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使用R语言获取特定关键词的通路 (msigdb数据库)

Msigdb如何查找特定基因集合 使用代码获取Msigdb数据库的所有通路信息 R包安装失败怎么办?...方法一 :假设我们对小鼠数据集感兴趣 点击小鼠的M2 这里面有subcategory的详细分类,比如 CGP CP:BIOCARTA CP:KEGG CP:REACTOME...collection=CP 方法三:使用代码获取想要的基因集合 .libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2",...category = "C2",subcategory = "CP"提前相应的数据集里面的基因集容易忽略一些数据,所以建议只使用category参数,不使用subcategory #如果直接使用category...= "C2",subcategory = "CP"提前相应的数据集里面的基因集容易忽略一些数据,所以建议只使用category参数,不使用subcategory #6提取并制备人的hallmarks

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    python读取excel单元格内容_python把获得的数据放在一个表格里

    python读取Excel表格文件,例如获取这个文件的数据 python读取Excel表格文件,需要如下步骤: 1、安装Excel读取数据的库—–xlrd 直接pip install xlrd安装xlrd...库 #引入Excel库的xlrd import xlrd 2、获取Excel文件的位置并且读取进来 #导入需要读取Excel表格的路径 data = xlrd.open_workbook(r'C:\Users...,存储Excel的数据 tables = [] #将excel表格内容导入到tables列表中 def import_excel(excel): for rown in range(excel.nrows...表格的内容导入到列表中 import_excel(table) #验证Excel文件存储到列表中的数据 for i in tables: print(i) 5、最终的运行效果如下...的数据 tables = [] #将excel表格内容导入到tables列表中 def import_excel(excel): for rown in range(excel.nrows):

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    Excel VBA解读(144): 使用Application事件和缓存将更快地获取已使用单元格区域

    学习Excel技术,关注微信公众号: excelperfect 在上一篇文章中,建议加速检索已使用单元格区域最后一行方法之一是使用缓存和Application对象的AfterCalculate事件。...2007及以后的版本,存储并获取已使用的单元格行数 Dim strBookSheet As String Dim j As Long Dim nFilled As Long Dim...如果找到键,则从第2列检索已使用单元格区域内的行数,将其作为函数的结果返回并退出该函数。...否则,查找已使用单元格区域中的行数,将其存储在UsedRange高速缓存的下一行中,并将其作为函数的结果返回。 该函数仅可在Excel 2007及更高版本中操作缓存。...有两个原因: 1.Excel 2003及更早版本最多有65536行,因此无论如何找到已使用单元格区域相对较快。

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    Excel公式练习64: 获取单元格区域中移除空单元格后的值

    本次的练习是:如下图1所示,列C中有很多空单元格,使用公式将其整理,移除空单元格并将值放置在列D中。 ? 图1 先不看答案,自已动手试一试。...重点看看: SMALL(IF((List)>1,ROW(List),""),ROW(E1))-2 我们要从IF((List)>1,ROW(List),"")中获取第ROW(E1)小的值,而ROW(E1)...””;13;14;15;…},1) 得到: 2 将公式向下拉时,ROW(E1)将自动更新为ROW(E2)、ROW(E3)、…等,即返回值2、3、…,获取数组中第2小的值、第3小的值、… 相应地在工作表中演示如下图...图4 这样,在单元格D2中的公式最终等价为: OFFSET(C2, 2-2,0) 得到单元格C2中的值。...在单元格D3中的公式最终等价为: OFFSET(C2, 6-2,0) 得到单元格C6中的值。 在单元格D4中的公式最终等价为: OFFSET(C2, 7-2,0) 得到单元格C7中的值。 依此类推。

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    使用 Excel和 Python从互联网获取数据

    互联网上有极其丰富的数据资源可以使用。使用Excel可以自动读取部分网页中的表格数据,使用Python编写爬虫程序可以读取网页的内容。...本节通过Python编写测试用Web应用程序,然后使用Excel和Python从编写的Web网站上获取数据。...图4 Excel自动识别网页中的表格数据 2.使用Python抓取 下面演示使用requests库抓取整个网页中的数据,然后使用Beautiful Soup解析网页。...Python可以使用 requests 库、Beautiful Soup包、Scrapy框架调用Web API获取数据。...表1 Excel和Python抓取互联网数据方法对比 声明:本文选自北京大学出版社的《从零开始利用Excel与Python进行数据分析》一书,略有修改,经出版社授权刊登于此。

