理，Netty并没有提供相应的组件。...这个拆包器，有一个要求，就是应用层协议中包含数据包的长度 以上解码器在使用时只需要添加到Netty的责任链中即可，大多数情况下这4种解码器都可以满足了，当然除了以上4种解码器，用户也可以自定义自己的解码器进行处理
需求 使用snpEff软件对vcf格式文件进行注释后会生成一个snpEff_summary.html;这个文件是对vcf格式文件中的内容进行的统计，结果会以表格和图片的形式在html文件里展示。...我现在想把html中的数据提取出来，自己来做图。...14517732/how-to-get-table-data-from-html-table-in-xml How to get table data from html table in xml 使用R语言的...XML包 使用到的R语言代码 library(XML) doc<-htmlParse("snpEff_summary.html") total_table<-getNodeSet(doc,"//table...") # 以上代码是固定的写法 # 下面的代码想获得第几个表格，中括号中的数字就改成几 df3<-readHTMLTable(total_table[[3]]) df3 class(df3) 结果以数据框的形式存储
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