写在前面 ---- 我的需求 需要在mysql数据库中查到相关文件的在服务器的路径，然后通过scp来下载相关文件，之前是手动操作，我现在要写成一个脚本 我需要解决的问题 如何使用python连接mysql...数据库 如何使用python执行scp命令....,错过之后,便更不知了 ——烽火戏诸侯《雪中悍刀行》 ---- 编写脚本的准备 pymysql pymysql是一个基于python的 MySQL 客户端库，官网：https://pymysql.readthedocs.io...56 @Author : Li Ruilong @Version : 1.0 @Contact : 1224965096@qq.com @Desc : 一个从mysql数据库获取文件路径...，通过scp远程下载文件到本地的脚本 pip install pymysql pip install paramiko ''' # here put the import
小伙伴们大家好，我是小编豆豆，好久没有给大家分享使用的脚本了，最近小编在一直在忙着16s整理数据库，需要下载大量物种的16s rRNA序列。...提到下载生物序列，大家第一时间就会想到NCBI GeneBank数据库，虽然我们可以使用浏览器从GeneBank数据库上下载序列及其注释信息，但是效率低下，对于几条和十几条序列大多人还是可以接受的，一旦序列增至成百上千条...，使用浏览器下载序列能把人逼疯 今天小编就把我最近下载序列时用到的python代码分享给大家，希望小伙伴能够提升科研效率，多发paper。...安装python模块 # 使用pip安装 pip install biopython 查看脚本帮助文档 python Download_genbank_file.py -h usage: Download_genbank_file.py...python Download_genbank_file.py -a test1.txt -o res1 python Download_genbank_file.py -a test2.txt -o
该脚本的功能，类似于 elasticsearch-dump ，二者都是基于scroll来实现的（包括reindex底层也是scroll）。...依赖包 # 我这里演示的ES是7.x的，如果下面的脚本运行报错，请考虑调整这里的python的elasticsearch包版本 pip install elasticsearch==7.13.1 配置文件...update_dest_index_setting("1s",1) # 提升持久性，确保数据安全性 执行 python run.py 效率 测试下来，速度还是很给力的。...测试数据集： docs： 639566 primary size： 179.78MB 耗时： elasticsearch-dump迁移耗时7分钟。...python脚本迁移耗时 4分钟（可能是因为我脚本里面的迁移前先调大refresh的功劳？）。
最近做培训时整理的一部分TCGA相关数据库的使用总结。在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。...本文包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE...，比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。...TCGA网站主要提供的是数据的浏览和下载功能，可以根据项目、个体、数据类型、肿瘤类型等筛选需要的数据，使用TCGA提供的工具下载，进一步分析。 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?...数据分析方法描述、下载 ? ? 把基因根据表达量的四分位数分为4组之后的生存分析结果 ? 数据整体下载，FIREBROWSE提供了一个脚本工具，可以按需下载 ? ? ?
