我们最新一期的生信入门群里的小伙伴学完了两周的R语言后，都开始了自己的芯片数据实战分析，其中有个学员遇到了 从GEO数据库中下载 GPL 芯片注释文件失败的问题： 为什么下载这么难呢？...1、R 包：GEOquery 一般，我最先会使用 GEOquery这个包进行下载，代码如下，只需要给出 GEO编号，设置 getGPL = T即可，随便给一个GSE编号：GSE228568 library...(GEOquery) gset getGEO("GSE63678", destdir = '...www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi ，输入一个GPL号如GPL570，选择下面的参数，点击GO： 你就会得到一个文件，可以进行保存下载： 那么这个文件的网址是什么样的呢...acc=GPL570&targ=self&form=text&view=data 后续我只需要修改其中的GPL570编号就可以下载任意芯片平台的注释文件了，比如我用IDM多线程进行下载，就非常方便： 三种办法
1、正常导出的情况：（使用axios发送请求）后端返回二进制文件 api文件 async download(params) { return await $axios....responseType: 'arraybuffer'}) }, 调用api let formData = new FormData(); formData.append('file',file);//传文件
AnnoProbe获取注释信息的方式是通过对信息文件中的GPL字段信息，直接从数据库下载相关编号，但是意外总会发生。...二、手动下载文件 直接在 GEO 平台搜索对应的 GPL 编号，通过 AnnoProbe 包的 checkGPL 函数检查一下，返回的 FALSE，即R包的数据库里找不到这个平台的注释文件，所以要去手动下载然后读取...[1] TRUE ##TRUE表示存在，对应FALSE显示数据库里没有收录 > getGEO("GPL14550") ##然后下载成功了 File stored at: C:\Users...\Dreamon\AppData\Local\Temp\Rtmpa61tEz/GPL14550.soft 然后去下载地址查看一下下载文件，是正常的！...然后通过读取本地注释文件的方式导入流程 b = getGEO("GPL14550",destdir = "./") d = b@dataTable@table 所以这个注释实际在数据库里是收纳了的，只是这个数据库不是
问题描述 使用curl下载https地址文件时，调用 curl_easy_perform 函数返回错误码60，表示CURL_SSL_CACERT错误，大概的意思是没有设置证书。...curl使用默认CA证书列表（证书搜索路径由编译时决定），可通过CURLOPT_CAINFO或者 CURLOPT_CAPATH选项更改受信任根证书路径。...(默认值) 问题解决 根据上述的分析，有如下几种解决方案： 方案一：关闭curl下载https文件的安全验证。...下载证书有效性校验文件，下载地址点此进，下载完成后，将该文件放在程序所在目录，然后添加如下 curl_easy_setopt(curl, CURLOPT_SSL_VERIFYHOST, 1L); curl_easy_setopt...\cacert.pem"); CURLOPT_CAINFO：指定证书文件全路径，使用相对路径即可。
问题描述 使用curl下载https地址文件时，调用 curl_easy_perform 函数返回错误码60，表示CURL_SSL_CACERT错误，大概的意思是没有设置证书。...curl使用默认CA证书列表（证书搜索路径由编译时决定），可通过CURLOPT_CAINFO或者 CURLOPT_CAPATH选项更改受信任根证书路径。...(默认值) 问题解决 根据上述的分析，有如下几种解决方案： 方案一：关闭curl下载https文件的安全验证。...下载证书有效性校验文件，下载完成后，将该文件放在程序所在目录，然后添加如下 curl_easy_setopt(curl, CURLOPT_SSL_VERIFYHOST, 1L); curl_easy_setopt...\cacert.pem"); CURLOPT_CAINFO：指定证书文件全路径，使用相对路径即可。
CURL错误列表 curl_exec($ch);//执行curl if (curl_errno($ch)) { echo 'Curl error: ' . curl_error($ch);//出错输出错误...} curl_close($ch);//关闭curl 同理，像正则，Json，数据库这些出错时基本都会有提供有帮助的错误信息 CURL状态码列表 状态码 状态原因 解释 0 正常访问 1 错误的协议...18 文件传输短或大于预期 部分文件。只有部分文件被传输。 19 RETR命令传输完成 FTP 不能下载/访问给定的文件， RETR (或类似)命令失败。...36 下载无法恢复 FTP 续传损坏。不能继续早些时候被中止的下载。 37 文件权限错误 文件无法读取。无法打开文件。权限问题？ 38 LDAP可没有约束力 LDAP 无法绑定。...56 衰竭接收网络数据 在接收网络数据时失败。 57 58 本地客户端证书 本地证书有问题。 59 无法使用密码 无法使用指定的SSL 密码。