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    Excel: 对单元格区域中不重复的数字计数

    D1单元格内的公式如下: =COUNT(UNIQUE(D4:D10)) 首先通过UNIQUE函数进行去重,然后通过COUNT函数计数。 (1)COUNTA 函数计算范围中不为空的单元格的个数。...COUNTA 函数不会对空单元格进行计数。 (3)如果不需要对逻辑值、文本或错误值进行计数(换句话说,只希望对包含数字的单元格进行计数),请使用 COUNT 函数。...借助FILTER函数,筛选出可见单元格。然后就回到第一种情况,获取非重复的数字个数。 (1)SUBTOTAL函数 返回指定的数据列表或数据库的分类汇总。...数字 1-11 或 101-111,用于指定要为分类汇总使用的函数。如果使用 1-11,将包括手动隐藏的行,如果使用 101-111,则排除手动隐藏的行;始终排除已筛选掉的单元格。...参考资料: [1] Excel指定条件下不重复计数的四种方法(https://www.sohu.com/a/483394565_408374) [2] COUNTA 函数(https://support.microsoft.com

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    Excel公式练习52: 获取多个工作表单元格区域的数据组成的数组

    导语:继续研究来自于excelxor.com的案例。建议结合本文阅读原文,会了解更多的细节,会有更大的收获。 本次的练习是:使用一个公式返回一个数组,该数组包含多个工作表中给定范围内的所有数据。...如果使用上述示例工作表,则公式返回的结果类似于: {18,"",19,63,"","",67;"",46,"","","L","",7;"N","Z","","F",70,19,"";"","","",..."O","","","V";24,"","","","R","","";"",5,"B",69,"C","","";"P","A",19,"","","K","B"} 为了保持一致,在任何公式中,指定的单元格区域...公式 可使用公式生成中间结果: =CELL("contents",INDIRECT(T(INDEX(Sheets&"!...(INDIRECT("A1:A"&ROWS(Rng_2)*COLUMNS(Rng_2)))-1)/ROWS(Rng_2))+1,)),)) 小结 这个案例值得好好研究一下,在公式中应用了一些数学计算来获取结果

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    Excel公式技巧100:遍历单元格中的数据

    有时候,我们需要从单元格数据中提取出满足条件的值。例如,下图1所示的单元格B3中的数据“NO13859724621”,我们想要得到相邻两个数字组成的最大的两位数。 ?...然而,怎么样使用公式获得这个值呢? 这就涉及到需要找到一种方法,从数据的开头开始,两个两个地取值,从而遍历整个数据,然后比较这些值,获取其中最大的值。...图5 传递给MAX函数,获得最大值: 97 小结 1.利用MID函数,可以遍历单元格内部的数据。...2.上述公式中,使用了ROW(A1:A100),假设单元格数据长度为100,其实可以使用下面的数组公式: =MAX(IFERROR(VALUE(MID(B3,ROW(INDIRECT("1:"& LEN...(B3))),2)),"")) 更精确地获取中间数组。

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    在 SQL 中,如何使用子查询来获取满足特定条件的数据?

    在 SQL 中,可以使用子查询来获取满足特定条件的数据。子查询是嵌套在主查询中的查询语句,它返回一个结果集,可以用来过滤主查询的结果。...下面是使用子查询来获取满足特定条件的数据的一般步骤: 在主查询中使用子查询,将子查询的结果作为条件。 子查询可以在主查询中的 WHERE 子句、FROM 子句或 HAVING 子句中使用。...子查询可以返回单个值或多个值,具体取决于使用的运算符和子查询的语法。 以下是一些示例: 使用子查询在 WHERE 子句中过滤数据: SELECT column1, column2, ......FROM (SELECT column FROM table WHERE condition) AS temp_table; 使用子查询在 HAVING 子句中过滤数据: SELECT column1,...FROM table GROUP BY column1 HAVING column1 > (SELECT AVG(column1) FROM table); 请注意,子查询的性能可能会较低,因此在设计查询时应谨慎使用

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    Excel技巧:使用上方单元格的值填充空单元格

    有时候,工作表列中有许多空单元格,而不是在每行都重复相同的内容,这样可以使报表更容易阅读,然而也会导致一些问题,例如不方便排序或筛选数据。...如下图1所示,在列A中有一些空单元格,如果对列A进行筛选,则只会出现有内容的单元格数据,因此空白单元格需要使用其上方单元格的内容填充。...图1 首先,选择包含空单元格的列,单击功能区“开始”选项卡“编辑”组中的“查找和选择——定位条件”,在弹出的“定位条件”对话框中勾选“空值”前的单选按钮。...然后,输入=号,按向上箭头键选择上方单元格,再按Ctrl+回车键,在所有被选择的单元格中输入公式。 最后,选择列A,复制数据,然后在所选列中单击右键,选择“粘贴值”命令。...完整的操作过程如下图2所示。 图2 如果你经常遇到填充空单元格的操作,那么可以使用宏来代替手工操作。

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