该脚本针对批量导入数据sql文件，data目录存放所要导入的sql文件，list.txt存放要导入的列表信息。 脚本内容如下： #!.../usr/bin/env python # -*- coding:utf-8 -*- import os, sys, logging, datetime # 日志文件配置 if not os.path.isdir...console.setFormatter(formatter) logging.getLogger('').addHandler(console) logger = logging.getLogger(__name__) # 从本地配置文件中读取主机列表信息... sys.exit(1) return succ_list,fail_list def yesorno(confile,data): print "数据库列表如下...sys.exit(1) else: print "你输入了非法的字符,脚本并未执行导入sql文件的任何动作，程序即将退出。"
学习python,将shell备份脚本改成了python脚本练手.python oracle备份脚本一例如下。 #!.../usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- import time import os #配置oracle环境变量参数 os.environ["NLS_LANG...exp_node1 = "\n成功备份文件到目录...." exp_node2 = "备份失败" cls_node1 = "数据库备份数据清除成功,删除语句如下...." cls_node2 = "数据库备份清除失败..." #配置导出的数据库信息 data_path = '/tmp/' db_username = 'abc' db_password = 'abc' db_name = 'abc' """ print os.getenv...),time.strftime('%d'),time.strftime('%H'),time.strftime('%M'),time.strftime('%S')) exp_note = "数据库备份执行语句
/usr/bin/python2.6 #coding=utf-8 from aliyunsdkcore import client from aliyunsdkrds.request.v20140815...%MZ') return 0 #回调函数 def Schedule(a,b,c): ''' a:已经下载的数据块... b:数据块的大小 c:远程文件的大小 ''' per = 100.0 * a * b / c
$(find $base_dir -type f -mtime +$delete_day |grep "tar.gz$"|wc -l) print_to_log "开始删除$delete_day天前的数据压缩包...fi done else print_to_log "$delete_day天前的历史压缩数据不存在..." fi print_to_log "删除结束." } function download_sql
前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站，都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程，其实是因为我本人一直不在中国大陆，所以没有网络问题。...所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据，一劳永逸。...现在把这个技巧分享给大家，让我们的讲师助教团队总结了经验如下： 使用`ascp`从EBI下载fastq数据 mkdir -p /data/project/pig_lncRNA && cd /data/project...坑2总结就是ascp命令要使用全路径 坑3： 关于ascp软件下载的坑。ascp这个命令出自软件Aspera Connect。...参考1：使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据 参考2：Ubuntu下Aspera connect的安装与使用 Aspera提供了大文件高速传输方案，适合于大数据的传输。
Python脚本自动备份Mysql数据库，此脚本会备份所有数据库，并按库名创建文件夹保存，只保留最近7天的备份数据。可自定义修改。支持Python2,、Python3。.../data/shell/mysql_back.py > /data/shell/logs.log 2>&1 & #定时时间格式 脚本路径/脚本 #:wq保存退出即可 mysql_back.py脚本文件...-8类型的，需要制定数据库 conn = pymysql.connect( host=mysql_host, # 数据库地址 user=mysql_user..., # 数据库用户名 passwd=mysql_pwd, # 数据库密码 db='mysql',...# 数据名 port=mysql_port, # 数据库访问端口 charset=mysql_charset
1.1 Linux 备份数据库 ☞ 编写脚本 先找个地方编写如下 sh 脚本(我一般在 /usr/local 下创建 backup/backup.sh)，替换掉下面的用户名，密码，数据库名以及生成文件路径及文件名...然后直接运行脚本，看下能否完成备份，同时检查备份文件能否使用。...使用 crontab -l 可以查看写好的定时任务；使用 service crond restart 可以重启定时任务服务。...1.2 Windows 备份远程数据库 ☞ 编写脚本 Windows 备份远程数据库的过程跟 Linux 备份数据库的过程类似，是不过一个是 bat 脚本，一个是 sh 脚本。...替换下面的 MySQL 安装目录，用户名，密码，远程IP，远程端口，数据库名以及存放备份文件的目录。