包的本质就是getGEO函数，用法列举如下： 1、根据GDS号来下载数据，下载soft文件 gds858 getGEO(‘GDS858’, destdir=“.”) 2、根据GPL号下载的是芯片设计的信息...gpl96 getGEO(‘GPL96’, destdir=“.”) ``` 3、根据GSE号下载数据，下载_series_matrix.txt.gz gse1009 getGEO(‘GSE1009...上面的代码下载的文件都会保存在本地，destdir参数指定下载地址。...根据GPL号下载返回的对象跟GDS一样，也是用Table/Meta处理！...options(warn=-1) suppressMessages(library(GEOquery)) gpl96 getGEO('GPL96', destdir=".") names(Meta
下载数据 #======================================================= #====================================...，destdir参数指定下载到本地的地址 gsegetGEO(gsename, destdir = ".")...##根据GSE号来下载数据，下载_series_matrix.txt.gz gplgetGEO('GPL570', destdir = ".")...##根据GPL号下载的是芯片设计的信息, soft文件 gse getGEO(filename = 'GSE48780_series_matrix.txt.gz') gpl getGEO...(filename = 'GPL570.soft') # 查看列名 colnames(Table(gpl)) Table(gpl)[1:10,1:6] # 前10行前6列信息 gpl <-
表达矩阵下载方式二 使用GEOqueryR 程序包从GEO数据库下载 ==Note==:使用下面的代码下载的文件都会保存到本地，destdir参数指定数据存放的位置。...#根据GPL号下载芯片设计信息 gpl96 getGEO("GPL96", destdir=".")...#根据GSE号下载series_matrix.txt.gz gse1009 getGEO("GSE1009",dstdir=".")...下载原始芯片表达数据（CEL） 直接下载matrix文件，点击‘Series Matrix File(s)’进入到矩阵存放位置，直接点击下载 第二步：开始分析 新建一个R.project GSE76275...#查看使用BioCManager下载包的默认路径options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") # 指定使用BioCManager下载的路径
较小的新GSEMatrix文件解析起来非常快。GEOquery使用一个简单的标志来选择使用GSEMatrix文件（请参见下文）。 1.4数据集 GEO数据集（GDSxxx）是GEO样本数据的精选集。...library(GEOquery) 现在，我们可以自由地访问任何GEO文件。下面代码是使用GEOquery包打包的文件，而不是从网上下载。通常，我们会使用GEO登录号下载数据，如代码注释中所述。...("GDS507") gds getGEO(filename=system.file("extdata/GDS507.soft.gz",package="GEOquery")) 也就是说，我们要从网络上下载数据的话...getGEO函数可以处理这种格式，并且可以相当快地解析非常大的GSE。此解析返回的数据结构是ExpressionSet列表。作为示例，我们下载并解析GSE2553。...首先，我们需要知道此GDS使用的平台。然后，再次通过getGEO将获得我们所需的东西。
GEOquery 的使用说明见下面链接： http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GEOquery/inst/doc/GEOquery.html...获取数据包： 首先在自己的电脑新建文件夹作为存储数据的地方，然后执行下面的代码 DatagetGEO("GSE2669",destdir="F:/geo/") 如下图： ?...代码解释：获取数据编码：GSE2669；数据下载存储地方：F:/geo/ 然后获取矩阵数据： myMatrix <- Data@GSE2669_series_matrix.txt.gz@assayData...平台，常用来作为芯片注释 如果数据下载完成后出现错误： 那么可以用下面的代码载入已经下载好的数据： Data getGEO(filename="F:/geo/GSE2669_series_matrix.txt.gz...Meta(gds858)$platform 获取其平台信息 获取某个平台的信息： gpl97 getGEO('GPL97') ? 查看详细的平台信息： Meta(gpl97) ?
2.数据下载 2.1 获得表达数据‘ rm(list=ls()) # 设置默认转换因子为否 options(stringsAsFactors = F) # 目标文件 f='GSE42872_eSet.Rdata...' # 上章的geo包 library(GEOquery) # 下载文件，如果存在则不进行下载 if(!...file.exists(f)){ gset getGEO('GSE42872', destdir="....sprintf("显示下载的文件有6个样本，22397个位点 /n GPL6244") ## [1] "显示下载的文件有6个样本，22397个位点 /n GPL6244" #获取列表元素， a=gset...# 需要下载时，改为T if(F){ library(GEOquery) gpl getGEO('GPL6244', destdir=".")
生信技能树jimmy大神分享过芯片探针注释到基因名的3种方法： 1金标准当然是去基因芯片的厂商的官网直接去下载 2一种是直接用bioconductor的包 3一种是从NCBI里面下载文件来解析 我作为...现在我完成作业就遇到了gpl16699平台，它并没有bioconductor的包，所以需要下载gpl平台的soft文件，进行注释，官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query...= F) library(GEOquery) gpl=getGEO("GPL16699",destdir = '.') names(Meta(gpl)) Table(gpl)[1:10,1:2] ids...方法二：下载txt文件 在官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL16699 下载txt文件 ?...image-20191104214939037 对比一下，方法一里面的getGEO函数下载后使用Table提取到的内容，就是方法二的txt文件，后续处理一致。 大功告成！
在GEO上搜索数据，下载其表达矩阵（如果以M为单位，说明文件可用；如果大小只有K，说明文件不可用）是一种储存高通量芯片表达矩阵的数据类型， exprs()函数可以将其切换为矩阵。...#数据下载rm(list = ls())library(GEOquery)gse_number = "GSE56649"eSet getGEO(gse\_number, destdir = '....', getGPL = F) #下载并读取数据，以列表的形式存储#数据检查class(eSet) length(eSet)eSet = eSet[[1]] exp 出错！！...#提取芯片平台编号gpl_number gpl\_number#存储数据save(gse_number,pd,exp,gpl\_number,file = "step1output.Rdata
，destdir参数指定下载到本地的地址 gsegetGEO(gsename, destdir = ".")...##根据GSE号来下载数据，下载_series_matrix.txt.gz gplgetGEO('GPL10558', destdir = ".")...##根据GPL号下载的是芯片设计的信息, soft文件 gse getGEO(filename = 'GSE70768_series_matrix.txt.gz') gpl getGEO(filename...= 'GPL10558.soft') gpl gpl@dataTable@table colnames(gpl) gpl gpl %>% dplyr::select(ID, "Symbol...") write.csv(gpl,"GPL.csv", row.names = F) # gse中的行名ID与gene name的对应关系 genename = read.csv("GPL.csv")
下载数据 # 加载 library(GEOquery) #使用getGEO函数获得基因信息 gds getGEO("GDS507")# 下载 # 同时支持从本地获得 # gds getGEO...(filename=system.file("路径",package="GEOquery")) # 下载gsm数据 gsm getGEO("GSM11805") 4....4.1 GDS, GSM, 和 GPL # 通过meta查看gsm文件，显示样本的信息 head(Meta(gsm)) ## $channel_count ## [1] "1" ## ## $contact_address...而是包含两个列表，可以使用GPLList和GSMList方法访问。...getGEO('GPL97') # Meta(gpl97)$title 通过上述代码可以获得这个平台的所有信息，并通过id等查看，下载比较费时，不做展示 结束语 关于GEO数据挖掘的第一步，获得数据
引言当我们想获得一个gse的matrix文件和补充文件, 一般情况下可以直接用网页下载, 用 R 的话也可以使用 getGEO(gse) 和 getGEOSuppFiles(gse)函数 , 但是如果在服务器或者网络非常不好的情况下...当然是上代码和做网页啦~效果展示网页地址:getgeofilelinks.yeyeziblog.eu.org当输入GSE号, 可以有两种选择, 第一是获得matrix文件地址, 第二是补充文件地址, 而如果使用...GPL文件, 可以获取注释文件地址.图片图片图片过程首先, 使用过 GEOquery 包的话, 大家一定都看见过在下载之前有一个一闪而过的链接, 这个链接就是之前说的"可以断点续传而又网速稳定的ftp链接..."了, 但是我们当然不能每一次需要这个链接就使用一次 getGEO(gse) , 那样反而是本末倒置了.r$> getGEO("gse17536")Found 1 file(s)GSE17536_series_matrix.txt.gztrying...Heroku进行部署, 但失败了, 所以使用服务器部署.使用 git clone https://github.com/sandy9707/getGEOFileLinks.git 下载文件, 在服务器上使用
数据信息检索可以看到GSE25097是基因表达芯片数据，因此可以使用GEOquery包下载使用GEOquery包下载数据remotes::install_github('ScienceAdvances/...AnnoProbe, clusterProfiler, org.Hs.eg.db, org.Mm.eg.db)注：using作用是一次性加载多个R包，不用写双引号，并且不在屏幕上打印包的加载信息因为文件太大...，在R内下载失败，可通过图片中的方法下载文件，GEOquery::getGEO直接读取本地的文件。...geo_accession getGEO(filename=stringr::str_glue('{geo_accession}_series_matrix.txt.gz...GPL10687_family.soft.gz注释文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
1- 作业链接 不正常的illumina芯片数据如果使用lumi包的lumiR.batch函数读取会失败 (qq.com) 《不正常的illumina芯片数据如果使用lumi包的lumiR.batch函数读取会失败...x.lumi <- lumiR.batch(fileName) library(R.utils) # gunzip("GSE125818_non-normalized_data.txt.gz") # 手动下载文件并解压...a=read.table(fileName,header = T,sep = '\t') dim(a) GPL_data_2 getGEO(filename = 'GSE125818_family.soft.gz...', AnnotGPL = F,getGPL = F) #save(GPL_data_2,file="GSE125818_getGEO.Rdata") npd=GPL_data_2@gsms pdname...这个时候两者都使用LogFC=1作为同一标准分别显著和不显著基因是有问题的。
选择在GEO官网的GPL平台下载 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...acc=GPL21827 rm(list = ls()) ## 魔幻操作，一键清空~ options(stringsAsFactors = F) # 注意查看下载文件的大小，检查数据 f='GPL21827...file.exists(f)){ gset getGEO('GPL21827', destdir="." ) ## 平台文件 save(gset,file=f) ## 保存到本地...= '\n') temp 文件~ temp write(all_recs, temp) 理论是这个教程适用于所有在GEO数据库有GPL平台信息的芯片...之所以写出到fastq文件，是因为它可以拿去走比对流程。 其它探针序列没有什么区别，当然，也可以去芯片官网下载探针序列。
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