任务：应帅气的领导要求，需要监控生产环境mysql和mongo数据库服务。不仅要connect successful还要进行数据交互进一步确认数据库服务正常。...查询脚本db_test.py: 需要注意的是： . 1、由于Python3.6，pymongo模块中的MongoClient函数连接mongo数据库时，超时参数connecttimeOutMS并不会生效...（亲测）,并且如果仅仅用MongoClient连接mongo数据库而不对数据库内的数据进行交互，那么无论MongoClient返回的是正确的连接对象还是发生了错误，Python3.6均不会报错。...所以，必须要对数据库数据进行交互，才能确定数据库服务是否正常 . 2、由于mongo超时时间大概在30多秒左右，因此引入Python提供的超时函数timeout_decorator.timeout()，...进一步确认数据库服务正常。
python 数据库基本操作 ---- 操作关键字 创建连接 connect [kə ˈ nekt] 连接 实例化游标 cursor [ˈ kɜ ː sə(r)] 游标 执行 sql...eksɪkju ː t] 实行;执行; 提交修改 commit [kə ˈ mɪt] 做出 事务回滚 rollback [ˈ rəʊlbæk] 回落; 关闭游标和链接 close 一、用脚本连接数据库...： import pymysql #创建一个对象，用于连接数据库，参数分别设置为地址，用户名，密码，数据库，字符集 db = pymysql.connect(host = 'localhost',user...Python 查询 Mysql 使用 fetchone() 方法获取单条数据, 使用 fetchall() 方法获取多条数据。...() #关闭数据库连接 db.close ---- 标题：python脚本操作数据库 作者：cuijianzhe 地址：https://solo.cjzshilong.cn/articles/2019
美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目，通过收集整理癌症相关的各种组学数据...，提供了一个大型的，免费的癌症研究参考数据库。...下载方式多种多样，在我之前的教程介绍了有官网下载；TCGAbiolinks下载；firehose下载。这一次的学习笔记，主要是写用python快速下载TCGA数据库相关数据。...我自己尝试后的优点是：快速（大概三分钟就可以下载完毕）；下载的数据与官网GDC下载的相同。 -#下载mRNA/lncRNA表达矩阵
背景 最近小编出于工作需要，准备在Wind金融数据终端批量下载上市公司2019年第一季度业绩预告。通过相关的条件检索，发现其相关数据有近百条。...由于Wind金融数据终端目前并不支持批量下载公司公告（只能逐个点击链接后下载pdf格式的公告）。...解决方案 小编在这里将介绍利用Python网络爬虫这一利器，来解决Wind数据库中批量下载公告的问题。...批量下载的思路是：Wind金融数据库仅仅提供以Excel/CSV格式保存的url链接（见下图，数据），因此本文将通过解析url链接去获取上市企业的公告文本（pdf格式）。 ?...，很可能会出现部分pdf下载为空的情况。
使用 Python 从 REST URL 下载文件，可以使用 requests 库来简化文件的下载和保存过程。...以下是一个示例代码，展示了如何从给定的 REST API 或 URL 下载文件并保存到本地。1、问题背景我们需要编写一个脚本，从一个支持 REST URL 的网站下载一堆文件。...我们还需要在会话中维护 Cookie 以便下载文件。2、解决方案我们可以使用 requests 库来完成这个任务。..."__utmb": "163815075.1.9.1379790485255", "__utmc": "163815075", "__utmz": "1这个简单的 Python...脚本可以帮助我们从 REST URL 下载文件并保存到本地，同时确保了基本的错误处理和内存使用效率。
void DownloadImageByAddress(string saveAddress, List matQueues) { // 下载图片
python脚本 修改数据库配置和前缀就可以 import mysql.connector # 创建 MySQL 连接 connection = mysql.connector.connect(...host="127.0.0.1", user="root", password="root" ) # 获取数据库列表 cursor = connection.cursor() cursor.execute...("SHOW DATABASES") databases = cursor.fetchall() # 定义模式 pattern = "db1" # 修改为你的匹配模式 # 删除符合模式的数据库 for
使用python-DB-API，只需要搞清楚Connection、Cursor对象，打开后一定得关闭。...安装mysql官方提供的python驱动 pip install mysql-connection-python --allow-external mysql-connection-python 操作mysql...values = cursor.fetchall() values cursor.close() conn.close() ORM技术 -- Object-Relational Mapping，把关系数据库的表接受映射到对象上...DBSession对象可视为当前数据库连接。 使用ORM从数据库中查询数据：结果是一个user对象，而不是tuple。...ORM的作用就是把数据库表的一行记录与一个对象做相互转换， 使用ORM的前提是了解关系数据库的原理。
一、脚本 环境：Centos 6.3 Python 2.6.6 脚本如下： #!.../usr/bin/env python # author: kuangl # -*- coding: utf-8 -*- # filename: mysql_back_zhubao.py import
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